seq1 = pF1KA0746.tfa, 2937 bp
seq2 = pF1KA0746/gi568815594r_25648428.tfa (gi568815594r:25648428_25947567), 299140 bp

>pF1KA0746 2937
>gi568815594r:25648428_25947567 (Chr4)

(complement)

1-274  (100001-100274)   100% ->
275-401  (112245-112371)   100% ->
402-523  (113999-114120)   100% ->
524-639  (114458-114573)   100% ->
640-698  (117412-117470)   100% ->
699-831  (125440-125572)   100% ->
832-964  (127628-127760)   100% ->
965-1105  (129290-129430)   100% ->
1106-1317  (142816-143027)   100% ->
1318-1497  (145106-145285)   100% ->
1498-1617  (156994-157113)   100% ->
1618-1758  (159204-159344)   100% ->
1759-1821  (163278-163340)   100% ->
1822-1998  (165150-165326)   100% ->
1999-2126  (168365-168492)   100% ->
2127-2210  (171208-171291)   100% ->
2211-2301  (179738-179828)   100% ->
2302-2386  (179959-180043)   100% ->
2387-2496  (182133-182242)   100% ->
2497-2624  (188500-188627)   100% ->
2625-2727  (189778-189880)   100% ->
2728-2800  (189962-190034)   100% ->
2801-2937  (199004-199140)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTTACAGAGATGATTATTTCATCAGACATTCCATCTCTGTATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTTACAGAGATGATTATTTCATCAGACATTCCATCTCTGTATCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGATAGTACGCGCCTGGATTACTCACAAATACAGTGGCAGAGACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGATAGTACGCGCCTGGATTACTCACAAATACAGTGGCAGAGACTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTTAAATGGGAGGAAAACTTGCTCCATGCTGTAGCAAAGAATTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGTTAAATGGGAGGAAAACTTGCTCCATGCTGTAGCAAAGAATTATACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCTGCAGACCATCCCGCCTTTTGAACGCCCTTTCAAAGATCATCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCTGCAGACCATCCCGCCTTTTGAACGCCCTTTCAAAGATCATCAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTGCCTTGAGTGGAACATGGGTTATATTTGGAACCTTCGGGCAAACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTGCCTTGAGTGGAACATGGGTTATATTTGGAACCTTCGGGCAAACAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCCACAGTGTCCTCTGGAAAATG         ATGTGGTTGCCCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100251 TTCCACAGTGTCCTCTGGAAAATGGTA...CAGATGTGGTTGCCCTGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCTTTCCTTATGCCTCCAGTGGAGAAAACACAGGCATTGTCAAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112262 GGCTTTCCTTATGCCTCCAGTGGAGAAAACACAGGCATTGTCAAGAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCGAGGTTTCGGAACCGAGAGCTGGAGGCCACTCGACGCCAGAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112312 CCCGAGGTTTCGGAACCGAGAGCTGGAGGCCACTCGACGCCAGAGGATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATTACCCAGT         GTTTACTGTTTCATTGTGGCTTTATTTACTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112362 ATTACCCAGTGTA...TAGGTTTACTGTTTCATTGTGGCTTTATTTACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CATTATTGCAAGGCCAACCTCTGTGGGATTCTGTACTTTGTTGACTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114030 CATTATTGCAAGGCCAACCTCTGTGGGATTCTGTACTTTGTTGACTCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAGATGTACGGCACACCTTCTGTATTTCTTACGGAAGAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 114080 TGAGATGTACGGCACACCTTCTGTATTTCTTACGGAAGAGGGTG...TAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTATTTGCATATTCAGATGCATCTTGTCAAAGGGGAAGACCTTGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114458 GCTATTTGCATATTCAGATGCATCTTGTCAAAGGGGAAGACCTTGCTGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAACTAAATTCATCATACCTTTGAAGGAGTGGTTTCGACTGGATATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114508 AAAACTAAATTCATCATACCTTTGAAGGAGTGGTTTCGACTGGATATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTTTAACGGAGGCCAG         ATAGTAGTAACCACTAGCATTGGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114558 TTTTAACGGAGGCCAGGTA...TAGATAGTAGTAACCACTAGCATTGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGATTTGAAAAGCTACCACAATCAGACCATTAG         CTTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117437 AGGATTTGAAAAGCTACCACAATCAGACCATTAGGTA...TAGCTTCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGATTTCCATTATAATGACACAGCTGGGTACTTCATTATTGGAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125447 GAGGATTTCCATTATAATGACACAGCTGGGTACTTCATTATTGGAGGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGGTATGTGGCTGGCATTGAAGGGTTTTTTGGACCCCTGAAGTACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125497 CAGGTATGTGGCTGGCATTGAAGGGTTTTTTGGACCCCTGAAGTACTATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCCTTCGCAGTCTGCACCCCGCCCAG         ATTTTTAATCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 125547 GCCTTCGCAGTCTGCACCCCGCCCAGGTG...TAGATTTTTAATCCCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTGAGAAGCAACTTGCTGAACAAATCAAGTTATATTATGAAAGGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127643 CTTGAGAAGCAACTTGCTGAACAAATCAAGTTATATTATGAAAGGTGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAGGTTCAAGAAATAGTATCTGTGTATGCATCTGCAGCAAAGCACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127693 TGAGGTTCAAGAAATAGTATCTGTGTATGCATCTGCAGCAAAGCACGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCGAGAGACAAGAAGCAT         GCCACCTCCACAACTCCTACCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 127743 GCGAGAGACAAGAAGCATGTA...TAGGCCACCTCCACAACTCCTACCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACCTCCAGCGCAGGTATGGGAGACCCTCGATGTGCAGAGCCTTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129313 