seq1 = pF1KA0914.tfa, 2007 bp
seq2 = pF1KA0914/gi568815594r_88628536.tfa (gi568815594r:88628536_88905054), 276519 bp

>pF1KA0914 2007
>gi568815594r:88628536_88905054 (Chr4)

(complement)

22-71  (99996-100044)   92% ->
72-113  (114428-114469)   100% ->
114-293  (117123-117302)   100% ->
294-480  (123704-123890)   100% ->
481-557  (136996-137072)   100% ->
558-600  (137460-137502)   100% ->
601-748  (146154-146301)   100% ->
749-962  (154418-154631)   100% ->
963-1101  (155146-155284)   100% ->
1102-1183  (156022-156103)   100% ->
1184-1404  (157204-157424)   100% ->
1405-1488  (158040-158123)   100% ->
1489-1584  (165930-166025)   100% ->
1585-1781  (172857-173053)   100% ->
1782-1883  (173627-173728)   100% ->
1884-2007  (176396-176519)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     22 CTGCAAAGTTCACAGGAAGATGAAAGACCTCTGTCACCTTTCTATTTGAG
        ||   |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 CTTTTA GTTCACAGGAAGATGAAAGACCTCTGTCACCTTTCTATTTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     72          TGCTCATGTACCCCAAGTCAGCAATGTGTCTGCAACCGGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 GTA...CAGTGCTCATGTACCCCAAGTCAGCAATGTGTCTGCAACCGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    113 A         ACTCTTAGAAAGAACCATCCGATCAGCTGTAGAACAACAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114469 AGTA...CAGACTCTTAGAAAGAACCATCCGATCAGCTGTAGAACAACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    154 CTTTTTGATGTTAATAACTCTGGAGGTCAAAGTTCAGAGGACTCAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117163 CTTTTTGATGTTAATAACTCTGGAGGTCAAAGTTCAGAGGACTCAGAATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    204 TGGAACACTATCAGCATCTTCTGCCACATCTGCCAGACAGCGCCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117213 TGGAACACTATCAGCATCTTCTGCCACATCTGCCAGACAGCGCCGCCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    254 AGTCCAAGGAGCAGGATGAAGTTCGACATGGGAGAGACAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117263 AGTCCAAGGAGCAGGATGAAGTTCGACATGGGAGAGACAAGTG...AAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 GGACTTATCAACAAAGAAAATACTCCTTCTGGGTTCAACCACCTTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123705 GGACTTATCAACAAAGAAAATACTCCTTCTGGGTTCAACCACCTTGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 TTGTATTTTGAATACTCAGGAAGTCGAAAAGGTACACAAAAATACTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123755 TTGTATTTTGAATACTCAGGAAGTCGAAAAGGTACACAAAAATACTTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    395 GTTGTGCTGGAGAAAGGAGCAAGCCTAAACGTCAGAAATCCAGTACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123805 GTTGTGCTGGAGAAAGGAGCAAGCCTAAACGTCAGAAATCCAGTACTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    445 CTTTCTGAGCTTCATGACAATCAGGACGGTCTTGTG         AATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123855 CTTTCTGAGCTTCATGACAATCAGGACGGTCTTGTGGTA...CAGAATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    486 GGAAAGTCTCAATTCCACACGATCTCATGAGAGAACTGGACCTGATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137001 GGAAAGTCTCAATTCCACACGATCTCATGAGAGAACTGGACCTGATGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    536 TTGAATGGATGTCTGATGAAAG         GAAAGGAAATGAAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 137051 TTGAATGGATGTCTGATGAAAGGTA...TAGGAAAGGAAATGAAAAAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    577 GGTGGACACACTCAGCATTTTGAG         AGCCCCACAATGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 137479 GGTGGACACACTCAGCATTTTGAGGTG...CAGAGCCCCACAATGAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    618 CCAGGAGCATCCCAGCCTATCTGACACCAAACAGCAGAGAAATCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146171 CCAGGAGCATCCCAGCCTATCTGACACCAAACAGCAGAGAAATCAAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    668 CCGGTGACCAGGAGGAGAGCTTTGTCTCCGAAGTGCCCCAGTCGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146221 CCGGTGACCAGGAGGAGAGCTTTGTCTCCGAAGTGCCCCAGTCGGACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    718 ACTGCATTGTGTGATGAAAAGAACTGGGAAG         AGCCTATCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 146271 ACTGCATTGTGTGATGAAAAGAACTGGGAAGGTA...CAGAGCCTATCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    759 TGCTTTCTCCTCCTGGCAGCGGGAGAACAGTGACTCTGATGAAGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154428 TGCTTTCTCCTCCTGGCAGCGGGAGAACAGTGACTCTGATGAAGCCCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    809 TCTCGCCGCAGGCTGGGCGCCTGATCCGTCAGCTGCTGGACGAAGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154478 TCTCGCCGCAGGCTGGGCGCCTGATCCGTCAGCTGCTGGACGAAGACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    859 GACCCCATGCTCTCTCCTCGGTTCTACGCTTATGGGCAGAGCAGGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154528 GACCCCATGCTCTCTCCTCGGTTCTACGCTTATGGGCAGAGCAGGCAATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    909 CCTGGATGACACAGAAGTGCCTCCTTCCCCACCAAACTCCCATTCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154578 CCTGGATGACACAGAAGTGCCTCCTTCCCCACCAAACTCCCATTCTTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    959 TGAG         GCGGCGAAGCTCCTCTCTGGGGTCCTATGATGATGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154628 TGAGGTA...CAGGCGGCGAAGCTCCTCTCTGGGGTCCTATGATGATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 CAAGAGGACCTGACACCTGCCCAGCTCACACGAAGGATTCAGAGCCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155183 CAAGAGGACCTGACACCTGCCCAGCTCACACGAAGGATTCAGAGCCTTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 AAAGAAGATCCGGAAGTTTGAAGATAGATTCGAAGAAGAGAAGAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155233 AAAGAAGATCCGGAAGTTTGAAGATAGATTCGAAGAAGAGAAGAAGTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100 GA         CCTTCCCACAGTGACAAAGCAGCCAATCCGGAGGTTCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155283 GAGTA...CAGCCTTCCCACAGTGACAAAGCAGCCAATCCGGAGGTTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 AAATGGACAAATGACCTTGCCAAATTCCGGAGACAACTTAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 156061 AAATGGACAAATGACCTTGCCAAATTCCGGAGACAACTTAAAGGTG...T

