seq1 = pF1KA0743.tfa, 3183 bp
seq2 = pF1KA0743/gi568815584f_78551225.tfa (gi568815584f:78551225_79961961), 1410737 bp

>pF1KA0743 3183
>gi568815584f:78551225_79961961 (Chr14)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-541  (157993-158431)   100% ->
542-925  (163532-163915)   100% ->
926-1129  (252396-252599)   100% ->
1130-1156  (259094-259120)   100% ->
1157-1276  (406018-406137)   100% ->
1277-1658  (414801-415182)   100% ->
1659-1849  (415984-416174)   100% ->
1850-2023  (416949-417122)   99% ->
2024-2143  (436798-436917)   100% ->
2144-2325  (915997-916178)   100% ->
2326-2497  (1112554-1112725)   100% ->
2498-2805  (1146406-1146713)   100% ->
2806-2884  (1253888-1253966)   100% ->
2885-3183  (1310439-1310737)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGCTCGGACGACTTCTTCTATGTAGGAGGAAGCCCAAGTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGGCTCGGACGACTTCTTCTATGTAGGAGGAAGCCCAAGTACCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACTTGCCTGGCTCCCCTGTCAGCAACAACTTCATGGGCTGCCTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACTTGCCTGGCTCCCCTGTCAGCAACAACTTCATGGGCTGCCTTAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         GTTGTTTATAAGAATAATGACATCCGTCTGGAGCTGTCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTA...CAGGTTGTTTATAAGAATAATGACATCCGTCTGGAGCTGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCCTGGCCCGGATTGCGGACACCAAGATGAAAATCTATGGCGAAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158032 CGCCTGGCCCGGATTGCGGACACCAAGATGAAAATCTATGGCGAAGTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTAAGTGTGAGAATGTGGCCACACTGGACCCCATCAACTTTGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158082 GTTTAAGTGTGAGAATGTGGCCACACTGGACCCCATCAACTTTGAGACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGAGGCTTACATCAGCTTGCCCAAGTGGAACACTAAACGTATGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158132 CAGAGGCTTACATCAGCTTGCCCAAGTGGAACACTAAACGTATGGGCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCTCCTTTGACTTCCGCACCACAGAGCCCAATGGCCTGATCCTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158182 ATCTCCTTTGACTTCCGCACCACAGAGCCCAATGGCCTGATCCTCTTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCATGGAAAGCCCCAAGAGAGGAAGGATGCTCGGAGCCAGAAGAATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158232 TCATGGAAAGCCCCAAGAGAGGAAGGATGCTCGGAGCCAGAAGAATACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAGTAGACTTCTTTGCCGTGGAACTCCTCGATGGCAACCTGTACTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158282 AAGTAGACTTCTTTGCCGTGGAACTCCTCGATGGCAACCTGTACTTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTTGACATGGGCTCTGGCACCATCAAAGTGAAAGCCACTCAGAAGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158332 CTTGACATGGGCTCTGGCACCATCAAAGTGAAAGCCACTCAGAAGAAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAATGATGGGGAATGGTACCATGTGGACATTCAGCGAGATGGCAGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158382 CAATGATGGGGAATGGTACCATGTGGACATTCAGCGAGATGGCAGATCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542          GTACTATATCAGTGAACAGCAGGCGCACGCCATTCACCGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158432 GTA...CAGGTACTATATCAGTGAACAGCAGGCGCACGCCATTCACCGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGTGGGGAGAGCGAGATCCTGGACCTGGAAGGAGACATGTACCTGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163573 AGTGGGGAGAGCGAGATCCTGGACCTGGAAGGAGACATGTACCTGGGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTGCCGGAGAACCGTGCTGGCCTTATTCTCCCCACCGAGCTGTGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163623 GCTGCCGGAGAACCGTGCTGGCCTTATTCTCCCCACCGAGCTGTGGACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCATGCTCAACTATGGCTACGTGGGCTGCATCCGCGACCTATTCATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163673 CCATGCTCAACTATGGCTACGTGGGCTGCATCCGCGACCTATTCATTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGGCGCAGCAAGAACATTCGACAGCTGGCAGAGATGCAGAATGCTGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163723 