seq1 = pF1KA0953.tfa, 2184 bp
seq2 = pF1KA0953/gi568815596f_24991324.tfa (gi568815596f:24991324_25245093), 253770 bp

>pF1KA0953 2184
>gi568815596f:24991324_25245093 (Chr2)

1-84  (99995-100078)   96% ->
85-212  (101680-101807)   100% ->
213-363  (112314-112464)   100% ->
364-485  (130350-130471)   100% ->
486-635  (136860-137009)   100% ->
636-770  (138652-138786)   100% ->
771-849  (139229-139307)   100% ->
850-985  (140045-140180)   100% ->
986-1147  (140427-140588)   100% ->
1148-1259  (141580-141691)   100% ->
1260-1311  (142060-142111)   100% ->
1312-1484  (144144-144316)   100% ->
1485-1560  (145200-145275)   100% ->
1561-1722  (146018-146179)   100% ->
1723-1854  (147736-147867)   100% ->
1855-1922  (150043-150110)   100% ->
1923-2050  (152412-152539)   100% ->
2051-2184  (153637-153770)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTAC GGTGTGTGTGGCTGCTGTGGTGCCCTACGCCCCAGGTACAAAA
        ||-| |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 AT TCCAGGTGTGTGTGGCTGCTGTGGTGCCCTACGCCCCAGGTACAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 GGCTGGTTGACAACATCTTCCCTGAGGATCCCGAG         GATGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100044 GGCTGGTTGACAACATCTTCCCTGAGGATCCCGAGGTG...CAGGATGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 CTGGTGAAGACCAACATGGAGAAGCTGACCTTCTATGCCCTCTCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101686 CTGGTGAAGACCAACATGGAGAAGCTGACCTTCTATGCCCTCTCAGCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 AGAAAAACTTGATCGTATTGGCGCCTACCTCTCTGAGAGGCTCATCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101736 AGAAAAACTTGATCGTATTGGCGCCTACCTCTCTGAGAGGCTCATCCGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 ACGTGGGTCGCCATCGATATGG         GTACGTGTGCATTGCTATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101786 ACGTGGGTCGCCATCGATATGGGTA...CAGGTACGTGTGCATTGCTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 GAGGCTTTGGACCAGCTGCTCATGGCCTGCCACTGCCAGAGCATCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112333 GAGGCTTTGGACCAGCTGCTCATGGCCTGCCACTGCCAGAGCATCAACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 CTTCGTGGAGAGCTTCCTCAAGATGGTGGCCAAGCTGCTGGAGTCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112383 CTTCGTGGAGAGCTTCCTCAAGATGGTGGCCAAGCTGCTGGAGTCAGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 AACCCAACCTGCAGATCCTCGGCACCAACTCG         TTTGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112433 AACCCAACCTGCAGATCCTCGGCACCAACTCGGTA...TAGTTTGTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 TTTGCCAACATCGAGGAGGACACCCCGTCCTATCACCGGAGCTATGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130359 TTTGCCAACATCGAGGAGGACACCCCGTCCTATCACCGGAGCTATGACTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 CTTTGTGTCCCGATTCAGTGAAATGTGCCACTCGAGCCATGATGACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130409 CTTTGTGTCCCGATTCAGTGAAATGTGCCACTCGAGCCATGATGACTTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 AAATCAAGACCAA         AATTCGAATGTCAGGCATCAAAGGCCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 130459 AAATCAAGACCAAGTG...CAGAATTCGAATGTCAGGCATCAAAGGCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 CAAGGGGTGGTGAGGAAGACGGTGAATGATGAACTGCAGGCCAATATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136888 CAAGGGGTGGTGAGGAAGACGGTGAATGATGAACTGCAGGCCAATATCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 GGACCCACAGCACATGGATAAGATCGTTCCATCACTGCTTTTCAATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136938 GGACCCACAGCACATGGATAAGATCGTTCCATCACTGCTTTTCAATCTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 AGCATGTAGAGGAGGCAGAGAG         CCGGTCTCCCTCACCCCTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 136988 AGCATGTAGAGGAGGCAGAGAGGTA...CAGCCGGTCTCCCTCACCCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 CAAGCACCTGAGAAGGAGAAAGAGAGCCCCGCGGAGCTGGCTGAGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138671 CAAGCACCTGAGAAGGAGAAAGAGAGCCCCGCGGAGCTGGCTGAGAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 TCTTCGGGAGCTGCTGGGCCGGGCTGCCTTTGGCAACATCAAAAACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138721 TCTTCGGGAGCTGCTGGGCCGGGCTGCCTTTGGCAACATCAAAAACGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 TCAAGCCTGTTCTCAT         CCATCTGGATAACCATTCTCTTTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 138771 TCAAGCCTGTTCTCATGTG...CAGCCATCTGGATAACCATTCTCTTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796 GAACCCAAGGTGTTTGCCATCCGTTGCTTTAAAATCATCATGTACTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139254 GAACCCAAGGTGTTTGCCATCCGTTGCTTTAAAATCATCATGTACTCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 TCAG         CCGCAGCACTCACACCTGGTCATCCAGCAGCTCCTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139304 TCAGGTA...CAGCCGCAGCACTCACACCTGGTCATCCAGCAGCTCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 GCCACCTGGACGCCAACAGCCGCAGCGCTGCGACGGTGCGCGCGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140082 GCCACCTGGACGCCAACAGCCGCAGCGCTGCGACGGTGCGCGCGGGCATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937 GTGGAAGTCTTGTCGGAAGCCGCGGTCATCGCTGCCACCGGCTCTGTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 140132 GTGGAAGTCTTGTCGGAAGCCGCGGTCATCGCTGCCACCGGCTCTGTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    986         