seq1 = pF1KA0660.tfa, 1446 bp
seq2 = pF1KA0660/gi568815594r_75545433.tfa (gi568815594r:75545433_75762025), 216593 bp

>pF1KA0660 1446
>gi568815594r:75545433_75762025 (Chr4)

(complement)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-177  (103102-103183)   100% ->
178-351  (104296-104469)   100% ->
352-442  (105012-105102)   100% ->
443-545  (106156-106258)   100% ->
546-726  (106780-106960)   100% ->
727-825  (107945-108043)   100% ->
826-928  (113285-113387)   100% ->
929-1057  (114869-114997)   100% ->
1058-1176  (115570-115688)   100% ->
1177-1446  (116324-116593)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTATGGAGAAGCCCAGTCCGCTGCTTGTAGGGCGGGAGTTTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTATGGAGAAGCCCAGTCCGCTGCTTGTAGGGCGGGAGTTTGTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAATATTATACTTTGCTGAATAAAGCTCCGGAATATTTACACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 GCAATATTATACTTTGCTGAATAAAGCTCCGGAATATTTACACAGGTA..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     GTTTTATGGCAGGAATTCTTCCTATGTTCATGGTGGAGTAGATGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGGTTTTATGGCAGGAATTCTTCCTATGTTCATGGTGGAGTAGATGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTGGAAAGCCCCAGGAAGCTGTTTATGGCCAAAAT         GATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103148 AGTGGAAAGCCCCAGGAAGCTGTTTATGGCCAAAATGTA...AAGGATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACACCACAAAGTATTATCTCTGAACTTCAGTGAATGTCATACTAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104301 ACACCACAAAGTATTATCTCTGAACTTCAGTGAATGTCATACTAAAATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCATGTGGATGCTCATGCAACCTTGAGTGATGGAGTAGTTGTCCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104351 GTCATGTGGATGCTCATGCAACCTTGAGTGATGGAGTAGTTGTCCAGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGGTTTGCTGTCTAACAGTGGACAACCAGAAAGAAAGTTTATGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104401 ATGGGTTTGCTGTCTAACAGTGGACAACCAGAAAGAAAGTTTATGCAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTTGTTCTGGCTCCTGAA         GGATCTGTTCCAAATAAATTTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104451 CTTTGTTCTGGCTCCTGAAGTA...TAGGGATCTGTTCCAAATAAATTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGTTCACAATGATATGTTTCGTTATGAAGATGAAGTGTTTGGTGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105034 ATGTTCACAATGATATGTTTCGTTATGAAGATGAAGTGTTTGGTGATTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCCTGAACTTGATGAAG         AATCAGAAGATGAAGTAGAAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105084 GAGCCTGAACTTGATGAAGGTG...CAGAATCAGAAGATGAAGTAGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAACAAGAAGAAAGACAACCATCTCCTGAACCTGTGCAAGAAAATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106178 GGAACAAGAAGAAAGACAACCATCTCCTGAACCTGTGCAAGAAAATGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAGTGGTTACTATGAAGCTCACCCTGTGAC         TAATGGCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106228 ACAGTGGTTACTATGAAGCTCACCCTGTGACGTA...TAGTAATGGCATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGGAGCCTTTGGAAGAATCCTCTCATGAACCTGAACCTGAGCCAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106790 GAGGAGCCTTTGGAAGAATCCTCTCATGAACCTGAACCTGAGCCAGAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAAACAAAGACTGAAGAGCTGAAACCACAAGTGGAGGAGAAGAACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106840 TGAAACAAAGACTGAAGAGCTGAAACCACAAGTGGAGGAGAAGAACTTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGAACTAGAGGAGAAATCTACTACTCCTCCTCCGGCAGAACCTGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106890 AAGAACTAGAGGAGAAATCTACTACTCCTCCTCCGGCAGAACCTGTTTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCCACAAGAACCACCAAAG         GCTTTCTCCTGGGCTTCAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106940 CTGCCACAAGAACCACCAAAGGTT...CAGGCTTTCTCCTGGGCTTCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACCAGTAAAAACCTGCCTCCTAGTGGTACTGTTTCTTCCTCTGGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107965 GACCAGTAAAAACCTGCCTCCTAGTGGTACTGTTTCTTCCTCTGGAATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACCCCATGTTAAAGCACCAGTCTCACAG         CCAAGAGTCGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108015 CACCCCATGTTAAAGCACCAGTCTCACAGGTA...TAGCCAAGAGTCGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTAAACCAGAAGTTCAATCTCAGCCACCTCGTGTGCGTGAACAACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113297 GCTAAACCAGAAGTTCAATCTCAGCCACCTCGTGTGCGTGAACAACGACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAGAGAACGACCTGGTTTTCCTCCTAGAGGACCAAGACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 113347 TAGAGAACGACCTGGTTTTCCTCCTAGAGGACCAAGACCAGGTG...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCAGAGGAGATATGGAACAGAATGACTCTGACAACCGTAGAATAATTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114869 GCAGAGGAGATATGGAACAGAATGACTCTGACAACCGTAGAATAATTCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TATCCAGATAGTCATCAACTTTTTGTTGGTAACTTGCCACATGATATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114919 TATCCAGATAGTCATCAACTTTTTGTTGGTAACTTGCCACATGATATTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAAAATGAGCTAAAGGAATTCTTCATGA         GTTTTGGAAACG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114969 TGAAAATGAGCTAAAGGAATTCTTCATGAGTA...CAGGTTTTGGAAACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTGTGGAACTTCGCATCAATACCAAGGGTGTTGGGGGAAAGCTTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115582 TTGTGGAACTTCGCATCAATACCAAGGGTGTTGGGGGAAAGCTTCCAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTTGGTTTTGTGGTTTTTGATGACTCTGAACCAGTTCAGAGAATCTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115632 TTTGGTTTTGTGGTTTTTGATGACTCTGAACCAGTTCAGAGAATCTTAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGCAAAA         CCGATTATGTTTCGAGGGGAAGTACGTTTAAATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115682 TGCAAAAGTA...AAGCCGATTATGTTTCGAGGGGAAGTACGTTTAAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGGAAGAGAAAAAAACAAGAGCTGCAAGAGAGCGAGAAACCAGAGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116358 TGGAAGAGAAAAAAACAAGAGCTGCAAGAGAGCGAGAAACCAGAGGTGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GGTGATGATCGCAGGGATATTAGGCGCAATGATCGAGGTCCCGGTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116408 GGTGATGATCGCAGGGATATTAGGCGCAATGATCGAGGTCCCGGTGGTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACGTGGAATTGTGGGTGGTGGAATGATGCGTGATCGTGATGGAAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116458 ACGTGGAATTGTGGGTGGTGGAATGATGCGTGATCGTGATGGAAGAGGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTCCTCCAAGGGGTGGCATGGCACAGAAACTTGGCTCTGGAAGAGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116508 CTCCTCCAAGGGGTGGCATGGCACAGAAACTTGGCTCTGGAAGAGGAACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .
   1411 GGGCAAATGGAGGGCCGCTTCACAGGACAGCGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116558 GGGCAAATGGAGGGCCGCTTCACAGGACAGCGTCGC