seq1 = pF1KA0713.tfa, 2871 bp
seq2 = pF1KA0713/gi568815591r_17694048.tfa (gi568815591r:17694048_17997448), 303401 bp

>pF1KA0713 2871
>gi568815591r:17694048_17997448 (Chr7)

(complement)

2-125  (99993-100115)   96% ->
126-228  (104015-104117)   100% ->
229-318  (105814-105903)   100% ->
319-440  (106965-107086)   100% ->
441-562  (121659-121780)   100% ->
563-664  (121868-121969)   100% ->
665-753  (123833-123921)   100% ->
754-837  (128959-129042)   100% ->
838-976  (146485-146623)   100% ->
977-1065  (147014-147102)   100% ->
1066-1165  (151755-151854)   100% ->
1166-1359  (157449-157642)   100% ->
1360-1464  (162584-162688)   100% ->
1465-1597  (163265-163397)   100% ->
1598-1635  (167402-167439)   100% ->
1636-1705  (171358-171427)   100% ->
1706-1845  (175801-175940)   100% ->
1846-1953  (181160-181267)   100% ->
1954-2064  (182505-182615)   99% ->
2065-2226  (193869-194030)   100% ->
2227-2298  (195790-195861)   100% ->
2299-2444  (198295-198440)   100% ->
2445-2513  (198691-198759)   100% ->
2514-2626  (200510-200622)   100% ->
2627-2871  (203157-203401)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      2 TGTTAACTGAGGCCAGTCTATCCATATGGGGATGGGGAAGCCTTGGCATT
        |||-|  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99993 TGT ATTTCAGGCCAGTCTATCCATATGGGGATGGGGAAGCCTTGGCATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     52 GTCCTTTTTCTGATAACCTTTGGACCCTTTGTAATATTTTATTTGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100042 GTCCTTTTTCTGATAACCTTTGGACCCTTTGTAATATTTTATTTGACATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    102 TTATATCCTCTGCTTTGTGGGTGG         GGGTTTAGTGGTTACTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100092 TTATATCCTCTGCTTTGTGGGTGGGTA...TAGGGGTTTAGTGGTTACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143 TCCTGTTTGGAAAAACAAACTCAGAGAAGTACCTAGAACAGTGTGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104032 TCCTGTTTGGAAAAACAAACTCAGAGAAGTACCTAGAACAGTGTGAACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193 TCATTTCTTCCTCCAACATCACCTGGGGTTCCTAAG         TGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104082 TCATTTCTTCCTCCAACATCACCTGGGGTTCCTAAGGTA...AAGTGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234 AGAAGAAATGAAACGGGAAGCCAGGACTATTAAGATTGATAGAAGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105819 AGAAGAAATGAAACGGGAAGCCAGGACTATTAAGATTGATAGAAGATTGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284 CGGGTGCCAATATAATTGATGAACCTCTCCAGCAA         GTTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105869 CGGGTGCCAATATAATTGATGAACCTCTCCAGCAAGTG...TAGGTTATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325 CAGTTTTCCTTGAGGGATTATGTCCAGTATTGGTATTATACACTAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106971 CAGTTTTCCTTGAGGGATTATGTCCAGTATTGGTATTATACACTAAGCGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375 TGATGAATCTTTTCTTCTTGAAATTAGGCAGACTCTTCAAAACGCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107021 TGATGAATCTTTTCTTCTTGAAATTAGGCAGACTCTTCAAAACGCACTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425 TTCAGTTTGCTACTAG         GTCAAAAGAAATAGACTGGCAACCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107071 TTCAGTTTGCTACTAGGTA...AAGGTCAAAAGAAATAGACTGGCAACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466 TATTTTACTACACGCATTGTAGATGACTTTGGCACACACTTACGAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121684 TATTTTACTACACGCATTGTAGATGACTTTGGCACACACTTACGAGTATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    516 CAGAAAGGCTCAACAGAAAATAACAGAGAAAGATGATCAAGTGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 121734 CAGAAAGGCTCAACAGAAAATAACAGAGAAAGATGATCAAGTGAAAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563       GTACAGCAGAAGATCTTGTAGATACCTTCTTTGAAGTTGAAGTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121784 ...TAGGTACAGCAGAAGATCTTGTAGATACCTTCTTTGAAGTTGAAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607 GAAATGGAGAAGGAGGTTTGCCGTGATCTAGTGTGCACTTCCCCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121912 GAAATGGAGAAGGAGGTTTGCCGTGATCTAGTGTGCACTTCCCCCAAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657 TGAAGAAG         GATTCCTAAGGGATTTGTGTGAGGTCTTACTAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121962 TGAAGAAGGTT...TAGGATTCCTAAGGGATTTGTGTGAGGTCTTACTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    698 ATTTATTGCTACCTCCTGGAGATTTCCAGAACAAGATCATGCGATACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123866 ATTTATTGCTACCTCCTGGAGATTTCCAGAACAAGATCATGCGATACTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    748 GTCAGG         GAAATCCTTGCACGAGGAATTCTTCTTCCATTAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123916 GTCAGGGTA...CAGGAAATCCTTGCACGAGGAATTCTTCTTCCATTAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    789 AAATCAACTCAGTGATCCTGATTATATTAATCAGTATGTCATATGGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 128994 AAATCAACTCAGTGATCCTGATTATATTAATCAGTATGTCATATGGATGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838         ATCCGTGATTCTAACTGCAACTATGAGGCCTTTATGAACATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129044 TA...CAGATCCGTGATTCTAACTGCAACTATGAGGCCTTTATGAACATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880 ATTAAATTGAGTGACAATATTGGAGAGCTAGAAGCAGTCAGAGATAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146527 ATTAAATTGAGTGACAATATTGGAGAGCTAGAAGCAGTCAGAGATAAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930 AGCAGAAGAATTACAGTATCTTAGATCTCTAGATACAGCTGGTGATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 146577 AGCAGAAGAATTACAGTATCTTAGATCTCTAGATACAGCTGGTGATGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    977       ATATCAACACTATCAAAAATCAAATAAATAGCTTACTATTCGTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146627 ...TAGATATCAACACTATCAAAAATCAAATAAATAGCTTACTATTCGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021 AAGAAGGTATGTGACTCAAGAATACAGCGATTGCAGTCAGGCAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 147058 AAGAAGGTATGTGACTCAAGAATACAGCGATTGCAGTCAGGCAAAGTA..

