seq1 = pF1KA0911.tfa, 2943 bp
seq2 = pF1KA0911/gi568815597r_9630511.tfa (gi568815597r:9630511_9873396), 242886 bp

>pF1KA0911 2943
>gi568815597r:9630511_9873396 (Chr1)

(complement)

1-91  (49664-49754)   100% ->
92-214  (100003-100125)   100% ->
215-244  (116887-116916)   100% ->
245-440  (118088-118283)   100% ->
441-649  (121716-121924)   100% ->
650-799  (123484-123633)   100% ->
800-985  (123751-123936)   100% ->
986-1234  (128754-129002)   100% ->
1235-1356  (129392-129513)   100% ->
1357-1519  (132141-132303)   100% ->
1520-1576  (135843-135899)   100% ->
1577-1734  (137355-137512)   100% ->
1735-1883  (137782-137930)   100% ->
1884-2110  (138223-138449)   100% ->
2111-2281  (139255-139425)   100% ->
2282-2427  (139851-139996)   100% ->
2428-2563  (141501-141636)   100% ->
2564-2748  (142007-142191)   100% ->
2749-2943  (142692-142886)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGCCGCCCCGCTCCCGCGCTGGCCCCGGCCGCCCGGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  49664 ATGCTGCGCCGCCCCGCTCCCGCGCTGGCCCCGGCCGCCCGGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGGGCTGCTGTGCGGCGGCGGGGTCTGGGCCGCGCGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
  49714 GGCCGGGCTGCTGTGCGGCGGCGGGGTCTGGGCCGCGCGAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTAACAAGCACAAGCCCTGGCTGGAGCCCACCTACCACGGCATAGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100003 TTAACAAGCACAAGCCCTGGCTGGAGCCCACCTACCACGGCATAGTCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAACGACAACACCGTGCTCCTCGACCCCCCACTGATCGCGCTGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100053 GAGAACGACAACACCGTGCTCCTCGACCCCCCACTGATCGCGCTGGATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGATGCGCCTCTGCGATTTGCAG         AGAGTTTTGAGGTGACAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100103 AGATGCGCCTCTGCGATTTGCAGGTA...TAGAGAGTTTTGAGGTGACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCACCAAAGAAG         GTGAGATTTGTGGATTTAAAATTCACGGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 116905 TCACCAAAGAAGGTG...TAGGTGAGATTTGTGGATTTAAAATTCACGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGAATGTCCCCTTTGATGCAGTGGTAGTGGATAAATCCACTGGTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118117 CAGAATGTCCCCTTTGATGCAGTGGTAGTGGATAAATCCACTGGTGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTCATTCGCTCCAAAGAGAAACTGGACTGTGAGCTGCAGAAAGACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118167 AGTCATTCGCTCCAAAGAGAAACTGGACTGTGAGCTGCAGAAAGACTATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CATTCACCATCCAGGCCTATGATTGTGGGAAGGGACCTGATGGCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118217 CATTCACCATCCAGGCCTATGATTGTGGGAAGGGACCTGATGGCACCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGAAAAAGTCTCATAA         AGCAACTGTTCATATTCAGGTGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 118267 GTGAAAAAGTCTCATAAGTA...CAGAGCAACTGTTCATATTCAGGTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGACGTGAATGAGTACGCGCCCGTGTTCAAGGAGAAGTCCTACAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121740 CGACGTGAATGAGTACGCGCCCGTGTTCAAGGAGAAGTCCTACAAAGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGGTCATCGAGGGGAAGCAGTACGACAGCATTTTGAGGGTGGAGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121790 CGGTCATCGAGGGGAAGCAGTACGACAGCATTTTGAGGGTGGAGGCCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATGCCGACTGCTCCCCTCAGTTCAGCCAGATTTGCAGCTACGAAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121840 GATGCCGACTGCTCCCCTCAGTTCAGCCAGATTTGCAGCTACGAAATCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACTCCAGACGTGCCCTTTACTGTTGACAAAGATG         GTTATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121890 CACTCCAGACGTGCCCTTTACTGTTGACAAAGATGGTA...AAGGTTATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAAAAAACACAGAGAAATTAAACTACGGGAAAGAACATCAATATAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123490 TAAAAAACACAGAGAAATTAAACTACGGGAAAGAACATCAATATAAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCGTCACTGCCTATGACTGTGGGAAGAAAAGAGCCACAGAAGATGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123540 ACCGTCACTGCCTATGACTGTGGGAAGAAAAGAGCCACAGAAGATGTTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTGAAGATCAGCATTAAGCCCACCTGCACCCCTGGGTGGCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123590 GGTGAAGATCAGCATTAAGCCCACCTGCACCCCTGGGTGGCAAGGTG...