seq1 = pF1KA0656.tfa, 2721 bp
seq2 = pF1KA0656/gi568815592r_83456156.tfa (gi568815592r:83456156_83807927), 351772 bp

>pF1KA0656 2721
>gi568815592r:83456156_83807927 (Chr6)

(complement)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-273  (142347-142489)   100% ->
274-349  (145506-145581)   100% ->
350-452  (146324-146426)   100% ->
453-546  (148836-148929)   100% ->
547-658  (151063-151174)   100% ->
659-765  (166726-166832)   100% ->
766-807  (184586-184627)   100% ->
808-884  (190889-190963)   94% ->
885-912  (197251-197278)   100% ->
913-1022  (200120-200229)   100% ->
1023-1141  (202125-202243)   100% ->
1142-1324  (206473-206657)   95% ->
1325-1432  (213447-213554)   100% ->
1433-1696  (214187-214450)   99% ->
1697-1774  (214669-214746)   100% ->
1775-1846  (214911-214982)   100% ->
1847-1930  (215390-215473)   100% ->
1931-2014  (216634-216717)   98% ->
2015-2149  (225572-225706)   100% ->
2150-2299  (227329-227478)   100% ->
2300-2330  (231875-231905)   100% ->
2331-2442  (232807-232918)   100% ->
2443-2526  (246981-247064)   100% ->
2527-2631  (247720-247824)   100% ->
2632-2721  (251683-251772)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGCCAAACGCTCACGGATCGGATCGCCGCCGCTCAGTACAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGCCAAACGCTCACGGATCGGATCGCCGCCGCTCAGTACAGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACAGGCTCTGCTGTAGCAAGAGCGGTCTGCAAAGCCACTACTCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACAGGCTCTGCTGTAGCAAGAGCGGTCTGCAAAGCCACTACTCATGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAATGGGCCCCAAGAAAAAGCACCTGGACT         ATTTGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 TAATGGGCCCCAAGAAAAAGCACCTGGACTGTA...TAGATTTGATCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTACCAACGAGACCAATGTTAATATTCCTCAGATGGCCGACACTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142358 GCTACCAACGAGACCAATGTTAATATTCCTCAGATGGCCGACACTCTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGCGGGCAACAAACAGTAGCTGGGTGGTTGTGTTTAAGGCTTTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142408 TGAGCGGGCAACAAACAGTAGCTGGGTGGTTGTGTTTAAGGCTTTAGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAACACATCATCTCATGGTGCATGGAAATGAG         AGATTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 142458 CAACACATCATCTCATGGTGCATGGAAATGAGGTA...CAGAGATTTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAATATTTGGCTTCTAGAAATACACTATTCAATCTCAGCAATTTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145515 CAATATTTGGCTTCTAGAAATACACTATTCAATCTCAGCAATTTTTTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAAAGTGGATCCCATG         GTTATGATATGTCTACCTTCATAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 145565 CAAAAGTGGATCCCATGGTG...CAGGTTATGATATGTCTACCTTCATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCGCTATAGTAGATATTTGAATGAAAAGGCTTTTTCTTACAGACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146348 GGCGCTATAGTAGATATTTGAATGAAAAGGCTTTTTCTTACAGACAGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCTTTGATTTTGCCAGGGTGAAGAAAGG         GGCCGATGGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 146398 GCCTTTGATTTTGCCAGGGTGAAGAAAGGGTA...TAGGGCCGATGGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATGAGGACAATGGCTCCCGAAAAGCTGCTAAAGAGTATGCCAATACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148848 AATGAGGACAATGGCTCCCGAAAAGCTGCTAAAGAGTATGCCAATACTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGGACAAATTGATGCACTGCTTGAATTTGAT         GTGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 148898 AGGGACAAATTGATGCACTGCTTGAATTTGATGTA...TAGGTGCATCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATGAACTAACAAATGGTGTCATAAATGCAGCATTTATGCTTCTTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151072 AATGAACTAACAAATGGTGTCATAAATGCAGCATTTATGCTTCTTTTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGATCTTATCAAACTTTTTGCTTGCTACAATGATGGTGTTATTAACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151122 AGATCTTATCAAACTTTTTGCTTGCTACAATGATGGTGTTATTAACTTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCG         AAAAGTTTTTTGAAATGAAGAAAGGACAATGTAAAGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151172 TCGGTA...TAGAAAAGTTTTTTGAAATGAAGAAAGGACAATGTAAAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCTCTAGAAATTTACAAACGATTTCTAACTAGAATGACACGAGTGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166764 GCTCTAGAAATTTACAAACGATTTCTAACTAGAATGACACGAGTGTCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATTTCTCAAGGTTGCAGAG         CAAGTTGGTATTGATAAAGGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 166814 ATTTCTCAAGGTTGCAGAGGTA...CAGCAAGTTGGTATTGATAAAGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACATTCCTGACCTCACACAG         GCTCCCAGCAGTCTTATGGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 184608 ACATTCCTGACCTCACACAGGTA...TAGGCTCCCAGCAGTCTTATGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACGCTTGAACAGCATCTAAATACATTAGAAGGAAAGAAACCTGGAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190910 ACGCTTGAACAGCATCTAAATACATTAGAAGGAAAGAAACCTGGAAACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGAAGG         ATCTGGTGCTCCCTCTCCATTAAGTAAG       