GGCCCACAGTACTGGAGATGTTCAACACGCTGCTGAGGCAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140182 TA...CAGGGCCCACAGTACTGGAGATGTTCAACACGCTGCTGAGGCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028 TGCGGCTCAGCATCGACTACGCGCTGACCGGGAGCTACGACGGGGCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140469 TGCGGCTCAGCATCGACTACGCGCTGACCGGGAGCTACGACGGGGCGGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 AGCCTCGGCACCAAGATCATCAAGGAGCACGAGGAGCGCATGTTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140519 AGCCTCGGCACCAAGATCATCAAGGAGCACGAGGAGCGCATGTTCCAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1128 GGCCGTCATCAAGACCGTGG         GCTCCTTTGCCAGCACGCTGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 140569 GGCCGTCATCAAGACCGTGGGTG...CAGGCTCCTTTGCCAGCACGCTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1169 CCACCTACCAGCGCTCCGAGGTGATCCTCTTCATCATGAGCAAGGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141601 CCACCTACCAGCGCTCCGAGGTGATCCTCTTCATCATGAGCAAGGTCCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219 CGGCCATCCCTGCACCAGGCGGTGGACACAGGCAGGACGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 141651 CGGCCATCCCTGCACCAGGCGGTGGACACAGGCAGGACGGGGTG...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260 GGAGAATAGGAACCGTCTGACCCAGATTATGCTGCTAAAATCCCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142060 GGAGAATAGGAACCGTCTGACCCAGATTATGCTGCTAAAATCCCTCCTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1310 AG         GTATCCACAGGTTTCCAGTGCAACAACATGATGTCAGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142110 AGGTG...CAGGTATCCACAGGTTTCCAGTGCAACAACATGATGTCAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CTGCCTAGCAACTTCCTGGACCGCCTTCTCTCCACCGCCCTCATGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144183 CTGCCTAGCAACTTCCTGGACCGCCTTCTCTCCACCGCCCTCATGGAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TGCAGAAATTCGACTCTTTGTTCTAGAGATTCTCATCAGTTTCATTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144233 TGCAGAAATTCGACTCTTTGTTCTAGAGATTCTCATCAGTTTCATTGATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GTCATGGCAACCGCCACAAGTTCTCTACCATCAG         TACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 144283 GTCATGGCAACCGCCACAAGTTCTCTACCATCAGGTG...CAGTACCCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 AGTGACATCTCTGTCCTGAAGCTGAAAGTGGACAAGTGCTCTCGACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145207 AGTGACATCTCTGTCCTGAAGCTGAAAGTGGACAAGTGCTCTCGACAGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CACCGTCTTCATGAAGAAG         CACTCCCAGCAGCTCTACAGAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 145257 CACCGTCTTCATGAAGAAGGTA...CAGCACTCCCAGCAGCTCTACAGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 ACATCTACCTGAGCTGCAAGGAGGAAACAAACGTGCAGAAACACTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146040 ACATCTACCTGAGCTGCAAGGAGGAAACAAACGTGCAGAAACACTACGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GCGCTCTATGGCTTGCTGGCCCTCATCAGCATCGAGCTGGCTAACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146090 GCGCTCTATGGCTTGCTGGCCCTCATCAGCATCGAGCTGGCTAACGAGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 GGTGGTGGTGGACCTCATCCGTCTGGTGCTGGCTGTTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 146140 GGTGGTGGTGGACCTCATCCGTCTGGTGCTGGCTGTTCAGGTG...CAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 ACGTGGCCCAAGTCAATGAGGAGAACTTGCCTGTCTACAACCGCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147737 ACGTGGCCCAAGTCAATGAGGAGAACTTGCCTGTCTACAACCGCTGTGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 CTCTATGCTCTGGGCGCAGCCTACCTGAACCTCATCAGTCAGCTCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147787 CTCTATGCTCTGGGCGCAGCCTACCTGAACCTCATCAGTCAGCTCACAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 AGTGCCTGCCTTCTGCCAGCACATCCATGAG         GTGATAGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 147837 AGTGCCTGCCTTCTGCCAGCACATCCATGAGGTT...CAGGTGATAGAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 CCAGGAAGAAAGAGGCTCCATACATGCTCCCCGAGGATGTGTTTGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150053 CCAGGAAGAAAGAGGCTCCATACATGCTCCCCGAGGATGTGTTTGTGGAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 AGGCCCAG         GCTGTCTCAGAATCTTGATGGGGTGGTCATTGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 150103 AGGCCCAGGTG...CAGGCTGTCTCAGAATCTTGATGGGGTGGTCATTGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 GCTCCTCTTCCGCCAGAGCAAGATCAGTGAAGTCCTGGGAGGCAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152445 GCTCCTCTTCCGCCAGAGCAAGATCAGTGAAGTCCTGGGAGGCAGTGGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 ACAACTCGGACCGGCTCTGCCTGCCCTACATTCCTCAGCTGACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 152495 ACAACTCGGACCGGCTCTGCCTGCCCTACATTCCTCAGCTGACAGGTA..

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051     ATGAGGATCGTTTATCCAAGAGGAGGAGCATTGGAGAGACCATCTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152545 .CAGATGAGGATCGTTTATCCAAGAGGAGGAGCATTGGAGAGACCATCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 CCTGCAGGTGGAGGTAGAATCGAGGAACAGTCCGGAGAAGGAGGAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153683 CCTGCAGGTGGAGGTAGAATCGAGGAACAGTCCGGAGAAGGAGGAGGTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .
   2147 GTGTCCGTGCCACCGTCCTGGGGCAGCCCCACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153733 GTGTCCGTGCCACCGTCCTGGGGCAGCCCCACCTCCTG