seq1 = pF1KA0810.tfa, 2436 bp
seq2 = pF1KA0810/gi568815591f_732525.tfa (gi568815591f:732525_973328), 240804 bp

>pF1KA0810 2436
>gi568815591f:732525_973328 (Chr7)

1-77  (100001-100077)   100% ->
78-266  (106274-106462)   100% ->
267-451  (109422-109606)   99% ->
452-478  (110682-110708)   100% ->
479-658  (110817-110996)   99% ->
659-692  (117399-117432)   100% ->
693-739  (117463-117509)   95% ->
740-838  (118860-118958)   100% ->
839-932  (119426-119519)   100% ->
933-991  (120085-120143)   100% ->
992-1134  (120286-120428)   99% ->
1135-1344  (120885-121094)   100% ->
1345-1431  (122396-122482)   100% ->
1432-1475  (123834-123877)   100% ->
1476-1605  (125304-125433)   100% ->
1606-1860  (127604-127858)   100% ->
1861-1945  (128856-128940)   100% ->
1946-2061  (133428-133543)   100% ->
2062-2229  (136825-136992)   100% ->
2230-2322  (139946-140038)   100% ->
2323-2436  (140691-140804)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTTTCTCGGCTTCACATGTACAGTCCTCCCCAGTGTGTGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTTTCTCGGCTTCACATGTACAGTCCTCCCCAGTGTGTGCCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACACGGGCTACACGTATGCGCTCAG         TTCCAGCTATTCTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100051 GAACACGGGCTACACGTATGCGCTCAGGTG...TAGTTCCAGCTATTCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGATGCTCTGGATTTTGAGACGGAGCACAAATTGGACCCTGTATTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106288 CAGATGCTCTGGATTTTGAGACGGAGCACAAATTGGACCCTGTATTTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTCCACGGATGTCCCGCCGTAGTTTGCGCCTGGCCACGACAGCATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106338 TCTCCACGGATGTCCCGCCGTAGTTTGCGCCTGGCCACGACAGCATGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGGGGGATGGTGAGGCTGTGGGTGCCGACAGCGGCACCAGCAGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106388 CCTGGGGGATGGTGAGGCTGTGGGTGCCGACAGCGGCACCAGCAGCGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTCCCTGAAGAACCGAGCGGCCAG         AACAACAAAACAGCGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106438 TCTCCCTGAAGAACCGAGCGGCCAGGTG...TAGAACAACAAAACAGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGAAGCACAAACAAATCAGCTTTTAGTATCAACCACGTGTCAAGGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109438 AGAAGCACAAACAAATCAGCTTTTAGTATCAACCACGTGTCAAGGCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACGTCCTCTGGCGTCAGCTACGGCGGCACTGTCAGCCTGCAGGATGCTG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 109488 CACGTCCTCTGGCGTCAGCCACGGCGGCACTGTCAGCCTGCAGGATGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACTCGACGGCCTCCTGTATTGGACGAGTCTTGGATTCGTGAACAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109538 TGACTCGACGGCCTCCTGTATTGGACGAGTCTTGGATTCGTGAACAGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAGTGGACCACTTCTGGG         GTCTTGATGATGATGGTGATCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109588 ACAGTGGACCACTTCTGGGGTG...TAGGTCTTGATGATGATGGTGATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAAAG         GTGGAAATAAAGCTGCCATTCAGGGAAACGGGGATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110704 TAAAGGTA...TAGGTGGAAATAAAGCTGCCATTCAGGGAAACGGGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGGAGTCGCCGCCGCCACCGCGCACAACGGCTTCTCCTGCAGCAACTGC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110853 TGGGAGCCGCCGCCGCCACCGCGCACAACGGCTTCTCCTGCAGCAACTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGCATGCTGTCCGAGCGCAAGGACGTGCTCACGGCGCACCCCGCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110903 AGCATGCTGTCCGAGCGCAAGGACGTGCTCACGGCGCACCCCGCGGCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGGGCCCGTGTCGAGAGTTTATTCTAGGGACAGGAATCAAAAAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 110953 CGGGCCCGTGTCGAGAGTTTATTCTAGGGACAGGAATCAAAAATGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659    GCGACGACTGTAAGGGCAAGAGGCACCTCGACGC         GCAC
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||  
 117396 CAGGCGACGACTGTAAGGGCAAGAGGCACCTCGACGCGCA...ACGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCGGTCGGGCAGGGACCCTCTGGCACATCTGGGCATGTGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117467 CCCGGTCGGGCAGGGACCCTCTGGCACATCTGGGCATGTGCAGGTT...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    740   GTTACTTCTTGCTGCAGATTCTGCGCAGGATCGGAGCTGTGGGCCAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118858 AGGTTACTTCTTGCTGCAGATTCTGCGCAGGATCGGAGCTGTGGGCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGTGTCCAGGACGGCGTGGTCGGCCCTTTGGCTGGCCGTGGTTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118908 CTGTGTCCAGGACGGCGTGGTCGGCCCTTTGGCTGGCCGTGGTTGCTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 G         GGAAGGCAGCCTCTGGAGTGTTCTGGTGGCTGGGGATTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118958 GGTG...TAGGGAAGGCAGCCTCTGGAGTGTTCTGGTGGCTGGGGATTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATGGTACCAGTTTGTTACTTTGATTTCTTGGCTGAATGTGTTTCTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119466 ATGGTACCAGTTTGTTACTTTGATTTCTTGGCTGAATGTGTTTCTTCTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCAG         GTGCCTTCGAAACATCTGCAAGTTTTTAGTCTTGCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119516 CCAGGTA...CAGGTGCCTTCGAAACATCTGCAAGTTTTTAGTCTTGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATCCCACTCTTCCTTTTACTAG         CAGGTCTCTCCTTACGGGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 120122 ATCCCACTCTTCCTTTTACTAGGTA...TAGCAGGTCTCTCCTTACGGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCAGGGCAATTTCTTTTCGTTCTTGCCCGTGTTGAACTGGGCAAGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120305 CCAGGGCAATTTCTTTTCGTTCTTGCCCGTGTTGAACTGGGCAAGCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATAGAACACAGCGGGTGGATGACCCCCAGGACGTGTTCAAACCCACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 120355 ATAGAACACAGCGGGTGGATGACCCCCAGGACGTGTTTAAACCCACGACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TCTCGCCTGAAGCAGCCTCTGCAG         GGTGACAGTGAGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120405 TCTCGCCTGAAGCAGCCTCTGCAGGTA...CAGGGTGACAGTGAGGCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCCGTGGCATTGGATGAGTGGCGTGGAGCAGCAGGTGGCCTCTCTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120902 TCCGTGGCATTGGATGAGTGGCGTGGAGCAGCAGGTGGCCTCTCTGTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GACAGTGCCACCACCATGGTGAGAATCTCCGAGAGCTGACCACTTTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120952 GACAGTGCCACCACCATGGTGAGAATCTCCGAGAGCTGACCACTTTGCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CAGAAGCTGCAGGCTCGGGTGGACCAGATGGAAGGCGGCGCTGCCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121002 CAGAAGCTGCAGGCTCGGGTGGACCAGATGGAAGGCGGCGCTGCCGGGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GTCAGCTTCGGTCAGAGACGCTGTGGGACAGCCCCCGAGGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 121052 GTCAGCTTCGGTCAGAGACGCTGTGGGACAGCCCCCGAGGGAGGTG...A

