seq1 = pF1KA0830.tfa, 1500 bp
seq2 = pF1KA0830/gi568815587f_94989928.tfa (gi568815587f:94989928_95229576), 239649 bp

>pF1KA0830 1500
>gi568815587f:94989928_95229576 (Chr11)

1-300  (100001-100300)   100% ->
301-1500  (138450-139649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCACCGCGCGCTGGCTCGCGCTGGGCAGCCTCTTCGCCCTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCACCGCGCGCTGGCTCGCGCTGGGCAGCCTCTTCGCCCTGGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGGAAGGCCGGCTCGTGGGCGAGGAGGAAGCCGGCTTTGGCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTGGAAGGCCGGCTCGTGGGCGAGGAGGAAGCCGGCTTTGGCGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGACAAGTTCTTCTACGCCGGGACCCCGCCTGCGGGGCTGGCGGCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGACAAGTTCTTCTACGCCGGGACCCCGCCTGCGGGGCTGGCGGCCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCACGTGAAGATCTGTCAGCGCGCGGAGGGTGCTGAGCGCTTCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCCACGTGAAGATCTGTCAGCGCGCGGAGGGTGCTGAGCGCTTCGCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTACAGCACCCGGGACCGCATCCCCGTGTACTCCGCGTTCCGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTACAGCACCCGGGACCGCATCCCCGTGTACTCCGCGTTCCGCGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCGCCCTGCGCCCGGCGGCGCCGAGCAGCGATGGCTGGTGGAGCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCGCCCTGCGCCCGGCGGCGCCGAGCAGCGATGGCTGGTGGAGCCGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301          ATCGATGACCCCAACAGCAACCTTGAGGAGGCGATTAATGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTA...CAGATCGATGACCCCAACAGCAACCTTGAGGAGGCGATTAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCAGAGGCCATCACCTCTGTGAACAGCCTGGGAAGCAAGCAAGCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138491 GGCAGAGGCCATCACCTCTGTGAACAGCCTGGGAAGCAAGCAAGCCTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATACAGATTACCTTGATTCTGATTACCAAAGAGGACAGCTTTACCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138541 ATACAGATTACCTTGATTCTGATTACCAAAGAGGACAGCTTTACCCATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCCCTTAGCAGTGATGTCCAGGTGGCCACATTTACTCTCACAAATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138591 TCCCTTAGCAGTGATGTCCAGGTGGCCACATTTACTCTCACAAATTCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCCAATGACTCAGTCCTTCCAGGAACGGTGGTATGTGAATCTCCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138641 CCCAATGACTCAGTCCTTCCAGGAACGGTGGTATGTGAATCTCCACAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TAATGGACCGGGCTTTGACCCCACAGTGTGGCAGTGGGGAAGACCTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138691 TAATGGACCGGGCTTTGACCCCACAGTGTGGCAGTGGGGAAGACCTATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCCTCACAGGCACAGTGCCCTCAGACTACAGAGTTAAAGACAAAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138741 ATCCTCACAGGCACAGTGCCCTCAGACTACAGAGTTAAAGACAAAGTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGTCCCTGAGTTTGTTTGGCTGGCAGCCTGTTGTGCTGTCCCTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138791 AGTCCCTGAGTTTGTTTGGCTGGCAGCCTGTTGTGCTGTCCCTGGAGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCTGGGCCATGGGCTTTGTCAAGCACACCCGGGACAGTGACATCATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138841 GCTGGGCCATGGGCTTTGTCAAGCACACCCGGGACAGTGACATCATAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GATGTGATGGTAAAAGATCTTCAGAAACTGCTTCCATTTAACCCTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138891 GATGTGATGGTAAAAGATCTTCAGAAACTGCTTCCATTTAACCCTCAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTTTCAGAACAACTGTGGTGAAACTGAGCAAGACACAGAGAAAATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138941 GTTTCAGAACAACTGTGGTGAAACTGAGCAAGACACAGAGAAAATGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAATCCTGGAAGTGGTTAACCAAATCCAGGATGAAGAACGAATGGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138991 AAATCCTGGAAGTGGTTAACCAAATCCAGGATGAAGAACGAATGGTACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TCTCAAAAGAGTTCTAGTCCCCTTTCTAGCACCAGGAGCAAGAGGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139041 TCTCAAAAGAGTTCTAGTCCCCTTTCTAGCACCAGGAGCAAGAGGTCTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCTGTTGCCTCCAGAGGCATCTGAGGGAAGTAGTAGCTTTTTGGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139091 TCTGTTGCCTCCAGAGGCATCTGAGGGAAGTAGTAGCTTTTTGGGAAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCATGGGCTTCATTGCTACCCCATTCATCAAGCTTTTTCAATTAATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139141 TCATGGGCTTCATTGCTACCCCATTCATCAAGCTTTTTCAATTAATTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TACCTTGTGGTAGCAATCCTGAAGAACATTGTCTATTTCCTGTGGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139191 TACCTTGTGGTAGCAATCCTGAAGAACATTGTCTATTTCCTGTGGTGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TACCAAGCAGGTGATTAATGGCATAGAAAGTTGCCTTTACCGCCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139241 TACCAAGCAGGTGATTAATGGCATAGAAAGTTGCCTTTACCGCCTGGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CAGCCACCATCTCATACTTCATGGCCATTGGGGAAGAGTTGGTGAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139291 CAGCCACCATCTCATACTTCATGGCCATTGGGGAAGAGTTGGTGAGCATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CCCTGGAAGGTGCTCAAGGTCGTGGCCAAAGTCATCAGGGCTCTCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139341 CCCTGGAAGGTGCTCAAGGTCGTGGCCAAAGTCATCAGGGCTCTCCTCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GATCCTTTGTTGTCTGCTGAAGGCCATTTGCCGAGTTCTGAGCATCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139391 GATCCTTTGTTGTCTGCTGAAGGCCATTTGCCGAGTTCTGAGCATCCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TCCGTGTCCTTGTGGATGTGGCCACTTTCCCTGTGTACACCATGGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139441 TCCGTGTCCTTGTGGATGTGGCCACTTTCCCTGTGTACACCATGGGCGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 ATTCCAATTGTTTGCAAGGACATTGCACTGGGCCTTGGTGGCACTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139491 ATTCCAATTGTTTGCAAGGACATTGCACTGGGCCTTGGTGGCACTGTCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 ACTGCTCTTTGACACTGCTTTTGGTACCCTGGGTGGCCTATTTCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139541 ACTGCTCTTTGACACTGCTTTTGGTACCCTGGGTGGCCTATTTCAGGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TTTTTAGTGTCTGCAAGCGGATTGGCTACAAGGTTACTTTTGACAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139591 TTTTTAGTGTCTGCAAGCGGATTGGCTACAAGGTTACTTTTGACAATTCT

   1500     .
   1492 GGGGAGTTA
        |||||||||
 139641 GGGGAGTTA