seq1 = pF1KA0783.tfa, 2664 bp
seq2 = pF1KA0783/gi568815591f_10874835.tfa (gi568815591f:10874835_11162085), 287251 bp

>pF1KA0783 2664
>gi568815591f:10874835_11162085 (Chr7)

1-112  (99999-100111)   99% ->
113-900  (107538-108325)   99% ->
901-1045  (115869-116013)   100% ->
1046-1205  (138913-139072)   100% ->
1206-1317  (148034-148145)   100% ->
1318-1455  (153847-153984)   100% ->
1456-1602  (160806-160952)   100% ->
1603-1873  (161584-161854)   100% ->
1874-1980  (162151-162257)   100% ->
1981-2076  (163926-164021)   100% ->
2077-2180  (165838-165941)   100% ->
2181-2312  (167849-167980)   100% ->
2313-2481  (176778-176946)   100% ->
2482-2532  (186957-187007)   100% ->
2533-2662  (187130-187258)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 A TGGATCGCAGCTCCAAGAGGAGGCAGGTGAAGCCTTTGGCAGCTTCTC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGTGGATCGCAGCTCCAAGAGGAGGCAGGTGAAGCCTTTGGCAGCTTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 TGCTGGAAGCTCTTGATTATGATAGTTCAGATGACAGTGATTTTAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 TGCTGGAAGCTCTTGATTATGATAGTTCAGATGACAGTGATTTTAAAGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 GGAGATGCCTCAG         ATTCTGAAGGGAGTGGTAATGGAAGTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100099 GGAGATGCCTCAGGTA...CAGATTCTGAAGGGAGTGGTAATGGAAGTGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 AGATGCTTCAAAGGACAGTGGAGAAGGTTCCTGTAGTGATTCTGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107566 AGATGCTTCAAAGGACAGTGGAGAAGGTTCCTGTAGTGATTCTGAAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 ATATTTTAGAAGAAGAACTGAATGAAGATATTAAAGTAAAAGAAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107616 ATATTTTAGAAGAAGAACTGAATGAAGATATTAAAGTAAAAGAAGAACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 CTTAAAAATTCTGCAGAGGAAGAAGTACTATCATCAGAAAAACAATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107666 CTTAAAAATTCTGCAGAGGAAGAAGTACTATCATCAGAAAAACAATTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 TAAAATGGAAAAGAAGGAAGAAGAAGAAAATGGAGAAAGACCTAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107716 TAAAATGGAAAAGAAGGAAGAAGAAGAAAATGGAGAAAGACCTAGAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 AAAGGGAGAAAGAGAAGGAAAAAGAAAAGGAAAAGGAGAAAGAGAAGGAA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107766 AAAAGGAGAAAGAGAAGGAAAAAGAAAAGGAAAAGGAGAAAGAGAAGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 AGAGAGAAGGAAAAAGAAAAAGCAACAGTATCTGAGAATGTGGCTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107816 AGAGAGAAGGAAAAAGAAAAAGCAACAGTATCTGAGAATGTGGCTGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 TGCTGCTGCCACCACACCAGCCACAAGTCCTCCTGCTGTTAACACATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107866 TGCTGCTGCCACCACACCAGCCACAAGTCCTCCTGCTGTTAACACATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    491 CTTCTGTTCCCACTACGACAACCGCTACAGAGGAACAAGTCAGCGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107916 CTTCTGTTCCCACTACGACAACCGCTACAGAGGAACAAGTCAGCGAGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    541 AAAAAATGGAACCTTCGACGAAACCGACCACTTCTGGATTTTGTGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107966 AAAAAATGGAACCTTCGACGAAACCGACCACTTCTGGATTTTGTGTCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    591 GGAAGAGCTGAATGACATGGATGACTATGACAGTGAGGATGACAATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108016 GGAAGAGCTGAATGACATGGATGACTATGACAGTGAGGATGACAATGATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 GGCGACCTACTGTAGTAAAGAGAAAAGGGAGATCTGCATCTCAGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 108066 GGCGACCTACTGTAGTAAAGAGAAAAGGGAGATCTGCGTCTCAGAAAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691 GGAAGTGATGGAGACAATGAGGATGATGAAGATGAGGGAAGCGGGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108116 GGAAGTGATGGAGACAATGAGGATGATGAAGATGAGGGAAGCGGGAGTGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741 TGAAGACGAGAATGATGAAGGCAATGATGAAGATCATAGTAGCCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108166 TGAAGACGAGAATGATGAAGGCAATGATGAAGATCATAGTAGCCCTGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791 GTGAAGGGGGTTGCAAGAAGAAGAAGAGTAAAGTTCTTAGCAGAAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108216 