seq1 = pF1KA0727.tfa, 3018 bp
seq2 = pF1KA0727/gi568815581r_32394762.tfa (gi568815581r:32394762_32976872), 582111 bp

>pF1KA0727 3018
>gi568815581r:32394762_32976872 (Chr17)

(complement)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-304  (196089-196297)   100% ->
305-398  (198300-198393)   100% ->
399-564  (200844-201009)   100% ->
565-618  (204031-204084)   100% ->
619-714  (205653-205748)   100% ->
715-831  (209121-209237)   100% ->
832-1035  (211792-211995)   100% ->
1036-1181  (216246-216391)   99% ->
1182-1296  (216469-216583)   100% ->
1297-1467  (221211-221381)   100% ->
1468-1538  (227867-227937)   100% ->
1539-1613  (231588-231662)   100% ->
1614-1746  (238488-238620)   100% ->
1747-1913  (255684-255850)   100% ->
1914-2121  (264678-264885)   100% ->
2122-2345  (317535-317758)   100% ->
2346-2490  (322252-322396)   100% ->
2491-2595  (322926-323030)   100% ->
2596-2709  (338038-338151)   100% ->
2710-2864  (371632-371786)   100% ->
2865-3018  (481958-482111)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCAGGAGAGCCTGGAATTCGGCAAGGCAGACTTCGTGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGCAGGAGAGCCTGGAATTCGGCAAGGCAGACTTCGTGCTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACACCGTCTCCATGCCCGAGTTCATGGCCAACCTCAGGCTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 GGACACCGTCTCCATGCCCGAGTTCATGGCCAACCTCAGGCTCAGGTG..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     ATTTGAAAAAGGGCGCATCTATACGTTCATTGGAGAAGTCGTCGTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGATTTGAAAAAGGGCGCATCTATACGTTCATTGGAGAAGTCGTCGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGTGAACCCTTACAAGTTGTTGAACATCTATGGAAGAGACACAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196135 TCTGTGAACCCTTACAAGTTGTTGAACATCTATGGAAGAGACACAATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGTATAAAGGCCGTGAGCTGTATGAGAGACCGCCTCACCTTTTTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196185 GCAGTATAAAGGCCGTGAGCTGTATGAGAGACCGCCTCACCTTTTTGCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGCGGATGCTGCTTACAAGGCTATGAAGAGGCGATCAAAAGACACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196235 TTGCGGATGCTGCTTACAAGGCTATGAAGAGGCGATCAAAAGACACTTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTGTGATATCAG         GGGAAAGTGGAGCTGGTAAAACGGAAGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 196285 ATTGTGATATCAGGTA...CAGGGGAAAGTGGAGCTGGTAAAACGGAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGTAAGTACATTATGCAGTATATTGCGGCCATCACCAACCCCAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198328 CAGTAAGTACATTATGCAGTATATTGCGGCCATCACCAACCCCAGTCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGCAGAGGTTGAAAG         AGTGAAGAATATGTTGCTTAAGTCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 198378 GAGCAGAGGTTGAAAGGTA...AAGAGTGAAGAATATGTTGCTTAAGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACTGTGTTTTGGAAGCTTTTGGAAATGCCAAAACCAACCGTAATGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200869 AACTGTGTTTTGGAAGCTTTTGGAAATGCCAAAACCAACCGTAATGACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCAAGCAGGTTTGGAAAATACATGGATATCAACTTTGACTTCAAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200919 CTCAAGCAGGTTTGGAAAATACATGGATATCAACTTTGACTTCAAGGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCCTATTGGTGGGCATATCAATAACTACTTACTAGAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 200969 ACCCTATTGGTGGGCATATCAATAACTACTTACTAGAAAAGGTA...TAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTCGAGTGATTGTGCAACAGCCAGGAGAAAGAAGCTTTCATTCTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204031 TCTCGAGTGATTGTGCAACAGCCAGGAGAAAGAAGCTTTCATTCTTTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCAG         CTACTCCAAGGAGGTTCAGAACAAATGCTACGCTCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204081 TCAGGTT...CAGCTACTCCAAGGAGGTTCAGAACAAATGCTACGCTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TACATCTCCAGAAATCCCTTTCATCCTACAACTATATTCATGTGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205690 TACATCTCCAGAAATCCCTTTCATCCTACAACTATATTCATGTGGGAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAATTAAAG         TCTTCTATCAATGATGCTGCCGAATTCAGAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 205740 CAATTAAAGGTG...CAGTCTTCTATCAATGATGCTGCCGAATTCAGAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTTGCTGATGCCATGAAAGTCATTGGCTTCAAACCTGAGGAGATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209153 TGTTGCTGATGCCATGAAAGTCATTGGCTTCAAACCTGAGGAGATCCAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGTGTATAAGATTTTGGCTGCTATTCTGCACTTG         GGAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 209203 CAGTGTATAAGATTTTGGCTGCTATTCTGCACTTGGTG...CAGGGAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTAAAATTTGTAGTAGATGGTGACACGCCTCTTATTGAGAATGGCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211798 TTAAAATTTGTAGTAGATGGTGACACGCCTCTTATTGAGAATGGCAAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTATCTATCATAGCAGAATTGCTCTCTACTAAGACAGATATGGTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211848 AGTATCTATCATAGCAGAATTGCTCTCTACTAAGACAGATATGGTTGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGCCCTTCTTTACCGGACTGTGGCCACAGGCCGTGACATCATTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211898 AAGCCCTTCTTTACCGGACTGTGGCCACAGGCCGTGACATCATTGACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGCACACAGAACAAGAGGCCAGCTACGGCAGAGACGCCTTTGCCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 211948 CAGCACACAGAACAAGAGGCCAGCTACGGCAGAGACGCCTTTGCCAAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1036        GCAATATATGAGCGCCTTTTTTGTTGGATCGTTACTCGCATCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211998 G...CAGGCAATATATGAGCGCCTTTTTTGTTGGATCGTTACTCGCATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGATATTATTGAGGTCAAGAACTATGACACCACAATCCATGGGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216289 ATGATATTATTGAGGTCAAGAACTATGACACCACAATCCATGGGAAAAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACTGTTATTGGTGTCTTGGATATCTATGGCTTTGAAATCTTCGACAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 