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184   AATCAAAACTAAAGATATCTGAAGAGGACCTAACTCCCAGGATGCGGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157202 AGAATCAAAACTAAAGATATCTGAAGAGGACCTAACTCCCAGGATGCGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1232 AGCGAAGCAACACACTCCCCAAGAGTTTTGGTTCCCAACTTGAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157252 AGCGAAGCAACACACTCCCCAAGAGTTTTGGTTCCCAACTTGAGAAAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282 GATGAGAAGAAGCAAGAGCTGGTGGATAAAGCAATAAAGCCCAGTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157302 GATGAGAAGAAGCAAGAGCTGGTGGATAAAGCAATAAAGCCCAGTGTTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332 AGCCACATTGGAATCTATTCAGAGGAAGCTCCAGGAGAAGCGAGCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157352 AGCCACATTGGAATCTATTCAGAGGAAGCTCCAGGAGAAGCGAGCGGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1382 GCAGCCGCCCTGAGGACATTAAG         GATATGACCAAAGACCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 157402 GCAGCCGCCCTGAGGACATTAAGGTG...CAGGATATGACCAAAGACCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1423 ATTGCTAATGAGAAAGTGGCTCTGCAGAAAGCTCTGTTATATTATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158058 ATTGCTAATGAGAAAGTGGCTCTGCAGAAAGCTCTGTTATATTATGAAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1473 CATTCATGGACGGCCG         GTAACAAAGAACGAACGGCAGGTGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 158108 CATTCATGGACGGCCGGTA...CAGGTAACAAAGAACGAACGGCAGGTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1514 TGAAGCCACTATACGACAGGTACCGGCTGGTCAAACAGATCCTCTCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165955 TGAAGCCACTATACGACAGGTACCGGCTGGTCAAACAGATCCTCTCCCGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1564 GCTAACACCATACCCATCATT         GAAGAAGAGGAGGGGTCAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 166005 GCTAACACCATACCCATCATTGTG...CAGGAAGAAGAGGAGGGGTCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1605 AGACGATAGCAATGTGAAGCCAGACTTCATGGTCACTCTGAAAACCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172877 AGACGATAGCAATGTGAAGCCAGACTTCATGGTCACTCTGAAAACCGATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1655 TCAGTGCACGATGCTTTCTGGACCAATTCGAAGATGACGCTGATGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172927 TCAGTGCACGATGCTTTCTGGACCAATTCGAAGATGACGCTGATGGATTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1705 ATTTCCCCAATGGATGATAAAATACCATCAAAATGCAGCCAGGACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172977 ATTTCCCCAATGGATGATAAAATACCATCAAAATGCAGCCAGGACACAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1755 GCTTTCAAATCTCCATGCTGCCTCAAT         ACCTGAACTCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 173027 GCTTTCAAATCTCCATGCTGCCTCAATGTA...TAGACCTGAACTCCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1796 AACACCTCCAGGAAATGAGAGAAGAAAAGAAAAGGATTCGAAAGAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173641 AACACCTCCAGGAAATGAGAGAAGAAAAGAAAAGGATTCGAAAGAAACTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1846 CGGGATTTTGAAGACAACTTTTTCAGACAGAATGGAAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 173691 CGGGATTTTGAAGACAACTTTTTCAGACAGAATGGAAGGTA...TAGAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1887 TGTCCAGAAGGAAGACCGCACTCCTATGGCTGAAGAATACAGTGAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176399 TGTCCAGAAGGAAGACCGCACTCCTATGGCTGAAGAATACAGTGAATATA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1937 AGCACATAAAGGCGAAACTGAGGCTCCTGGAGGTGCTCATCAGCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176449 AGCACATAAAGGCGAAACTGAGGCTCCTGGAGGTGCTCATCAGCAAGAGA

   2100     .    :    .    :
   1987 GACACTGATTCCAAGTCCATG
        |||||||||||||||||||||
 176499 GACACTGATTCCAAGTCCATG