seq1 = pF1KA0808.tfa, 1578 bp
seq2 = pF1KA0808/gi568815590r_58708117.tfa (gi568815590r:58708117_59218987), 510871 bp

>pF1KA0808 1578
>gi568815590r:58708117_59218987 (Chr8)

(complement)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-168  (258980-259045)   100% ->
169-411  (279444-279686)   100% ->
412-693  (367183-367464)   100% ->
694-924  (380677-380907)   100% ->
925-1005  (392086-392166)   100% ->
1006-1392  (403264-403650)   100% ->
1393-1544  (410719-410870)   100% ->
1545-1578  (411205-411238)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTAAGATTTTATCCACCTCCAGCCCAGCCCGCCGCTGCGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGTAAGATTTTATCCACCTCCAGCCCAGCCCGCCGCTGCGCCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCTCCCTGTCTGGGACCTTCTCCCTGCCTGGACCCCTACTATTGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCTCCCTGTCTGGGACCTTCTCCCTGCCTGGACCCCTACTATTGCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         TTTGACGGTGAGAACATGTATATGAGCATGACAGAGCCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTG...CAGTTTGACGGTGAGAACATGTATATGAGCATGACAGAGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCAGGACTATGTGCCAGCCAGCCAG         TCCTACCCTGGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 259019 AGCCAGGACTATGTGCCAGCCAGCCAGGTG...CAGTCCTACCCTGGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGCCTGGAAAGTGAAGACTTCAACATTCCACCAATTACTCCTCCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279458 AAGCCTGGAAAGTGAAGACTTCAACATTCCACCAATTACTCCTCCTTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCCAGACCACTCGCTGGTGCACCTGAATGAAGTTGAGTCTGGTTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279508 TCCCAGACCACTCGCTGGTGCACCTGAATGAAGTTGAGTCTGGTTACCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTCTGTGTCACCCCATGAACCATAATGGCCTGCTACCATTTCATCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279558 TCTCTGTGTCACCCCATGAACCATAATGGCCTGCTACCATTTCATCCACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAACATGGACCTCCCTGAAATCACAGTCTCCAATATGCTGGGCCAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279608 AAACATGGACCTCCCTGAAATCACAGTCTCCAATATGCTGGGCCAGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAACACTGCTTTCTAATTCCATTTCTGTG         ATGCCAGATATA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 279658 GAACACTGCTTTCTAATTCCATTTCTGTGGTA...TAGATGCCAGATATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGAAACCCAGAAGGAACTCAGTACAGTTCCCATCCTCAGATGGCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367195 CGAAACCCAGAAGGAACTCAGTACAGTTCCCATCCTCAGATGGCAGCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGACCAAGGGGCCAGCCTGCAGACATCAGGCAGCAGCCAGGAATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367245 GAGACCAAGGGGCCAGCCTGCAGACATCAGGCAGCAGCCAGGAATGATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CACATGGCCAGCTGACTACCATTAACCAGTCACAGCTAAGTGCTCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367295 CACATGGCCAGCTGACTACCATTAACCAGTCACAGCTAAGTGCTCAACTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGTTTGAATATGGGAGGAAGCAATGTTCCCCACAACTCACCATCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367345 GGTTTGAATATGGGAGGAAGCAATGTTCCCCACAACTCACCATCTCCACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGAAGCAAGTCTGCAACTCCTTCACCATCCAGTTCAGTGCATGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367395 TGGAAGCAAGTCTGCAACTCCTTCACCATCCAGTTCAGTGCATGAAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAGGCGATGATACCTCTAAG         ATCAATGGTGGAGAGAAGCGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 367445 AAGGCGATGATACCTCTAAGGTA...CAGATCAATGGTGGAGAGAAGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCTGCCTCTGATATGGGGAAAAAACCAAAAACTCCCAAAAAGAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 380698 CCTGCCTCTGATATGGGGAAAAAACCAAAAACTCCCAAAAAGAAGAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAAGGATCCCAATGAGCCCCAGAAGCCTGTGTCTGCCTATGCGTTATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 380748 GAAGGATCCCAATGAGCCCCAGAAGCCTGTGTCTGCCTATGCGTTATTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTCGTGATACTCAGGCCGCCATCAAGGGCCAAAATCCAAACGCTACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 380798 TTCGTGATACTCAGGCCGCCATCAAGGGCCAAAATCCAAACGCTACCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGCGAAGTCTCTAAAATTGTGGCTTCAATGTGGGACGGTTTAGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 380848 GGCGAAGTCTCTAAAATTGTGGCTTCAATGTGGGACGGTTTAGGAGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCAAAAACAG         GTCTATAAAAAGAAAACCGAGGCTGCGAAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 380898 GCAAAAACAGGTA...CAGGTCTATAAAAAGAAAACCGAGGCTGCGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGGAGTACCTGAAGCAACTCGCAGCATACAGAGCCAGCCTTGTATCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 392117 AGGAGTACCTGAAGCAACTCGCAGCATACAGAGCCAGCCTTGTATCCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006          AGCTACAGTGAACCTGTTGACGTGAAGACATCTCAACCTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 392167 GTA...CAGAGCTACAGTGAACCTGTTGACGTGAAGACATCTCAACCTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCAGCTGATCAATTCGAAGCCGTCGGTGTTCCATGGGCCCAGCCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403305 TCAGCTGATCAATTCGAAGCCGTCGGTGTTCCATGGGCCCAGCCAGGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACTCGGCCCTGTACCTAAGTTCCCACTATCACCAACAACCGGGAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403355 ACTCGGCCCTGTACCTAAGTTCCCACTATCACCAACAACCGGGAATGAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCTCACCTAACTGCCATGCATCCTAGTCTCCCCAGGAACATAGCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403405 CCTCACCTAACTGCCATGCATCCTAGTCTCCCCAGGAACATAGCCCCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCCGAATAACCAAATGCCAGTGACTGTCTCTATAGCAAACATGGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403455 GCCGAATAACCAAATGCCAGTGACTGTCTCTATAGCAAACATGGCTGTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCCCTCCTCCTCCCCTCCAGATCAGCCCGCCTCTTCACCAGCATCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403505 CCCCTCCTCCTCCCCTCCAGATCAGCCCGCCTCTTCACCAGCATCTCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ATGCAGCAGCACCAGCCGCTCACCATGCAGCAGCCCCTTGGGAACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403555 ATGCAGCAGCACCAGCCGCTCACCATGCAGCAGCCCCTTGGGAACCAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CCCCATGCAGGTCCAGTCTGCCTTACACTCACCCACCATGCAGCAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 403605 CCCCATGCAGGTCCAGTCTGCCTTACACTCACCCACCATGCAGCAAGTA.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393      GGATTTACTCTTCAACCCGACTATCAGACTATTATCAATCCTACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403655 ..CAGGGATTTACTCTTCAACCCGACTATCAGACTATTATCAATCCTACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TCTACAGCTGCACAAGTTGTCACCCAGGCAATGGAGTATGTGCGTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 410764 TCTACAGCTGCACAAGTTGTCACCCAGGCAATGGAGTATGTGCGTTCGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GTGCAGAAATCCTCCCCCACAACCGGTGGACTGGAATAACGACTACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 410814 GTGCAGAAATCCTCCCCCACAACCGGTGGACTGGAATAACGACTACTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GTAGTGG         GGGCATGCAGAGGGACAAAGCACTGTACCTTACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 410864 GTAGTGGGTA...CAGGGGCATGCAGAGGGACAAAGCACTGTACCTTACT