seq1 = pF1KA0972.tfa, 2049 bp
seq2 = pF1KA0972/gi568815589r_96658781.tfa (gi568815589r:96658781_96876069), 217289 bp

>pF1KA0972 2049
>gi568815589r:96658781_96876069 (Chr9)

(complement)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-129  (101224-101282)   100% ->
130-256  (112438-112564)   100% ->
257-352  (112857-112952)   100% ->
353-2049  (115593-117289)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCCACATCCAGAAGCCATCACAGATTGTGTGACACTGAACACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGCCACATCCAGAAGCCATCACAGATTGTGTGACACTGAACACTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCCAACTTGCAGAAGGTG         GTTATCCTTTACGGTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 GGGCCAACTTGCAGAAGGTGGTA...CAGGTTATCCTTTACGGTTCTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACTCTTTCAGGAGCAGCAGAAAATGAACATATCTCAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101245 CACTCTTTCAGGAGCAGCAGAAAATGAACATATCTCAGGTG...CAGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCAGTGTCATTCAAGGACGTGACTATAGAATTCACCCAGGAGGAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112441 TCAGTGTCATTCAAGGACGTGACTATAGAATTCACCCAGGAGGAGTGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCAAATGGCCCCTGTTCAGAAGAATCTGTACAGAGATGTGATGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112491 GCAAATGGCCCCTGTTCAGAAGAATCTGTACAGAGATGTGATGCTGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTACAGCAACCTCGTCTCAGTGG         GGTACTGCTGTTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112541 ACTACAGCAACCTCGTCTCAGTGGGTA...CAGGGTACTGCTGTTTCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCAGAGGTGATCTTCAAGTTGGAGCAAGGAGAGGAGCCTTGGTTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112874 CCAGAGGTGATCTTCAAGTTGGAGCAAGGAGAGGAGCCTTGGTTCTCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGGAATTCTCAAACCAGAGTCACCCAA         AAGATTACAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112924 GGAGGAATTCTCAAACCAGAGTCACCCAAGTG...TAGAAGATTACAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTGATGACCTGATCAAGCAGAACAAGAAAATCAAAGACAAACACTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115605 GTGATGACCTGATCAAGCAGAACAAGAAAATCAAAGACAAACACTTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAAGCAATATGTATCAATAATAAAACATTGACTACAGAGGAAGAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115655 CAAGCAATATGTATCAATAATAAAACATTGACTACAGAGGAAGAGAAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTGGGGAAACCATTTACTCTGCATGTAGCTGCTGTTGCTTCAACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115705 TTTGGGGAAACCATTTACTCTGCATGTAGCTGCTGTTGCTTCAACAAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGTCCTGCAAATGCAACTCATGGGAAGTGAATTTGCAAAGTATTTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115755 TGTCCTGCAAATGCAACTCATGGGAAGTGAATTTGCAAAGTATTTCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTATCATTAATAATAGAAACTATTCAACAAAGAAAATAGGTTGCGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115805 TTTATCATTAATAATAGAAACTATTCAACAAAGAAAATAGGTTGCGGTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTATGTGAGAATTCACCTTTCAAAATTAACTTTGAGAAAACTCAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115855 TGTATGTGAGAATTCACCTTTCAAAATTAACTTTGAGAAAACTCAGACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGAGAAATTTTATGAACATAATAAAAACATGAAAGCTCTCAATTATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115905 GAGAGAAATTTTATGAACATAATAAAAACATGAAAGCTCTCAATTATAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAAAATCTTCCCAAGCATCCAAAGTTTCAAACTTTGGAGCAAGCTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115955 GAAAATCTTCCCAAGCATCCAAAGTTTCAAACTTTGGAGCAAGCTTTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATGTAATAAAATTGGAAAAGCCTTTAATGATAAGGCTAACTGTGTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116005 ATGTAATAAAATTGGAAAAGCCTTTAATGATAAGGCTAACTGTGTTAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATAACAGTTCTCACACAGGAGAAACATCCTCTAAAGATGATGAATTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116055 ATAACAGTTCTCACACAGGAGAAACATCCTCTAAAGATGATGAATTTAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAAAATTGTGATAAGAAAACTCTCTTTGACCACAGGAGAACTGGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116105 AAAAATTGTGATAAGAAAACTCTCTTTGACCACAGGAGAACTGGCACAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GAAGAAACACCTGCATCTTAATCAATGTGGGAAATCCTTTGAGAAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116155 GAAGAAACACCTGCATCTTAATCAATGTGGGAAATCCTTTGAGAAGTCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTGTGGAGGAATATAATAAACTTAATATGGGTATAAAACATTATGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116205 