seq1 = pF1KA0761.tfa, 1653 bp
seq2 = pF1KA0761/gi568815597r_108834673.tfa (gi568815597r:108834673_109050437), 215765 bp

>pF1KA0761 1653
>gi568815597r:108834673_109050437 (Chr1)

(complement)

1-129  (100001-100129)   99% ->
130-231  (100517-100618)   100% ->
232-339  (102720-102827)   100% ->
340-561  (106381-106602)   100% ->
562-702  (106823-106963)   100% ->
703-796  (108940-109033)   100% ->
797-894  (110296-110393)   100% ->
895-1041  (110656-110802)   100% ->
1042-1383  (113020-113361)   100% ->
1384-1653  (115496-115765)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTGTTCTTTGCTCCTTTGTGAATGCCTGTTGCTGGTAGCTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTGTTCTTTGCTCCTTTGTGAATGTCTGTTGCTGGTAGCTGGTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTCATGATGATGACTGGATTGACCCCACAGACATGCTTAACTATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCTCATGATGATGACTGGATTGACCCCACAGACATGCTTAACTATGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTTCAGGAACAATGAGAAAATCTCAG         GCAAAATATGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 CTGCTTCAGGAACAATGAGAAAATCTCAGGTA...TAGGCAAAATATGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTTCAGGGGAAAAGGATGTCAGTCCTGACTTGTCATGTGCTGATGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100529 ATTTCAGGGGAAAAGGATGTCAGTCCTGACTTGTCATGTGCTGATGAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCAGAATGTTATCACAAACTTGATTCTTTAACTTATAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100579 ATCAGAATGTTATCACAAACTTGATTCTTTAACTTATAAGGTT...CAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGATGAGTGTGAAAAGAAAAAGAGGGAAGACTATGAAAGTCAAAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102721 TTGATGAGTGTGAAAAGAAAAAGAGGGAAGACTATGAAAGTCAAAGCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGTTTTTAGGAGATACTTAAATAAGATTTTAATTGAAGCTGGAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102771 CCTGTTTTTAGGAGATACTTAAATAAGATTTTAATTGAAGCTGGAAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGACTT         CCTGATGAAAACAAAGGCGATATGCATTATGATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102821 TGGACTTGTG...TAGCCTGATGAAAACAAAGGCGATATGCATTATGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGAGATTATCCTTAAAAGAGAAACTTTGTTAGAAATACAGAAGTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106415 CTGAGATTATCCTTAAAAGAGAAACTTTGTTAGAAATACAGAAGTTTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGGAGAAGACTGGAAACCAGGTGCCTTGGATGATGCACTAAGTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106465 AATGGAGAAGACTGGAAACCAGGTGCCTTGGATGATGCACTAAGTGATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTAATTAATTTTAAGTTTCATGATTTTGAAACATGGAAGTGGCGATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106515 TTTAATTAATTTTAAGTTTCATGATTTTGAAACATGGAAGTGGCGATTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGATTCCTTTGGAGTGGATCCATATAATGTGTTAATG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106565 AAGATTCCTTTGGAGTGGATCCATATAATGTGTTAATGGTA...AAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTTCTTTGTCTGCTCTGCATCGTGGTTTTAGTGGCTACTGAGCTGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106826 CTTCTTTGTCTGCTCTGCATCGTGGTTTTAGTGGCTACTGAGCTGTGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATATGTACGTTGGTACACTCAGTTGAGACGTGTTTTAATCATCAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106876 ATATGTACGTTGGTACACTCAGTTGAGACGTGTTTTAATCATCAGCTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTTCAGTTTGGGATGGAATTGGATGTATTTATATAAG         CTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106926 TGTTCAGTTTGGGATGGAATTGGATGTATTTATATAAGGTA...CAGCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTTTTGCACAGCATCAGGCTGAAGTCGCCAAGATGGAGCCATTAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108943 GCTTTTGCACAGCATCAGGCTGAAGTCGCCAAGATGGAGCCATTAAACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTGTGTGCCAAAAAGATGGACTGGACTGGAAGTATCTGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108993 