seq1 = pF1KA0621.tfa, 2166 bp
seq2 = pF1KA0621/gi568815593f_142670762.tfa (gi568815593f:142670762_143322443), 651682 bp

>pF1KA0621 2166
>gi568815593f:142670762_143322443 (Chr5)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-250  (202639-202734)   100% ->
251-312  (204349-204410)   98% ->
313-384  (208613-208684)   100% ->
385-486  (214537-214638)   100% ->
487-597  (223477-223587)   100% ->
598-702  (231174-231278)   100% ->
703-832  (232779-232908)   100% ->
833-933  (236943-237043)   100% ->
934-1028  (242438-242532)   100% ->
1029-1107  (261286-261364)   100% ->
1108-1144  (343319-343355)   100% ->
1145-1210  (366435-366500)   100% ->
1211-1285  (371055-371129)   98% ->
1286-1373  (383678-383765)   100% ->
1374-1432  (385267-385325)   100% ->
1433-1538  (386881-386986)   100% ->
1539-1698  (450227-450386)   100% ->
1699-1837  (463206-463344)   100% ->
1838-1988  (476470-476620)   100% ->
1989-2080  (543236-543327)   98% ->
2081-2166  (551597-551682)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCTCCCAGCGCTCGAGTTCAGCGACTGCTGCCTCGATAGTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCTCCCAGCGCTCGAGTTCAGCGACTGCTGCCTCGATAGTCCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCGAGAGACGCTCAAGTCGCACGAAGCAGAGCTGGACAAGACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCCGAGAGACGCTCAAGTCGCACGAAGCAGAGCTGGACAAGACCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATTCATCAAGGAGCTCATCAAGGACGGGAAGTCACTCATAAGCGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATTCATCAAGGAGCTCATCAAGGACGGGAAGTCACTCATAAGCGCGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGA         ATTTGTCTTCAGCGAAGCGGAAGTTTGCAGATTCCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGAGTG...TAGATTTGTCTTCAGCGAAGCGGAAGTTTGCAGATTCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATGAATTTAAATTTCAGTGCATAGGAGATGCAGAAACAGATGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202676 AAATGAATTTAAATTTCAGTGCATAGGAGATGCAGAAACAGATGATGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTGTATAG         CAAGGTCTTTGCAGGAGTTTGCCACTGTCCTC
        |||||||||>>>...>>>|||| |||||||||||||||||||||||||||
 202726 TGTGTATAGGTA...CAGCAAGATCTTTGCAGGAGTTTGCCACTGTCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGAATCTTGAAGATGAACGGATACGGATG         ATTGAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 204381 AGGAATCTTGAAGATGAACGGATACGGATGGTG...CAGATTGAGAATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGCGAGGTGCTCATCACTCCCTTGGAGAAGTTTCGAAAGGAACAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208624 CAGCGAGGTGCTCATCACTCCCTTGGAGAAGTTTCGAAAGGAACAGATCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGCTGCCAAG         GAAGCCAAAAAGAAGTATGACAAAGAGACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 208674 GGGCTGCCAAGGTG...CAGGAAGCCAAAAAGAAGTATGACAAAGAGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAAAGTATTGTGGCATCTTAGAAAAACACTTGAATTTGTCTTCCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214567 GAAAAGTATTGTGGCATCTTAGAAAAACACTTGAATTTGTCTTCCAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAAGAATCTCAGCTTCAGGAG         GCAGACAGCCAAGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 214617 GAAAGAATCTCAGCTTCAGGAGGTA...TAGGCAGACAGCCAAGTGGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGTCCGGCAGCATTTCTATGAAGTATCCCTGGAATATGTCTTCAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223496 TGGTCCGGCAGCATTTCTATGAAGTATCCCTGGAATATGTCTTCAAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGGAAGTCCAAGAGAGAAAGATGTTTGAGTTTGTGGAGCCT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 223546 CAGGAAGTCCAAGAGAGAAAGATGTTTGAGTTTGTGGAGCCTGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598  CTGCTGGCCTTCCTGCAAGGACTCTTCACTTTCTATCACCATGGTTACG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231173 GCTGCTGGCCTTCCTGCAAGGACTCTTCACTTTCTATCACCATGGTTACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACTGGCCAAGGATTTCGGGGACTTCAAGACACAGTTAACCATTAGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231223 AACTGGCCAAGGATTTCGGGGACTTCAAGACACAGTTAACCATTAGCATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGAAC         ACAAGAAATCGCTTTGAAGGCACTAGATCAGAAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231273 CAGAACGTG...TAGACAAGAAATCGCTTTGAAGGCACTAGATCAGAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAATCACTGATGAAAAAGATGAAGGAGAATCCCCTTGAGCACAAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232814 GGAATCACTGATGAAAAAGATGAAGGAGAATCCCCTTGAGCACAAGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCAGTCCCTACACCATGGAGGGATACCTCTACGTGCAGGAGAAAC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 232864 TCAGTCCCTACACCATGGAGGGATACCTCTACGTGCAGGAGAAACGTG..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833     GTCACTTTGGAACTTCTTGGGTGAAGCACTACTGTACATATCAACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232914 .CAGGTCACTTTGGAACTTCTTGGGTGAAGCACTACTGTACATATCAACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGATTCCAAACAAATCACCATGGTACCATTTGACCAAAAGTCAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236989 GGATTCCAAACAAATCACCATGGTACCATTTGACCAAAAGTCAGGAGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGGG         GGAGAAGATGAATCAGTTATCCTCAAATCCTGCACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237039 AAGGGGTG...TAGGGAGAAGATGAATCAGTTATCCTCAAATCCTGCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGGCGGAAAACAGACTCCATTGAGAAGAGGTTTTGCTTTGATGTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242474 CGGCGGAAAACAGACTCCATTGAGAAGAGGTTTTGCTTTGATGTGGAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGTAGACAG         GCCAGGGGTTATCACCATGCAAGCTTTGTCGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 242524 AGTAGACAGGTG...CAGGCCAGGGGTTATCACCATGCAAGCTTTGTCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAGAGGACCGGAGGCTCTGGATGGAAGCCATGGATGGCCGGGAACCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 261318 AAGAGGACCGGAGGCTCTGGATGGAAGCCATGGATGGCCGGGAACCTGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1108       GTCTACAACTCGAACAAAGACAGCCAGAGTGAAGGGA       
        ...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 261368 ...CAGGTCTACAACTCGAACAAAGACAGCCAGAGTGAAGGGAGTA...C

