seq1 = pF1KA0937.tfa, 1857 bp
seq2 = pF1KA0937/gi568815587f_59072596.tfa (gi568815587f:59072596_59304906), 232311 bp

>pF1KA0937 1857
>gi568815587f:59072596_59304906 (Chr11)

1-211  (100001-100211)   100% ->
212-935  (109144-109867)   100% ->
936-997  (116140-116201)   100% ->
998-1159  (116567-116728)   100% ->
1160-1221  (118519-118580)   100% ->
1222-1374  (119503-119655)   100% ->
1375-1536  (122613-122774)   100% ->
1537-1626  (127089-127178)   100% ->
1627-1857  (132081-132311)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCCTGGCCTCGGCCGTGGTGGTCTGGGAATGGCTGAACGAGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCCTGGCCTCGGCCGTGGTGGTCTGGGAATGGCTGAACGAGCACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCTGGCGTCCCTACAGCCCAGCGGTGAGCCACCACATCGAGGCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCTGGCGTCCCTACAGCCCAGCGGTGAGCCACCACATCGAGGCGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCGCGCCGGCCCCCGCGCGGGGGGCAGCGTGGTGCTGGGCCAGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCGCGCCGGCCCCCGCGCGGGGGGCAGCGTGGTGCTGGGCCAGGTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCCGTCTCGCGCCCTACATCATCGACCTGCAGTCCATGAACCAGTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCCGTCTCGCGCCCTACATCATCGACCTGCAGTCCATGAACCAGTTCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAAGACACGG         GAACTCTCCGCCCAGTTCGCCGCAACTACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAAGACACGGGTG...CAGGAACTCTCCGCCCAGTTCGCCGCAACTACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGACCCCTCCTCGGCCCCTGGGAAGGGCGTGGTGTGGGAGTGGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109174 ACGACCCCTCCTCGGCCCCTGGGAAGGGCGTGGTGTGGGAGTGGGAGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACAATGGCTCCTGGACGCCCTACGACATGGAAGTGGGCATCACCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109224 GACAATGGCTCCTGGACGCCCTACGACATGGAAGTGGGCATCACCATCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCATGCCTATGAGAAGCAGCACCCCTGGATCGACCTCACTTCCATTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109274 GCATGCCTATGAGAAGCAGCACCCCTGGATCGACCTCACTTCCATTGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTAGCTACGTAATTGACTTCAACACCATGGGCCAGATCAACCGTCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109324 TTAGCTACGTAATTGACTTCAACACCATGGGCCAGATCAACCGTCAGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGCGCCAACGCCGCGTCCGCCGGCGCCTCGACCTCATCTACCCCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109374 CAGCGCCAACGCCGCGTCCGCCGGCGCCTCGACCTCATCTACCCCATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CACAGGGACCTTGCCTAAGGCTCAGTCCTGGCCAGTCAGCCCTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109424 CACAGGGACCTTGCCTAAGGCTCAGTCCTGGCCAGTCAGCCCTGGGCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCACCTCGCCCCCCATGTCCCCCTGCTCCTGTCCCCAGTGTGTCTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109474 CCACCTCGCCCCCCATGTCCCCCTGCTCCTGTCCCCAGTGTGTCTTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATGAGTGTTAAGGCAGCCGTGGTCAATGGCAGCACTGGGCCCCTACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109524 ATGAGTGTTAAGGCAGCCGTGGTCAATGGCAGCACTGGGCCCCTACAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCCAGTGACCCGCAAGAACATGCCGCCTCCTGGAGTGGTCAAGCTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109574 GCCAGTGACCCGCAAGAACATGCCGCCTCCTGGAGTGGTCAAGCTACCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CACTGCCAGGCTCTGGGGCCAAGCCACTGGACAGCACAGGCACCATTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109624 CACTGCCAGGCTCTGGGGCCAAGCCACTGGACAGCACAGGCACCATTCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGCCCACTGAAGACCGCCCCATCGCAGGTGATCCGGAGACAAGCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109674 GGCCCACTGAAGACCGCCCCATCGCAGGTGATCCGGAGACAAGCCTCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATGCCCACTGGGACAACCATGGGCTCTCCTGCCAGTCCCCCAGGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109724 CATGCCCACTGGGACAACCATGGGCTCTCCTGCCAGTCCCCCAGGACCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACAGCAAGACCGGAAGGGTGGCCCTGGCCACCTTGAATCGTACCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109774 ACAGCAAGACCGGAAGGGTGGCCCTGGCCACCTTGAATCGTACCAACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGCGACTGGCCATTGCCCAGTCCCGGGTGCTGATCGCCTCTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109824 