seq1 = pF1KA0840.tfa, 1473 bp
seq2 = pF1KA0840/gi568815593f_15400677.tfa (gi568815593f:15400677_16037183), 636507 bp

>pF1KA0840 1473
>gi568815593f:15400677_16037183 (Chr5)

37-127  (215306-215396)   100% ->
128-739  (527214-527825)   100% ->
740-1473  (535774-536507)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     37 GGCAAAGGCAGCTCGAGCATCTCATCTGACGTGAGTTCAAGTACAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215306 GGCAAAGGCAGCTCGAGCATCTCATCTGACGTGAGTTCAAGTACAGATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     87 CACGCCCACTAAAGCCCAGAAGAATGTGGCTACCAGCGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 215356 CACGCCCACTAAAGCCCAGAAGAATGTGGCTACCAGCGAAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    128 ACTCCGACCTGAGCATGCGCACACTGAGCACGCCCAGCCCAGCCCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527214 ACTCCGACCTGAGCATGCGCACACTGAGCACGCCCAGCCCAGCCCTGATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    178 TGTCCACCGAATCTCCCAGGATTTCAGAATGGAAGGGGCTCGTCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527264 TGTCCACCGAATCTCCCAGGATTTCAGAATGGAAGGGGCTCGTCCACCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    228 CTCGTCCTCCATCACCGGGGAGACGGTGGCCATGGTGCACTCCCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527314 CTCGTCCTCCATCACCGGGGAGACGGTGGCCATGGTGCACTCCCCGCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278 CGACCCGCCTCACACACCCGCTCATCCGGCTCGCCTCCAGACCCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527364 CGACCCGCCTCACACACCCGCTCATCCGGCTCGCCTCCAGACCCCAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328 GAGCAGGCCAGCATAGACCGGCTCCCGGACCACTCCATGGTGCAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527414 GAGCAGGCCAGCATAGACCGGCTCCCGGACCACTCCATGGTGCAGATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378 CTCCTTCCTGCCCACCAACCAGCTGTGCCGCTGCGCGCGAGTGTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527464 CTCCTTCCTGCCCACCAACCAGCTGTGCCGCTGCGCGCGAGTGTGCCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428 GCTGGTACAACCTGGCCTGGGACCCGCGGCTCTGGAGGACTATCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527514 GCTGGTACAACCTGGCCTGGGACCCGCGGCTCTGGAGGACTATCCGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478 ACGGGCGAGACCATCAACGTGGACCGCGCCCTCAAGGTGCTGACCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527564 ACGGGCGAGACCATCAACGTGGACCGCGCCCTCAAGGTGCTGACCCGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528 ACTCTGCCAGGACACCCCCAACGTGTGTCTCATGCTGGAAACCGTAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527614 ACTCTGCCAGGACACCCCCAACGTGTGTCTCATGCTGGAAACCGTAACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    578 TCAGTGGCTGCAGGCGGCTCACAGACCGAGGGCTGTACACCATCGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527664 TCAGTGGCTGCAGGCGGCTCACAGACCGAGGGCTGTACACCATCGCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628 TGCTGCCCCGAACTGAGGCGACTGGAAGTCTCAGGCTGTTACAATATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527714 TGCTGCCCCGAACTGAGGCGACTGGAAGTCTCAGGCTGTTACAATATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    678 CAACGAGGCCGTCTTTGATGTGGTGTCCCTCTGCCCTAATCTGGAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527764 CAACGAGGCCGTCTTTGATGTGGTGTCCCTCTGCCCTAATCTGGAGCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728 TGGATGTGTCAG         GATGCTCCAAAGTGACCTGCATCAGCTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 527814 TGGATGTGTCAGGTA...CAGGATGCTCCAAAGTGACCTGCATCAGCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    769 ACCCGGGAGGCCTCCATTAAACTGTCACCCTTGCATGGCAAACAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 535803 ACCCGGGAGGCCTCCATTAAACTGTCACCCTTGCATGGCAAACAGATTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    819 CATCCGCTACCTGGACATGACGGACTGCTTCGTGCTGGAGGACGAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 535853 CATCCGCTACCTGGACATGACGGACTGCTTCGTGCTGGAGGACGAAGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    869 TGCACACCATCGCGGCGCACTGCACGCAGCTCACCCACCTCTACCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 535903 TGCACACCATCGCGGCGCACTGCACGCAGCTCACCCACCTCTACCTGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919 CGCTGCGTCCGCCTGACCGACGAAGGCCTGCGCTACCTGGTGATCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 535953 CGCTGCGTCCGCCTGACCGACGAAGGCCTGCGCTACCTGGTGATCTACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 CGCCTCCATCAAGGAGCTGAGCGTCAGCGACTGCCGCTTCGTCAGCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 536003 CGCCTCCATCAAGGAGCTGAGCGTCAGCGACTGCCGCTTCGTCAGCGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1019 TCGGCCTGCGGGAGATCGCCAAGCTGGAGTCCCGCCTGCGGTACCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 536053 TCGGCCTGCGGGAGATCGCCAAGCTGGAGTCCCGCCTGCGGTACCTGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1069 ATCGCGCACTGCGGCCGGGTCACCGACGTGGGCATCCGCTACGTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 536103 ATCGCGCACTGCGGCCGGGTCACCGACGTGGGCATCCGCTACGTGGCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119 GTACTGCAGCAAGCTGCGCTACCTCAACGCGAGGGGCTGCGAGGGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 536153 GTACTGCAGCAAGCTGCGCTACCTCAACGCGAGGGGCTGCGAGGGCATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1169 CGGACCACGGTGTGGAGTACCTCGCCAAGAACTGCACCAAACTCAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 536203 CGGACCACGGTGTGGAGTACCTCGCCAAGAACTGCACCAAACTCAAATCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219 CTGGATATCGGCAAATGCCCTTTGGTATCCGACACGGGCCTGGAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 536253 CTGGATATCGGCAAATGCCCTTTGGTATCCGACACGGGCCTGGAGTGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1269 GGCCCTGAACTGCTTCAACCTCAAGCGGCTCAGCCTCAAGTCCTGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 536303 GGCCCTGAACTGCTTCAACCTCAAGCGGCTCAGCCTCAAGTCCTGCGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1319 GCATCACCGGCCAGGGCTTGCAGATCGTGGCCGCCAACTGCTTTGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 536353 GCATCACCGGCCAGGGCTTGCAGATCGTGGCCGCCAACTGCTTTGACCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1369 CAGACGCTGAATGTCCAGGACTGCGAGGTCTCCGTGGAGGCCCTGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 536403 CAGACGCTGAATGTCCAGGACTGCGAGGTCTCCGTGGAGGCCCTGCGCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1419 TGTCAAACGCCACTGCAAGCGCTGCGTCATCGAGCACACCAACCCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 536453 TGTCAAACGCCACTGCAAGCGCTGCGTCATCGAGCACACCAACCCGGCTT

   1450     .
   1469 TCTTC
        |||||
 536503 TCTTC