seq1 = pF1KA0820.tfa, 2577 bp
seq2 = pF1KA0820/gi568815597f_171741657.tfa (gi568815597f:171741657_172507838), 766182 bp

>pF1KA0820 2577
>gi568815597f:171741657_172507838 (Chr1)

1-162  (100001-100162)   100% ==
234-385  (245998-246149)   100% ->
386-589  (247289-247492)   100% ->
590-688  (290746-290844)   100% ->
689-849  (291449-291609)   100% ->
850-992  (296663-296805)   100% ->
993-1128  (300353-300488)   100% ->
1129-1201  (302729-302800)   97% ->
1202-1335  (306961-307094)   100% ->
1336-1422  (327163-327249)   100% ->
1423-1493  (340176-340246)   100% ->
1494-1545  (351168-351219)   100% ->
1546-1660  (389519-389633)   100% ==
1768-1881  (567070-567183)   100% ->
1882-2046  (637362-637526)   100% ->
2047-2273  (645477-645703)   99% ->
2274-2510  (646917-647153)   100% ->
2511-2577  (666116-666182)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAACCGGGAGATGGAGGAGCTGATCCCGCTGGTGAACCGTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAACCGGGAGATGGAGGAGCTGATCCCGCTGGTGAACCGTCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGCGTTTTCGGCGCTGGGACAGAGCTGCCTGCTGGAGCTGCCGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACGCGTTTTCGGCGCTGGGACAGAGCTGCCTGCTGGAGCTGCCGCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGCCGTGGTGGGCGGCCAGAGCGCCGGCAAGAGCTCGGTGCTCGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGCCGTGGTGGGCGGCCAGAGCGCCGGCAAGAGCTCGGTGCTCGAGAAC

    150     .    :
    151 TTCGTGGGCAGG
        ||||||||||||
 100151 TTCGTGGGCAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234 AGAATATGCCGAGTTTCTACATTGCAAAGGAAAGAAATTTACAGATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245998 AGAATATGCCGAGTTTCTACATTGCAAAGGAAAGAAATTTACAGATTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284 ATGAAGTTCGCCTTGAGATTGAAGCAGAAACAGATCGCGTGACTGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246048 ATGAAGTTCGCCTTGAGATTGAAGCAGAAACAGATCGCGTGACTGGAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334 AATAAAGGCATTTCCTCCATACCCATTAATTTACGAGTCTATTCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246098 AATAAAGGCATTTCCTCCATACCCATTAATTTACGAGTCTATTCCCCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384 CG         TGTTAAATCTAACCCTTATTGATCTACCTGGAATAACTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246148 CGGTA...CAGTGTTAAATCTAACCCTTATTGATCTACCTGGAATAACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425 AAGTGCCTGTGGGAGATCAGCCACCAGATATCGAGTATCAGATCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247328 AAGTGCCTGTGGGAGATCAGCCACCAGATATCGAGTATCAGATCAGAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475 ATGATTATGCAGTTCATCACGAGGGAGAACTGTCTGATTTTAGCTGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247378 ATGATTATGCAGTTCATCACGAGGGAGAACTGTCTGATTTTAGCTGTTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    525 TCCAGCCAACACTGATCTTGCAAACTCAGATGCGCTGAAGCTAGCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247428 TCCAGCCAACACTGATCTTGCAAACTCAGATGCGCTGAAGCTAGCTAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575 AAGTTGATCCTCAAG         GTCTGAGAACCATTGGAGTTATCACC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 247478 AAGTTGATCCTCAAGGTG...CAGGTCTGAGAACCATTGGAGTTATCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616 AAACTGGACCTTATGGATGAAGGAACGGATGCCAGGGATGTTCTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290772 AAACTGGACCTTATGGATGAAGGAACGGATGCCAGGGATGTTCTAGAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    666 CAAACTGTTGCCTCTTCGCAGGG         GTTACGTGGGGGTGGTAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 290822 CAAACTGTTGCCTCTTCGCAGGGGTA...CAGGTTACGTGGGGGTGGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    707 ACAGAAGCCAGAAGGACATAGATGGGAAGAAGGACATAAAGGCAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291467 ACAGAAGCCAGAAGGACATAGATGGGAAGAAGGACATAAAGGCAGCCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757 CTGGCAGAGAGGAAGTTTTTCCTTTCCCACCCGGCTTACAGACATATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291517 CTGGCAGAGAGGAAGTTTTTCCTTTCCCACCCGGCTTACAGACATATCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    807 TGACCGAATGGGAACCCCACACCTGCAGAAGGTCCTTAATCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 291567 TGACCGAATGGGAACCCCACACCTGCAGAAGGTCCTTAATCAGGTA...T

