seq1 = pF1KA0878.tfa, 1833 bp
seq2 = pF1KA0878/gi568815593f_95631859.tfa (gi568815593f:95631859_95893171), 261313 bp

>pF1KA0878 1833
>gi568815593f:95631859_95893171 (Chr5)

1-228  (99999-100226)   99% ->
229-415  (105031-105217)   100% ->
416-570  (116475-116629)   99% ->
571-682  (120381-120492)   100% ->
683-1048  (123538-123903)   99% ->
1049-1161  (131650-131762)   100% ->
1162-1282  (136188-136308)   100% ->
1283-1456  (148394-148567)   100% ->
1457-1623  (151939-152105)   100% ->
1624-1720  (156904-157000)   100% ->
1721-1833  (161201-161313)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATCCACATCGTGGCGCTGGGGAACGAGGGGGACACATTCCACCA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGGTCCATCCACATCGTGGCGCTGGGGAACGAGGGGGACACATTCCACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACAACCGGCCGTCGGGGCTTATCCGCACTTACCTGGGGAGAAGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GGACAACCGGCCGTCGGGGCTTATCCGCACTTACCTGGGGAGAAGCCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTCTCCGGGGACGAGAGCAGCTTGTTGCTGAACGCGGCCAGCACGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TGGTCTCCGGGGACGAGAGCAGCTTGTTGCTGAACGCGGCCAGCACGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGCGTCCGGTGTTCACCGAGTATCAGGCCAGTGCGTTTGGGAATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GCGCGTCCGGTGTTCACCGAGTATCAGGCCAGTGCGTTTGGGAATGTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGGTGGTCCACGACTGTCCCGTCTGG         GACATATTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100199 GCTGGTGGTCCACGACTGTCCCGTCTGGGTA...TAGGACATATTTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGATTGGTACACTTCTCGAAATCTAATTGGGGGCGCTGACATCATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105044 GTGATTGGTACACTTCTCGAAATCTAATTGGGGGCGCTGACATCATTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCAAATACAACGTTAATGACAAGTTTTCATTCCATGAAGTAAAGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105094 ATCAAATACAACGTTAATGACAAGTTTTCATTCCATGAAGTAAAGGATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTATATTCCAGTGATAAAAAGAGCATTAAATTCAGTTCCAGTAATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105144 TTATATTCCAGTGATAAAAAGAGCATTAAATTCAGTTCCAGTAATTATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGCTGTTGGTACCAGACAAAATG         AAGAGTTACCTTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105194 CTGCTGTTGGTACCAGACAAAATGGTA...CAGAAGAGTTACCTTGTACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCCCACTATGTACCTCAGACAGAGGGAGCTGTGTTAGTACAACTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116492 TGCCCACTATGTACCTCAGACAGAGGGAGCTGTGTTAGTACAACTGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GATCCAACTTGCAAAAGAACTAGGAGCAACCTATCTTGAACTCCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 116542 GATCCAACTTGCAAAAGAACTAGGAGCGACCTATCTTGAACTCCACAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGATGACTTCTACATAGGAAAGTATTTTGGAGGAGTG         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116592 TTGATGACTTCTACATAGGAAAGTATTTTGGAGGAGTGGTA...TAGTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGTATTTTATGATTCAAGCCTTAAATCAGAAGACAAGTGAAAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120384 GAGTATTTTATGATTCAAGCCTTAAATCAGAAGACAAGTGAAAAAATGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAAAGAAAAATGAGCAACTCCTTTCATGGAATTAGACCACCTCAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120434 GAAAAGAAAAATGAGCAACTCCTTTCATGGAATTAGACCACCTCAACTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AACAACCAG         AAAAAATGCCTGTCTTAAAGGCTGAAGCGTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 120484 AACAACCAGGTG...CAGAAAAAATGCCTGTCTTAAAGGCTGAAGCGTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CATTATAACTCTGACTTAAATAACTTGCTGTTCTGCTGCCAGTGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123570 CATTATAACTCTGACTTAAATAACTTGCTGTTCTGCTGCCAGTGTGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGTGGTATTTTATAACCCCGATTTAAAGAAAGTTGTAGAGGCCCACAAGA
