seq1 = pF1KA0600.tfa, 3111 bp
seq2 = pF1KA0600/gi568815581r_43978379.tfa (gi568815581r:43978379_44210801), 232423 bp

>pF1KA0600 3111
>gi568815581r:43978379_44210801 (Chr17)

(complement)

17-94  (99997-100073)   97% ->
95-354  (116968-117227)   100% ->
355-526  (117317-117488)   100% ->
527-641  (117596-117710)   100% ->
642-772  (117996-118126)   100% ->
773-919  (118275-118421)   100% ->
920-1032  (118518-118630)   100% ->
1033-1164  (118971-119102)   100% ->
1165-1387  (119310-119532)   100% ->
1388-1599  (122204-122415)   100% ->
1600-1884  (123106-123390)   100% ->
1885-2050  (124065-124230)   100% ->
2051-2100  (126948-126997)   100% ->
2101-2208  (127150-127257)   100% ->
2209-2264  (127982-128037)   100% ->
2265-2352  (128130-128217)   100% ->
2353-2472  (129920-130039)   100% ->
2473-2570  (130304-130401)   100% ->
2571-2689  (130577-130695)   100% ->
2690-2823  (131525-131658)   100% ->
2824-2908  (131923-132007)   100% ->
2909-3074  (132137-132302)   100% ->
3075-3111  (132387-132423)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     17 AGTCGGATGGGATGTCAGGTCGGGAACCATCCTTGGAAATCCTGCCGCGG
        ||-| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 AG CAGATGGGATGTCAGGTCGGGAACCATCCTTGGAAATCCTGCCGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     67 ACTTCTCTGCACAGCATCCCTGTGACAG         TGGAGGTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100046 ACTTCTCTGCACAGCATCCCTGTGACAGGTA...CAGTGGAGGTGAAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    108 GGTGCTGCCAAGAGCCATGCCCAGTTCCATGGGGGGTGGGGGTGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116981 GGTGCTGCCAAGAGCCATGCCCAGTTCCATGGGGGGTGGGGGTGGAGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    158 GCCCCAGCCCTGTGGAGCTACGGGGGGCTCTGGTGGGCTCTGTGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117031 GCCCCAGCCCTGTGGAGCTACGGGGGGCTCTGGTGGGCTCTGTGGACCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    208 ACACTGCGGGAGCAGCAACTGCAGCAGGAGCTCCTGGCGCTCAAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117081 ACACTGCGGGAGCAGCAACTGCAGCAGGAGCTCCTGGCGCTCAAGCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    258 GCAGCAGCTGCAGAAGCAGCTCCTGTTCGCTGAGTTCCAGAAACAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117131 GCAGCAGCTGCAGAAGCAGCTCCTGTTCGCTGAGTTCCAGAAACAGCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    308 ACCACCTGACAAGGCAGCATGAGGTCCAGCTGCAGAAGCACCTCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 117181 ACCACCTGACAAGGCAGCATGAGGTCCAGCTGCAGAAGCACCTCAAGGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    355       CAGCAGCAGGAGATGCTGGCAGCCAAGCAGCAGCAGGAGATGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117231 ...CAGCAGCAGCAGGAGATGCTGGCAGCCAAGCAGCAGCAGGAGATGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    399 GGCAGCCAAGCGGCAGCAGGAGCTGGAGCAGCAGCGGCAGCGGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117361 GGCAGCCAAGCGGCAGCAGGAGCTGGAGCAGCAGCGGCAGCGGGAGCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    449 AGCGGCAGGAAGAGCTGGAGAAGCAGCGGCTGGAGCAGCAGCTGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117411 AGCGGCAGGAAGAGCTGGAGAAGCAGCGGCTGGAGCAGCAGCTGCTCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499 CTGCGGAACAAGGAGAAGAGCAAAGAGA         GTGCCATTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117461 CTGCGGAACAAGGAGAAGAGCAAAGAGAGTA...CAGGTGCCATTGCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    540 CACTGAGGTAAAGCTGAGGCTCCAGGAATTCCTCTTGTCGAAGTCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117609 CACTGAGGTAAAGCTGAGGCTCCAGGAATTCCTCTTGTCGAAGTCAAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    590 AGCCCACACCAGGCGGCCTCAACCATTCCCTCCCACAGCACCCCAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117659 