seq1 = pF1KA0982.tfa, 1482 bp
seq2 = pF1KA0982/gi568815588f_972156.tfa (gi568815588f:972156_1229341), 257186 bp

>pF1KA0982 1482
>gi568815588f:972156_1229341 (Chr10)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-235  (105752-105848)   100% ->
236-331  (107856-107951)   100% ->
332-396  (108257-108321)   100% ->
397-532  (112248-112383)   100% ->
533-604  (114131-114202)   100% ->
605-649  (121297-121341)   100% ->
650-726  (124015-124091)   100% ->
727-961  (131447-131681)   99% ->
962-1103  (132971-133112)   100% ->
1104-1238  (152063-152197)   100% ->
1239-1353  (152755-152869)   100% ->
1354-1482  (157058-157186)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCACAGAAAGCGCAAGTTGTTCGACTGCTCGCCAAACAAAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCACAGAAAGCGCAAGTTGTTCGACTGCTCGCCAAACAAAACAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCAAATCCCATAGCCTTTCTATACGAAGAACTAACAGCTCGGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCAAATCCCATAGCCTTTCTATACGAAGAACTAACAGCTCGGAGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGGACGGGACTGCCAAGAGACATGTTAGAAGGACAA         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 AGAGGACGGGACTGCCAAGAGACATGTTAGAAGGACAAGTA...CAGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTAAACTGCCTTCCTCGGTTCGCAGTACACTTCTGGAACTGTTTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105755 TCTAAACTGCCTTCCTCGGTTCGCAGTACACTTCTGGAACTGTTTGGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATAGAAAGAGAATTTGAAAACCTTTATATCGAAAACTTAGAAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105805 AATAGAAAGAGAATTTGAAAACCTTTATATCGAAAACTTAGAATGTG...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    TACGTAGAGAAATCGACACTCTTAATGAACGTTTAGCTGCTGAAGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107853 CAGTACGTAGAGAAATCGACACTCTTAATGAACGTTTAGCTGCTGAAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAGCGATTGATGGAGCAGAGCTGAGTAAGGGCCAACTCAAAACAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107903 CAAGCGATTGATGGAGCAGAGCTGAGTAAGGGCCAACTCAAAACAAAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332         CCAGTCACAGCACCAGCCAGCTCTCCCAGAAACTGAAGACCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107953 TA...CAGCCAGTCACAGCACCAGCCAGCTCTCCCAGAAACTGAAGACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTTACAAGGCTTCCACCAGCAAG         ATTGTCTCCAGCTTTAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108299 CTTACAAGGCTTCCACCAGCAAGGTA...CAGATTGTCTCCAGCTTTAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCACGACATCGAGAGCTGCCTGCCAGCTCGTGAAGGAGTACATCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112266 ACCACGACATCGAGAGCTGCCTGCCAGCTCGTGAAGGAGTACATCGGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCGGGACGGCATCTGGGATGTCAGCGTGGCCAAGACACAGCCAGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112316 CCGGGACGGCATCTGGGATGTCAGCGTGGCCAAGACACAGCCAGTGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCGGGACTGCATCAGCCG         ATCACACGGCTTTGCTGTGGAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112366 TCGGGACTGCATCAGCCGGTG...CAGATCACACGGCTTTGCTGTGGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATAGAGACAGGGAAGTGCCTAGTCAAGTACGCAGGCCACGTGGGCTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 114154 ATAGAGACAGGGAAGTGCCTAGTCAAGTACGCAGGCCACGTGGGCTCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605         TAAATTCTATCAAATTTCATCCCTCAGAGCAGTTGGCTCTCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114204 TA...CAGTAAATTCTATCAAATTTCATCCCTCAGAGCAGTTGGCTCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTG         CTTCTGGAGATCAGACTGCTCATATCTGGAGATACGCG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121339 CTGGTA...CAGCTTCTGGAGATCAGACTGCTCATATCTGGAGATACGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTGCAGCTGCCGACACCCCAGCCTGTTGCTGACACTAGT         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 124053 GTGCAGCTGCCGACACCCCAGCCTGTTGCTGACACTAGTGTA...CAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ATCTGGGGAAGATGAAGTAGAGTGCTCTGACAAGGACGAGCCCGACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131449 ATCTGGGGAAGATGAAGTAGAGTGCTCTGACAAGGACGAGCCCGACCTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATGGGGATGTGTCCAGCGACTCCCCCACCATCCGCGTCCCACTGACATCC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 131499 ATGGGGATGTGTCCAGCGACTGCCCCACCATCCGCGTCCCACTGACATCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTCAAGAGCCACCAGGGCGTGGTCATCGCCTCCGACTGGCTGGTTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131549 CTCAAGAGCCACCAGGGCGTGGTCATCGCCTCCGACTGGCTGGTTGGGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAAGCAGGCTGTGACTGCCTCCTGGGACCGGACGGCAAACCTGTACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131599 GAAGCAGGCTGTGACTGCCTCCTGGGACCGGACGGCAAACCTGTACGACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGAGACGTCCGAGCTCGTTCACTCTCTGACAG         GGCACGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 131649 TGGAGACGTCCGAGCTCGTTCACTCTCTGACAGGTG...CAGGGCACGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGGAGTTGACGCACTGCTGCACACACCCCACCCAGCGGCTCGTGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132979 CAGGAGTTGACGCACTGCTGCACACACCCCACCCAGCGGCTCGTGGTGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTCCTCCCGTGACACGACTTTCCGCCTCTGGGATTTCAGGGACCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133029 CTCCTCCCGTGACACGACTTTCCGCCTCTGGGATTTCAGGGACCCCTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCCACTCGGTGAATGTTTTCCAGGGACACACGGA         CACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 133079 TCCACTCGGTGAATGTTTTCCAGGGACACACGGAGTG...TAGCACTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACTTCTGCCGTGTTCACCGTGGGAGACAACGTGGTTTCAGGCAGCGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152070 ACTTCTGCCGTGTTCACCGTGGGAGACAACGTGGTTTCAGGCAGCGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCGCACGGTGAAAGTCTGGGACTTGAAAAATATGAGATCCCCCATTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152120 CCGCACGGTGAAAGTCTGGGACTTGAAAAATATGAGATCCCCCATTGCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTATTCGCACGGACTCTGCCATTAACAG         GATCAATGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 152170 CTATTCGCACGGACTCTGCCATTAACAGGTA...CAGGATCAATGTATGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTCGGCCAAAAAATCATAGCCCTCCCCCATGACAACCGACAAGTGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152768 GTCGGCCAAAAAATCATAGCCCTCCCCCATGACAACCGACAAGTGAGACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GTTTGATATGTCAGGAGTGCGCCTGGCGCGGCTTCCCCGGAGCAGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152818 GTTTGATATGTCAGGAGTGCGCCTGGCGCGGCTTCCCCGGAGCAGCCGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AG         GGCCACAGGAGAATGGTATGCTGCTCGGCATGGAGTGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152868 AGGTA...TAGGGCCACAGGAGAATGGTATGCTGCTCGGCATGGAGTGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GACCACCCCGTGTGCAATCTGTTCACCTGTGGGTTTGACCGGCAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157097 GACCACCCCGTGTGCAATCTGTTCACCTGTGGGTTTGACCGGCAAGCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGGTTGGAACATCAACATCCCTGCATTGCTACAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157147 TGGTTGGAACATCAACATCCCTGCATTGCTACAAGAAAAA