216339 ACTGTTATTGGTGTCTTGGATATCTATGGCTTTGAAATCTTTGACAACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAG         TTTTGAACAATTCTGTATCAATTACTGCAATGAGAAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216389 CAGGTA...TAGTTTTGAACAATTCTGTATCAATTACTGCAATGAGAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGCAGCAGCTATTTATTCAGCTGGTTCTGAAGCAAGAACAAGAGGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216507 TGCAGCAGCTATTTATTCAGCTGGTTCTGAAGCAAGAACAAGAGGAATAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAGCGGGAAGGGATCCCCTGGAAACAT         ATTGACTACTTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 216557 CAGCGGGAAGGGATCCCCTGGAAACATGTG...CAGATTGACTACTTCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAATCAGATCATTGTTGACCTCGTGGAGCAACAGCACAAAGGGATCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221225 CAATCAGATCATTGTTGACCTCGTGGAGCAACAGCACAAAGGGATCATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CAATCCTTGATGATGCTTGCATGAATGTCGGCAAAGTCACCGATGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221275 CAATCCTTGATGATGCTTGCATGAATGTCGGCAAAGTCACCGATGAAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TTTCTTGAAGCACTTAACAGTAAATTGGGCAAACACGCCCATTTTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221325 TTTCTTGAAGCACTTAACAGTAAATTGGGCAAACACGCCCATTTTTCCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCGAAAG         CTCTGTGCCTCAGACAAAATTCTGGAGTTTGATC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221375 CCGAAAGGTA...TAGCTCTGTGCCTCAGACAAAATTCTGGAGTTTGATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GAGATTTTCGAATTCGACATTATGCAGGCGATGTAGT         CTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 227901 GAGATTTTCGAATTCGACATTATGCAGGCGATGTAGTGTG...TAGCTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TCTGTCATTGGTTTTATTGACAAAAATAAAGATACTTTATTTCAAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231592 TCTGTCATTGGTTTTATTGACAAAAATAAAGATACTTTATTTCAAGATTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CAAGCGCCTTATGTATAACAG         TTCAAATCCTGTGCTCAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 231642 CAAGCGCCTTATGTATAACAGGTA...CAGTTCAAATCCTGTGCTCAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ATATGTGGCCTGAAGGCAAACTGAGCATTACAGAGGTGACCAAGCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238508 ATATGTGGCCTGAAGGCAAACTGAGCATTACAGAGGTGACCAAGCGACCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CTGACTGCTGCTACCTTGTTTAAGAATTCTATGATTGCTCTAGTAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238558 CTGACTGCTGCTACCTTGTTTAAGAATTCTATGATTGCTCTAGTAGACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCTTGCATCAAAG         GAACCATATTACGTTCGTTGCATCAAAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 238608 CCTTGCATCAAAGGTA...TAGGAACCATATTACGTTCGTTGCATCAAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CCAATGACAAGAAATCTCCACAGATATTTGATGATGAACGCTGCCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255712 CCAATGACAAGAAATCTCCACAGATATTTGATGATGAACGCTGCCGGCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CAAGTAGAATATCTTGGACTACTGGAAAATGTGAGAGTGCGTCGGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255762 CAAGTAGAATATCTTGGACTACTGGAAAATGTGAGAGTGCGTCGGGCAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 ATTTGCCTTCCGCCAGACATACGAGAAGTTTCTTCACAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 255812 ATTTGCCTTCCGCCAGACATACGAGAAGTTTCTTCACAGGTG...CAGGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ATAAGATGATCTCTGAATTCACCTGGCCCAACCATGACCTTCCTTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264680 ATAAGATGATCTCTGAATTCACCTGGCCCAACCATGACCTTCCTTCAGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AAAGAGGCTGTCAAGAAACTAATTGAACGGTGTGGTTTTCAGGATGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264730 AAAGAGGCTGTCAAGAAACTAATTGAACGGTGTGGTTTTCAGGATGATGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 AGCTTATGGGAAGACCAAAATTTTCATTCGAACACCCCGAACATTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264780 AGCTTATGGGAAGACCAAAATTTTCATTCGAACACCCCGAACATTGTTTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CCTTGGAAGAACTCCGTGCCCAGATGCTCATAAGGATTGTCCTCTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264830 CCTTGGAAGAACTCCGTGCCCAGATGCTCATAAGGATTGTCCTCTTTCTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CAAAAG         GTGTGGCGGGGCACCCTGGCCCGCATGCGGTACAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264880 CAAAAGGTA...AAGGTGTGGCGGGGCACCCTGGCCCGCATGCGGTACAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 AAGAACCAAGGCAGCTCTGACAATAATCAGGTACTACCGGCGCTACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317570 AAGAACCAAGGCAGCTCTGACAATAATCAGGTACTACCGGCGCTACAAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 TGAAGTCGTACATCCACGAGGTGGCCAGACGCTTCCATGGCGTCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317620 TGAAGTCGTACATCCACGAGGTGGCCAGACGCTTCCATGGCGTCAAGACC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 ATGCGAGACTACGGGAAGCACGTGAAGTGGCCAAGCCCTCCTAAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317670 ATGCGAGACTACGGGAAGCACGTGAAGTGGCCAAGCCCTCCTAAAGTTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 TCGCCGTTTTGAGGAGGCCCTGCAGACGATTTTCAATAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 317720 TCGCCGTTTTGAGGAGGCCCTGCAGACGATTTTCAATAGGTA...TAGAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 GGAGAGCATCCCAGCTCATCAAGAGCATTCCGGCCTCAGACCTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322254 GGAGAGCATCCCAGCTCATCAAGAGCATTCCGGCCTCAGACCTGCCCCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 GTCAGGGCAAAGGTTGCAGCCGTGGAAATGTTGAAGGGTCAAAGGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322304 GTCAGGGCAAAGGTTGCAGCCGTGGAAATGTTGAAGGGTCAAAGGGCTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CCTCGGGCTCCAGAGGGCCTGGGAGGGCAACTATCTTGCTTCA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 322354 CCTCGGGCTCCAGAGGGCCTGGGAGGGCAACTATCTTGCTTCAGTA...C