        |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 123620 CGTGGTATTTTACAACCCCAATTTAAAGAAAGTTGTAGAGGCCCACAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCGTTCTCTGCGCTGTAAGCCATGTTTTCATGCTGCTTTTCAATGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123670 TCGTTCTCTGCGCTGTAAGCCATGTTTTCATGCTGCTTTTCAATGTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGTCCCACTGACATTCAGGATTCCAGTATCATCCGAACTACCCAGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123720 AGTCCCACTGACATTCAGGATTCCAGTATCATCCGAACTACCCAGGATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTTGCTATAAACAGAGATACTGCATTTCCAGGTGCTAGCCATGAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123770 TTTTGCTATAAACAGAGATACTGCATTTCCAGGTGCTAGCCATGAATCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CAGGCAACCCACCATTACGAGTCATTGTTAAAGACGCCCTCTTCTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123820 CAGGCAACCCACCATTACGAGTCATTGTTAAAGACGCCCTCTTCTGTTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TGTTTATCAGACATCCTTCGCTTCATTTATTCAG         GTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 123870 TGTTTATCAGACATCCTTCGCTTCATTTATTCAGGTA...CAGGTGCTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCAGTGGGAAGAATTGGAAGAAGATATCAGGAAGAAGTTGAAAGATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131657 TCAGTGGGAAGAATTGGAAGAAGATATCAGGAAGAAGTTGAAAGATTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GGGATGTTTCAAATGTAATCGAGAAAGTTAAATGCATTTTAAAAACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131707 GGGATGTTTCAAATGTAATCGAGAAAGTTAAATGCATTTTAAAAACACCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GGAAAG         ATTAATTGCCTAAGGAATTGCAAAACCTATCAAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131757 GGAAAGGTA...TAGATTAATTGCCTAAGGAATTGCAAAACCTATCAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CAGAAAACCTTTGTGGTTTTATAACACTTCCCTCAAGTTTTTCCTTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136223 CAGAAAACCTTTGTGGTTTTATAACACTTCCCTCAAGTTTTTCCTTAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGCCGATGCTTGCCGATGTTGTCTTCGAAATTCAAG         GTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 136273 AGCCGATGCTTGCCGATGTTGTCTTCGAAATTCAAGGTA...CAGGTACG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ACAGTGCCAGCCCACAGGGCCATCCTGGTGGCCCGTTGTGAAGTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148399 ACAGTGCCAGCCCACAGGGCCATCCTGGTGGCCCGTTGTGAAGTGATGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AGCCATGTTTAATGGTAATTACATGGAAGCAAAGAGTGTCCTGATTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148449 AGCCATGTTTAATGGTAATTACATGGAAGCAAAGAGTGTCCTGATTCCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TTTATGGTGTTTCCAAAGAGACTTTCTTGTCATTTTTAGAATACCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148499 TTTATGGTGTTTCCAAAGAGACTTTCTTGTCATTTTTAGAATACCTGTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 ACAGACTCCTGCTGCCCAG         CTGGCATATTCCAGGCCATGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 148549 ACAGACTCCTGCTGCCCAGGTT...CAGCTGGCATATTCCAGGCCATGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TCTCCTGATCTGTGCCGAGATGTACCAAGTGTCCAGACTGCAGCACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151961 TCTCCTGATCTGTGCCGAGATGTACCAAGTGTCCAGACTGCAGCACATCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GTGAGCTGTTCATCATTACCCAGCTGCAGAGCATGCCAAGCAGGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152011 GTGAGCTGTTCATCATTACCCAGCTGCAGAGCATGCCAAGCAGGGAACTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GCATCCATGAACCTTGATATAGTTGACCTGCTTAAAAAGGCCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 152061 GCATCCATGAACCTTGATATAGTTGACCTGCTTAAAAAGGCCAAGGTA..

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624     TTTCACCACTCTGATTGCCTTTCAACCTGGCTACTTCATTTCATTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152111 .CAGTTTCACCACTCTGATTGCCTTTCAACCTGGCTACTTCATTTCATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CTACTAACTACCTCATCTTCAGTCAAAAGCCTGAATTTCAGGATCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156950 CTACTAACTACCTCATCTTCAGTCAAAAGCCTGAATTTCAGGATCTTTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 G         TGGAAGAACGCAGTTTTGTTGAAAAGCACAGATGGCCGTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157000 GGTA...CAGTGGAAGAACGCAGTTTTGTTGAAAAGCACAGATGGCCGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GAATATGTACTTGAAGCAGCTTGCGGAATACAGGAAGTATATTCACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161241 GAATATGTACTTGAAGCAGCTTGCGGAATACAGGAAGTATATTCACTCCC

   1900     .    :    .    :
   1811 GGAAATGTCGTTGCTTAGTAATG
        |||||||||||||||||||||||
 161291 GGAAATGTCGTTGCTTAGTAATG