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850   CAACTTACCAACCACATTCGGGATACCCTACCAAACTTCAGGAACAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296661 AGCAACTTACCAACCACATTCGGGATACCCTACCAAACTTCAGGAACAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898 CTACAGGGACAGTTGCTCTCCATAGAACATGAAGTAGAAGCCTACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296711 CTACAGGGACAGTTGCTCTCCATAGAACATGAAGTAGAAGCCTACAAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    948 TTTCAAACCAGAAGACCCAACAAGGAAGACCAAAGCATTGCTGCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 296761 TTTCAAACCAGAAGACCCAACAAGGAAGACCAAAGCATTGCTGCAGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993     GATGGTTCAGCAATTTGCTGTGGACTTTGAGAAGAGAATTGAAGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296811 .CAGGATGGTTCAGCAATTTGCTGTGGACTTTGAGAAGAGAATTGAAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039 TCAGGGGATCAAGTAGATACCCTGGAACTCTCAGGTGGTGCTAAAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300399 TCAGGGGATCAAGTAGATACCCTGGAACTCTCAGGTGGTGCTAAAATCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1089 TCGTATTTTTCATGAACGCTTTCCTTTTGAGATAGTAAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 300449 TCGTATTTTTCATGAACGCTTTCCTTTTGAGATAGTAAAGGTT...CAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1130 TGGAGTTCAATGAGAAAGAATTGCGAAGAGAAATAAGCTATGCAATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 302730 TGGAGTTCAATGAGAAAGAATTGCGAAGAGAAATAAGCTATGCAATCAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1180 AACATACATGGTATCAGGACAG         GGTTGTTTACTCCAGACAT
        ||||||||||||||||||-|| >>>...>>>|||||||||||||||||||
 302780 AACATACATGGTATCAGG CAAGTG...CAGGGTTGTTTACTCCAGACAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1221 GGCATTTGAAGCGATAGTCAAGAAACAGATTGTAAAGTTGAAAGGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306980 GGCATTTGAAGCGATAGTCAAGAAACAGATTGTAAAGTTGAAAGGGCCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1271 CCTTGAAGAGTGTGGATCTGGTAATACAAGAATTAATCAACACTGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307030 CCTTGAAGAGTGTGGATCTGGTAATACAAGAATTAATCAACACTGTGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1321 AAGTGTACCAAAAAA         CTGGCAAACTTCCCCAGACTCTGCGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 307080 AAGTGTACCAAAAAAGTA...CAGCTGGCAAACTTCCCCAGACTCTGCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1362 GGAAACGGAAAGGATTGTTGCTAACCACATTCGTGAGCGAGAAGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327189 GGAAACGGAAAGGATTGTTGCTAACCACATTCGTGAGCGAGAAGGGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1412 CAAAGGACCAG         GTATTGCTATTGATTGACATTCAAGTCTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 327239 CAAAGGACCAGGTA...TAGGTATTGCTATTGATTGACATTCAAGTCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1453 TACATCAACACCAACCATGAAGACTTCATTGGCTTCGCAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 340206 TACATCAACACCAACCATGAAGACTTCATTGGCTTCGCAAAGTA...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1494 TGCTCAGCAGAGGAGCAGTCAGGTTCACAAGAAAACCACAGTTGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 351168 TGCTCAGCAGAGGAGCAGTCAGGTTCACAAGAAAACCACAGTTGGAAATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1544 AG         GTGATTCGCAAGGGGTGGCTCACCATCAGCAACATTGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 351218 AGGTA...TAGGTGATTCGCAAGGGGTGGCTCACCATCAGCAACATTGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1585 ATCATGAAAGGCGGCTCGAAGGGATACTGGTTCGTCCTTACTGCGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 389558 ATCATGAAAGGCGGCTCGAAGGGATACTGGTTCGTCCTTACTGCGGAAAG