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2491   AAGCCAGATACACCTCAGACCTCAGGCACTTTTGTCCCTGTTGCTAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322924 AGAAGCCAGATACACCTCAGACCTCAGGCACTTTTGTCCCTGTTGCTAAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 GAATTGAAACGGAAGGACAAATACATGAATGTCCTCTTTTCCTGTCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322974 GAATTGAAACGGAAGGACAAATACATGAATGTCCTCTTTTCCTGTCACGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 CCGTAAG         GTAAATCGATTTAGTAAGGTGGAAGACAGAGCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323024 CCGTAAGGTA...CAGGTAAATCGATTTAGTAAGGTGGAAGACAGAGCAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 TTTTTGTCACTGACCGTCACCTGTATAAAATGGATCCCACTAAACAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338072 TTTTTGTCACTGACCGTCACCTGTATAAAATGGATCCCACTAAACAGTAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 AAGGTGATGAAGACTATCCCTCTATACAAT         TTGACTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 338122 AAGGTGATGAAGACTATCCCTCTATACAATGTA...CAGTTGACTGGTCT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 GAGTGTCTCCAATGGAAAGGACCAACTTGTAGTGTTCCATACGAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 371643 GAGTGTCTCCAATGGAAAGGACCAACTTGTAGTGTTCCATACGAAAGACA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 ACAAAGACCTCATTGTCTGCCTCTTCAGCAAACAGCCAACCCATGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 371693 ACAAAGACCTCATTGTCTGCCTCTTCAGCAAACAGCCAACCCATGAGAGT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2821 CGAATTGGAGAACTTGTTGGAGTGCTGGTGAATCATTTCAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 371743 CGAATTGGAGAACTTGTTGGAGTGCTGGTGAATCATTTCAAGAGGTA...

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2865    TGAGAAGCGCCACCTTCAAGTGAACGTCACCAACCCAGTACAGTGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481955 CAGTGAGAAGCGCCACCTTCAAGTGAACGTCACCAACCCAGTACAGTGCA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2912 GCCTGCACGGGAAGAAGTGCACCGTCTCCGTGGAGACGCGGCTCAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 482005 GCCTGCACGGGAAGAAGTGCACCGTCTCCGTGGAGACGCGGCTCAACCAG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2962 CCCCAGCCCGACTTCACCAAGAATCGCTCGGGCTTCATCCTCAGCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 482055 CCCCAGCCCGACTTCACCAAGAATCGCTCGGGCTTCATCCTCAGCGTGCC

   3200     .
   3012 CGGGAAC
        |||||||
 482105 CGGGAAC