CAGCGACTGGCCATTGCCCAGTCCCGGGTGCTGATCGCCTCTGGGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    936    GGTCCCCACAGTCCCAGTGAAGAACCTAAATGGGTCCAGTCCTGTCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116137 CAGGGTCCCCACAGTCCCAGTGAAGAACCTAAATGGGTCCAGTCCTGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACCCTGCCTTGGCAG         GAATCACTGGGATCCTCATGAGTGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 116187 ACCCTGCCTTGGCAGGTA...CAGGAATCACTGGGATCCTCATGAGTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GCGGGGCTGCCTGTGTGTCTCACCAGGCCACCAAAGCTGGTCCTACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116593 GCGGGGCTGCCTGTGTGTCTCACCAGGCCACCAAAGCTGGTCCTACACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ACCCCCCGTCAGCAAGAGTGAAATAAAATCCATCCCAGGGGTTTCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116643 ACCCCCCGTCAGCAAGAGTGAAATAAAATCCATCCCAGGGGTTTCCAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CAAGCCGCAAGACCACCAAAAAACAAGCCAAGAAAG         GTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116693 CAAGCCGCAAGACCACCAAAAAACAAGCCAAGAAAGGTA...CAGGTAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACCCCAGAGGAAGTGCTAAAAAAATATCTACAGAAAGTCCGGCACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118524 ACCCCAGAGGAAGTGCTAAAAAAATATCTACAGAAAGTCCGGCACCCACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AGATGAG         GACTGCACCATCTGTATGGAACGCCTCACGGCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118574 AGATGAGGTG...CAGGACTGCACCATCTGTATGGAACGCCTCACGGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CCTCAGGCTACAAGGGCCCGCAGCCTACGGTAAAACCTGACCTGGTAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119537 CCTCAGGCTACAAGGGCCCGCAGCCTACGGTAAAACCTGACCTGGTAGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AAGCTGTCCAGATGCGGCCACGTCTACCACATCTACTGCTTGGTTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119587 AAGCTGTCCAGATGCGGCCACGTCTACCACATCTACTGCTTGGTTGCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GTACAACAATGGGAACAAG         GATGGAAGTTTGCAGTGTCCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 119637 GTACAACAATGGGAACAAGGTC...CAGGATGGAAGTTTGCAGTGTCCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CCTGCAAGACCATTTATGGGGTGAAGACAGGCACCCAACCTCCAGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122635 CCTGCAAGACCATTTATGGGGTGAAGACAGGCACCCAACCTCCAGGGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 ATGGAGTACCACCTCATCCCCCACTCCTTGCCTGGCCACCCAGACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122685 ATGGAGTACCACCTCATCCCCCACTCCTTGCCTGGCCACCCAGACTGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 AACCATCCGGATCATCTACAGCATCCCCCCCGGCATTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122735 AACCATCCGGATCATCTACAGCATCCCCCCCGGCATTCAGGTG...CAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GACCGGAACACCCGAATCCTGGGAAGAGTTTCAGCGCCCGAGGCTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127090 GACCGGAACACCCGAATCCTGGGAAGAGTTTCAGCGCCCGAGGCTTCCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CGACACTGTTACCTTCCGGACAGCGAGAAAGGGAGAAAA         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 127140 CGACACTGTTACCTTCCGGACAGCGAGAAAGGGAGAAAAGTA...TAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TCTGAAGCTGCTGCTCGTGGCCTGGGATCGCCGCCTCATTTTTGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132083 TCTGAAGCTGCTGCTCGTGGCCTGGGATCGCCGCCTCATTTTTGCCATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 GCACCTCCAGCACCACAGGCGAGTCAGACACCGTCATCTGGAATGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132133 GCACCTCCAGCACCACAGGCGAGTCAGACACCGTCATCTGGAATGAGGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CACCACAAGACAGAGTTTGGCTCTAATCTCACTGGCCATGGCTACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132183 CACCACAAGACAGAGTTTGGCTCTAATCTCACTGGCCATGGCTACCCAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 TGCCAATTACCTGGATAATGTGCTGGCTGAACTGGCTGCCCAGGGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132233 TGCCAATTACCTGGATAATGTGCTGGCTGAACTGGCTGCCCAGGGCATCT

   1900     .    :    .    :    .
   1829 CTGAGGACAGCACTGCCCAGGAGAAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 132283 CTGAGGACAGCACTGCCCAGGAGAAGGAC