seq1 = pF1KA0968.tfa, 1434 bp
seq2 = pF1KA0968/gi568815593r_150122989.tfa (gi568815593r:150122989_150389625), 266637 bp

>pF1KA0968 1434
>gi568815593r:150122989_150389625 (Chr5)

(complement)

1-62  (100001-100062)   100% ->
63-157  (116467-116561)   100% ->
158-217  (124611-124670)   100% ->
218-272  (132009-132063)   100% ->
273-338  (132795-132860)   100% ->
339-411  (132981-133053)   100% ->
412-514  (136080-136182)   100% ->
515-598  (137561-137644)   100% ->
599-693  (137782-137876)   100% ->
694-816  (138816-138938)   100% ->
817-900  (139317-139400)   100% ->
901-943  (141812-141854)   100% ->
944-984  (144425-144465)   100% ->
985-1033  (150878-150926)   100% ->
1034-1109  (158246-158321)   100% ->
1110-1204  (161340-161434)   100% ->
1205-1434  (166409-166637)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCATCACCTGCACCCGCTTCACGGAAGAGTACCAGCTCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCATCACCTGCACCCGCTTCACGGAAGAGTACCAGCTCTTCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAATTGGGCAA         GGGAGCCTTCTCGGTGGTGCGAAGGTGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAATTGGGCAAGTG...TAGGGGAGCCTTCTCGGTGGTGCGAAGGTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAGGTGCTGGCTGGCCAGGAGTATGCTGCCAAGATCATCAACACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116496 TGAAGGTGCTGGCTGGCCAGGAGTATGCTGCCAAGATCATCAACACAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCTGTCAGCCAGAG         ACCATCAGAAGCTGGAGCGTGAAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116546 AAGCTGTCAGCCAGAGGTA...CAGACCATCAGAAGCTGGAGCGTGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCGCATCTGCCGCCTGCTGAAGCACCCCAACATCG         TCCGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 124636 CCGCATCTGCCGCCTGCTGAAGCACCCCAACATCGGTG...CAGTCCGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TACATGACAGCATCTCAGAGGAGGGACACCACTACCTGATCTTCGACCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 132015 TACATGACAGCATCTCAGAGGAGGGACACCACTACCTGATCTTCGACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273         GGTCACTGGTGGGGAACTGTTTGAAGATATCGTGGCCCGGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132065 TG...CAGGGTCACTGGTGGGGAACTGTTTGAAGATATCGTGGCCCGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GTATTACAGTGAGGCGGATGCCAG         TCACTGTATCCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 132837 GTATTACAGTGAGGCGGATGCCAGGTG...TAGTCACTGTATCCAGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TCCTGGAGGCTGTGCTGCACTGCCACCAGATGGGGGTGGTGCACCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132998 TCCTGGAGGCTGTGCTGCACTGCCACCAGATGGGGGTGGTGCACCGGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CTGAAG         CCTGAGAATCTGTTGCTGGCCTCCAAGCTCAAGGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133048 CTGAAGGTG...AAGCCTGAGAATCTGTTGCTGGCCTCCAAGCTCAAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGCCGCAGTGAAGCTGGCAGACTTTGGCCTGGCCATAGAGGTGGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136115 TGCCGCAGTGAAGCTGGCAGACTTTGGCCTGGCCATAGAGGTGGAGGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGCAGCAGGCATGGTTTG         GGTTTGCAGGGACTCCTGGATAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 136165 AGCAGCAGGCATGGTTTGGTA...CAGGGTTTGCAGGGACTCCTGGATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CTCTCCCCAGAAGTGCTGCGGAAGGACCCGTACGGGAAGCCTGTGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137584 CTCTCCCCAGAAGTGCTGCGGAAGGACCCGTACGGGAAGCCTGTGGACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTGGGCTTGTG         GGGTCATCCTGTACATCCTGCTGGTTGGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 137634 GTGGGCTTGTGGTG...CAGGGGTCATCCTGTACATCCTGCTGGTTGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 