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1345   ACTGACTTTATGGCCTTTCACCAAGAACATGAAGTGCGTATGTCACAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122394 AGACTGACTTTATGGCCTTTCACCAAGAACATGAAGTGCGTATGTCACAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TTGGAAGATATTCTGGGAAAACTGAGAGAAAAATCTGAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 122444 TTGGAAGATATTCTGGGAAAACTGAGAGAAAAATCTGAGGTA...TAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CATCCAGAAGGAACTAGAACAGACCAAGCAAAAAACAATCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 123836 CATCCAGAAGGAACTAGAACAGACCAAGCAAAAAACAATCAGGTA...CA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1476  TGCGGTTGGTGAGCAGCTCCTGCCCACAGTCGAGCACCTCCAGCTGGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125303 GTGCGGTTGGTGAGCAGCTCCTGCCCACAGTCGAGCACCTCCAGCTGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CTGGATCAGCTAAAGTCAGAGCTGTCCAGCTGGCGACACGTGAAGACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125353 CTGGATCAGCTAAAGTCAGAGCTGTCCAGCTGGCGACACGTGAAGACCGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CTGTGAGACAGTGGATGCCGTACAAGAAAGA         GTGGACGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 125403 CTGTGAGACAGTGGATGCCGTACAAGAAAGAGTG...TAGGTGGACGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 AAGTCAGAGAAATGGTGAAACTCCTGTTTTCCGAAGATCAGCAAGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127614 AAGTCAGAGAAATGGTGAAACTCCTGTTTTCCGAAGATCAGCAAGGCGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 TCTCTGGAACAGCTGCTGCAGAGGTTCTCATCACAGTTTGTGAGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127664 TCTCTGGAACAGCTGCTGCAGAGGTTCTCATCACAGTTTGTGAGCAAAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CGACTTGCAGACGATGCTGCGAGACCTGCAGCTGCAGATCCTGCGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127714 CGACTTGCAGACGATGCTGCGAGACCTGCAGCTGCAGATCCTGCGGAACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TCACCCACCACGTTTCCGTGACCAAGCAGCTCCCAACCTCAGAAGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127764 TCACCCACCACGTTTCCGTGACCAAGCAGCTCCCAACCTCAGAAGCCGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GTGTCTGCTGTGAGCGAGGCGGGGGCGTCTGGAATAACAGAGGCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 127814 GTGTCTGCTGTGAGCGAGGCGGGGGCGTCTGGAATAACAGAGGCGGTG..

