seq1 = pF1KA0725.tfa, 2133 bp
seq2 = pF1KA0725/gi568815590f_38132995.tfa (gi568815590f:38132995_38360118), 227124 bp

>pF1KA0725 2133
>gi568815590f:38132995_38360118 (Chr8)

1-220  (100001-100220)   100% ->
221-411  (101400-101590)   100% ->
412-501  (104544-104633)   100% ->
502-622  (105095-105215)   99% ->
623-712  (107281-107370)   100% ->
713-848  (109256-109391)   100% ->
849-1057  (112748-112956)   100% ->
1058-1125  (113239-113306)   100% ->
1126-1248  (114719-114841)   100% ->
1249-1344  (116714-116809)   100% ->
1345-1461  (118918-119034)   100% ->
1462-1617  (119138-119293)   100% ->
1618-1720  (119728-119830)   100% ->
1721-1891  (119963-120133)   100% ->
1892-2054  (120562-120724)   100% ->
2055-2133  (127046-127124)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCATCAGTGCAGTCACAACAGGAGCAGTTGTCCCAGTCAGATCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCATCAGTGCAGTCACAACAGGAGCAGTTGTCCCAGTCAGATCCATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCGTCACCAAACTCATGTAGTTCCTTTGAGCTAATAGACATGGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCGTCACCAAACTCATGTAGTTCCTTTGAGCTAATAGACATGGATGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGCTTGTATGAACCAGTTTCTCCCCATTGGTTTTATTGTAAGATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAGCTTGTATGAACCAGTTTCTCCCCATTGGTTTTATTGTAAGATAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATTCTAAGGAGACATGGATTCCTTTCAACTCTGAGGATTCACAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATTCTAAGGAGACATGGATTCCTTTCAACTCTGAGGATTCACAGCAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAAGAGGCATATAGCTCTG         GAAAAGGTTGTAATGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100201 GGAAGAGGCATATAGCTCTGGTA...AAGGAAAAGGTTGTAATGGGAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGTTCCTACTGATGGGGGCAGATATGATGTTCATTTGGGGGAGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101421 TTGTTCCTACTGATGGGGGCAGATATGATGTTCATTTGGGGGAGAGGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGTATGCTGTATACTGGGATGAACTGGCATCGGAAGTGAGACGATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101471 CGGTATGCTGTATACTGGGATGAACTGGCATCGGAAGTGAGACGATGTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTGGTTTTACAAGGGGGACAAAGACAATAAGTATGTTCCCTACTCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101521 GTGGTTTTACAAGGGGGACAAAGACAATAAGTATGTTCCCTACTCGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTTCAGCCAAGTTTTAGAG         GAAACTTACATGCTTGCTGTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101571 GCTTCAGCCAAGTTTTAGAGGTA...AAGGAAACTTACATGCTTGCTGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTTTGGATGAATGGAAAAAGAAACTGGAATCTCCCAACAGAGAAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104565 ACTTTGGATGAATGGAAAAAGAAACTGGAATCTCCCAACAGAGAAATTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATTTTACACAATCCAAAG         CTTATGGTGCATTACCAGCCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104615 TATTTTACACAATCCAAAGGTA...AAGCTTATGGTGCATTACCAGCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGCAGGGTCTGATGATTGGGGTTCAACACCCATGGAGCAGGGTCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 105117 TTGCAGGGTCTGATGATTGGGGTTCAACACCCACGGAGCAGGGTCGACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGAACTGTGAAGAGAGGAGTTGAGAACATCTCTGTTGACATTCATTGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105167 AGAACTGTGAAGAGAGGAGTTGAGAACATCTCTGTTGACATTCATTGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623         GAGAACCTTTACAAATAGATCACTTGGTTTTTGTAGTCCATG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105217 TA...TAGGAGAACCTTTACAAATAGATCACTTGGTTTTTGTAGTCCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGATTGGACCAGCTTGTGATCTCCGCTTTCGAAGCATTGTACAGTGTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107323 GGATTGGACCAGCTTGTGATCTCCGCTTTCGAAGCATTGTACAGTGTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    713        TTAATGATTTTCGCAGTGTTTCCTTGAACTTGCTACAGACACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107373 A...CAGTTAATGATTTTCGCAGTGTTTCCTTGAACTTGCTACAGACACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTTTAAGAAAGCCCAAGAAAATCAGCAGATTGGGAGGGTAGAATTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109299 TTTTAAGAAAGCCCAAGAAAATCAGCAGATTGGGAGGGTAGAATTTCTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGTCAACTGGCACAGTCCTTTGCATTCTACTGGTGTGGATGT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109349 CAGTCAACTGGCACAGTCCTTTGCATTCTACTGGTGTGGATGTGTG...C