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1145   CTGCGCAGTTGGACAGCATTGGCTTCAGCATAATCAGGAAATGCATCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 366433 AGCTGCGCAGTTGGACAGCATTGGCTTCAGCATAATCAGGAAATGCATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ATGCTGTGGAAACCAGAG         GGATCAACGAGCAAGGGCTGTAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 366483 ATGCTGTGGAAACCAGAGGTA...CAGGGATCAACGAGCAAGGGCTGTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CGAATTGTGGGGGTCAACTCCAGAGTGCAGAAGTTGCTGAGTGTCCTGAT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 371078 CGAATTGTGGGTGTCAACTCCAGAGTGCAGAAGTTGCTGAGTGTCCTGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GG         ACCCCAAGACTGCTTCTGAGACAGAAACAGATATCTGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 371128 GGGTG...TAGACCCCAAGACTGCTTCTGAGACAGAAACAGATATCTGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CTGAATGGGAGATAAAGACCATCACTAGTGCTCTGAAGACCTACCTAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 383717 CTGAATGGGAGATAAAGACCATCACTAGTGCTCTGAAGACCTACCTAAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374         AATGCTTCCAGGACCACTCATGATGTACCAGTTTCAAAGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 383767 TA...CAGAATGCTTCCAGGACCACTCATGATGTACCAGTTTCAAAGAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TTTCATCAAAGCAGCAA         AACTGGAGAACCAGGAGTCTCGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 385309 TTTCATCAAAGCAGCAAGTA...CAGAACTGGAGAACCAGGAGTCTCGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TCTCTGAAATCCACAGCCTTGTTCATCGGCTCCCAGAGAAAAATCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386905 TCTCTGAAATCCACAGCCTTGTTCATCGGCTCCCAGAGAAAAATCGGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 ATGTTACAGCTGCTCATGAACCACTTGGCAAA         TGTTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 386955 ATGTTACAGCTGCTCATGAACCACTTGGCAAAGTA...CAGTGTTGCTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 CAACCACAAGCAGAATTTGATGACGGTGGCAAACCTTGGTGTGGTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450236 CAACCACAAGCAGAATTTGATGACGGTGGCAAACCTTGGTGTGGTGTTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 GACCCACTCTGCTGAGGCCTCAGGAAGAAACAGTAGCAGCCATCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450286 GACCCACTCTGCTGAGGCCTCAGGAAGAAACAGTAGCAGCCATCATGGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 ATCAAATTTCAGAACATTGTCATTGAGATCCTAATAGAAAACCACGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450336 ATCAAATTTCAGAACATTGTCATTGAGATCCTAATAGAAAACCACGAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 G         ATATTTAACACCGTGCCCGATATGCCTCTCACCAATGCCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450386 GGTA...CAGATATTTAACACCGTGCCCGATATGCCTCTCACCAATGCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 AGCTGCACCTGTCTCGGAAGAAGAGCAGTGACTCCAAGCCCCCGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 463246 AGCTGCACCTGTCTCGGAAGAAGAGCAGTGACTCCAAGCCCCCGTCCTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 AGCGAGAGGCCCCTGACGCTCTTCCACACCGTTCAGTCAACAGAGAAAC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 463296 AGCGAGAGGCCCCTGACGCTCTTCCACACCGTTCAGTCAACAGAGAAACG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838         AGGAACAAAGGAACAGCATCATCAACTCCAGTTTGGAATCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 463346 TG...CAGAGGAACAAAGGAACAGCATCATCAACTCCAGTTTGGAATCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 TCTCATCAAATCCAAACAGCATCCTTAATTCCAGCAGCAGCTTACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 476512 TCTCATCAAATCCAAACAGCATCCTTAATTCCAGCAGCAGCTTACAGCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 AACATGAACTCCAGTGACCCAGACCTGGCTGTGGTCAAACCCACCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 476562 AACATGAACTCCAGTGACCCAGACCTGGCTGTGGTCAAACCCACCCGGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 CAACTCACT         CACACCGTTCCGGAAGGCAAAAGCCTTGTATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 476612 CAACTCACTGTA...CAGCACACCGTTCCGGAAGGCAAAAGCCTTGTATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 CCTGCAAAGCTGAACATGACTCAGAACTTTCGTTCACAGCAGGCACGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543268 CCTGCAAAGCTGAACATGACTCAGAACTTTCGTTCACAGCAGGCACGGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 TTCGATAATG         TTCACCCATCTCAGGAGCCTGGCTGGTTGGA
        |||||||| |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 543318 TTCGATAACGGTG...CAGTTCACCCATCTCAGGAGCCTGGCTGGTTGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 GGGGACTCTGAACGGAAAGACTGGCCTCATCCCTGAGAATTACGTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 551628 GGGGACTCTGAACGGAAAGACTGGCCTCATCCCTGAGAATTACGTGGAGT

   2350     .
   2162 TCCTC
        |||||
 551678 TCCTC