        -| | ->>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 190960  GTAC GCA...TAGATCTGGTGCTCCCTCTCCATTAAGTAAGGTA...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913   TCTTCTCCAGCCACAACTGTTACGTCTCCTAATTCTACACCAGCTAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200118 AGTCTTCTCCAGCCACAACTGTTACGTCTCCTAATTCTACACCAGCTAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ACTATTGACACATCCCCACCGGTTGATTTATTTGCAACTGCATCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200168 ACTATTGACACATCCCCACCGGTTGATTTATTTGCAACTGCATCTGCGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGTCCCAGTCAG         CACTTCTAAACCATCTAGTGATCTCCTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 200218 TGTCCCAGTCAGGTT...CAGCACTTCTAAACCATCTAGTGATCTCCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ACCTCCAGCCAGACTTTTCCTCTGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202154 ACCTCCAGCCAGACTTTTCCTCTGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GCACCACCACCACCTGCTGGAGGAGCCACTGCATGGGGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>> 
 202204 GCACCACCACCACCTGCTGGAGGAGCCACTGCATGGGGAGGTG...CTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 C CTTTTGGGAGA GGATTCTTTGGCTGCACTTTCCTCTGTTCCCTCTGA
        |-||  ||  | |- |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206474 CTCTGGTGAAATATAGATTCTTTGGCTGCACTTTCCTCTGTTCCCTCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 AGCACAGATTTCAGATCCATTTGCACCAGAACCTACCCCTCCTACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206524 AGCACAGATTTCAGATCCATTTGCACCAGAACCTACCCCTCCTACTACAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241 CTGCTGAAATTGCAACTGCCTCAGCTTCTGCCTCCACTACTACAACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206574 CTGCTGAAATTGCAACTGCCTCAGCTTCTGCCTCCACTACTACAACTGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1291 ACTGCTGTCACTGCTGAAGTGGATCTCTTTGGAG         ATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 206624 ACTGCTGTCACTGCTGAAGTGGATCTCTTTGGAGGTT...AAGATGCCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332 TGCAGCTTCTCCTGGGGAGGCCCCTGCAGCATCCGAAGGGGCCGCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213454 TGCAGCTTCTCCTGGGGAGGCCCCTGCAGCATCCGAAGGGGCCGCCGCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1382 CAGCTACCCCAACCCCTGTAGCAGCAGCACTTGATGCATGTTCAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213504 CAGCTACCCCAACCCCTGTAGCAGCAGCACTTGATGCATGTTCAGGAAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1432 G         ACCCCTTTGCCCCGTCTGAAGGTAGTGCAGAGGCTGCACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213554 GGTG...AAGACCCCTTTGCCCCGTCTGAAGGTAGTGCAGAGGCTGCACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1473 TGAGCTGGACCTCTTTGCAATGAAGCCACCTGAGACCAGTGTTCCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214227 TGAGCTGGACCTCTTTGCAATGAAGCCACCTGAGACCAGTGTTCCTGTAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1523 TTACCCCTACAGCTAGCACAGCCCCTCCGGTTCCCGCAACTGCTCCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 214277 TTACCCCTACAGCTAGCACAGCCCCTCCAGTTCCCGCAACTGCTCCTTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1573 CCTGCTCCTGCCGTTGCAGCTGCTGCTGCTGCCACTACTGCTGCCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214327 CCTGCTCCTGCCGTTGCAGCTGCTGCTGCTGCCACTACTGCTGCCACCGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1623 CGCTGCCACCACCACTACCACCACCTCCGCTGCCACCGCCACCACTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214377 CGCTGCCACCACCACTACCACCACCTCCGCTGCCACCGCCACCACTGCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1673 CTCCTGCTCTAGATATCTTTGGTG         ATTTATTTGAGTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 214427 CTCCTGCTCTAGATATCTTTGGTGGTA...TAGATTTATTTGAGTCCACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1714 CCTGAAGTTGCTGCAGCGCCTAAGCCAGATGCTGCTCCTAGCATAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214686 