seq1 = pF1KA0609.tfa, 2112 bp
seq2 = pF1KA0609/gi568815576r_33174430.tfa (gi568815576r:33174430_33861476), 687047 bp

>pF1KA0609 2112
>gi568815576r:33174430_33861476 (Chr22)

(complement)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-408  (210809-211110)   100% ->
409-491  (235151-235233)   100% ->
492-615  (256919-257042)   100% ->
616-787  (296458-296629)   100% ->
788-892  (429212-429316)   100% ->
893-1005  (477173-477285)   100% ->
1006-1131  (479433-479558)   100% ->
1132-1295  (545229-545392)   100% ->
1296-1574  (556970-557248)   100% ->
1575-1721  (578129-578275)   100% ->
1722-1917  (584222-584417)   100% ->
1918-2112  (586853-587047)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGAATCTGCAGGGGGAGACGGAAATTCTTGGCTGCCTCGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGGAATCTGCAGGGGGAGACGGAAATTCTTGGCTGCCTCGTTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTCTCTGCATCCCAGCCATCACCTGGATTTACCTGTTTTCTGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTCTCTGCATCCCAGCCATCACCTGGATTTACCTGTTTTCTGGGAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGAAG         ATGGAAAGCCCGTGTCTCTGTCACCGCTGGAGTCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGAAGGTA...CAGATGGAAAGCCCGTGTCTCTGTCACCGCTGGAGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGCACACAGCCCCAGGTACACGGCCTCCAGCCAGCGGGAGCGCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210844 CAGGCACACAGCCCCAGGTACACGGCCTCCAGCCAGCGGGAGCGCGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGGAGGTGCGCATGCGCGAGGTGGAGGAGGAGAACCGCGCCCTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210894 CCTGGAGGTGCGCATGCGCGAGGTGGAGGAGGAGAACCGCGCCCTCCGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCAGCTCAGCCTGGCCCAGGGCCGAGCCCCATCCCATCGCCGAGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210944 GGCAGCTCAGCCTGGCCCAGGGCCGAGCCCCATCCCATCGCCGAGGCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACTCCAAGACCTACTCCATGGAGGAGGGCACTGGAGACAGCGAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210994 CACTCCAAGACCTACTCCATGGAGGAGGGCACTGGAGACAGCGAGAACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCGGGCTGGCATCGTGGCAGGCAACAGCTCCGAGTGTGGGCAGCAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211044 TCGGGCTGGCATCGTGGCAGGCAACAGCTCCGAGTGTGGGCAGCAGCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCGTGGAGAAATGCGAG         ACAATCCACGTTGCTATTGTCTGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 211094 TCGTGGAGAAATGCGAGGTA...CAGACAATCCACGTTGCTATTGTCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCGGATACAATGCCAGCCGGGATGTCGTCACCCTGGTCAAATCCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235175 GCCGGATACAATGCCAGCCGGGATGTCGTCACCCTGGTCAAATCCGTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTTCCATAG         ACGGAACCCTCTGCACTTCCACCTTATTGCTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 235225 GTTCCATAGGTA...CAGACGGAACCCTCTGCACTTCCACCTTATTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTCCATTGCGGAGCAGATCCTGGCCACGCTCTTCCAGACCTGGATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256951 ACTCCATTGCGGAGCAGATCCTGGCCACGCTCTTCCAGACCTGGATGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCCGCTGTGCGTGTGGACTTCTACAATGCAGACGAGCTCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 257001 CCCGCTGTGCGTGTGGACTTCTACAATGCAGACGAGCTCAAGGTA...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616  TCTGAAGTTTCCTGGATCCCCAATAAACATTACTCTGGGATTTATGGTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296457 GTCTGAAGTTTCCTGGATCCCCAATAAACATTACTCTGGGATTTATGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGATGAAGCTTGTCCTGACCAAGACTCTTCCTGCCAACCTGGAGAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296507 TGATGAAGCTTGTCCTGACCAAGACTCTTCCTGCCAACCTGGAGAGAGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATCGTCCTTGACACGGATATCACCTTTGCCACTGACATTGCAGAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296557 ATCGTCCTTGACACGGATATCACCTTTGCCACTGACATTGCAGAGCTGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGCTGTGTTCCACAAGTTCAAAG         GTCAGCAAGTCCTGGGCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 296607 GGCTGTGTTCCACAAGTTCAAAGGTA...CAGGTCAGCAAGTCCTGGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGTGGAGAACCAGAGTGACTGGTACCTTGGAAACCTGTGGAAAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 429230 TGGTGGAGAACCAGAGTGACTGGTACCTTGGAAACCTGTGGAAAAATCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGCCCATGGCCAGCCCTTGGAAGAGGCTACAACACAG         GGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 429280 CGCCCATGGCCAGCCCTTGGAAGAGGCTACAACACAGGTA...CAGGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATCCTGTTACTTCTGGATAAGCTGCGGAAGATGAAATGGGAGCAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 477177 GATCCTGTTACTTCTGGATAAGCTGCGGAAGATGAAATGGGAGCAGATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGAGGCTGACCGCAGAGAGGGAGCTCATGGGCATGCTCTCTACATCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 477227 