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1066     GAAATAAATACTGTGAAACTTGCAGCAAACTTTGGGAAACTTTGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147108 .TAGGAAATAAATACTGTGAAACTTGCAGCAAACTTTGGGAAACTTTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1112 CAGTCCCCCTGGACAGCATTCTTGTAGACAATGTTGCACTACAATTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151801 CAGTCCCCCTGGACAGCATTCTTGTAGACAATGTTGCACTACAATTTTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1162 ATGG         ATTACATGCAGCAAACTGGAGGTCAAGCACATCTATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151851 ATGGGTA...TAGATTACATGCAGCAAACTGGAGGTCAAGCACATCTATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1203 CTTTTGGATGACAGTGGAAGGATACCGGGTTACCGCCCAACAGCAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157486 CTTTTGGATGACAGTGGAAGGATACCGGGTTACCGCCCAACAGCAGCTAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1253 AAGTTTTATTAAGTCGTCAGAGAGATGGAAAACATCAAACCAACCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157536 AAGTTTTATTAAGTCGTCAGAGAGATGGAAAACATCAAACCAACCAAACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1303 AAAGGTCTTTTAAGAGCAGCTGCTGTTGGAATTTATGAACAGTATTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157586 AAAGGTCTTTTAAGAGCAGCTGCTGTTGGAATTTATGAACAGTATTTATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1353 AGAAAAG         GCATCTCCAAGAGTTACTGTTGATGACTATTTAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157636 AGAAAAGGTG...TAGGCATCTCCAAGAGTTACTGTTGATGACTATTTAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1394 TAGCAAAATTAGCAGATACTTTGAATCATGAAGATCCAACCCCTGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162618 TAGCAAAATTAGCAGATACTTTGAATCATGAAGATCCAACCCCTGAAATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1444 TTTGATGACATTCAAAGAAAG         GTATATGAATTGATGCTACG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 162668 TTTGATGACATTCAAAGAAAGGTA...AAGGTATATGAATTGATGCTACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1485 AGATGAAAGATTTTATCCTTCCTTCAGACAGAATGCACTTTATGTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163285 AGATGAAAGATTTTATCCTTCCTTCAGACAGAATGCACTTTATGTGCGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1535 TGTTAGCTGAGCTTGACATGTTAAAAGATCCTAGTTTCAGAGGATCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163335 TGTTAGCTGAGCTTGACATGTTAAAAGATCCTAGTTTCAGAGGATCCGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1585 GATGGGGATGGAG         AATCTTTTAATGGGTCTCCTACAGGAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 163385 GATGGGGATGGAGGTA...CAGAATCTTTTAATGGGTCTCCTACAGGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1626 CATAAATTTG         TCTTTAGATGACCTTTCAAATGTTTCTTCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 167430 CATAAATTTGGTA...CAGTCTTTAGATGACCTTTCAAATGTTTCTTCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1667 ATGACTCAGTACAACTTCATGCCTACATTTCAGACACAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 171389 ATGACTCAGTACAACTTCATGCCTACATTTCAGACACAGGTA...CAGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1708 GTTTGTAATGATCATGGCAAGACATATGCATTATATGCCATCACTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175803 GTTTGTAATGATCATGGCAAGACATATGCATTATATGCCATCACTGTACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1758 CCGGCGCAACCTAAACAGTGAGGAGATGTGGAAAACCTATCGTCGTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175853 CCGGCGCAACCTAAACAGTGAGGAGATGTGGAAAACCTATCGTCGTTATA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1808 GTGACTTCCATGACTTCCACATGAGAATCACTGAACAG         TTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 175903 GTGACTTCCATGACTTCCACATGAGAATCACTGAACAGGTA...CAGTTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1849 GAAAGTCTCTCAAGCATATTGAAACTTCCTGGAAAAAAGACTTTTAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181163 GAAAGTCTCTCAAGCATATTGAAACTTCCTGGAAAAAAGACTTTTAATAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1899 TATGGATAGAGATTTTTTAGAAAAGAGAAAAAAGGATCTAAATGCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181213 TATGGATAGAGATTTTTTAGAAAAGAGAAAAAAGGATCTAAATGCATATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1949 TGCAG         TTACTGTTAGCTCCTGAAATGATGAAGGCATCCCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 181263 TGCAGGTA...TAGTTACTGTTAGCTCCTGAAATGATGAAGGCATCCCCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1990 GCTTTAGCTCACTATGTGTATGATTTCCTTGAGAACAAAGCCTACAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182541 GCTTTAGCTCACTATGTGTATGATTTCCTTGAGAACAAAGCCTACAGTAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2040 AGGAAAAGGGGATTTTGCTCGCAAG         ATGGACACTTTTGTAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 182591 AGGAAAAGGGGATTTTGCTCGCAAGGTA...TAGATGGACACTTTTGTAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2081 ATCCACTTCGCAATTCAATGAGGAATGTTTCAAATGCAGTTAAATCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193885 ATCCACTTCGCAATTCAATGAGGAATGTTTCAAATGCAGTTAAATCCCTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2131 CCTGATAGCTTGGCAGAGGGAATGACTAAAATGTCAGACAACATGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193935 CCTGATAGCTTGGCAGAGGGAATGACTAAAATGTCAGACAACATGGGCAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2181 AATGTCAGAAAGATTAGGTCAAGACATAAAGCAATCATTTTTTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 193985 AATGTCAGAAAGATTAGGTCAAGACATAAAGCAATCATTTTTTAAGGTA.

