seq1 = pF1KA0772.tfa, 1404 bp
seq2 = pF1KA0772/gi568815578f_62160014.tfa (gi568815578f:62160014_62393884), 233871 bp

>pF1KA0772 1404
>gi568815578f:62160014_62393884 (Chr20)

1-37  (96172-96208)   100% ->
38-146  (100004-100112)   100% ->
147-222  (103603-103678)   100% ->
223-357  (112112-112246)   100% ->
358-455  (113296-113393)   100% ->
456-638  (119144-119326)   100% ->
639-746  (121045-121152)   100% ->
747-836  (121777-121866)   100% ->
837-960  (124033-124156)   100% ->
961-1089  (126570-126698)   100% ->
1090-1213  (129194-129317)   100% ->
1214-1304  (131690-131780)   100% ->
1305-1404  (133772-133871)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGGAGAGGAAGAATTCTTTGATGCCGTCACAG         AGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  96172 ATGAACGGAGAGGAAGAATTCTTTGATGCCGTCACAGGTG...CAGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAATCAGAAAGTCACGGGAATGATTGACTTAGACACCAGCAAAAATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 AAATCAGAAAGTCACGGGAATGATTGACTTAGACACCAGCAAAAATAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGATTGGGAAAACTGGGGAGAGGCCCTCTCAAGAGAACGGAATTCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100058 GGATTGGGAAAACTGGGGAGAGGCCCTCTCAAGAGAACGGAATTCAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACAG         GACATCGCTGCCGGCTCCCATGTTCAGCAGAAGCGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100108 CACAGGTA...CAGGACATCGCTGCCGGCTCCCATGTTCAGCAGAAGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTCAGCGTGTGGACCATCCTGAAGAAGTGTGTTGGCCTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103639 CTTCAGCGTGTGGACCATCCTGAAGAAGTGTGTTGGCCTGGTG...CAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGCTGTCCAAGATCACGATGCCAATCGCCTTCAACGAGCCTCTGAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112113 AGCTGTCCAAGATCACGATGCCAATCGCCTTCAACGAGCCTCTGAGCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGCAGCGGATCACGGAGTACATGGAGCACGTGTACCTCATCCACAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112163 TTGCAGCGGATCACGGAGTACATGGAGCACGTGTACCTCATCCACAGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTCCTGCCAGCCCCAGCCCCTGGAGAGGATGCAG         TCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112213 CTCCTGCCAGCCCCAGCCCCTGGAGAGGATGCAGGTG...CAGTCTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGCTTTTGCTGTTTCGGCTGTGGCTTCCCAGTGGGAGAGGACCGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113303 CTGCTTTTGCTGTTTCGGCTGTGGCTTCCCAGTGGGAGAGGACCGGCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCATTTAATCCACTCTTGGGAGAAACGTATGAATTAATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 113353 CCATTTAATCCACTCTTGGGAGAAACGTATGAATTAATCAGGTA...TAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGAAGATTTAGGATTCAGATTTATATCGGAACAGGTCAGTCACCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119144 GGAAGATTTAGGATTCAGATTTATATCGGAACAGGTCAGTCACCACCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCATCAGTGCGTTCCACTCGGAAGGTCTCAACCATGACTTCCTGTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119194 CCATCAGTGCGTTCCACTCGGAAGGTCTCAACCATGACTTCCTGTTCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGCTCCATCTACCCCAAGCTCAAGTTCTGGGGCAAAAGCGTGGAGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119244 GGCTCCATCTACCCCAAGCTCAAGTTCTGGGGCAAAAGCGTGGAGGCGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCCCGAGGCACCATCACCCTGGAGCTGCTCAA         ACATAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119294 GCCCCGAGGCACCATCACCCTGGAGCTGCTCAAGTG...CAGACATAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGCCTACACCTGGACCAACCCCACCTGCTGCGTCCACAACGTCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121053 AAGCCTACACCTGGACCAACCCCACCTGCTGCGTCCACAACGTCATCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGGAAGCTGTGGATAGAGCAGTATGGGACAGTGGAGATTTTAAACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121103 GGGAAGCTGTGGATAGAGCAGTATGGGACAGTGGAGATTTTAAACCACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747          AACTGGACATAAGTGTGTGCTTCACTTTAAACCGTGTGGAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121153 GTG...CAGAACTGGACATAAGTGTGTGCTTCACTTTAAACCGTGTGGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TATTTGGAAAAGAACTTCACAAGGTGGAAGGACACATTCAAGACAAAAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 121818 TATTTGGAAAAGAACTTCACAAGGTGGAAGGACACATTCAAGACAAAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    837         CAAAAAGAAGCTCTTTATGATCTATGGCAAATGGACGGAATG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121868 TA...CAGCAAAAAGAAGCTCTTTATGATCTATGGCAAATGGACGGAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTTGTGGGGCATAGATCCTGTTTCGTATGAATCCTTCAAGAAGCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124075 TTTGTGGGGCATAGATCCTGTTTCGTATGAATCCTTCAAGAAGCAGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGAGAGGTGACCACCTGAGAAAGGCCAAGCTG         GATGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 124125 GGAGAGGTGACCACCTGAGAAAGGCCAAGCTGGTA...CAGGATGAAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCCGGGAAGGCTGACAGCGACGTGGCTGACGACGTGCCTGTGGCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126579 TCCGGGAAGGCTGACAGCGACGTGGCTGACGACGTGCCTGTGGCCCAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GACCGTGCAGGTCATTCCTGGCAGCAAGCTGCTCTGGAGGATCAACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126629 GACCGTGCAGGTCATTCCTGGCAGCAAGCTGCTCTGGAGGATCAACACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGCCCCCCAACTCTGCCCAG         ATGTATAATTTCACCAGTTTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 126679 GGCCCCCCAACTCTGCCCAGGTC...CAGATGTATAATTTCACCAGTTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACTGTGAGCCTCAACGAGCTGGAGACAGGCATGGAGAAGACCCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129215 ACTGTGAGCCTCAACGAGCTGGAGACAGGCATGGAGAAGACCCTGCCACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CACGGACTGCCGCCTGCGCCCTGACATCCGCGGCATGGAGAATGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129265 CACGGACTGCCGCCTGCGCCCTGACATCCGCGGCATGGAGAATGGCAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGG         ATCTGGCCAGCCAGGAGAAGGAGCGGCTGGAGGAGAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129315 TGGGTG...TAGATCTGGCCAGCCAGGAGAAGGAGCGGCTGGAGGAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CAGAGAGAAGCACGGAGGGAGCGGGCCAAGGAGGAGGCAGAGTGGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131728 CAGAGAGAAGCACGGAGGGAGCGGGCCAAGGAGGAGGCAGAGTGGCAGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GAG         GTGGTTCTACCCAGGCAATAACCCCTACACTGGGACCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131778 GAGGTG...CAGGTGGTTCTACCCAGGCAATAACCCCTACACTGGGACCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCGACTGGTTGTATGCAGGGGATTACTTTGAGCGGAATTTCTCCGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133810 CCGACTGGTTGTATGCAGGGGATTACTTTGAGCGGAATTTCTCCGACTGC

   1500     .    :
   1393 CCAGATATCTAC
        ||||||||||||
 133860 CCAGATATCTAC