AGCCCACACCAGGCGGCCTCAACCATTCCCTCCCACAGCACCCCAAATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 TG         GGGAGCCCACCATGCTTCTTTGGACCAGAGTTCCCCTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117709 TGGTA...CAGGGGAGCCCACCATGCTTCTTTGGACCAGAGTTCCCCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    681 CCAGAGCGGCCCCCCTGGGACGCCTCCCTCCTACAAACTGCCTTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118035 CCAGAGCGGCCCCCCTGGGACGCCTCCCTCCTACAAACTGCCTTTGCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    731 GGCCCTACGACAGTCGAGACGACTTCCCCCTCCGCAAAACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118085 GGCCCTACGACAGTCGAGACGACTTCCCCCTCCGCAAAACAGGTG...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773  CCTCTGAACCCAACTTGAAAGTGCGTTCAAGGCTAAAACAGAAGGTGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118274 GCCTCTGAACCCAACTTGAAAGTGCGTTCAAGGCTAAAACAGAAGGTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    822 TGAGCGGAGAAGCAGTCCCCTCCTGCGTCGCAAGGATGGGACTGTTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118324 TGAGCGGAGAAGCAGTCCCCTCCTGCGTCGCAAGGATGGGACTGTTATTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    872 GCACCTTTAAGAAGAGAGCTGTTGAGATCACAGGTGCCGGGCCTGGGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118374 GCACCTTTAAGAAGAGAGCTGTTGAGATCACAGGTGCCGGGCCTGGGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920        CGTCGTCCGTGTGTAACAGCGCACCCGGCTCCGGCCCCAGCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118424 A...TAGCGTCGTCCGTGTGTAACAGCGCACCCGGCTCCGGCCCCAGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    963 TCCCAACAGCTCCCACAGCACCATCGCTGAGAATGGCTTTACTGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118561 TCCCAACAGCTCCCACAGCACCATCGCTGAGAATGGCTTTACTGGCTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1013 TCCCCAACATCCCCACTGAG         ATGCTCCCTCAGCACCGAGCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118611 TCCCCAACATCCCCACTGAGGTA...CAGATGCTCCCTCAGCACCGAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1054 CTCCCTCTGGACAGCTCCCCCAACCAGTTCAGCCTCTACACGTCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118992 CTCCCTCTGGACAGCTCCCCCAACCAGTTCAGCCTCTACACGTCTCCTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1104 TCTGCCCAACATCTCCCTAGGGCTGCAGGCCACGGTCACTGTCACCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119042 TCTGCCCAACATCTCCCTAGGGCTGCAGGCCACGGTCACTGTCACCAACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1154 CACACCTCACT         GCCTCCCCGAAGCTGTCGACACAGCAGGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 119092 CACACCTCACTGTA...CAGGCCTCCCCGAAGCTGTCGACACAGCAGGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1195 GCCGAGAGGCAGGCCCTCCAGTCCCTGCGGCAGGGTGGCACGCTGACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119340 GCCGAGAGGCAGGCCCTCCAGTCCCTGCGGCAGGGTGGCACGCTGACCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1245 CAAGTTCATGAGCACATCCTCTATTCCTGGCTGCCTGCTGGGCGTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119390 CAAGTTCATGAGCACATCCTCTATTCCTGGCTGCCTGCTGGGCGTGGCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1295 TGGAGGGCGACGGGAGCCCCCACGGGCATGCCTCCCTGCTGCAGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119440 TGGAGGGCGACGGGAGCCCCCACGGGCATGCCTCCCTGCTGCAGCATGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1345 CTGTTGCTGGAGCAGGCCCGGCAGCAGAGCACCCTCATTGCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 119490 CTGTTGCTGGAGCAGGCCCGGCAGCAGAGCACCCTCATTGCTGGTG...T