GGAGGCTGACCGCAGAGAGGGAGCTCATGGGCATGCTCTCTACATCCTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCTGACCAG         GATATTTTCAATGCCGTCATCAAACAAAACCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 477277 GCTGACCAGGTG...CAGGATATTTTCAATGCCGTCATCAAACAAAACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTTCCTTGTGTACCAGCTCCCCTGCTTCTGGAATGTGCAGCTGTCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 479465 CTTCCTTGTGTACCAGCTCCCCTGCTTCTGGAATGTGCAGCTGTCAGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACACCCGCTCCGAGCAGTGCTACAGAGACGTGTCTGATCTAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 479515 ACACCCGCTCCGAGCAGTGCTACAGAGACGTGTCTGATCTAAAGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1132    CTCCAGAAGCAGCTGTCTGAGCTGGACGAGGACGACCTGTGCTATGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 545226 CAGCTCCAGAAGCAGCTGTCTGAGCTGGACGAGGACGACCTGTGCTATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GTTCCGGCGAGAGCGCTTCACTGTCCACCGCACCCACCTGTACTTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 545276 GTTCCGGCGAGAGCGCTTCACTGTCCACCGCACCCACCTGTACTTCCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACTACGAGTATGAGCCTGCAGCAGACAGCACGGACGTCACCCTGGTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 545326 ACTACGAGTATGAGCCTGCAGCAGACAGCACGGACGTCACCCTGGTCGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CAGCTGTCCATGGACAG         GCTCCAGATGCTGGAGGCCATCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 545376 CAGCTGTCCATGGACAGGTA...CAGGCTCCAGATGCTGGAGGCCATCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAAGCACTGGGAGGGGCCCATCAGCCTGGCCCTCTACCTGTCAGACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 556994 CAAGCACTGGGAGGGGCCCATCAGCCTGGCCCTCTACCTGTCAGACGCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGGCCCAGCAGTTCCTCCGCTACGCACAGGGCTCTGAGGTGCTTATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 557044 AGGCCCAGCAGTTCCTCCGCTACGCACAGGGCTCTGAGGTGCTTATGAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CGCCACAACGTGGGCTACCACATCGTGTACAAGGAGGGCCAGTTCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 557094 CGCCACAACGTGGGCTACCACATCGTGTACAAGGAGGGCCAGTTCTACCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CGTGAACCTGCTGCGCAACGTGGCCATGAAGCACATCAGCACTCCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 557144 CGTGAACCTGCTGCGCAACGTGGCCATGAAGCACATCAGCACTCCCTACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGTTCCTGTCTGACATTGACTTCCTGCCCATGTATGGGCTCTATGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 557194 TGTTCCTGTCTGACATTGACTTCCTGCCCATGTATGGGCTCTATGAGTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CTCAG         GAAGTCTGTCATCCAGCTCGATCTTGCCAACACCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 557244 CTCAGGTA...CAGGAAGTCTGTCATCCAGCTCGATCTTGCCAACACCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GAAAGCAATGATTGTCCCCGCGTTCGAGACACTGCGCTACCGGCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 578165 GAAAGCAATGATTGTCCCCGCGTTCGAGACACTGCGCTACCGGCTGTCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TCCCCAAGTCAAAAGCGGAGTTGCTGTCAATGCTGGACATGGGGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 578215 TCCCCAAGTCAAAAGCGGAGTTGCTGTCAATGCTGGACATGGGGACCCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TTCACATTCAG         GTACCACGTCTGGACGAAAGGCCACGCACC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 578265 TTCACATTCAGGTG...CAGGTACCACGTCTGGACGAAAGGCCACGCACC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CACAAACTTCGCCAAGTGGCGGACCGCCACCACGCCTTACCGGGTTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584252 CACAAACTTCGCCAAGTGGCGGACCGCCACCACGCCTTACCGGGTTGAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GGGAGGCCGATTTTGAGCCGTATGTTGTTGTGAGACGTGACTGCCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584302 GGGAGGCCGATTTTGAGCCGTATGTTGTTGTGAGACGTGACTGCCCGGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 TACGACCGGAGGTTTGTAGGCTTTGGCTGGAACAAAGTGGCTCATATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584352 TACGACCGGAGGTTTGTAGGCTTTGGCTGGAACAAAGTGGCTCATATCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GGAGCTGGATGTGCAG         GAGTATGAGTTCATTGTGCTGCCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 584402 GGAGCTGGATGTGCAGGTG...CAGGAGTATGAGTTCATTGTGCTGCCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 ACGCCTACATGATCCACATGCCTCATGCCCCCAGCTTCGACATTACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 586878 ACGCCTACATGATCCACATGCCTCATGCCCCCAGCTTCGACATTACCAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 TTCCGTTCCAACAAGCAATACCGCATCTGTCTCAAAACCCTCAAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 586928 TTCCGTTCCAACAAGCAATACCGCATCTGTCTCAAAACCCTCAAGGAAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GTTTCAGCAGGACATGTCCCGCCGCTACGGCTTTGCTGCCCTGAAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 586978 GTTTCAGCAGGACATGTCCCGCCGCTACGGCTTTGCTGCCCTGAAATATC

   2200     .    :    .    :
   2093 TCACAGCCGAGAACAACAGC
        ||||||||||||||||||||
 587028 TCACAGCCGAGAACAACAGC