GGGCGCAGCAAGAACATTCGACAGCTGGCAGAGATGCAGAATGCTGCGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGTCAAGTCCTCCTGTTCACGGATGAGTGCCAAGCAGTGTGACAGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163773 TGTCAAGTCCTCCTGTTCACGGATGAGTGCCAAGCAGTGTGACAGCTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCTGCAAGAATAATGCTGTGTGCAAGGACGGCTGGAACCGCTTCATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163823 CCTGCAAGAATAATGCTGTGTGCAAGGACGGCTGGAACCGCTTCATCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GACTGCACCGGCACCGGATACTGGGGAAGAACCTGCGAAAGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 163873 GACTGCACCGGCACCGGATACTGGGGAAGAACCTGCGAAAGGGGTG...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    926   AGGCATCCATCCTGAGCTATGATGGTAGCATGTACATGAAGATCATCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252394 AGAGGCATCCATCCTGAGCTATGATGGTAGCATGTACATGAAGATCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TGCCCATGGTCATGCATACTGAGGCAGAGGATGTGTCCTTCCGCTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252444 TGCCCATGGTCATGCATACTGAGGCAGAGGATGTGTCCTTCCGCTTCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TCCCAGCGAGCTTATGGGCTGCTGGTGGCTACGACCTCCAGGGACTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252494 TCCCAGCGAGCTTATGGGCTGCTGGTGGCTACGACCTCCAGGGACTCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CGACACCCTGCGTCTGGAGCTGGATGGGGGGCGTGTCAAGCTCATGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252544 CGACACCCTGCGTCTGGAGCTGGATGGGGGGCGTGTCAAGCTCATGGTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ACTTAG         ACTGTATCAGGATAAACTGTAACTCCA        
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 252594 ACTTAGGTA...TAGACTGTATCAGGATAAACTGTAACTCCAGTA...TA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1157  GCAAAGGACCAGAGACCTTGTATGCAGGGCAGAAGCTCAATGACAACGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 406017 GGCAAAGGACCAGAGACCTTGTATGCAGGGCAGAAGCTCAATGACAACGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GTGGCACACCGTTCGGGTGGTGCGGAGAGGAAAAAGCCTTAAGTTAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 406067 GTGGCACACCGTTCGGGTGGTGCGGAGAGGAAAAAGCCTTAAGTTAACCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGGATGATGATGTGGCTGAGG         GTACAATGGTGGGAGACCAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 406117 TGGATGATGATGTGGCTGAGGGTG...CAGGTACAATGGTGGGAGACCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ACCCGTTTGGAGTTCCACAACATTGAAACGGGAATCATGACTGAGAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 414821 ACCCGTTTGGAGTTCCACAACATTGAAACGGGAATCATGACTGAGAAACG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTACATCTCCGTTGTCCCCTCCAGCTTTATTGGCCATCTGCAGAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 414871 CTACATCTCCGTTGTCCCCTCCAGCTTTATTGGCCATCTGCAGAGCCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGTTTAATGGCCTTCTCTACATTGACTTGTGCAAAAATGGTGACATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 414921 TGTTTAATGGCCTTCTCTACATTGACTTGTGCAAAAATGGTGACATTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TATTGTGAGCTGAAGGCTCGTTTTGGACTGAGGAACATCATCGCTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 414971 TATTGTGAGCTGAAGGCTCGTTTTGGACTGAGGAACATCATCGCTGACCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TGTCACCTTTAAGACCAAGAGCAGCTACCTGAGCCTTGCCACTCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 415021 TGTCACCTTTAAGACCAAGAGCAGCTACCTGAGCCTTGCCACTCTTCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CTTACACCTCCATGCACCTCTTCTTCCAGTTCAAGACCACCTCACCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 415071 CTTACACCTCCATGCACCTCTTCTTCCAGTTCAAGACCACCTCACCAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GGCTTCATTCTCTTCAATAGTGGTGATGGCAATGACTTCATTGCAGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 