seq1 = pF1KA0672.tfa, 2454 bp
seq2 = pF1KA0672/gi568815581f_12689839.tfa (gi568815581f:12689839_13090168), 400330 bp

>pF1KA0672 2454
>gi568815581f:12689839_13090168 (Chr17)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-93  (205102-205141)   100% ->
94-198  (206569-206673)   100% ->
199-275  (219059-219135)   100% ->
276-387  (226062-226173)   100% ->
388-464  (229917-229993)   100% ->
465-582  (239091-239208)   100% ->
583-651  (251218-251286)   100% ->
652-733  (253750-253831)   100% ->
734-861  (254231-254358)   100% ->
862-973  (259302-259413)   100% ->
974-1055  (259811-259892)   100% ->
1056-1136  (262663-262743)   100% ->
1137-1250  (266029-266142)   100% ->
1251-1342  (266817-266908)   100% ->
1343-1536  (268879-269069)   96% ->
1537-1763  (284251-284472)   97% ->
1764-1939  (290220-290395)   100% ->
1940-2317  (294693-295070)   99% ->
2318-2454  (300194-300330)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGCAGTTCAATCGCATGCGCCAGCTGGCCAACCAGACGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAAGCAGTTCAATCGCATGCGCCAGCTGGCCAACCAGACGGTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAG         GGCTGAAAAGACAGAAGTTTTGAGTGAAGACCTTCTTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGTA...TAGGGCTGAAAAGACAGAAGTTTTGAGTGAAGACCTTCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AG         GTGGAGAAGCGTCTGGAGCTGGTGAAACAGGTGTCCCAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205140 AGGTA...CAGGTGGAGAAGCGTCTGGAGCTGGTGAAACAGGTGTCCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGCACGCACAAGAAGCTCACCGCATGTCTGCAGGGCCAGCAAGGGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206608 AGCACGCACAAGAAGCTCACCGCATGTCTGCAGGGCCAGCAAGGGGCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCTGACAAGCGCTCC         AAAAAGTTGCCTTTGACAACACTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 206658 GGCTGACAAGCGCTCCGTA...CAGAAAAAGTTGCCTTTGACAACACTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTCAGTGTCTGATGGAGGGGTCAGCTATCCTGGGAGATGACACACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219084 CTCAGTGTCTGATGGAGGGGTCAGCTATCCTGGGAGATGACACACTTCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GG         GAAGATGCTGAAACTCTGTGGAGAGACGGAGGACAAGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219134 GGGTA...CAGGAAGATGCTGAAACTCTGTGGAGAGACGGAGGACAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGCTCAGGAGCTGATACATTTTGAGTTGCAAGTAGAGAGAGACGTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226101 GGCTCAGGAGCTGATACATTTTGAGTTGCAAGTAGAGAGAGACGTGATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGCCCCTGTTTTTGCTGGCGGAG         GTGGAAATCCCAAATATT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 226151 AGCCCCTGTTTTTGCTGGCGGAGGTA...CAGGTGGAAATCCCAAATATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAAAAGCAGAGGAAACACTTAGCCAAGTTGGTGCTGGACATGGATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229935 CAAAAGCAGAGGAAACACTTAGCCAAGTTGGTGCTGGACATGGATTCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACGAACCAG         GTGGCAGCAGACTTCCAAGTCTTCAGGTTTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 229985 ACGAACCAGGTA...CAGGTGGCAGCAGACTTCCAAGTCTTCAGGTTTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CCAGCAGCTTACAGCCTGCGGGTGCCAAGGCTGATGCCCTCAGGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239123 CCAGCAGCTTACAGCCTGCGGGTGCCAAGGCTGATGCCCTCAGGGAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATGGAAGAGGCTGCCAACAGAGTGGAGATTTGCAGG         GACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 239173 ATGGAAGAGGCTGCCAACAGAGTGGAGATTTGCAGGGTA...CAGGACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GCTCTCAGCTGATATGTACAGTTTTGTGGCCAAAGAAATTGACTATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251223 GCTCTCAGCTGATATGTACAGTTTTGTGGCCAAAGAAATTGACTATGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACTACTTTCAAACG         CTAATAGAAGTGCAAGCTGAATACCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 251273 