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388   TGCCACTCCACGGGCAGTCCCCACTAGTGACGGGTGAACGTGTGGCCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122202 AGTGCCACTCCACGGGCAGTCCCCACTAGTGACGGGTGAACGTGTGGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1436 CCAGCATGCGGACGGTAGGCAAGCTCCCGCGGCATCGGCCCCTGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122252 CCAGCATGCGGACGGTAGGCAAGCTCCCGCGGCATCGGCCCCTGAGCCGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1486 ACTCAGTCCTCACCGCTGCCGCAGAGTCCCCAGGCCCTGCAGCAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122302 ACTCAGTCCTCACCGCTGCCGCAGAGTCCCCAGGCCCTGCAGCAGCTGGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1536 CATGCAACAACAGCACCAGCAGTTCCTGGAGAAGCAGAAGCAGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122352 CATGCAACAACAGCACCAGCAGTTCCTGGAGAAGCAGAAGCAGCAGCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1586 TACAGCTGGGCAAG         ATCCTCACCAAGACAGGGGAGCTGCCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 122402 TACAGCTGGGCAAGGTG...CAGATCCTCACCAAGACAGGGGAGCTGCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1627 AGGCAGCCCACCACCCACCCTGAGGAGACAGAGGAGGAGCTGACGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123133 AGGCAGCCCACCACCCACCCTGAGGAGACAGAGGAGGAGCTGACGGAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1677 GCAGGAGGTCTTGCTGGGGGAGGGAGCCCTGACCATGCCCCGGGAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123183 GCAGGAGGTCTTGCTGGGGGAGGGAGCCCTGACCATGCCCCGGGAGGGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1727 CCACAGAGAGTGAGAGCACACAGGAAGACCTGGAGGAGGAGGACGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123233 CCACAGAGAGTGAGAGCACACAGGAAGACCTGGAGGAGGAGGACGAGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1777 GACGATGGGGAGGAGGAGGAGGATTGCATCCAGGTTAAGGACGAGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123283 GACGATGGGGAGGAGGAGGAGGATTGCATCCAGGTTAAGGACGAGGAGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1827 CGAGAGTGGTGCTGAGGAGGGGCCCGACTTGGAGGAGCCTGGTGCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123333 CGAGAGTGGTGCTGAGGAGGGGCCCGACTTGGAGGAGCCTGGTGCTGGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1877 ACAAAAAA         CTGTTCTCAGATGCCCAGCCGCTGCAGCCTTTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 123383 ACAAAAAAGTG...CAGCTGTTCTCAGATGCCCAGCCGCTGCAGCCTTTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1918 CAGGTGTACCAGGCGCCCCTCAGCCTGGCCACTGTGCCCCACCAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124098 CAGGTGTACCAGGCGCCCCTCAGCCTGGCCACTGTGCCCCACCAGGCCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1968 GGGCCGTACCCAGTCCTCCCCTGCTGCCCCTGGGGGCATGAAGAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124148 GGGCCGTACCCAGTCCTCCCCTGCTGCCCCTGGGGGCATGAAGAGCCCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2018 CAGACCAGCCCGTCAAGCACCTCTTCACCACAG         GCCCCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 124198 CAGACCAGCCCGTCAAGCACCTCTTCACCACAGGTG...CAGGCCCCATC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2059 AGCCAGAAGATGTATGCTGTGCTGCCTTGTGGGGGCATCGGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 126956 AGCCAGAAGATGTATGCTGTGCTGCCTTGTGGGGGCATCGGGGTG...CA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101  GTGGACAGTGACACCGTGTGGAATGAGATGCACTCCTCCAGTGCTGTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127149 GGTGGACAGTGACACCGTGTGGAATGAGATGCACTCCTCCAGTGCTGTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2150 GCATGGCAGTGGGCTGCCTGCTGGAGCTGGCCTTCAAGGTGGCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127199 GCATGGCAGTGGGCTGCCTGCTGGAGCTGGCCTTCAAGGTGGCTGCAGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2200 GAGCTCAAG         AATGGATTTGCCATCATCCGGCCCCCAGGACA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 127249 GAGCTCAAGGTG...CAGAATGGATTTGCCATCATCCGGCCCCCAGGACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2241 CCACGCCGAGGAATCCACAGCCAT         GGGATTCTGCTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 128014 CCACGCCGAGGAATCCACAGCCATGTG...CAGGGGATTCTGCTTCTTCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2282 