seq1 = pF1KA0691.tfa, 2259 bp
seq2 = pF1KA0691/gi568815579f_54043117.tfa (gi568815579f:54043117_54255404), 212288 bp

>pF1KA0691 2259
>gi568815579f:54043117_54255404 (Chr19)

1-25  (99863-99887)   100% ->
26-93  (100003-100070)   100% ->
94-168  (100326-100400)   100% ->
169-258  (100544-100633)   100% ->
259-387  (100890-101018)   100% ->
388-483  (101121-101216)   100% ->
484-703  (102482-102701)   100% ->
704-837  (102794-102927)   100% ->
838-894  (103485-103541)   100% ->
895-1282  (105032-105419)   100% ->
1283-1406  (105504-105627)   100% ->
1407-1605  (106444-106642)   100% ->
1606-1705  (109110-109209)   100% ->
1706-1904  (109312-109510)   100% ->
1905-2037  (109751-109883)   100% ->
2038-2163  (110599-110724)   100% ->
2164-2259  (112193-112288)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACAAGCGCAAACTCCAAG         GTGAGATTGATCGCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  99863 ATGGCGGACAAGCGCAAACTCCAAGGTA...CAGGTGAGATTGATCGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCTCAAGAAGGTGTCCGAGGGCGTGGAGCAGTTTGAAGATATTTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 CCTCAAGAAGGTGTCCGAGGGCGTGGAGCAGTTTGAAGATATTTGGCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AG         CTCCACAATGCAGCCAACGCGAACCAGAAAGAAAAGTAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 AGGTA...CAGCTCCACAATGCAGCCAACGCGAACCAGAAAGAAAAGTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGGCTGACCTAAAGAAGGAGATTAAGAAGCTACAA         CGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100365 GAGGCTGACCTAAAGAAGGAGATTAAGAAGCTACAAGTG...CAGCGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GAGGGACCAAATCAAGACATGGGTAGCGTCCAACGAGATCAAGGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 GAGGGACCAAATCAAGACATGGGTAGCGTCCAACGAGATCAAGGACAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGCAGCTTATAGACAACCGCAAGCTCATTGAGACG         CAAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100599 GGCAGCTTATAGACAACCGCAAGCTCATTGAGACGGTA...CAGCAAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAACGGTTCAAAGTTGTGGAACGAGAGACCAAAACCAAAGCTTACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100896 GAACGGTTCAAAGTTGTGGAACGAGAGACCAAAACCAAAGCTTACAGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGAGGGCCTGGGCCTGGCCCAGAAGGTAGATCCTGCCCAGAAGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100946 AGAGGGCCTGGGCCTGGCCCAGAAGGTAGATCCTGCCCAGAAGGAGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGAGGTTGGCCAGTGGCTCACG         AATACCATCGACACGCTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100996 AAGAGGTTGGCCAGTGGCTCACGGTG...TAGAATACCATCGACACGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AACATGCAGGTGGACCAGTTTGAGAGTGAAGTGGAGTCACTGTCAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101139 AACATGCAGGTGGACCAGTTTGAGAGTGAAGTGGAGTCACTGTCAGTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GACACGCAAGAAGAAGGGCGACAAGGAT         AAGCAGGACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101189 GACACGCAAGAAGAAGGGCGACAAGGATGTG...CAGAAGCAGGACCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTGAGGGCTTGAAGCGGCACATCGAGAAGCACCGCTACCACGTGCGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102495 TTGAGGGCTTGAAGCGGCACATCGAGAAGCACCGCTACCACGTGCGCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTAGAGACCATCCTGCGCATGCTGGACAATGACTCCATCCTCGTTGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102545 CTAGAGACCATCCTGCGCATGCTGGACAATGACTCCATCCTCGTTGACGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATCCGCAAGATCAAGGACGACGTTGAGTACTATGTTGACTCATCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102595 CATCCGCAAGATCAAGGACGACGTTGAGTACTATGTTGACTCATCCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCCCGACTTCGAGGAGAACGAGTTTCTCTACGATGACCTGGACCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102645 ACCCCGACTTCGAGGAGAACGAGTTTCTCTACGATGACCTGGACCTCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACATTC         CACAGGCGCTGGTCGCCACCTCCCCCCCCAGCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102695 GACATTCGTG...CAGCACAGGCGCTGGTCGCCACCTCCCCCCCCAGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAGCCACATGGAGGATGAGATCTTCAACCAGTCCAGCAGCACGCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102828 CAGCCACATGGAGGATGAGATCTTCAACCAGTCCAGCAGCACGCCCACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAACCACCTCCAGCTCTCCCATCCCGCCCAGCCCAGCCAACTGTACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102878 CAACCACCTCCAGCTCTCCCATCCCGCCCAGCCCAGCCAACTGTACCACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838          GAAAACTCTGAAGATGATAAGAAGAGGGGACGTTCCACAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102928 GTG...CAGGAAAACTCTGAAGATGATAAGAAGAGGGGACGTTCCACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGTGAAGTCAGCCAG         TCTCCAGCCAAAAACGGCTCCAAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103526 CAGTGAAGTCAGCCAGGTG...CAGTCTCCAGCCAAAAACGGCTCCAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGTCCACAGCAACCAGCACCCTCAGTCCCCAGCTGTGCCGCCCACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105057 CTGTCCACAGCAACCAGCACCCTCAGTCCCCAGCTGTGCCGCCCACCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCCTCCGGCCCCCCGCCTGCTGCCTCTGCCTTGAGCACCACTCCTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105107 CCCTCCGGCCCCCCGCCTGCTGCCTCTGCCTTGAGCACCACTCCTGGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAATGGGGTCCCCGCCCCCGCAGCACCCCCAAGTGCCCTGGGCCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105157 CAATGGGGTCCCCGCCCCCGCAGCACCCCCAAGTGCCCTGGGCCCCAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCAGTCCAGCTCCCAGCCACAACTCGGGCACCCCTGCTCCCTATGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105207 CCAGTCCAGCTCCCAGCCACAACTCGGGCACCCCTGCTCCCTATGCCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCTGTGGCCCCACCAGCTCCCAGTGGGCCCAGCACGACCCAGCCCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105257 GCTGTGGCCCCACCAGCTCCCAGTGGGCCCAGCACGACCCAGCCCCGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCCCAGCGTCCAGCCTAGCGGAGGCGGAGGCGGCGGCAGCGGAGGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105307 CCCCAGCGTCCAGCCTAGCGGAGGCGGAGGCGGCGGCAGCGGAGGCGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGAGCAGCAGCAGTAGTAACAGCAGTGCCGGTGGAGGGGCTGGCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105357 GGAGCAGCAGCAGTAGTAACAGCAGTGCCGGTGGAGGGGCTGGCAAGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AATGGCGCCACCA         GTTACAGCTCAGTTGTGGCAGACAGCCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105407 AATGGCGCCACCAGTG...CAGGTTACAGCTCAGTTGTGGCAGACAGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGCAGAGGTGGCTTTGAGCAGCAGTGGGGGCAACAATGCCAGCAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105532 GGCAGAGGTGGCTTTGAGCAGCAGTGGGGGCAACAATGCCAGCAGCCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCTTGGGCCCCCCTTCCGGCCCCCACAACCCACCTCCCAGCACCTC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105582 CCTTGGGCCCCCCTTCCGGCCCCCACAACCCACCTCCCAGCACCTCGTG.