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861     CAAGCACGTGCCATCGTGAACAGCGCCTTGAAGCTGTATTCCCAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127864 .CAGCAAGCACGTGCCATCGTGAACAGCGCCTTGAAGCTGTATTCCCAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 ATAAGACCGGGATGGTGGACTTTGCTCTGGAATCTGGTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 128902 ATAAGACCGGGATGGTGGACTTTGCTCTGGAATCTGGTGGTG...AAGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GGCAGCATCTTGAGTACTCGCTGTTCTGAAACTTACGAAACCAAAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133430 GGCAGCATCTTGAGTACTCGCTGTTCTGAAACTTACGAAACCAAAACGGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GCTGATGAGTCTGTTTGGGATCCCGCTGTGGTACTTCTCGCAGTCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133480 GCTGATGAGTCTGTTTGGGATCCCGCTGTGGTACTTCTCGCAGTCCCCGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 GCGTGGTCATCCAG         CCTGACATTTACCCCGGTAACTGCTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 133530 GCGTGGTCATCCAGGTG...CAGCCTGACATTTACCCCGGTAACTGCTGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GCATTTAAAGGCTCCCAGGGGTACCTGGTGGTGAGGCTCTCCATGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136852 GCATTTAAAGGCTCCCAGGGGTACCTGGTGGTGAGGCTCTCCATGATGAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 CCACCCAGCCGCCTTCACTCTGGAGCACATCCCTAAGACGCTGTCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136902 CCACCCAGCCGCCTTCACTCTGGAGCACATCCCTAAGACGCTGTCGCCAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 CAGGCAACATCAGCAGCGCCCCCAAGGACTTCGCCGTCTAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 136952 CAGGCAACATCAGCAGCGCCCCCAAGGACTTCGCCGTCTATGTG...CAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 GGATTAGAAAATGAGTATCAGGAAGAAGGGCAGCTTCTGGGACAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139946 GGATTAGAAAATGAGTATCAGGAAGAAGGGCAGCTTCTGGGACAGTTCAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 GTATGATCAGGATGGGGAGTCGCTCCAGATGTTCCAGGCCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 139996 GTATGATCAGGATGGGGAGTCGCTCCAGATGTTCCAGGCCCTGGTA...C

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2323   AAAAGACCCGACGACACAGCTTTCCAAATAGTGGAACTTCGGATTTTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140689 AGAAAAGACCCGACGACACAGCTTTCCAAATAGTGGAACTTCGGATTTTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 TCTAACTGGGGCCATCCTGAGTATACCTGTCTGTATCGGTTCAGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140739 TCTAACTGGGGCCATCCTGAGTATACCTGTCTGTATCGGTTCAGAGTTCA

   2600     .    :    .
   2421 TGGCGAACCTGTCAAG
        ||||||||||||||||
 140789 TGGCGAACCTGTCAAG