   1500     .    :    .    :    .
   1635 CTTGTCCTGGTATAAAGATGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||
 389608 CTTGTCCTGGTATAAAGATGATGAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1768 AGGAATGTATACAAAGACTATCGCTTCCTTGAGCTGGCATGTGATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 567070 AGGAATGTATACAAAGACTATCGCTTCCTTGAGCTGGCATGTGATTCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1818 GGAGGATGTCGACAGCTGGAAGGCATCTCTACTAAGAGCTGGGGTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 567120 GGAGGATGTCGACAGCTGGAAGGCATCTCTACTAAGAGCTGGGGTCTATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1868 CTGACAAATCTGTA         GCTGAAAATGATGAGAATGGACAAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 567170 CTGACAAATCTGTAGTA...TAGGCTGAAAATGATGAGAATGGACAAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1909 GAAAACTTTTCCATGGACCCACAATTGGAGAGGCAAGTGGAGACCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 637389 GAAAACTTTTCCATGGACCCACAATTGGAGAGGCAAGTGGAGACCATTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1959 CAACCTCGTAGACTCCTACATGTCCATTATCAACAAATGTATCCGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 637439 CAACCTCGTAGACTCCTACATGTCCATTATCAACAAATGTATCCGAGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2009 TAATTCCAAAAACAATAATGCACCTTATGATCAATAAC         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 637489 TAATTCCAAAAACAATAATGCACCTTATGATCAATAACGTA...CAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2050 AAAGATTTCATAAATTCCGAGCTCCTAGCACAGTTGTATTCTTCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 645480 AAAGATTTCATAAATTCCGAGCTCCTAGCACAGTTGTATTCTTCAGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2100 CCAAAATACCCTGATGGAGGAATCTGCTGAGCAGGCTCAGCGCCGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 645530 CCAAAATACCCTGATGGAGGAATCTGCTGAGCAGGCTCAGCGCCGGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2150 AGATGCTTCGAATGTATCAAGCACTGAAAGAAGCCCTTGGGATAATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 645580 AGATGCTTCGAATGTATCAAGCACTGAAAGAAGCCCTTGGGATAATTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2200 GACATCAGCACGGCCACCGTGTCCACTCCGGCACCCCCTCCAGTGGATGA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 645630 GACATCAGCACAGCCACCGTGTCCACTCCGGCACCCCCTCCAGTGGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2250 CTCCTGGATACAGCACTCTCGCAG         GTCACCTCCTCCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 645680 CTCCTGGATACAGCACTCTCGCAGGTA...CAGGTCACCTCCTCCAAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2291 CCACAACCCAAAGGAGGCCAACACTAAGTGCTCCCCTCGCAAGGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 646934 CCACAACCCAAAGGAGGCCAACACTAAGTGCTCCCCTCGCAAGGCCCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2341 TCCGGCCGAGGACCAGCTCCTGCCATTCCCTCTCCTGGCCCCCACTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 646984 TCCGGCCGAGGACCAGCTCCTGCCATTCCCTCTCCTGGCCCCCACTCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2391 GGCTCCTCCAGTCCCATTCCGTCCAGGCCCATTACCTCCTTTCCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 647034 GGCTCCTCCAGTCCCATTCCGTCCAGGCCCATTACCTCCTTTCCCCAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2441 GCAGTGACTCCTTCGGAGCCCCTCCACAAGTTCCATCTAGGCCTACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 647084 GCAGTGACTCCTTCGGAGCCCCTCCACAAGTTCCATCTAGGCCTACGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2491 GCCCCGCCCAGTGTCCCAAG         CCGGAGACCACCCCCATCACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 647134 GCCCCGCCCAGTGTCCCAAGGTA...TAGCCGGAGACCACCCCCATCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2532 AACTCGTCCCACTATAATCCGCCCACTAGAATCCTCCCTGTTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 666137 AACTCGTCCCACTATAATCCGCCCACTAGAATCCTCCCTGTTAGAC