ACTCTGTAGCCATCACCGCAAAACTCCTACAGCAGAAGTTGAACGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128147 ACTCTGTAGCCATCACCGCAAAACTCCTACAGCAGAAGTTGAACGTGGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2332 AAGGTCCTCATCGTGGACTGG         GACATTCACCATGGCAATGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 128197 AAGGTCCTCATCGTGGACTGGGTA...TAGGACATTCACCATGGCAATGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2373 CACCCAGCAGGCGTTCTACAATGACCCCTCTGTGCTCTACATCTCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129940 CACCCAGCAGGCGTTCTACAATGACCCCTCTGTGCTCTACATCTCTCTGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2423 ATCGCTATGACAACGGGAACTTCTTTCCAGGCTCTGGGGCTCCTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129990 ATCGCTATGACAACGGGAACTTCTTTCCAGGCTCTGGGGCTCCTGAAGAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2473          GTTGGTGGAGGACCAGGCGTGGGGTACAATGTGAACGTGGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130040 GTA...CAGGTTGGTGGAGGACCAGGCGTGGGGTACAATGTGAACGTGGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2514 ATGGACAGGAGGTGTGGACCCCCCCATTGGAGACGTGGAGTACCTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130345 ATGGACAGGAGGTGTGGACCCCCCCATTGGAGACGTGGAGTACCTTACAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2564 CCTTCAG         GACAGTGGTGATGCCCATTGCCCACGAGTTCTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130395 CCTTCAGGTA...CAGGACAGTGGTGATGCCCATTGCCCACGAGTTCTCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2605 CCTGATGTGGTCCTAGTCTCCGCCGGGTTTGATGCTGTTGAAGGACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130611 CCTGATGTGGTCCTAGTCTCCGCCGGGTTTGATGCTGTTGAAGGACATCT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2655 GTCTCCTCTGGGTGGCTACTCTGTCACCGCCAGAT         GTTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 130661 GTCTCCTCTGGGTGGCTACTCTGTCACCGCCAGATGTA...AAGGTTTTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2696 GCCACTTGACCAGGCAGCTGATGACCCTGGCAGGGGGCCGGGTGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131531 GCCACTTGACCAGGCAGCTGATGACCCTGGCAGGGGGCCGGGTGGTGCTG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2746 GCCCTGGAGGGAGGCCATGACTTGACCGCCATCTGTGATGCCTCTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131581 GCCCTGGAGGGAGGCCATGACTTGACCGCCATCTGTGATGCCTCTGAGGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2796 TTGTGTCTCGGCTCTGCTCAGTGTAGAG         CTGCAGCCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 131631 TTGTGTCTCGGCTCTGCTCAGTGTAGAGGTA...CAGCTGCAGCCCTTGG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2837 ATGAGGCAGTCTTGCAGCAAAAGCCCAACATCAACGCAGTGGCCACGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131936 ATGAGGCAGTCTTGCAGCAAAAGCCCAACATCAACGCAGTGGCCACGCTA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2887 GAGAAAGTCATCGAGATCCAGA         GCAAACACTGGAGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 131986 GAGAAAGTCATCGAGATCCAGAGTG...CAGGCAAACACTGGAGCTGTGT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2928 GCAGAAGTTCGCCGCTGGTCTGGGCCGGTCCCTGCGAGAGGCCCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132156 GCAGAAGTTCGCCGCTGGTCTGGGCCGGTCCCTGCGAGAGGCCCAAGCAG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2978 GTGAGACCGAGGAGGCCGAGACTGTGAGCGCCATGGCCTTGCTGTCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132206 GTGAGACCGAGGAGGCCGAGACTGTGAGCGCCATGGCCTTGCTGTCGGTG

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3028 GGGGCCGAGCAGGCCCAGGCTGCGGCAGCCCGGGAACACAGCCCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 132256 GGGGCCGAGCAGGCCCAGGCTGCGGCAGCCCGGGAACACAGCCCCAGGTA

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :
   3075       GCCGGCAGAGGAGCCCATGGAGCAGGAGCCTGCCCTG
        ...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132306 ...CAGGCCGGCAGAGGAGCCCATGGAGCAGGAGCCTGCCCTG