seq1 = pF1KA0942.tfa, 1539 bp
seq2 = pF1KA0942/gi568815590r_18435746.tfa (gi568815590r:18435746_18904899), 469154 bp

>pF1KA0942 1539
>gi568815590r:18435746_18904899 (Chr8)

(complement)

1-32  (96114-96145)   100% ->
33-227  (100002-100196)   100% ->
228-308  (100298-100378)   100% ->
309-421  (103518-103630)   100% ->
422-480  (105547-105605)   100% ->
481-570  (139362-139451)   100% ->
571-614  (249215-249258)   100% ->
615-808  (272094-272287)   100% ->
809-879  (304466-304536)   100% ->
880-1037  (329615-329772)   99% ->
1038-1182  (332228-332372)   100% ->
1183-1326  (348548-348691)   100% ->
1327-1539  (368942-369154)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTCTTCTTGGTGTCTGTATGGTTGCTG         CAATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  96114 ATGGGCTCTTCTTGGTGTCTGTATGGTTGCTGGTA...TAGCAATGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTGAAAACAACACGGCTAGAAGCTCATTCTGAAATGGGGAGCACTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 GGTGAAAACAACACGGCTAGAAGCTCATTCTGAAATGGGGAGCACTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTTGGAAAAGGAGACCCCAGAAAATCTCAGTAATGGTACCAGCAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 TTTTGGAAAAGGAGACCCCAGAAAATCTCAGTAATGGTACCAGCAGCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGAAGCAGCCAAAAGGTTGGCCAAACGCCTTTATCAGCTGGACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 GTGGAAGCAGCCAAAAGGTTGGCCAAACGCCTTTATCAGCTGGACAGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAAAGATCAGATGTTGCAAAACACCTTGGCAAGAA         CAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100161 CAAAAGATCAGATGTTGCAAAACACCTTGGCAAGAAGTA...TAGCAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATTTAGCAAACTAGTTGCAGAAGAATATCTGAAGTTTTTTGATTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100303 AATTTAGCAAACTAGTTGCAGAAGAATATCTGAAGTTTTTTGATTTTACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGAATGACGCTGGATCAGTCACTCAG         GTATTTCTTTAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100353 GGAATGACGCTGGATCAGTCACTCAGGTA...TAGGTATTTCTTTAAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATTCTCTCTTGTGGGAGAAACTCAAGAACGAGAGAGAGTTTTAATACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103533 ATTCTCTCTTGTGGGAGAAACTCAAGAACGAGAGAGAGTTTTAATACACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTCCAATAGATATTTTTATTGTAACCCAGATACCATTGCTTCACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103583 TCTCCAATAGATATTTTTATTGTAACCCAGATACCATTGCTTCACAAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422        ATGGAGTCCATTGCCTTACCTGTGCAATAATGCTTCTTAATAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103633 A...TAGATGGAGTCCATTGCCTTACCTGTGCAATAATGCTTCTTAATAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGATCTACATGGCCAC         AATATTGGAAAGAAGATGACCTGTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105590 CGATCTACATGGCCACGTA...CAGAATATTGGAAAGAAGATGACCTGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGAGTTCATTGCAAATCTGCAAGGGGTAAATGAGGGTGTTGATTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139387 AGGAGTTCATTGCAAATCTGCAAGGGGTAAATGAGGGTGTTGATTTCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGGATCTGCTGAAA         GCTCTGTACAACTCAATCAAGAATGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 139437 AAGGATCTGCTGAAAGTA...CAGGCTCTGTACAACTCAATCAAGAATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAAGCTTGAATGGGCAGT         AGATGATGAAGAGAAAAAAAAGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 249241 GAAGCTTGAATGGGCAGTGTA...TAGAGATGATGAAGAGAAAAAAAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTCCCTCAGAAAGTACTGAGGAGAAAGCTAACGGAACACATCCAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272117 