GACCTCCAGCGCAGGTATGGGAGACCCTCGATGTGCAGAGCCTTCCCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAGAAGGAGCTGAAAGACAAACACCCCAGCTTGTTCCAGGCATTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129363 GGAGAAGGAGCTGAAAGACAAACACCCCAGCTTGTTCCAGGCATTGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGATGGATCTGCTGACCG         TGCCAAGGAACCAAAATGAATCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 129413 AGATGGATCTGCTGACCGGTA...CAGTGCCAAGGAACCAAAATGAATCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTATCAGAAATCGGTGGGAAGATATTTGAGAAGGCTGTAAAGAGACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142839 GTATCAGAAATCGGTGGGAAGATATTTGAGAAGGCTGTAAAGAGACTCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TAGCATTGATGGTCTTCACCAAATTAGCTCTATCGTCCCCTTTCTGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142889 TAGCATTGATGGTCTTCACCAAATTAGCTCTATCGTCCCCTTTCTGACGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATTCCAGCTGCTGTGGATACCATAAAGCATCCTACTACCTTGCAGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142939 ATTCCAGCTGCTGTGGATACCATAAAGCATCCTACTACCTTGCAGTCTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TATGAGACTGGATTAAATGTTCCTCGGGATCAGCTGCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 142989 TATGAGACTGGATTAAATGTTCCTCGGGATCAGCTGCAGGTA...CAGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CATGTTGTATAGTTTGGTTGGAGGCCAGGGGAGTGAGAGGCTGTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145108 CATGTTGTATAGTTTGGTTGGAGGCCAGGGGAGTGAGAGGCTGTCTTCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGAATCTTGGGTATAAACACTACCAGGGTATTGACAACTACCCCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145158 TGAATCTTGGGTATAAACACTACCAGGGTATTGACAACTACCCCCTGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TGGGAACTGTCGTATGCCTACTACAGCAACATTGCCACCAAGACACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145208 TGGGAACTGTCGTATGCCTACTACAGCAACATTGCCACCAAGACACCCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGACCAGCACACACTGCAAGGAGATCAG         GCATATGTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 145258 TGACCAGCACACACTGCAAGGAGATCAGGTA...CAGGCATATGTTGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CAATTAGACTAAAAGATGATGAAATACTCAAGGTACAAACCAAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157007 CAATTAGACTAAAAGATGATGAAATACTCAAGGTACAAACCAAAGAAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GGAGATGTCTTTATGTGGTTGAAGCATGAAGCTACCCGAGGCAATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157057 GGAGATGTCTTTATGTGGTTGAAGCATGAAGCTACCCGAGGCAATGCAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGCTCAG         CAACGATTGGCCCAGATGCTGTTCTGGGGGCAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157107 AGCTCAGGTA...AAGCAACGATTGGCCCAGATGCTGTTCTGGGGGCAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AAGGTGTGGCCAAGAATCCCGAAGCAGCAATTGAGTGGTACGCCAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159238 AAGGTGTGGCCAAGAATCCCGAAGCAGCAATTGAGTGGTACGCCAAGGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GCCCTGGAGACGGAGGATCCTGCGTTAATCTATGACTATGCCATTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159288 GCCCTGGAGACGGAGGATCCTGCGTTAATCTATGACTATGCCATTGTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 ATTCAAG         GGTCAAGGAGTAAAAAAGAACAGACGGCTTGCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159338 ATTCAAGGTA...TAGGGTCAAGGAGTAAAAAAGAACAGACGGCTTGCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TAGAGCTGATGAAGAAAGCAGCTTCCAAG         GGATTGCATCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 163312 TAGAGCTGATGAAGAAAGCAGCTTCCAAGGTA...CAGGGATTGCATCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GCAGTCAATGGCCTGGGATGGTATTACCACAAATTCAAGAAAAATTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165162 GCAGTCAATGGCCTGGGATGGTATTACCACAAATTCAAGAAAAATTACGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CAAAGCAGCAAAGTACTGGTTAAAAGCAGAAGAAATGGGGAACCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165212 CAAAGCAGCAAAGTACTGGTTAAAAGCAGAAGAAATGGGGAACCCAGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CGTCATACAATCTTGGAGTCCTGCATTTGGATGGCATCTTCCCTGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165262 CGTCATACAATCTTGGAGTCCTGCATTTGGATGGCATCTTCCCTGGAGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CCTGGAAGGAATCAA         ACTTTAGCTGGTGAATATTTCCATAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 165312 CCTGGAAGGAATCAAGTG...CAGACTTTAGCTGGTGAATATTTCCATAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GGCTGCGCAAGGTGGACACATGGAAGGGACCTTGTGGTGTTCTCTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168391 GGCTGCGCAAGGTGGACACATGGAAGGGACCTTGTGGTGTTCTCTCTACT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 ATATCACAGGCAACCTGGAGACATTCCCTAGAGATCCTGAGAAAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168441 ATATCACAGGCAACCTGGAGACATTCCCTAGAGATCCTGAGAAAGCTGTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GT         ATGGGCAAAACATGTAGCTGAGAAAAATGGCTACTTGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168491 GTGTA...CAGATGGGCAAAACATGTAGCTGAGAAAAATGGCTACTTGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 CCATGTCATCCGCAAAGGCCTCAATGCCTACCTGGAAGGTTCATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 171247 CCATGTCATCCGCAAAGGCCTCAATGCCTACCTGGAAGGTTCATGGTA..