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2227      GTGCCTCCTTTAATTCCTAAGACTGATTCAGACCCTGAACATCGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194035 ..TAGGTGCCTCCTTTAATTCCTAAGACTGATTCAGACCCTGAACATCGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2272 CGAGTTTCGGCTCAACTTGACGATAAT         GTGGATGACAATAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 195835 CGAGTTTCGGCTCAACTTGACGATAATGTG...CAGGTGGATGACAATAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2313 TCCACTTAGGGTAATGCTGCTTCTCATGGATGAAGTATTCGACTTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198309 TCCACTTAGGGTAATGCTGCTTCTCATGGATGAAGTATTCGACTTAAAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2363 AAAGAAATCAGTGGTTGCGAAGGAATATCAAAAACCTACTTCAACAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198359 AAAGAAATCAGTGGTTGCGAAGGAATATCAAAAACCTACTTCAACAGCTT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2413 ATTAGAGCTACATATGGCGATACTATTAATAG         AAAAATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 198409 ATTAGAGCTACATATGGCGATACTATTAATAGGTA...CAGAAAAATAGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2454 TGACCATGTTGACTGGATGACTTCACCTGAACAAGTAGCCGACTCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198700 TGACCATGTTGACTGGATGACTTCACCTGAACAAGTAGCCGACTCAGTGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2504 AACGTTTCAG         AGATGCATTTTGGCCAAATGGCATTTTAGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 198750 AACGTTTCAGGTA...TAGAGATGCATTTTGGCCAAATGGCATTTTAGCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2545 GAGGCTGTTCCATGCAGAGATAAAAGTATTCGAATGAGAACAAGAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200541 GAGGCTGTTCCATGCAGAGATAAAAGTATTCGAATGAGAACAAGAGTAGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2595 AGGAAAAACGAAATTACTTGCAATTATGCCAG         ATGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 200591 AGGAAAAACGAAATTACTTGCAATTATGCCAGGTG...TAGATGAGCTGA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2636 AGCACATTATTGGGGCTGAGACAACACGGAAAGGTATTCTTCGTGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203166 AGCACATTATTGGGGCTGAGACAACACGGAAAGGTATTCTTCGTGTTTTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2686 GAAATGTTTCAGCACAACCAATTAAATAGGAGAATGGTTTATGTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203216 GAAATGTTTCAGCACAACCAATTAAATAGGAGAATGGTTTATGTCTTCTT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2736 GGAAGGCTTTTTAGAAACCTTATTTCCACAGTATAAATTCCGTGAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203266 GGAAGGCTTTTTAGAAACCTTATTTCCACAGTATAAATTCCGTGAACTTT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2786 TCAACAAACTGCATTCACGGTCAAAGCAGATGCAGAAATATAAACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203316 TCAACAAACTGCATTCACGGTCAAAGCAGATGCAGAAATATAAACAGAAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .
   2836 CTTCAAACTACTCAAGCGCCTTCTTTGCAGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203366 CTTCAAACTACTCAAGCGCCTTCTTTGCAGAAAAGG