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800    GATGGAACAACAGGATTGAGTATGAGCCGGGCACCGGCGCGTTGGCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123748 CAGGATGGAACAACAGGATTGAGTATGAGCCGGGCACCGGCGCGTTGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCTTTCCAAATATCCACCTGGAGACATGTGACGAGCCAGTCGCCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123798 GTCTTTCCAAATATCCACCTGGAGACATGTGACGAGCCAGTCGCCTCAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACAGGCCACAGTGGAGCTAGAAACCAGCCACATAGGGAAAGGCTGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123848 ACAGGCCACAGTGGAGCTAGAAACCAGCCACATAGGGAAAGGCTGCGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAGACACCTACTCAGAGAAGTCCCTCCACCGGCTCTGTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 123898 GAGACACCTACTCAGAGAAGTCCCTCCACCGGCTCTGTGGTA...CAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCGGCCGCGGGCACTGCCGAGCTGCTGCCATCCCCGAGTGGATCCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128756 GCGGCCGCGGGCACTGCCGAGCTGCTGCCATCCCCGAGTGGATCCCTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTGGACCATGGGCCTGCCCACCGACAATGGCCACGACAGCGACCAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128806 CTGGACCATGGGCCTGCCCACCGACAATGGCCACGACAGCGACCAGGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTGAGTTCAACGGCACCCAGGCAGTGAGGATCCCGGATGGCGTCGTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128856 TTGAGTTCAACGGCACCCAGGCAGTGAGGATCCCGGATGGCGTCGTGTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTCAGCCCCAAAGAGCCGTTCACCATCTCGGTGTGGATGAGACATGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128906 GTCAGCCCCAAAGAGCCGTTCACCATCTCGGTGTGGATGAGACATGGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATTCGGCAGGAAGAAGGAGACAATTCTTTGCAGTTCTGATAAAACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 128956 ATTCGGCAGGAAGAAGGAGACAATTCTTTGCAGTTCTGATAAAACAGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1235       ATATGAATCGGCACCACTACTCCCTCTATGTCCACGGGTGCCGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129006 ...CAGATATGAATCGGCACCACTACTCCCTCTATGTCCACGGGTGCCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGATCTTCCTCTTCCGTCAGGATCCTTCTGAGGAGAAGAAATACAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129436 CTGATCTTCCTCTTCCGTCAGGATCCTTCTGAGGAGAAGAAATACAGACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGCAGAGTTCCACTGGAAGTTGAATCAG         GTCTGTGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 129486 TGCAGAGTTCCACTGGAAGTTGAATCAGGTG...TAGGTCTGTGATGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AATGGCACCACTACGTCCTCAATGTAGAATTCCCGAGTGTGACTCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132154 AATGGCACCACTACGTCCTCAATGTAGAATTCCCGAGTGTGACTCTCTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTGGATGGCACGTCCCACGAGCCCTTCTCTGTGACTGAGGATTACCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132204 GTGGATGGCACGTCCCACGAGCCCTTCTCTGTGACTGAGGATTACCCGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCATCCATCCAAGATAGAAACTCAGCTCGTGGTGGGGGCTTGCTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132254 CCATCCATCCAAGATAGAAACTCAGCTCGTGGTGGGGGCTTGCTGGCAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520          AGTTTTCAGGAGTTGAAAATGACAATGAAACTGAGCCTGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132304 GTA...CAGAGTTTTCAGGAGTTGAAAATGACAATGAAACTGAGCCTGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ACTGTGGCCTCTGCAG         GTGGCGACCTGCACATGACCCAGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 135884 ACTGTGGCCTCTGCAGGTT...AAGGTGGCGACCTGCACATGACCCAGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TTTCCGAGGCAATCTGGCTGGCTTAACTCTCCGTTCCGGGAAACTCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137380 TTTCCGAGGCAATCTGGCTGGCTTAACTCTCCGTTCCGGGAAACTCGCGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 ATAAGAAGGTGATCGACTGTCTGTATACCTGCAAGGAGGGGCTGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137430 ATAAGAAGGTGATCGACTGTCTGTATACCTGCAAGGAGGGGCTGGACCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CAGGTCCTCGAAGACAGTGGCAGAGGCGTGCAG         ATCCAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 137480 CAGGTCCTCGAAGACAGTGGCAGAGGCGTGCAGGTA...CAGATCCAAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 ACACCCCAGCCAGTTGGTATTGACCTTGGAGGGAGAAGACCTCGGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137790 ACACCCCAGCCAGTTGGTATTGACCTTGGAGGGAGAAGACCTCGGGGAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TGGATAAGGCCATGCAGCACATCTCGTACCTGAACTCCCGGCAGTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137840 TGGATAAGGCCATGCAGCACATCTCGTACCTGAACTCCCGGCAGTTCCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 ACGCCCGGAATTCGCAGACTCAAAATCACCAGCACAATCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 137890 ACGCCCGGAATTCGCAGACTCAAAATCACCAGCACAATCAAGTA...CAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GTGTTTTAACGAGGCCACCTGCATTTCGGTCCCCCCGGTAGATGGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138223 