TGTGTGTGCCAAAAAGATGGACTGGACTGGAAGTATCTGGGGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AATGGTTTAGAAGTTCATGGACCTATAAGGATGACCCATGCCAAAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110296 AATGGTTTAGAAGTTCATGGACCTATAAGGATGACCCATGCCAAAAATAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TATGAGCTCTTACTAGTCAACCCTATTTGGTTGGTCCCACCAACAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110346 TATGAGCTCTTACTAGTCAACCCTATTTGGTTGGTCCCACCAACAAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895        GCACTTGCAGTTACATTCACCACATTTGTAACGGAGCCATTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110396 A...TAGGCACTTGCAGTTACATTCACCACATTTGTAACGGAGCCATTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCATATTGGAAAAGGAACTGGGGAATTTATTAAAGCACTCATGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110699 AGCATATTGGAAAAGGAACTGGGGAATTTATTAAAGCACTCATGAAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATTCCAGCGCTGCTTCATCTTCCAGTGCTGATAATTATGGCATTAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110749 ATTCCAGCGCTGCTTCATCTTCCAGTGCTGATAATTATGGCATTAGCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTG         AGTTTCTGCTATGGTGCTGGAAAATCAGTTCATGTGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110799 CCTGGTT...CAGAGTTTCTGCTATGGTGCTGGAAAATCAGTTCATGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGAGACATATAGGCGGTCCTGAGAGCGAACCTCCCCAGGCACTTCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113057 TGAGACATATAGGCGGTCCTGAGAGCGAACCTCCCCAGGCACTTCGGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGGGATAGAAGACGGCAGGAGGAAATTGATTATAGACCTGATGGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113107 CGGGATAGAAGACGGCAGGAGGAAATTGATTATAGACCTGATGGTGGAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGGTGATGCCGATTTCCATTATAGGGGCCAAATGGGCCCCACTGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113157 AGGTGATGCCGATTTCCATTATAGGGGCCAAATGGGCCCCACTGAGCAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCCCTTATGCCAAAACGTATGAGGGTAGAAGAGAGATTTTGAGAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113207 GCCCTTATGCCAAAACGTATGAGGGTAGAAGAGAGATTTTGAGAGAGAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GATGTTGACTTGAGATTTCAGACTGGCAACAAGAGCCCTGAAGTGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113257 GATGTTGACTTGAGATTTCAGACTGGCAACAAGAGCCCTGAAGTGCTCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGCATTTGATGTACCAGACGCAGAGGCACGAGAGCATCCCACGGTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113307 GGCATTTGATGTACCAGACGCAGAGGCACGAGAGCATCCCACGGTGGTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCAGT         CATAAATCACCTGTTTTGGATACAAAGCCCAAGGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113357 CCAGTGTA...TAGCATAAATCACCTGTTTTGGATACAAAGCCCAAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACAGGTGGAATCCTGGGGGAAGGCACACCGAAAGAAAGCAGTACTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115532 ACAGGTGGAATCCTGGGGGAAGGCACACCGAAAGAAAGCAGTACTGAAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAGCCAGTCGGCCAAGCCTGTCTCTGGCCAAGACACATCAGGGAATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115582 CAGCCAGTCGGCCAAGCCTGTCTCTGGCCAAGACACATCAGGGAATACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AAGGTTCACCCGCAGCGGAAAAGGCCCAGCTCAAGTCTGAAGCCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115632 AAGGTTCACCCGCAGCGGAAAAGGCCCAGCTCAAGTCTGAAGCCGCAGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AGCCCAGACCAAGGCAGCACATACAGCCCCGCAAGAGGTGTGGCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115682 AGCCCAGACCAAGGCAGCACATACAGCCCCGCAAGAGGTGTGGCTGGACC

   1700     .    :    .    :    .    :
   1620 ACGTGGACAGGATCCGGTCAGCAGCCCCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115732 ACGTGGACAGGATCCGGTCAGCAGCCCCTGTGGC