ACTACTTTCAAACGGTA...CAGCTAATAGAAGTGCAAGCTGAATACCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AGGAAGTCCCTGACACTATTGCAGGCTGTATTGCCTCAGATCAAAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253777 AGGAAGTCCCTGACACTATTGCAGGCTGTATTGCCTCAGATCAAAGCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ACAGG         AGGCCTGGGTAGAGAAGCCTTCCTTCGGGAAGCCGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253827 ACAGGGTA...CAGAGGCCTGGGTAGAGAAGCCTTCCTTCGGGAAGCCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGGAGGAGCACCTCACCATCAGCGGCCGGGAGATCGCCTTCCCCATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254267 TGGAGGAGCACCTCACCATCAGCGGCCGGGAGATCGCCTTCCCCATCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCGTGTGTGACCATGCTGCTTGAGTGTGGGATGCAGGAGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 254317 GCGTGTGTGACCATGCTGCTTGAGTGTGGGATGCAGGAGGAGGTA...TA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862  GGACTCTTCCGAGTAGCCCCCTCTGCCTCCAAACTGAAGAAGCTGAAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259301 GGGACTCTTCCGAGTAGCCCCCTCTGCCTCCAAACTGAAGAAGCTGAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CGGCCCTGGACTGCTGCGTGGTGGATGTGCAGGAGTACTCGGCAGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259351 CGGCCCTGGACTGCTGCGTGGTGGATGTGCAGGAGTACTCGGCAGACCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CACGCAATTGCAG         GAGCTTTGAAATCTTACCTCCGAGAGTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 259401 CACGCAATTGCAGGTG...TAGGAGCTTTGAAATCTTACCTCCGAGAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GCCAGAACCTCTTATGACCTTTGAACTCTATGATGAGTGGATCCAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259839 GCCAGAACCTCTTATGACCTTTGAACTCTATGATGAGTGGATCCAGGCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CCAA         TGTCCAGGAGCAAGACAAGAAGCTTCAGGCTCTATGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259889 CCAAGTG...CAGTGTCCAGGAGCAAGACAAGAAGCTTCAGGCTCTATGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 AATGCTTGTGAAAAGTTGCCCAAGGCCAATCACAACAACATCCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 262700 AATGCTTGTGAAAAGTTGCCCAAGGCCAATCACAACAACATCCGGTA...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137    ATACTTGATAAAATTTTTATCCAAGCTGTCAGAATATCAAGATGTAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266026 TAGATACTTGATAAAATTTTTATCCAAGCTGTCAGAATATCAAGATGTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 ACAAGATGACTCCCAGTAATATGGCAATTGTTTTAGGACCCAACCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266076 ACAAGATGACTCCCAGTAATATGGCAATTGTTTTAGGACCCAACCTCCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 TGGCCACAAGCAGAAGG         GAACATTACAGAGATGATGACCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 266126 TGGCCACAAGCAGAAGGGTA...CAGGAACATTACAGAGATGATGACCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 AGTGTCGCTGCAAATTGTTGGGATCATTGAACCTATCATCCAGCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266841 AGTGTCGCTGCAAATTGTTGGGATCATTGAACCTATCATCCAGCATGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 ACTGGTTCTTCCCTGGGG         AGATAGAGTTCAACATTACTGGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 266891 ACTGGTTCTTCCCTGGGGGTA...CAGAGATAGAGTTCAACATTACTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 AATTATGGGAGTCCAGTACACGTGAACCATAATGCCAACTACAGCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268902 AATTATGGGAGTCCAGTACACGTGAACCATAATGCCAACTACAGCTCAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 GCCCTCCCCAGACATGGACCCTGCTGACCGGCGCCAGCCCGAGCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268952 GCCCTCCCCAGACATGGACCCTGCTGACCGGCGCCAGCCCGAGCAGGCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 GCCGGCCCCTCAGCGTCGCCACGGATAATATGATGCTGGAGTTTTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269002 GCCGGCCCCTCAGCGTCGCCACGGATAATATGATGCTGGAGTTTTACAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 AAGGATGGCCTTAGGAAAATC         CAAAGCATGGGTGTGAGGGT
        |||||||| -|-| ||| -| >>>...>>>-----|||||||||||||||