CTCCCTCAGAAAGTACTGAGGAGAAAGCTAACGGAACACATCCAAAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATCAGTCGTATTGGAAGTACTACTAACCCATTTTTGGACATTCCTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272167 ATCAGTCGTATTGGAAGTACTACTAACCCATTTTTGGACATTCCTCATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCCAAATGCTGCTGTGTACAAAAGTGGATTCTTGGCTCGGAAAATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272217 TCCAAATGCTGCTGTGTACAAAAGTGGATTCTTGGCTCGGAAAATTCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGATATGGATGGAAAGAAGA         CTCCAAGAGGAAAACGAGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 272267 CAGATATGGATGGAAAGAAGAGTA...TAGCTCCAAGAGGAAAACGAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGGAAAACCTTTTATGCTGTACTGAAGGGAACAGTTCTTTACTTGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304486 TGGAAAACCTTTTATGCTGTACTGAAGGGAACAGTTCTTTACTTGCAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 G         GATGAATACAAGCCAGAAAAGGCCTTGTCTGAAGAGGACT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304536 GGTA...TAGGATGAATACAAGCCAGAAAAGGCCTTGTCTGAAGAGGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGAAAAACGCTGTGAGTGTGCACCACGCATTGGCATCCAAGGCCACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329655 TGAAAAACGCTGTGAGTGTGCACCACGCATTGGCATCCAAGGCCACGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TATGAGAAGAAACCAAACGTGTTCAAACTTAAAACTGCCGACTGGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 329705 TATGAGAAGAAACCAAACGTGTTTAAACTTAAAACTGCCGACTGGAGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTGCTTTTTCAAACTCA         GAGCCCAGAGGAAATGCAAGGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 329755 CTTGCTTTTTCAAACTCAGTA...TAGGAGCCCAGAGGAAATGCAAGGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GGATAAACAAAATCAATTGTGTGGCAGCTGTATTTTCTGCACCACCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332251 GGATAAACAAAATCAATTGTGTGGCAGCTGTATTTTCTGCACCACCATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCAGCAGCAATCGGCTCTCAGAAGAAGTTTAGCCGCCCACTTCTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332301 CCAGCAGCAATCGGCTCTCAGAAGAAGTTTAGCCGCCCACTTCTGCCTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CACTACAACAAAACTGTCTCAG         GAGGAGCAACTGAAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 332351 CACTACAACAAAACTGTCTCAGGTA...CAGGAGGAGCAACTGAAGTCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATGAAAGTAAGCTGAAGCAGATCACCACCGAGCTGGCCGAGCACCGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348567 ATGAAAGTAAGCTGAAGCAGATCACCACCGAGCTGGCCGAGCACCGCTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TATCCCCCCGACAAGAAGGTCAAAGCCAAGGACGTCGATGAGTACAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348617 TATCCCCCCGACAAGAAGGTCAAAGCCAAGGACGTCGATGAGTACAAACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GAAAGACCACTATCTGGAGTTTGAG         AAAACCCGCTATGAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 348667 GAAAGACCACTATCTGGAGTTTGAGGTG...CAGAAAACCCGCTATGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGTATGTCAGCATTCTCAAGGAAGGAGGCAAAGAGCTACTGAGTAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 368958 TGTATGTCAGCATTCTCAAGGAAGGAGGCAAAGAGCTACTGAGTAACGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAAAGCGAGGCTGCAGGACTGAAGAAGTCGCACTCGAGTCCTTCGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 369008 GAAAGCGAGGCTGCAGGACTGAAGAAGTCGCACTCGAGTCCTTCGCTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCCGGATACTTCTCCAATCACTGCCAAAGTCAAGCGTAACGTGTCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 369058 CCCGGATACTTCTCCAATCACTGCCAAAGTCAAGCGTAACGTGTCAGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1493 GGAAGGATCACCGACCTGAAACACCAAGCATTAAGCAAAAAGTTACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 369108 GGAAGGATCACCGACCTGAAACACCAAGCATTAAGCAAAAAGTTACT