seq1 = pF1KA0950.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KA0950/gi568815586r_49770507.tfa (gi568815586r:49770507_50001327), 230821 bp

>pF1KA0950 948
>gi568815586r:49770507_50001327 (Chr12)

(complement)

14-211  (100001-100198)   100% ->
212-315  (103238-103341)   100% ->
316-380  (103745-103809)   100% ->
381-434  (104244-104297)   100% ->
435-485  (110214-110264)   100% ->
486-525  (110606-110645)   100% ->
526-563  (111174-111211)   100% ->
564-651  (111760-111847)   100% ->
652-747  (112126-112221)   100% ->
748-801  (113889-113942)   100% ->
802-948  (130675-130821)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AGCTCTCCGTGGCTAACAAGGCCCCTGGGACCGAGGGGCAGCAGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGCTCTCCGTGGCTAACAAGGCCCCTGGGACCGAGGGGCAGCAGCAGGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 CATGGCGAGAAGAAGGAGGCTCCAGCAGTGCCCTCAGCCCCACCCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGCGAGAAGAAGGAGGCTCCAGCAGTGCCCTCAGCCCCACCCTCCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    114 TGAGGAAGCCACCTCTGGGGAGGGGATGAAGGCAGGGGCCTTCCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAGGAAGCCACCTCTGGGGAGGGGATGAAGGCAGGGGCCTTCCCCCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    164 CCCCCACAGCGGTGCCTCTCCACCCTAGCTGGGCCTATGTGGACCCCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100151 CCCCCACAGCGGTGCCTCTCCACCCTAGCTGGGCCTATGTGGACCCCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    212        GCAGCAGCTCCAGCTATGACAACGGTTTCCCCACCGGAGACCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 A...CAGGCAGCAGCTCCAGCTATGACAACGGTTTCCCCACCGGAGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    255 TGAGCTCTTCACCACTTTCAGCTGGGATGACCAGAAAGTTCGTCGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103281 TGAGCTCTTCACCACTTTCAGCTGGGATGACCAGAAAGTTCGTCGAGTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    305 TTGTCAGAAAG         GTCTACACCATCCTGCTGATTCAGCTGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103331 TTGTCAGAAAGGTA...CAGGTCTACACCATCCTGCTGATTCAGCTGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346 GTGACCTTGGCTGTCGTGGCTCTCTTTACTTTCTG         TGACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103775 GTGACCTTGGCTGTCGTGGCTCTCTTTACTTTCTGGTG...CAGTGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    387 TGTCAAGGACTATGTCCAGGCCAACCCAGGCTGGTACTGGGCATCCTA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104250 TGTCAAGGACTATGTCCAGGCCAACCCAGGCTGGTACTGGGCATCCTAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    435        TGCTGTGTTCTTTGCAACCTACCTGACCCTGGCTTGCTGTTCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104300 G...CAGTGCTGTGTTCTTTGCAACCTACCTGACCCTGGCTTGCTGTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478 GGACCCAG         GAGGCATTTCCCCTGGAACCTGATTCTCCTGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110257 GGACCCAGGTA...CAGGAGGCATTTCCCCTGGAACCTGATTCTCCTGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    519 CGTCTTT         ACCCTGTCCATGGCCTACCTCACTGGGATGCTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110639 CGTCTTTGTA...CAGACCCTGTCCATGGCCTACCTCACTGGGATGCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    560 CCAG         CTACTACAACACCACCTCCGTGCTGCTGTGCCTGGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111208 CCAGGTA...CAGCTACTACAACACCACCTCCGTGCTGCTGTGCCTGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCACGGCCCTTGTCTGCCTCTCAGTCACCGTCTTCAGCTTCCAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111797 ATCACGGCCCTTGTCTGCCTCTCAGTCACCGTCTTCAGCTTCCAGACCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 G         TTCGACTTCACCTCCTGCCAGGGCGTGCTCTTCGTGCTTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111847 GGTC...CAGTTCGACTTCACCTCCTGCCAGGGCGTGCTCTTCGTGCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCATGACTCTTTTCTTCAGCGGACTCATCCTGGCCATCCTCCTACCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112166 TCATGACTCTTTTCTTCAGCGGACTCATCCTGGCCATCCTCCTACCCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAATAT         GTGCCCTGGCTCCATGCAGTTTATGCAGCACTGGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112216 CAATATGTG...CAGGTGCCCTGGCTCCATGCAGTTTATGCAGCACTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGCGGGTGTATTTACATTG         TTCCTGGCACTTGACACCCAGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113924 AGCGGGTGTATTTACATTGGTG...CAGTTCCTGGCACTTGACACCCAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGCTGATGGGTAACCGACGCCACTCGCTGAGCCCTGAGGAGTATATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130697 TGCTGATGGGTAACCGACGCCACTCGCTGAGCCCTGAGGAGTATATTTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGAGCCCTCAACATTTACCTAGACATCATCTATATCTTCACCTTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130747 GGAGCCCTCAACATTTACCTAGACATCATCTATATCTTCACCTTCTTCCT

   1000     .    :    .    :    .
    924 GCAGCTTTTTGGCACTAACCGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||
 130797 GCAGCTTTTTGGCACTAACCGAGAA