ACCCCCCGTTCTGGGATGAGGACCAGCACCGCCTGTACCAGCAGATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137812 ACCCCCCGTTCTGGGATGAGGACCAGCACCGCCTGTACCAGCAGATCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GCCGGCGCCTATGAT         TTCCCATCGCCGGAATGGGACACTGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 137862 GCCGGCGCCTATGATGTG...CAGTTCCCATCGCCGGAATGGGACACTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CACCCCGGAAGCCAAGGATCTGATCAATAAGATGCTGACCATTAACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138842 CACCCCGGAAGCCAAGGATCTGATCAATAAGATGCTGACCATTAACCCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CCAAACGCATCACAGCTGCCGAAGCCCTTAAGCACCCCTGGATCTCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 138892 CCAAACGCATCACAGCTGCCGAAGCCCTTAAGCACCCCTGGATCTCGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    817       CACCGCTCCACCGTGGCATCCTGCATGCACAGACAGGAGACCGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138942 ...CAGCACCGCTCCACCGTGGCATCCTGCATGCACAGACAGGAGACCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GGACTGCCTGAAGAAGTTCAATGCCAGGAGGAAACTGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 139361 GGACTGCCTGAAGAAGTTCAATGCCAGGAGGAAACTGAAGGTA...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 GAGCCATTCTCACCACGATGCTGGCCACCAGGAACTTCTCCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 141813 GAGCCATTCTCACCACGATGCTGGCCACCAGGAACTTCTCCGGTA...CA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944  GAGGGAAGAGTGGGGGAAACAAGAAGAGCGATGGTGTGAAG        
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 144424 GGAGGGAAGAGTGGGGGAAACAAGAAGAGCGATGGTGTGAAGGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    985  GAATCCTCAGAGAGCACCAACACCACCATCGAGGATGAAGACACCAAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150877 GGAATCCTCAGAGAGCACCAACACCACCATCGAGGATGAAGACACCAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034          TGCGGAAACAGGAAATTATAAAAGTGACAGAGCAGCTGATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150927 GTA...CAGTGCGGAAACAGGAAATTATAAAAGTGACAGAGCAGCTGATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 GAAGCCATAAGCAATGGAGATTTTGAGTCCTACAC         GAAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 158287 GAAGCCATAAGCAATGGAGATTTTGAGTCCTACACGTG...CAGGAAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1116 GTGCGACCCTGGCATGACAGCCTTCGAACCTGAGGCCCTGGGGAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161346 GTGCGACCCTGGCATGACAGCCTTCGAACCTGAGGCCCTGGGGAACCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 TTGAGGGCCTGGACTTCCATCGATTCTATTTTGAAAACC         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 161396 TTGAGGGCCTGGACTTCCATCGATTCTATTTTGAAAACCGTG...CAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1207 TGGTCCCGGAACAGCAAGCCCGTGCACACCACCATCCTGAATCCCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166411 TGGTCCCGGAACAGCAAGCCCGTGCACACCACCATCCTGAATCCCCACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1257 CCACCTGATGGGCGACGAGTCAGCCTGCATCGCCTACATCCGCATCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166461 CCACCTGATGGGCGACGAGTCAGCCTGCATCGCCTACATCCGCATCACGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 AGTACCTGGACGCTGGCGGCATCCCACGCACCGCCCAGTCGGAGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166511 AGTACCTGGACGCTGGCGGCATCCCACGCACCGCCCAGTCGGAGGAGACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357 CGTGTCTGGCACCGCCGGGACGGCAAATGGCAGATCGTCCACTTCCACAG
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 166561 CGTGTCTGGCACCGCCGGGATGGCAAATGGCAGATCGTCCACTTCCACAG

   1550     .    :    .    :    .
   1407 ATCTGGGGCGCCCTCCGTCCTGCCCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||-
 166611 ATCTGGGGCGCCCTCCGTCCTGCCCCA