seq1 = pF1KA0925.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KA0925/gi568815583f_68545160.tfa (gi568815583f:68545160_68825971), 280812 bp

>pF1KA0925 1425
>gi568815583f:68545160_68825971 (Chr15)

1-201  (100001-100201)   100% ->
202-318  (149981-150097)   100% ->
319-468  (165573-165722)   100% ->
469-633  (166383-166547)   100% ->
634-750  (168766-168882)   100% ->
751-855  (169400-169504)   100% ->
856-952  (170056-170152)   100% ->
953-1065  (173539-173651)   100% ->
1066-1156  (173985-174075)   100% ->
1157-1296  (174254-174393)   100% ->
1297-1425  (180684-180812)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTGGCGTCCGCAATACCGTAGCTCCAAGTTCCGGAATGTCTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTGGCGTCCGCAATACCGTAGCTCCAAGTTCCGGAATGTCTACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGTGGCCAACCGGGAGCACTGCTTCGATGGGATCCCCATCACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGTGGCCAACCGGGAGCACTGCTTCGATGGGATCCCCATCACCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTGCACGACAACCACTTCTGTGCCGTCAACACCCGCTTCCTGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGTGCACGACAACCACTTCTGTGCCGTCAACACCCGCTTCCTGGCCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCACCGAGAGCGCAGGGGGCGGCTCCTTCCTCGTCATCCCCCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCACCGAGAGCGCAGGGGGCGGCTCCTTCCTCGTCATCCCCCTGGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 G         ACAGGCAGGATTGAACCCAACTACCCCAAGGTCTGCGGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTA...CAGACAGGCAGGATTGAACCCAACTACCCCAAGGTCTGCGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCAGGGCAATGTGCTGGATATCAAATGGAACCCCTTCATCGACAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150021 ACCAGGGCAATGTGCTGGATATCAAATGGAACCCCTTCATCGACAACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTGCCTCGTGCTCGGAGGACACGTCG         GTGCGGATCTGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 150071 ATTGCCTCGTGCTCGGAGGACACGTCGGTG...CAGGTGCGGATCTGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATCCCCGAGGGCGGGCTGAAGCGGAACATGACGGAGGCGCTCCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165587 GATCCCCGAGGGCGGGCTGAAGCGGAACATGACGGAGGCGCTCCTGGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCACGGGCACAGCCGGCGTGTGGGGCTGGTCGAGTGGCACCCCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165637 TGCACGGGCACAGCCGGCGTGTGGGGCTGGTCGAGTGGCACCCCACCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACAACATCCTGTTCAGCGCTGGCTACGACTACAAG         GTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 165687 AACAACATCCTGTTCAGCGCTGGCTACGACTACAAGGTA...CAGGTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCTGGAACCTGGATGTGGGTGAGCCGGTGAAGATGATTGACTGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166388 CATCTGGAACCTGGATGTGGGTGAGCCGGTGAAGATGATTGACTGCCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGGATGTGATCCTCTGCATGTCCTTCAACACGGACGGCAGCCTGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166438 CGGATGTGATCCTCTGCATGTCCTTCAACACGGACGGCAGCCTGCTCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCACGTGCAAGGACAAGAAGCTGCGTGTGATTGAGCCCCGCTCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166488 ACCACGTGCAAGGACAAGAAGCTGCGTGTGATTGAGCCCCGCTCTGGCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTTCTGCAG         GAGGCCAACTGCAAAAACCACAGAGTGAACC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 166538 TGTTCTGCAGGTG...TAGGAGGCCAACTGCAAAAACCACAGAGTGAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGGTGGTGTTCCTGGGGAACATGAAGCGGCTCCTCACGACAGGGGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168797 GGGTGGTGTTCCTGGGGAACATGAAGCGGCTCCTCACGACAGGGGTCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGGTGGAACACAAGACAGATTGCCCTCTGGGACCAG         GAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 168847 AGGTGGAACACAAGACAGATTGCCCTCTGGGACCAGGTC...CAGGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTCTCCATGCCCCTGATCGAAGAGGAAATTGATGGGCTCTCTGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169405 CCTCTCCATGCCCCTGATCGAAGAGGAAATTGATGGGCTCTCTGGCCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTTCCCCTTCTATGATGCTGACACCCACATGCTCTACCTGGCTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169455 TGTTCCCCTTCTATGATGCTGACACCCACATGCTCTACCTGGCTGGAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856          GGTGATGGAAACATCCGGTACTACGAGATCAGCACTGAGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169505 GTA...CAGGGTGATGGAAACATCCGGTACTACGAGATCAGCACTGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCCCTACCTGAGTTACCTCATGGAGTTCCGCTCCCCAGCCCCGCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170097 GCCCTACCTGAGTTACCTCATGGAGTTCCGCTCCCCAGCCCCGCAGAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCCTAG         GGGTCATGCCCAAGCACGGGCTGGATGTGTCAGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170147 GCCTAGGTA...CAGGGGTCATGCCCAAGCACGGGCTGGATGTGTCAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TGCGAGGTGTTCCGCTTCTACAAGCTGGTGACTCTCAAGGGCCTGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173574 TGCGAGGTGTTCCGCTTCTACAAGCTGGTGACTCTCAAGGGCCTGATCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCCCATCTCCATGATCGTGCCCCGGAGG         TCAGATTCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 173624 GCCCATCTCCATGATCGTGCCCCGGAGGGTA...TAGTCAGATTCCTACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGAAGACATTTACCCAATGACACCAGGCACGGAGCCAGCACTGACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173998 AGGAAGACATTTACCCAATGACACCAGGCACGGAGCCAGCACTGACCCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATGAATGGCTGGGAGGCATCAACCGAG         ATCCCGTGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 174048 GATGAATGGCTGGGAGGCATCAACCGAGGTA...TAGATCCCGTGCTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GTCTTTGAAAGAAGGCTATAAGAAGTCCTCAAAAATGGTATTTAAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174267 GTCTTTGAAAGAAGGCTATAAGAAGTCCTCAAAAATGGTATTTAAGGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCATCAAAGAAAAGAAGAGTGTTGTGGTCAACGGAATAGATTTATTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174317 CCATCAAAGAAAAGAAGAGTGTTGTGGTCAACGGAATAGATTTATTAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AATGTCCCACCCAGGACAGAGAATGAG         CTCCTTCGAATGTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 174367 AATGTCCCACCCAGGACAGAGAATGAGGTA...CAGCTCCTTCGAATGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTTCCGGCAGCAGGATGAGATTCGACGGTTGAAAGAGGAGCTGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180698 CTTCCGGCAGCAGGATGAGATTCGACGGTTGAAAGAGGAGCTGGCCCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGGACATCCGCATTCGGCAGCTCCAGCTGGAACTGAAAAACTTGCGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180748 AGGACATCCGCATTCGGCAGCTCCAGCTGGAACTGAAAAACTTGCGCAAC

   1500     .    :    .
   1411 AGCCCCAAGAACTGT
        |||||||||||||||
 180798 AGCCCCAAGAACTGT