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    849   AGATCTGCAGCGAATAACCCTGCCCAGCATTAACCGCCTCAGGCACTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112746 AGAGATCTGCAGCGAATAACCCTGCCCAGCATTAACCGCCTCAGGCACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACCAATGACACAATTCTGGATGTCTTCTTCTACAATAGTCCCACCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112796 CACCAATGACACAATTCTGGATGTCTTCTTCTACAATAGTCCCACCTACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GTCAGACTATTGTGGACACAGTTGCTTCTGAAATGAACCGAATATACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112846 GTCAGACTATTGTGGACACAGTTGCTTCTGAAATGAACCGAATATACACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTTTTTCTACAGAGGAACCCTGATTTCAAAGGGGGTGTATCCATTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112896 CTTTTTCTACAGAGGAACCCTGATTTCAAAGGGGGTGTATCCATTGCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCATAGTTTAG         GTTCGCTTATATTGTTTGATATCCTAACAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112946 TCATAGTTTAGGTA...TAGGTTCGCTTATATTGTTTGATATCCTAACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATCAGAAAGATTCTTTGGGGGATATTGACAGTGAAAAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113269 ATCAGAAAGATTCTTTGGGGGATATTGACAGTGAAAAGGTA...TAGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCGCTAAATATTGTAATGGATCAAGGAGATACACCTACACTAGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114722 TCGCTAAATATTGTAATGGATCAAGGAGATACACCTACACTAGAGGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TTTGAAGAAACTTCAGCTCTCTGAATTCTTTGATATCTTTGAGAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114772 TTTGAAGAAACTTCAGCTCTCTGAATTCTTTGATATCTTTGAGAAGGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AAGTAGATAAGGAAGCTCTG         GCTTTATGTACAGACCGAGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114822 AAGTAGATAAGGAAGCTCTGGTA...TAGGCTTTATGTACAGACCGAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTTCAGGAAATAGGAATTCCTTTAGGACCAAGAAAGAAGATATTAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116735 CTTCAGGAAATAGGAATTCCTTTAGGACCAAGAAAGAAGATATTAAACTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TTTCAGCACCAGAAAAAACTCAATG         GGTATTAAGAGACCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 116785 TTTCAGCACCAGAAAAAACTCAATGGTA...TAGGGTATTAAGAGACCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCCCGCAGCCTGCTTCAGGGGCAAACATCCCCAAAGAATCTGAGTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118934 CCCCGCAGCCTGCTTCAGGGGCAAACATCCCCAAAGAATCTGAGTTCTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AGTAGCAGTAATACTAGAAATGGTGACTATCTGGATGTTGGCATTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118984 AGTAGCAGTAATACTAGAAATGGTGACTATCTGGATGTTGGCATTGGGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 G         GTGTCTGTGAAATACCCCCGGCTCATCTATAAACCAGAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119034 GGTA...GAGGTGTCTGTGAAATACCCCCGGCTCATCTATAAACCAGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TATTCTTTGCCTTTGGATCTCCCATTGGAATGTTCCTTACTGTCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119178 TATTCTTTGCCTTTGGATCTCCCATTGGAATGTTCCTTACTGTCCGAGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CTAAAAAGAATTGATCCCAACTACAGATTTCCAACGTGCAAAGGTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119228 CTAAAAAGAATTGATCCCAACTACAGATTTCCAACGTGCAAAGGTTTCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CAATATTTATCACCCT         TTTGATCCTGTGGCCTATAGGATTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119278 CAATATTTATCACCCTGTA...TAGTTTGATCCTGTGGCCTATAGGATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AACCAATGGTGGTCCCAGGAGTGGAATTTGAGCCAATGCTGATCCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119753 AACCAATGGTGGTCCCAGGAGTGGAATTTGAGCCAATGCTGATCCCACAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CATAAAGGCAGGAAGCGGATGCACTTAG         AACTGAGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119803 CATAAAGGCAGGAAGCGGATGCACTTAGGTA...CAGAACTGAGAGAGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CTTGACCAGGATGAGTATGGACCTTAAGAACAACTTGCTAGGTTCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119976 CTTGACCAGGATGAGTATGGACCTTAAGAACAACTTGCTAGGTTCGCTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GGATGGCCTGGAAGTCTTTTACCAGAGCTCCATACCCTGCCTTACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120026 GGATGGCCTGGAAGTCTTTTACCAGAGCTCCATACCCTGCCTTACAAGCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TCAGAAACACCAGAAGAAACTGAAGCAGAACCTGAATCAACTTCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120076 TCAGAAACACCAGAAGAAACTGAAGCAGAACCTGAATCAACTTCAGAGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GCCTAGTG         ATGTTAACACAGAAGAGACCTCTGTGGCAGTTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120126 GCCTAGTGGTC...CAGATGTTAACACAGAAGAGACCTCTGTGGCAGTTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 AAGAAGAAGTCCTGCCTATCAATGTGGGGATGCTGAATGGAGGCCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120595 AAGAAGAAGTCCTGCCTATCAATGTGGGGATGCTGAATGGAGGCCAACGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ATTGACTATGTGCTACAGGAGAAGCCTATTGAAAGTTTTAATGAGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120645 ATTGACTATGTGCTACAGGAGAAGCCTATTGAAAGTTTTAATGAGTATTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 ATTTGCTTTACAAAGCCATCTATGCTACTG         GGAGTCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120695 ATTTGCTTTACAAAGCCATCTATGCTACTGGTA...TAGGGAGTCTGAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 ATACAGTATTGCTCGTCCTCAAAGAGATCTACCAAACCCAGGGTATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127057 ATACAGTATTGCTCGTCCTCAAAGAGATCTACCAAACCCAGGGTATCTTC

   2250     .    :    .
   2116 CTTGATCAGCCTTTACAG
        ||||||||||||||||||
 127107 CTTGATCAGCCTTTACAG