GTGTTTTAACGAGGCCACCTGCATTTCGGTCCCCCCGGTAGATGGCTACG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TGATGGTTTTACAGCCCGAGGAGCCCAAGATCAGCCTGAGTGGCGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138273 TGATGGTTTTACAGCCCGAGGAGCCCAAGATCAGCCTGAGTGGCGTCCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CATTTTGCCCGAGCAGCTTCTGAATTTGAAAGCTCAGAAGGGGTGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138323 CATTTTGCCCGAGCAGCTTCTGAATTTGAAAGCTCAGAAGGGGTGTTCCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TTTCCCTGAGCTTCGCATCATCAGCACCATCACGAGAGAAGTGGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138373 TTTCCCTGAGCTTCGCATCATCAGCACCATCACGAGAGAAGTGGAGCCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AAGGGGACGGGGCTGAGGACCCCACAG         TTCAAGAATCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 138423 AAGGGGACGGGGCTGAGGACCCCACAGGTA...CAGTTCAAGAATCACTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GTGTCCGAGGAGATCGTGCACGACCTGGATACCTGTGAGGTCACGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139269 GTGTCCGAGGAGATCGTGCACGACCTGGATACCTGTGAGGTCACGGTGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 GGGAGAGGAGCTGAACCACGAGCAGGAGAGCCTGGAGGTGGACATGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139319 GGGAGAGGAGCTGAACCACGAGCAGGAGAGCCTGGAGGTGGACATGGCCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 GCCTGCAGCAGAAGGGCATTGAAGTGAGCAGCTCTGAACTGGGCATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139369 GCCTGCAGCAGAAGGGCATTGAAGTGAGCAGCTCTGAACTGGGCATGACC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 TTCACAG         GCGTGGACACCATGGCCAGCTACGAGGAGGTTTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139419 TTCACAGGTA...CAGGCGTGGACACCATGGCCAGCTACGAGGAGGTTTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 GCACCTGCTGCGCTATCGGAACTGGCATGCCAGGTCCTTGCTTGACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139885 GCACCTGCTGCGCTATCGGAACTGGCATGCCAGGTCCTTGCTTGACCGGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 AGTTTAAGCTCATCTGCTCAGAGCTGAATGGCCGCTACATCAGCAACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139935 AGTTTAAGCTCATCTGCTCAGAGCTGAATGGCCGCTACATCAGCAACGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 TTTAAGGTGGAG         GTGAATGTAATCCACACGGCCAACCCCAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 139985 TTTAAGGTGGAGGTG...TAGGTGAATGTAATCCACACGGCCAACCCCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 GGAACACGCCAACCACATGGCTGCCCAGCCACAGTTCGTGCACCCGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141530 GGAACACGCCAACCACATGGCTGCCCAGCCACAGTTCGTGCACCCGGAAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 ACCGCTCCTTTGTTGACCTGTCAGGCCACAACCTGGCCAACCCCCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141580 ACCGCTCCTTTGTTGACCTGTCAGGCCACAACCTGGCCAACCCCCACCCG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 TTCGCAG         TCGTCCCCAGCACTGCGACAGTTGTGATCGTGGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141630 TTCGCAGGTA...CAGTCGTCCCCAGCACTGCGACAGTTGTGATCGTGGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 GTGCGTCAGCTTCCTGGTGTTCATGATTATCCTGGGGGTATTTCGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142041 GTGCGTCAGCTTCCTGGTGTTCATGATTATCCTGGGGGTATTTCGGATCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2648 GGGCCGCACATCGGCGGACCATGCGGGATCAGGACACCGGGAAGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142091 GGGCCGCACATCGGCGGACCATGCGGGATCAGGACACCGGGAAGGAGAAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 GAGATGGACTGGGACGACTCTGCCCTGACCATCACCGTCAACCCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142141 GAGATGGACTGGGACGACTCTGCCCTGACCATCACCGTCAACCCCATGGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 G         ACCTATGAGGACCAGCACAGCAGTGAGGAGGAGGAGGAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142191 GGTA...CAGACCTATGAGGACCAGCACAGCAGTGAGGAGGAGGAGGAAG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2789 AGGAAGAGGAAGAGGAAAGCGAGGACGGCGAAGAAGAGGATGACATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142732 AGGAAGAGGAAGAGGAAAGCGAGGACGGCGAAGAAGAGGATGACATCACC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2839 AGCGCCGAGTCGGAGAGCAGCGAGGAGGAGGAGGGGGAGCAGGGCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142782 AGCGCCGAGTCGGAGAGCAGCGAGGAGGAGGAGGGGGAGCAGGGCGACCC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2889 CCAGAACGCAACCCGGCAGCAGCAGCTGGAGTGGGATGACTCCACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142832 CCAGAACGCAACCCGGCAGCAGCAGCTGGAGTGGGATGACTCCACCCTCA

   3100     .
   2939 GCTAC
        |||||
 142882 GCTAC