CTGTGGAGGAATATAATAAACTTAATATGGGTATAAAACATTATGAATTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AATCCAAGTGGAAATAATTTCAACAGAAAGGCACACCTCACTGATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116255 AATCCAAGTGGAAATAATTTCAACAGAAAGGCACACCTCACTGATCCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AACAGCTGTCATAGAAGAGAACCCATTGGTAAGTAATGACAGAACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116305 AACAGCTGTCATAGAAGAGAACCCATTGGTAAGTAATGACAGAACACAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CTTGGGTTAAATCCTCTGAATATCATGAAAATAAGAAATCCTACCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116355 CTTGGGTTAAATCCTCTGAATATCATGAAAATAAGAAATCCTACCAGACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TCGGTTCACAGAGTTCGCCGAAGAAGTCACTCAATGATGAAACCCTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116405 TCGGTTCACAGAGTTCGCCGAAGAAGTCACTCAATGATGAAACCCTATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 ATGTAATGAATGTGGGAAATCCTTCTGTCAGAAAGGACATCTCATTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116455 ATGTAATGAATGTGGGAAATCCTTCTGTCAGAAAGGACATCTCATTCAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ATCAGAGAACTCACACAGGAGAGAAACCATTTGAATGTAGTGAATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116505 ATCAGAGAACTCACACAGGAGAGAAACCATTTGAATGTAGTGAATGTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AAAACTTTCTCCCAGAAGTCACACCTCAGTACTCATCAGAGAATTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116555 AAAACTTTCTCCCAGAAGTCACACCTCAGTACTCATCAGAGAATTCATAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AGCAGAAAAACCCTATAAATGTAATGAATGTGGAAAAACATTTGTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116605 AGCAGAAAAACCCTATAAATGTAATGAATGTGGAAAAACATTTGTCCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 AGTCAACCCTCAGGGGACATCAAAGAATTCACACAGGAGAAAAACCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116655 AGTCAACCCTCAGGGGACATCAAAGAATTCACACAGGAGAAAAACCCTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GAATGTAGTGAATGTGGGAAAACTTTTGTTCAGAAGTCCACCCTCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116705 GAATGTAGTGAATGTGGGAAAACTTTTGTTCAGAAGTCCACCCTCAGAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TCATCACAGAATTCACACAGGGGAGAAATCCTTTCAATGCAATCAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116755 TCATCACAGAATTCACACAGGGGAGAAATCCTTTCAATGCAATCAATGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GAAAAACATTTGGCCAGAAGTCAAACCTCAGAATACATCAGAGAACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116805 GAAAAACATTTGGCCAGAAGTCAAACCTCAGAATACATCAGAGAACTCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 ACTGGGGAGAAAACTTACCAGTGTAATGAATGTGAAAAATCCTTCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116855 ACTGGGGAGAAAACTTACCAGTGTAATGAATGTGAAAAATCCTTCTGGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 AAAAGATCATCTCATTCAACATCAGAAAACTCACACGGGAGAGAAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116905 AAAAGATCATCTCATTCAACATCAGAAAACTCACACGGGAGAGAAACCAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 TCAAATGTAACGAATGTGGGAAAACTTTTGCCCGGACATCAACCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116955 TCAAATGTAACGAATGTGGGAAAACTTTTGCCCGGACATCAACCCTCAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 GTGCATCAAAGAATTCACACTGGGGAGAAACCATTTAAATGTAATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117005 GTGCATCAAAGAATTCACACTGGGGAGAAACCATTTAAATGTAATGAATG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 TGGGAAGAAATTTGTCCGGAAAGCAATCCTTAGTGATCATCAGAGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117055 TGGGAAGAAATTTGTCCGGAAAGCAATCCTTAGTGATCATCAGAGAATTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 ACACAGGGGAGAAACCCTTTCAGTGTAATAAATGTGGGAAAACTTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117105 ACACAGGGGAGAAACCCTTTCAGTGTAATAAATGTGGGAAAACTTTTGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 CAGAAATCAAACCTCAGAATACATCAAAGGACTCACAGTGGGGAGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117155 CAGAAATCAAACCTCAGAATACATCAAAGGACTCACAGTGGGGAGAAATC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 TTATGAATGCAATGAATATGGGAAATTATGTAAGAAGTCTACCCTAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117205 TTATGAATGCAATGAATATGGGAAATTATGTAAGAAGTCTACCCTAAGCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .
   2015 TATACCAGAAAATTCAGGGAGAGGGGAATCCCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117255 TATACCAGAAAATTCAGGGAGAGGGGAATCCCTAT