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407      GAAGGAACCCAGTGCGGCAGCCCCAACGGGGGCTGGGGGCGTGGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105632 ..CAGGAAGGAACCCAGTGCGGCAGCCCCAACGGGGGCTGGGGGCGTGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCCAGGCTCAGGGAACAACTCAGGGGGACCCAGCCTCCTGGTGCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106489 CCCAGGCTCAGGGAACAACTCAGGGGGACCCAGCCTCCTGGTGCCACTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTGTGAATCCTCCCAGCTCCCCAACGCCCAGCTTCAGTGATGCCAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106539 CTGTGAATCCTCCCAGCTCCCCAACGCCCAGCTTCAGTGATGCCAAGGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCCGGTGCCCTGCTCAATGGGCCTCCACAGTTCAGCACCGCCCCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106589 GCCGGTGCCCTGCTCAATGGGCCTCCACAGTTCAGCACCGCCCCAGAAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CAAG         GCCCCTGAGCCTCTGAGCTCCTTGAAGTCCATGGCGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106639 CAAGGTG...CAGGCCCCTGAGCCTCTGAGCTCCTTGAAGTCCATGGCGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AACGGGCAGCCATCAGCTCTGGCATTGAGGACCCTGTGCCAACGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109147 AACGGGCAGCCATCAGCTCTGGCATTGAGGACCCTGTGCCAACGCTGCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTGACCGAGCGAG         ACATCATCCTGAGCAGTACATCAGCACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109197 CTGACCGAGCGAGGTG...CAGACATCATCCTGAGCAGTACATCAGCACC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TCCGGCCTCAGCCCAGCCGCCCCTGCAGCTGTCAGAGGTGAACATACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109340 TCCGGCCTCAGCCCAGCCGCCCCTGCAGCTGTCAGAGGTGAACATACCGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGTCGCTGGGTGTCTGTCCACTGGGCCCTGTGCCCCTCACCAAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109390 TGTCGCTGGGTGTCTGTCCACTGGGCCCTGTGCCCCTCACCAAGGAGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTCTATCAGCAGGCCATGGAAGAGGCCGCCTGGCACCACATGCCTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109440 CTCTATCAGCAGGCCATGGAAGAGGCCGCCTGGCACCACATGCCTCACCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CTCTGACTCTGAGCGTATTCG         GCAGTACCTCCCCCGGAACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109490 CTCTGACTCTGAGCGTATTCGGTG...CAGGCAGTACCTCCCCCGGAACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CCTGTCCGACGCCCCCCTACCACCACCAGATGCCACCCCCACACTCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109771 CCTGTCCGACGCCCCCCTACCACCACCAGATGCCACCCCCACACTCGGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ACTGTGGAATTCTACCAGCGCCTGTCGACCGAGACACTCTTCTTCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109821 ACTGTGGAATTCTACCAGCGCCTGTCGACCGAGACACTCTTCTTCATCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CTACTATCTGGAG         GGCACTAAGGCACAGTATCTGGCAGCCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109871 CTACTATCTGGAGGTA...CAGGGCACTAAGGCACAGTATCTGGCAGCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AGGCCCTAAAGAAGCAGTCATGGCGATTCCACACCAAGTACATGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110627 AGGCCCTAAAGAAGCAGTCATGGCGATTCCACACCAAGTACATGATGTGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 TTCCAGAGGCACGAGGAGCCCAAGACCATCACTGACGAGTTTGAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110677 TTCCAGAGGCACGAGGAGCCCAAGACCATCACTGACGAGTTTGAGCAGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2164        GGCACCTACATCTACTTTGACTACGAGAAGTGGGGCCAGCGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110727 G...CAGGGCACCTACATCTACTTTGACTACGAGAAGTGGGGCCAGCGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 AGAAGGAAGGCTTCACCTTTGAGTACCGCTACCTGGAGGACCGGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112236 AGAAGGAAGGCTTCACCTTTGAGTACCGCTACCTGGAGGACCGGGACCTC

   2400 
   2257 CAG
        |||
 112286 CAG