seq1 = pF1KA0900.tfa, 1506 bp
seq2 = pF1KA0900/gi568815585f_26542271.tfa (gi568815585f:26542271_26785842), 243572 bp

>pF1KA0900 1506
>gi568815585f:26542271_26785842 (Chr13)

1-133  (100001-100133)   100% ->
134-268  (122758-122892)   100% ->
269-422  (125247-125400)   100% ->
423-540  (129602-129719)   100% ->
541-716  (134279-134454)   100% ->
717-983  (138784-139050)   100% ->
984-1351  (140337-140704)   100% ->
1352-1506  (143418-143572)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTTTAGTGAAGAGGAACATTGAGCCCCGGCACTTGTGCCGGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTTTAGTGAAGAGGAACATTGAGCCCCGGCACTTGTGCCGGGGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCCTGAAGGGATTACCAGCGAACTTGAATGTGTAACCAATAGTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGCCTGAAGGGATTACCAGCGAACTTGAATGTGTAACCAATAGTACTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCCGCTATCATACGCCAGCTGAGCAGTCTGA         GCAAACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100101 TTGCCGCTATCATACGCCAGCTGAGCAGTCTGAGTA...CAGGCAAACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGAAGACATATTTGGTGAGTTGTTTAATGAGGCTAACAACTTCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122766 GCTGAAGACATATTTGGTGAGTTGTTTAATGAGGCTAACAACTTCTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGAGCAAATTCTCTTCAAGACAGAATTGATCGCCTTGCTGTCAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122816 CAGAGCAAATTCTCTTCAAGACAGAATTGATCGCCTTGCTGTCAAAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCAGCTGGATTCAACAGTGGAAGAGG         TCTCACTACAGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 122866 CCCAGCTGGATTCAACAGTGGAAGAGGGTA...TAGTCTCACTACAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCAACATGAAAAAAGCTTTCAAAAGTTCCACAGTCCAAGACCAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125261 ATCAACATGAAAAAAGCTTTCAAAAGTTCCACAGTCCAAGACCAGCAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTTTCAAAGAACAGCATTCCTAATCCTGTTGCTGATATTTACAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125311 GGTTTCAAAGAACAGCATTCCTAATCCTGTTGCTGATATTTACAACCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGATAAGCCACCGCCTCTGAACATCCTGACACCATACAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 125361 GTGATAAGCCACCGCCTCTGAACATCCTGACACCATACAGGTA...TAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGACAAGAAGGATGGGCTGAAGTTCTATACTGATCCTTCCTATTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129603 GATGACAAGAAGGATGGGCTGAAGTTCTATACTGATCCTTCCTATTTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGACCTCTGGAAAGAAAAAATGCTACAGGACACAGAAGACAAAAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129653 TGACCTCTGGAAAGAAAAAATGCTACAGGACACAGAAGACAAAAGGAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGAAAAGGCGTCAAAAG         GAGCAAAAGCGTATAGATGGCACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 129703 AGAAAAGGCGTCAAAAGGTA...CAGGAGCAAAAGCGTATAGATGGCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCCGTGAGGTGAAAAAGGTTAGAAAAGCCAGAAACAGGCGCCAGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134303 ACCCGTGAGGTGAAAAAGGTTAGAAAAGCCAGAAACAGGCGCCAGGAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAATATGATGGCATATGACAAAGAGCTTAGACCCGACAACAGGTTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134353 GAATATGATGGCATATGACAAAGAGCTTAGACCCGACAACAGGTTGTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGAGTGTGTACCATGGAGCGTCTTCCGAGGGATCCCTGTCCCCAGATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134403 AGAGTGTGTACCATGGAGCGTCTTCCGAGGGATCCCTGTCCCCAGATACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AG         GTCACATGCATCGGACGTTACGGATTACTCTTACCCGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134453 AGGTG...CAGGTCACATGCATCGGACGTTACGGATTACTCTTACCCGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TACTCCCAACCATTCTCTGCACCCCCAGCCTGTGACCCCTTCCTATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138823 TACTCCCAACCATTCTCTGCACCCCCAGCCTGTGACCCCTTCCTATGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGGTGACGTGCCACCACACGGGCCTGCAAGCCAGGCTGCGGAGCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138873 CTGGTGACGTGCCACCACACGGGCCTGCAAGCCAGGCTGCGGAGCATGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TACCGGCCCCCATCTGCCTCGGCGAGGCACATGGCCCTCAACAGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138923 TACCGGCCCCCATCTGCCTCGGCGAGGCACATGGCCCTCAACAGACCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCAGCCGCCCCCCCCGCCTCCCCCTCAGGCCCCAGAGGGGTCCCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138973 GCAGCCGCCCCCCCCGCCTCCCCCTCAGGCCCCAGAGGGGTCCCAGGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTGCACCGATGGCTCCAGCAGACTACGG         GATGCTCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 139023 CTGCACCGATGGCTCCAGCAGACTACGGGTA...CAGGATGCTCCCAGCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAGATAATTGAGTATTACAACCCATCCGGACCACCTCCTCCGCCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140350 CAGATAATTGAGTATTACAACCCATCCGGACCACCTCCTCCGCCACCTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCCTGTGATTCCCTCAGCACAAACTGCCTTCGTCAGCCCTCTCCAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140400 TCCTGTGATTCCCTCAGCACAAACTGCCTTCGTCAGCCCTCTCCAGATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCATGCAGCCCCCGTTCCCTGCATCAGCCAGCTCCACGCACGCAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140450 CCATGCAGCCCCCGTTCCCTGCATCAGCCAGCTCCACGCACGCAGCTCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCTCACCCACCCTCCACCGGGCTCCTGGTCACAGCCCCGCCACCCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140500 CCTCACCCACCCTCCACCGGGCTCCTGGTCACAGCCCCGCCACCCCCGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCCACCACCTCCCCCGCCAGGCCCTCCTGGTCCCGGGTCTTCTCTTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140550 CCCACCACCTCCCCCGCCAGGCCCTCCTGGTCCCGGGTCTTCTCTTTCGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCTCCCCAATGCATGGCCCCCCAGTAGCTGAGGCGAAGCGGCAAGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140600 CCTCCCCAATGCATGGCCCCCCAGTAGCTGAGGCGAAGCGGCAAGAGCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCACAGCCACCAATCAGTGATGCTCGAAGCGACCTCCTCGCTGCTATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140650 GCACAGCCACCAATCAGTGATGCTCGAAGCGACCTCCTCGCTGCTATTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AATGG         GAATTCAACTGAAAAAGGTGCAGGAGCAGCGGGAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140700 AATGGGTA...CAGGAATTCAACTGAAAAAGGTGCAGGAGCAGCGGGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGGAGGCCAAGCGGGAGCCAGTGGGGAATGACGTGGCCACGATCCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143454 AGGAGGCCAAGCGGGAGCCAGTGGGGAATGACGTGGCCACGATCCTGTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CGGCGCATTGCCGTGGAGTACAGCGACTCTGACGACGACTCAGAGTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143504 CGGCGCATTGCCGTGGAGTACAGCGACTCTGACGACGACTCAGAGTTCGA

   1550     .    :    .
   1488 CGAGAACGACTGGTCCGAC
        |||||||||||||||||||
 143554 CGAGAACGACTGGTCCGAC