seq1 = pF1KA0610.tfa, 1998 bp
seq2 = pF1KA0610/gi568815585r_36204368.tfa (gi568815585r:36204368_36435830), 231463 bp

>pF1KA0610 1998
>gi568815585r:36204368_36435830 (Chr13)

(complement)

1-810  (100001-100810)   100% ->
811-1008  (104235-104432)   100% ->
1009-1164  (106314-106469)   100% ->
1165-1288  (109133-109256)   100% ->
1289-1483  (121410-121604)   100% ->
1484-1642  (123354-123512)   100% ->
1643-1733  (123596-123686)   100% ->
1734-1998  (131199-131463)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCAAGAGCCACAAAATGGAGAACCTGCTGAAATTAAGATCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCAAGAGCCACAAAATGGAGAACCTGCTGAAATTAAGATCATCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGCATATAAGAAGGCCTTTTTATTTGTTAACAAAGGTCTGAATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAGCATATAAGAAGGCCTTTTTATTTGTTAACAAAGGTCTGAATACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGAATTAGGTCAGAAGGAAGAAGCAAAGAACTACTATAAGCAAGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGAATTAGGTCAGAAGGAAGAAGCAAAGAACTACTATAAGCAAGGAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGACACCTGCTCAGAGGGATCAGCATTTCATCAAAAGAGTCTGAACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGACACCTGCTCAGAGGGATCAGCATTTCATCAAAAGAGTCTGAACACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGGTCCTGGGTGGGAATCTGCTAGACAGATGCAACAGAAAATGAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGTCCTGGGTGGGAATCTGCTAGACAGATGCAACAGAAAATGAAAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCTACAGAATGTACGCACCAGGCTGGAAATTCTAGAGAAGGGTCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCTACAGAATGTACGCACCAGGCTGGAAATTCTAGAGAAGGGTCTTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTTCTCTGCAGAATGATCTTCAGGAGGTGCCCAAGTTATATCCAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTTCTCTGCAGAATGATCTTCAGGAGGTGCCCAAGTTATATCCAGAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCCACCTAAAGACATGTGTGAAAAATTACCAGAGCCTCAGTCTTTTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCCACCTAAAGACATGTGTGAAAAATTACCAGAGCCTCAGTCTTTTAGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGCTCCTCAGCATGCTGAAGTAAATGGAAACACCTCAACTCCAAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGCTCCTCAGCATGCTGAAGTAAATGGAAACACCTCAACTCCAAGTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGGCAGTTGCTGCACCTGCTTCTCTGTCTTTACCATCACAAAGTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGGCAGTTGCTGCACCTGCTTCTCTGTCTTTACCATCACAAAGTTGTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCAGAAGCTCCTCCTGCTTATACTCCTCAAGCTGCTGAAGGTCACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGCAGAAGCTCCTCCTGCTTATACTCCTCAAGCTGCTGAAGGTCACTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGTATCCTATGGAACAGATTCTGGGGAGTTTTCATCAGTTGGAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGTATCCTATGGAACAGATTCTGGGGAGTTTTCATCAGTTGGAGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTTATAGGAATCATTCTCAGCCACCGCCTCTTGAGACCTTAGGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTTTATAGGAATCATTCTCAGCCACCGCCTCTTGAGACCTTAGGGCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCAGATGAATTGATTTTGATACCAAATGGAGTACAGATTTTTTTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGCAGATGAATTGATTTTGATACCAAATGGAGTACAGATTTTTTTTGTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATCCTGCAGGGGAGGTTAGTGCACCTTCGTATCCTGGGTACCTTCGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATCCTGCAGGGGAGGTTAGTGCACCTTCGTATCCTGGGTACCTTCGAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGAGGTTTTTGGATAATTCTCTCGATACGGTTCTAAACCGTCCTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGAGGTTTTTGGATAATTCTCTCGATACGGTTCTAAACCGTCCTCCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTTTCTTCAG         GTTTGTGACTGGTTATATCCTCTAGTTCCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTTTCTTCAGGTA...CAGGTTTGTGACTGGTTATATCCTCTAGTTCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATAGATCTCCGGTTCTGAAATGTACTGCGGGAGCCTACATGTTTCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104266 ATAGATCTCCGGTTCTGAAATGTACTGCGGGAGCCTACATGTTTCCTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACAATGCTACAAGCAGCAGGATGCTTTGTGGGGGTCGTCCTGTCCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104316 ACAATGCTACAAGCAGCAGGATGCTTTGTGGGGGTCGTCCTGTCCTCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTTACCAGAGGATGATAGAGAGCTCTTTGAGGATCTGTTAAGGCAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104366 GTTACCAGAGGATGATAGAGAGCTCTTTGAGGATCTGTTAAGGCAAATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CTGACCTTCGGCTCCAG         GCCAACTGGAACAGAGCAGAAGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104416 CTGACCTTCGGCTCCAGGTA...TAGGCCAACTGGAACAGAGCAGAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GAAAATGAATTCCAAATCCCTGGAAGAACTAGACCCTCCTCTGACCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106338 GAAAATGAATTCCAAATCCCTGGAAGAACTAGACCCTCCTCTGACCAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AAAAGAAGCCTCTGGCACTGATGTGAAACAGTTGGACCAAGGCAATAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106388 AAAAGAAGCCTCTGGCACTGATGTGAAACAGTTGGACCAAGGCAATAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ATGTACGTCATAAAGGAAAACGTGGAAAAAGG         GCTAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106438 ATGTACGTCATAAAGGAAAACGTGGAAAAAGGGTA...TAGGCTAAAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACTTCAAGTGAAGAAGTTAACCTGAGTCACATTGTACCATGTGAGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109142 ACTTCAAGTGAAGAAGTTAACCTGAGTCACATTGTACCATGTGAGCCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TCCAGAAGAAAAGCCAAAAGAATTACCTGAATGGAGTGAAAAAGTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109192 TCCAGAAGAAAAGCCAAAAGAATTACCTGAATGGAGTGAAAAAGTGGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACAACATTTTGTCAG         GTGCTTCCTGGGTGAGTTGGGGTTTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109242 ACAACATTTTGTCAGGTA...AAGGTGCTTCCTGGGTGAGTTGGGGTTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GTCAAAGGTGCTGAGATTACTGGTAAGGCAATCCAGAAAGGTGCTTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121436 GTCAAAGGTGCTGAGATTACTGGTAAGGCAATCCAGAAAGGTGCTTCTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 ACTCCGAGAGCGGATTCAACCAGAAGAAAAACCCGTGGAAGTTAGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121486 ACTCCGAGAGCGGATTCAACCAGAAGAAAAACCCGTGGAAGTTAGTCCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CTGTCACCAAGGGACTTTATATAGCGAAGCAAGCTACAGGAGGAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121536 CTGTCACCAAGGGACTTTATATAGCGAAGCAAGCTACAGGAGGAGCAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 AAAGTCAGTCAGTTCCTGG         TTGATGGAGTTTGCACTGTAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 121586 AAAGTCAGTCAGTTCCTGGGTA...TAGTTGATGGAGTTTGCACTGTAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AAATTGCGTTGGAAAAGAACTAGCTCCACATGTCAAGAAGCATGGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123376 AAATTGCGTTGGAAAAGAACTAGCTCCACATGTCAAGAAGCATGGAAGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AACTTGTTCCAGAATCTCTTAAAAAAGACAAAGATGGGAAATCTCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123426 AACTTGTTCCAGAATCTCTTAAAAAAGACAAAGATGGGAAATCTCCTCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GATGGTGCTATGGTTGTAGCAGCAAGTAGTGTTCAAG         GATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123476 GATGGTGCTATGGTTGTAGCAGCAAGTAGTGTTCAAGGTA...CAGGATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TTCAACTGTCTGGCAAGGATTGGAATGTGCAGCTAAATGCATCGTTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123600 TTCAACTGTCTGGCAAGGATTGGAATGTGCAGCTAAATGCATCGTTAACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 ATGTTTCAGCAGAAACTGTACAAACTGTCAGATACAA         ATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123650 ATGTTTCAGCAGAAACTGTACAAACTGTCAGATACAAGTA...AAGATAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GGATATAATGCAGGAGAAGCTACCCACCATGCGGTGGATTCTGCGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131203 GGATATAATGCAGGAGAAGCTACCCACCATGCGGTGGATTCTGCGGTCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TGTTGGCGTAACTGCCTACAATATTAACAACATTGGTATCAAAGCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131253 TGTTGGCGTAACTGCCTACAATATTAACAACATTGGTATCAAAGCAATGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TGAAGAAAACTGCAACACAAACAGGACACACTCTCCTTGAGGACTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131303 TGAAGAAAACTGCAACACAAACAGGACACACTCTCCTTGAGGACTATCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 ATAGTTGATAATTCTCAGAGGGAAAATCAAGAAGGAGCAGCAAATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131353 ATAGTTGATAATTCTCAGAGGGAAAATCAAGAAGGAGCAGCAAATGTCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 CGTGAGAGGGGAGAAGGATGAGCAGACGAAGGAAGTAAAGGAGGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131403 CGTGAGAGGGGAGAAGGATGAGCAGACGAAGGAAGTAAAGGAGGCAAAGA

   2050     .    :
   1988 AGAAAGATAAA
        |||||||||||
 131453 AGAAAGATAAA