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211     GCATGAAGCTTTGCTGTATTATGTTTTAGCAGCAGAAACTGGAATT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171297 .TAGGCATGAAGCTTTGCTGTATTATGTTTTAGCAGCAGAAACTGGAATT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 GAAGTGTCACAGACAAATTTAGCACACATCTGTGAGGAGAGGCCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 179784 GAAGTGTCACAGACAAATTTAGCACACATCTGTGAGGAGAGGCCAGTA..

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302     GACCTGGCCAGGAGATACTTGGGTGTTAACTGTGTTTGGAGATACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179834 .TAGGACCTGGCCAGGAGATACTTGGGTGTTAACTGTGTTTGGAGATACT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 ATAATTTCTCTGTTTTTCAAATCGATGCTCCTTCCTTTG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 180005 ATAATTTCTCTGTTTTTCAAATCGATGCTCCTTCCTTTGGTA...CAGCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 TATTTGAAGATGGGAGACCTTTACTACTATGGCCACCAAAACCAGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182135 TATTTGAAGATGGGAGACCTTTACTACTATGGCCACCAAAACCAGTCACA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 AGACCTGGAGTTGTCTGTGCAGATGTACGCCCAAGCCGCCCTGGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182185 AGACCTGGAGTTGTCTGTGCAGATGTACGCCCAAGCCGCCCTGGATGGAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 ACTCCCAG         GGATTTTTTAACCTGGCCCTGCTAATCGAGGAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 182235 ACTCCCAGGTA...TAGGGATTTTTTAACCTGGCCCTGCTAATCGAGGAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 GGTACGATAATCCCACACCATATCTTGGATTTCTTGGAAATTGACTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188533 GGTACGATAATCCCACACCATATCTTGGATTTCTTGGAAATTGACTCAAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 TCTCCATTCTAATAACATCTCCATTCTCCAGGAACTGTACGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 188583 TCTCCATTCTAATAACATCTCCATTCTCCAGGAACTGTACGAAAGGTG..

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625     GTGCTGGAGCCACAGTAACGAGGAGTCCTTCAGCCCCTGCTCCTTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188633 .CAGGTGCTGGAGCCACAGTAACGAGGAGTCCTTCAGCCCCTGCTCCTTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 GCCTGGCTTTACCTGCACTTGCGGCTTCTCTGGGGTGCTATCCTGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189824 GCCTGGCTTTACCTGCACTTGCGGCTTCTCTGGGGTGCTATCCTGCACTC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 AGCCCTG         ATCTACTTTCTGGGAACCTTTCTGCTATCCATAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189874 AGCCCTGGTA...CAGATCTACTTTCTGGGAACCTTTCTGCTATCCATAT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 TGATCGCCTGGACTGTGCAGTATTTCCAGTCTGTCTCAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 189996 TGATCGCCTGGACTGTGCAGTATTTCCAGTCTGTCTCAGGTA...CAGCA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 AGCGATCCCCCTCCAAGACCATCCCAGGCCTCCCCAGACACTGCCACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199006 AGCGATCCCCCTCCAAGACCATCCCAGGCCTCCCCAGACACTGCCACGTC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 CACTGCAAGTCCAGCTGTGACTCCAGCTGCAGATGCCTCTGACCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199056 CACTGCAAGTCCAGCTGTGACTCCAGCTGCAGATGCCTCTGACCAAGACC

   3100     .    :    .    :    .    :    .
   2903 AGCCCACAGTAACTAATAACCCGGAGCCACGTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199106 AGCCCACAGTAACTAATAACCCGGAGCCACGTGGG