GTGAAGGGGGTTGCAAGAAGAAGAAGAGTAAAGTTCTTAGCAGAAACAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841 GCTGATGATGAGGAACTGACCAATGATAGCCTGACCCTATCTCAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108266 GCTGATGATGAGGAACTGACCAATGATAGCCTGACCCTATCTCAAAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    891 GAGTAATGAG         GACTCGCTGATTCTTGAGAAGAGTCAAAACT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 108316 GAGTAATGAGGTA...TAGGACTCGCTGATTCTTGAGAAGAGTCAAAACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    932 GGAGCTCTCAAAAAATGGACCATATTCTGATTTGCTGTGTTTGTCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115900 GGAGCTCTCAAAAAATGGACCATATTCTGATTTGCTGTGTTTGTCTGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982 GATAATAGTGAGGACGCTGATGAAATAATTCAGTGTGACAATTGTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115950 GATAATAGTGAGGACGCTGATGAAATAATTCAGTGTGACAATTGTGGCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1032 TACAGTCCATGAAG         GTTGTTATGGAGTTGATGGAGAGAGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 116000 TACAGTCCATGAAGGTA...TAGGTTGTTATGGAGTTGATGGAGAGAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1073 ACTCTATTATGAGTTCAGCTTCTGAAAACTCCACTGAACCTTGGTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138940 ACTCTATTATGAGTTCAGCTTCTGAAAACTCCACTGAACCTTGGTTTTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1123 GATGCCTGTAAATGTGGTGTTTCTCCTAGCTGTGAACTGTGTCCTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138990 GATGCCTGTAAATGTGGTGTTTCTCCTAGCTGTGAACTGTGTCCTAATCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1173 GGATGGAATTTTCAAGGAGACAGATGCTGGAAG         ATGGGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 139040 GGATGGAATTTTCAAGGAGACAGATGCTGGAAGGTT...TAGATGGGTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1214 ATATTGTTTGTGCCCTGTATGTTCCTGGAGTAGCCTTTGGAGATATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148042 ATATTGTTTGTGCCCTGTATGTTCCTGGAGTAGCCTTTGGAGATATTGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1264 AAATTACGACCAGTAACACTAACGGAAATGAACTATTCCAAATATGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148092 AAATTACGACCAGTAACACTAACGGAAATGAACTATTCCAAATATGGTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1314 CAAG         GAGTGTAGCTTTTGTGAAGACCCTCGCTTTGCTAGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148142 CAAGGTG...TAGGAGTGTAGCTTTTGTGAAGACCCTCGCTTTGCTAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1355 CTGGGGTTTGCATTAGCTGTGATGCAGGGATGTGCAGAGCCTATTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153884 CTGGGGTTTGCATTAGCTGTGATGCAGGGATGTGCAGAGCCTATTTCCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1405 GTGACCTGTGCTCAAAAGGAAGGTCTGCTTTCAGAGGCAGCGGCGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153934 GTGACCTGTGCTCAAAAGGAAGGTCTGCTTTCAGAGGCAGCGGCGGAAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1455 G         GATATAGCAGATCCATTCTTTGCTTATTGTAAGCAACATG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153984 GGTA...TAGGATATAGCAGATCCATTCTTTGCTTATTGTAAGCAACATG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1496 CAGATAGGTTAGACAGAAAGTGGAAGAGAAAAAACTACTTGGCTCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160846 CAGATAGGTTAGACAGAAAGTGGAAGAGAAAAAACTACTTGGCTCTACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1546 TCCTATTGTAAAATGTCTTTGCAAGAGAGAGAGAAGCAACTATCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160896 TCCTATTGTAAAATGTCTTTGCAAGAGAGAGAGAAGCAACTATCACCAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1596 AGCACAG         GCAAGGATCAATGCCCGGCTTCAGCAGTATCGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160946 AGCACAGGTA...TAGGCAAGGATCAATGCCCGGCTTCAGCAGTATCGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1637 CCAAAGCAGAACTAGCTCGATCTACCAGACCCCAGGCCTGGGTTCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161618 CCAAAGCAGAACTAGCTCGATCTACCAGACCCCAGGCCTGGGTTCCAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1687 GAAAAATTGCCCAGACCACTCACCAGCAGTGCTTCAGCTATTCGTAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161668 GAAAAATTGCCCAGACCACTCACCAGCAGTGCTTCAGCTATTCGTAAACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1737 