CCTGAAGTTGCTGCAGCGCCTAAGCCAGATGCTGCTCCTAGCATAGACCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1764 GTTTAGTACAG         ATGCTTTCTCCTCTCCACCACAAGGGGCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 214736 GTTTAGTACAGGTA...AAGATGCTTTCTCCTCTCCACCACAAGGGGCCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1805 CTCCTGTGCCTGAGAGTTCTCTCACTGCTGACCTCTTATCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 214941 CTCCTGTGCCTGAGAGTTCTCTCACTGCTGACCTCTTATCTGGTG...CA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847  TGGATGCATTTGCAGCACCATCTCCTGCAACCACTGCCTCGCCAGCAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215389 GTGGATGCATTTGCAGCACCATCTCCTGCAACCACTGCCTCGCCAGCAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1896 GGTGGATTCTTCAGGTGTCATAGACCTTTTTGGGG         ATGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 215439 GGTGGATTCTTCAGGTGTCATAGACCTTTTTGGGGGTG...TAGATGCAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1937 TTGGAAGTAGCGCTTCTGAACCCCAACCTGCATCTCAGGCTGCTTCTAGT
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216640 TTGGAAGTAGTGCTTCTGAACCCCAACCTGCATCTCAGGCTGCTTCTAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1987 TCATCAGCATCGGCAGACCTACTAGCTG         GATTTGGGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 216690 TCATCAGCATCGGCAGACCTACTAGCTGGTA...CAGGATTTGGGGGTTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2028 TTTCATGGCGCCTTCCCCATCTCCAGTGACTCCAGCTCAGAATAACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225585 TTTCATGGCGCCTTCCCCATCTCCAGTGACTCCAGCTCAGAATAACCTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2078 TACAGCCCAATTTTGAGGCAGCTTTTGGGACAACGCCTTCAACTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225635 TACAGCCCAATTTTGAGGCAGCTTTTGGGACAACGCCTTCAACTTCCAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2128 AGCAGCTCCTTTGATCCATCAG         TGTTTGATGGTCTAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 225685 AGCAGCTCCTTTGATCCATCAGGTG...CAGTGTTTGATGGTCTAGGTGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2169 TCTTTTGATGCCAACCATGGCACCAGCTGGGCAGCCTGCACCTGTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227348 TCTTTTGATGCCAACCATGGCACCAGCTGGGCAGCCTGCACCTGTCTCAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2219 TGGTACCACCCAGTCCTGCAATGGCAGCCAGCAAAGCCCTTGGAAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227398 TGGTACCACCCAGTCCTGCAATGGCAGCCAGCAAAGCCCTTGGAAGTGAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2269 CTTGATTCATCTCTTGCCAGCTTAGTAGGCA         ATCTTGGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 227448 CTTGATTCATCTCTTGCCAGCTTAGTAGGCAGTG...TAGATCTTGGAAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2310 TTCTGGTACCACAACAAAAAA         GGGAGATCTTCAGTGGAATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 231885 TTCTGGTACCACAACAAAAAAGTA...TAGGGGAGATCTTCAGTGGAATG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 CTGGAGAGAAAAAGTTGACTGGTGGAGCCAACTGGCAGCCTAAAGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232827 CTGGAGAGAAAAAGTTGACTGGTGGAGCCAACTGGCAGCCTAAAGTAGCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 CCAGCAACCTGGTCAGCAGGCGTTCCACCAAGTGCACCTTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 232877 CCAGCAACCTGGTCAGCAGGCGTTCCACCAAGTGCACCTTTGGTA...TA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443  CAAGGAGCTGTACCTCCAACCAGTTCAGTTCCTCCTGTTGCCGGGGCCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246980 GCAAGGAGCTGTACCTCCAACCAGTTCAGTTCCTCCTGTTGCCGGGGCCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2492 CATCGGTTGGACAACCTGGAGCAGGATTTGGAATG         CCTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 247030 CATCGGTTGGACAACCTGGAGCAGGATTTGGAATGGTG...CAGCCTCCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 GCTGGGACAGGCATGCCCATGATGCCTCAGCAGCCGGTCATGTTTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247726 GCTGGGACAGGCATGCCCATGATGCCTCAGCAGCCGGTCATGTTTGCACA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2583 GCCCATGATGAGGCCCCCCTTTGGAGCTGCCGCTGTACCTGGCACGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 247776 GCCCATGATGAGGCCCCCCTTTGGAGCTGCCGCTGTACCTGGCACGCAGG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2632         CTTTCTCCAAGCCCTACACCTGCCAGTCAGAGTCCCAAGAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247826 TC...TAGCTTTCTCCAAGCCCTACACCTGCCAGTCAGAGTCCCAAGAAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2674 CCTCCAGCAAAGGACCCATTAGCGGATCTTAACATCAAGGATTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251725 CCTCCAGCAAAGGACCCATTAGCGGATCTTAACATCAAGGATTTCTTG