415121 GGCTTCATTCTCTTCAATAGTGGTGATGGCAATGACTTCATTGCAGTCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GCTTGTCAAGGG         GTATATACACTACGTTTTTGACCTCGGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 415171 GCTTGTCAAGGGGTA...TAGGTATATACACTACGTTTTTGACCTCGGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ACGGTCCCAATGTGATCAAAGGCAACAGTGACCGCCCCCTGAATGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416013 ACGGTCCCAATGTGATCAAAGGCAACAGTGACCGCCCCCTGAATGACAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 CAGTGGCACAATGTCGTCATCACTCGGGACAATAGTAACACTCATAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416063 CAGTGGCACAATGTCGTCATCACTCGGGACAATAGTAACACTCATAGCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GAAAGTGGACACCAAAGTGGTCACTCAGGTTATCAATGGTGCCAAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416113 GAAAGTGGACACCAAAGTGGTCACTCAGGTTATCAATGGTGCCAAAAATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TGGATTTGAAAG         GTGATCTCTATATGGCTGGTCTGGCCCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 416163 TGGATTTGAAAGGTA...CAGGTGATCTCTATATGGCTGGTCTGGCCCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GGCATGTACAGCAACCTCCCAAAGCTCGTGGCCTCTCGAGATGGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416978 GGCATGTACAGCAACCTCCCAAAGCTCGTGGCCTCTCGAGATGGCTTTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 GGGCTGTCTAGCATCAGTGGACTTGAATGGACGCCTGCCAGACCTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417028 GGGCTGTCTAGCATCAGTGGACTTGAATGGACGCCTGCCAGACCTCATCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 ATGATGCTCTTCATCGGAGCGGACAGATCAAGCGTGGCTGTGAAG     
        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||>>>..
 417078 ATGATGCTCTTCATCGGAGCGGACAGATCGAGCGTGGCTGTGAAGGTA..

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024     GACCCAGTACCACCTGCCAGGAAGATTCATGTGCCAACCAGGGGGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 417128 .TAGGACCCAGTACCACCTGCCAGGAAGATTCATGTGCCAACCAGGGGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CTGCATGCAACAATGGGAGGGCTTCACCTGTGATTGTTCTATGACCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 436844 CTGCATGCAACAATGGGAGGGCTTCACCTGTGATTGTTCTATGACCTCTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 ATTCTGGAAACCAGTGCAATGATC         CTGGCGCTACGTACATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 436894 ATTCTGGAAACCAGTGCAATGATCGTA...CAGCTGGCGCTACGTACATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 TTTGGGAAAAGTGGTGGGCTTATCCTCTACACCTGGCCAGCCAATGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 916014 TTTGGGAAAAGTGGTGGGCTTATCCTCTACACCTGGCCAGCCAATGACAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 GCCCAGCACGCGGTCTGACCGCCTTGCCGTGGGCTTCAGCACCACTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 916064 GCCCAGCACGCGGTCTGACCGCCTTGCCGTGGGCTTCAGCACCACTGTGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 AGGATGGCATCTTGGTCCGCATCGACAGTGCTCCAGGACTTGGTGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 916114 AGGATGGCATCTTGGTCCGCATCGACAGTGCTCCAGGACTTGGTGACTTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 CTCCAGCTTCACATA         GAACAGGGGAAAATTGGAGTTGTCTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 916164 CTCCAGCTTCACATAGTG...TAGGAACAGGGGAAAATTGGAGTTGTCTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 CAACATTGGCACAGTTGACATCTCCATCAAAGAGGAGAGAACCCCTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1112580 CAACATTGGCACAGTTGACATCTCCATCAAAGAGGAGAGAACCCCTGTAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2402 ATGACGGCAAATACCATGTGGTACGCTTCACCAGGAACGGCGGCAACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1112630 ATGACGGCAAATACCATGTGGTACGCTTCACCAGGAACGGCGGCAACGCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2452 ACCCTGCAGGTGGACAACTGGCCAGTGAATGAACATTATCCTACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