 269052 AAGGATGGG T ATGAAC TGGTG...CAG     CATGGGTGTGAGGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 CATGGACACAAACTGGGTGGCTCGAAGAGGCTCCTCGGCCGGTCGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284266 CATGGACACAAACTGGGTGGCTCGAAGAGGCTCCTCGGCCGGTCGGAAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 TGTCCTGCGCCCCGCCCTCCATGCAGCCTCCCGCCCCGCCCGCCGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284316 TGTCCTGCGCCCCGCCCTCCATGCAGCCTCCCGCCCCGCCCGCCGAGCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 GCTGCGCCCCTGCCTTCGCCGCTGCCGGAGCAGCCCCTGGACAGCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284366 GCTGCGCCCCTGCCTTCGCCGCTGCCGGAGCAGCCCCTGGACAGCCCCGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 GGCCCCCGCGCTCTCTCCATCCGGCCTGGGCCTCCAGCCTGGGCCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284416 GGCCCCCGCGCTCTCTCCATCCGGCCTGGGCCTCCAGCCTGGGCCCGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 GCACCAG         CACAACAAAAAGCAAGGAACTTTCTCCAGGCTCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284466 GCACCAGGTA...CAGCACAACAAAAAGCAAGGAACTTTCTCCAGGCTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GCACAGAAAGGAAGTCCAGGCTCCAGCCAGGGCACAGCCTGTGCAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290254 GCACAGAAAGGAAGTCCAGGCTCCAGCCAGGGCACAGCCTGTGCAGGGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 TCAACCAGGGGCTCAACCTGGAGCTCAGCCGGGCGCCAGCCCCAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290304 TCAACCAGGGGCTCAACCTGGAGCTCAGCCGGGCGCCAGCCCCAGCCCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 GCCAGCCGCCTGCAGACCAGAGTCCTCACACCCTCCGGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 290354 GCCAGCCGCCTGCAGACCAGAGTCCTCACACCCTCCGGAAAGGTA...CA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1940  TTTCAAAGAAGCTGGCACCGATTCCACCCAAGGTCCCCTTTGGCCAGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294692 GTTTCAAAGAAGCTGGCACCGATTCCACCCAAGGTCCCCTTTGGCCAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 GGGGGCTATGGCAGACCAGTCCGCTGGCCAGCTGTCCCCAGTCAGCCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 294742 GGGGGCTATGGCAGACCAGTCCGCTGGCCAGCCGTCCCCAGTCAGCCTGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 CCCCCACCCCGCCCAGCACCCCGTCACCCTATGGACTGAGCTACCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294792 CCCCCACCCCGCCCAGCACCCCGTCACCCTATGGACTGAGCTACCCTCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GGGTACTCCTTGGCCTCGGGCCAGCTCTCCCCAGCTGCAGCTCCTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294842 GGGTACTCCTTGGCCTCGGGCCAGCTCTCCCCAGCTGCAGCTCCTCCCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 GGCCTCTCCTTCTGTCTTTACAAGCACTTTGAGCAAATCGCGGCCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294892 GGCCTCTCCTTCTGTCTTTACAAGCACTTTGAGCAAATCGCGGCCCACTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 CTAAGCCGCGACAGAGACCTACTCTGCCGCCTCCTCAGCCTCCCACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294942 CTAAGCCGCGACAGAGACCTACTCTGCCGCCTCCTCAGCCTCCCACAGTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 AACCTCTCGGCCTCTAGTCCACAGTCCACGGAGGCCCCCATGCTAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294992 AACCTCTCGGCCTCTAGTCCACAGTCCACGGAGGCCCCCATGCTAGATGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CATGTCCCCTGGGGAAAGCATGTCTACAG         ATCTTGTCCACT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 295042 CATGTCCCCTGGGGAAAGCATGTCTACAGGTA...CAGATCTTGTCCACT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 TTGATATTCCCTCGATCCACATAGAGCTCGGGTCGACGCTCCGCCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300206 TTGATATTCCCTCGATCCACATAGAGCTCGGGTCGACGCTCCGCCTGAGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 CCCCTGGAGCACATGCGGCGACACTCAGTAACTGACAAGAGGGACTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300256 CCCCTGGAGCACATGCGGCGACACTCAGTAACTGACAAGAGGGACTCGGA

   2600     .    :    .    :    .
   2430 GGAGGAGTCTGAGAGCACCGCCCTC
        |||||||||||||||||||||||||
 300306 GGAGGAGTCTGAGAGCACCGCCCTC