TATGCGGAAAGCAGAACTCATGGGGATCAGTACAGATATCTTTCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161718 TATGCGGAAAGCAGAACTCATGGGGATCAGTACAGATATCTTTCCAGTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1787 ACAATTCAGATACTAGTTCTAGTGTGGATGGAAGGAGAAAACATAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161768 ACAATTCAGATACTAGTTCTAGTGTGGATGGAAGGAGAAAACATAAGCAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1837 CCAGCTCTCACTGCAGATTTTGTGAATTATTATTTTG         AGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 161818 CCAGCTCTCACTGCAGATTTTGTGAATTATTATTTTGGTC...TAGAGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1878 AAATATGCGCATGATTCAAATTCAGGAAAATATGGCTGAACAAAAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162155 AAATATGCGCATGATTCAAATTCAGGAAAATATGGCTGAACAAAAGAATA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1928 TAAAAGATAAATTAGAGAATGAACAAGAAAAGCTTCATGTAGAATATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162205 TAAAAGATAAATTAGAGAATGAACAAGAAAAGCTTCATGTAGAATATAAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1978 AAG         CTATGTGAATCTTTAGAAGAACTACAAAACCTGAATGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162255 AAGGTA...TAGCTATGTGAATCTTTAGAAGAACTACAAAACCTGAATGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2019 AAAACTTCGAAGTGAAGGACAAGGAATATGGGCTTTACTAGGCAGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163964 AAAACTTCGAAGTGAAGGACAAGGAATATGGGCTTTACTAGGCAGAATCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2069 CAGGGCAG         AAGTTGAATATACCGGCAATTTTGCGAGCACCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 164014 CAGGGCAGGTT...TAGAAGTTGAATATACCGGCAATTTTGCGAGCACCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2110 AAGGAGAGAAAACCAAGTAAAAAAGAAGGAGGCACACAAAAGACATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165871 AAGGAGAGAAAACCAAGTAAAAAAGAAGGAGGCACACAAAAGACATCTAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2160 TCTTCCTGCAGTACTTTATAG         TTGTGGGATTTGTAAGAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 165921 TCTTCCTGCAGTACTTTATAGGCA...AAGTTGTGGGATTTGTAAGAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 ACCATGATCAGCATCTTCTTTTATTGTGTGATACCTGTAAACTACATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167869 ACCATGATCAGCATCTTCTTTTATTGTGTGATACCTGTAAACTACATTAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 CATCTTGGATGTCTGGATCCTCCTCTTACAAGGATGCCAAGAAAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167919 CATCTTGGATGTCTGGATCCTCCTCTTACAAGGATGCCAAGAAAGACCAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 AAACAGTTATTG         GCAGTGCTCGGAATGTGACCAGGCAGGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 167969 AAACAGTTATTGGTG...TAGGCAGTGCTCGGAATGTGACCAGGCAGGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2342 GCAGTGACATGGAAGCAGATATGGCCATGGAAACCCTACCAGATGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176807 GCAGTGACATGGAAGCAGATATGGCCATGGAAACCCTACCAGATGGAACC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2392 AAACGATCAAGGAGGCAGATTAAGGAACCAGTGAAATTTGTTCCACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176857 AAACGATCAAGGAGGCAGATTAAGGAACCAGTGAAATTTGTTCCACAGGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2442 TGTGCCACCAGAACCCAAGAAGATTCCGATAAGAAACACG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 176907 TGTGCCACCAGAACCCAAGAAGATTCCGATAAGAAACACGGTA...CAGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 GAACCAGAGGACGAAAACGAAGCTTCGTTCCTGAGGAAGAAAAACATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186958 GAACCAGAGGACGAAAACGAAGCTTCGTTCCTGAGGAAGAAAAACATGAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533          GAAAGAGTTCCTAGAGAGAGAAGACAAAGACAGTCTGTGTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187008 GTT...CAGGAAAGAGTTCCTAGAGAGAGAAGACAAAGACAGTCTGTGTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2574 GCAAAAGAAGCCCAAGGCTGAAGATTTAAGAACTGAATGTGCAACTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187171 GCAAAAGAAGCCCAAGGCTGAAGATTTAAGAACTGAATGTGCAACTTGCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .
   2624 AGGGAACTGGAGACAATGAAAATCTTGTCAGATACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  -||
 187221 AGGGAACTGGAGACAATGAAAATCTTGTCAGGTAAG TT