1112680 ACCCTGCAGGTGGACAACTGGCCAGTGAATGAACATTATCCTACAGGTA.

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498      GCCGGCAGTTAACCATCTTCAACACTCAGGCGCAAATAGCCATTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1112730 ..TAGGCCGGCAGTTAACCATCTTCAACACTCAGGCGCAAATAGCCATTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2543 GTGGAAAGGACAAAGGACGCCTCTTCCAAGGCCAACTCTCTGGGCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1146451 GTGGAAAGGACAAAGGACGCCTCTTCCAAGGCCAACTCTCTGGGCTCTAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2593 TATGATGGTTTGAAAGTACTGAACATGGCGGCTGAGAACAACCCCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1146501 TATGATGGTTTGAAAGTACTGAACATGGCGGCTGAGAACAACCCCAATAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2643 TAAAATCAATGGAAGTGTTCGGCTGGTTGGAGAAGTCCCATCAATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1146551 TAAAATCAATGGAAGTGTTCGGCTGGTTGGAGAAGTCCCATCAATTTTGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2693 GAACAACACAGACGACCTCCATGCCACCAGAAATGTCTACTACTGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1146601 GAACAACACAGACGACCTCCATGCCACCAGAAATGTCTACTACTGTCATG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2743 GAAACCACTACTACAATGGCGACTACCACAACCCGTAAGAATCGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1146651 GAAACCACTACTACAATGGCGACTACCACAACCCGTAAGAATCGCTCTAC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2793 AGCCAGCATTCAG         CCAACATCAGATGATCTTGTTTCATCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
1146701 AGCCAGCATTCAGGTA...CAGCCAACATCAGATGATCTTGTTTCATCTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2834 CTGAATGTTCAAGTGATGATGAAGACTTTGTTGAATGTGAGCCGAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1253916 CTGAATGTTCAAGTGATGATGAAGACTTTGTTGAATGTGAGCCGAGTACA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2884 G         CAAACCCCACGGAGCCGGGAATCAGACGGGTTCCGGGGGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1253966 GGTA...CAGCAAACCCCACGGAGCCGGGAATCAGACGGGTTCCGGGGGC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2925 CTCAGAGGTGATCCGGGAGTCGAGCAGCACAACAGGGATGGTCGTCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1310479 CTCAGAGGTGATCCGGGAGTCGAGCAGCACAACAGGGATGGTCGTCGGCA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2975 TTGTGGCTGCTGCCGCCCTCTGCATCTTGATCCTCCTGTACGCCATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1310529 TTGTGGCTGCTGCCGCCCTCTGCATCTTGATCCTCCTGTACGCCATGTAC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3025 AAGTACAGGAACAGGGACGAGGGGTCCTATCAAGTGGACGAGACGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1310579 AAGTACAGGAACAGGGACGAGGGGTCCTATCAAGTGGACGAGACGCGGAA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3075 CTACATCAGCAACTCCGCCCAGAGCAACGGCACGCTCATGAAGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1310629 CTACATCAGCAACTCCGCCCAGAGCAACGGCACGCTCATGAAGGAGAAGC

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3125 AGCAGAGCTCGAAGAGCGGCCACAAGAAACAGAAAAACAAGGACAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1310679 AGCAGAGCTCGAAGAGCGGCCACAAGAAACAGAAAAACAAGGACAGGGAG

   3300     .
   3175 TATTACGTG
        |||||||||
1310729 TATTACGTG