seq1 = pF1KA0562.tfa, 2775 bp
seq2 = pF1KA0562/gi568815597r_3715405.tfa (gi568815597r:3715405_3952407), 237003 bp

>pF1KA0562 2775
>gi568815597r:3715405_3952407 (Chr1)

(complement)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-287  (103627-103800)   100% ->
288-426  (104795-104933)   100% ->
427-489  (107057-107119)   100% ->
490-566  (107425-107501)   100% ->
567-735  (112632-112800)   100% ->
736-891  (113289-113444)   99% ->
892-1119  (114889-115116)   100% ->
1120-1317  (115716-115913)   100% ->
1318-1485  (117316-117483)   100% ->
1486-1659  (118373-118546)   100% ->
1660-1836  (121186-121362)   100% ->
1837-2043  (122411-122617)   100% ->
2044-2151  (123035-123142)   100% ->
2152-2188  (125664-125700)   100% ->
2189-2255  (125972-126038)   100% ->
2256-2364  (126542-126650)   100% ->
2365-2503  (128846-128984)   100% ->
2504-2571  (129167-129234)   100% ->
2572-2662  (136038-136128)   100% ->
2663-2775  (136891-137003)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCACAAGATTGGATTTGTAGTCGTCAGCTCATCTGGACACGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCACAAGATTGGATTTGTAGTCGTCAGCTCATCTGGACACGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTTCAGTGCCCGGGAGCTCATGATCCACGCGCCAACTGTCAGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCTTCAGTGCCCGGGAGCTCATGATCCACGCGCCAACTGTCAGTGGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGGTCACCTAG         ATTTTGCCAGTTTCCACAAGAAATTGTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCGGTCACCTAGGTG...CAGATTTTGCCAGTTTCCACAAGAAATTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTCAAATGGTGGAGAGATGTCGAATAAGGAAACTGCAGTTACTTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103655 CTTCAAATGGTGGAGAGATGTCGAATAAGGAAACTGCAGTTACTTGCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGTATATGATTTCAAGTAAAATTGAGTTCTACATTAGTGAAAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103705 CCAGTATATGATTTCAAGTAAAATTGAGTTCTACATTAGTGAAAGCTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGAATATTTTGCACCCTATCAAGCAGAGCGGTTTCGAAGACTTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103755 CTGAATATTTTGCACCCTATCAAGCAGAGCGGTTTCGAAGACTTGGGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    288      CTACGTGTCTCTCTGTGATAATGAAAAGACAGGTTGCAAAGCCCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103805 ..CAGCTACGTGTCTCTCTGTGATAATGAAAAGACAGGTTGCAAAGCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAACTAAAATCAGTTTATGTGGATGCAGTAGGACAATTTCTTAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104840 GGAACTAAAATCAGTTTATGTGGATGCAGTAGGACAATTTCTTAAACTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTTTTCACCAAAACCATGTCAACAAATACAACATATATAATCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104890 TTTTTCACCAAAACCATGTCAACAAATACAACATATATAATCAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    GTTGCTTTGGTTGCCATAAATATCATTGGAGACCCTGCAGATTTCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107054 TAGGTTGCTTTGGTTGCCATAAATATCATTGGAGACCCTGCAGATTTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATGAAAGCAATACT         GCCTCTCGAGAGAAGTTGATTGACC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107104 TGATGAAAGCAATACTGTA...AAGGCCTCTCGAGAGAAGTTGATTGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTACCTTGGGCACAACAGCGAGGACCCTGCTCTAGAAGGAACGTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107450 ACTACCTTGGGCACAACAGCGAGGACCCTGCTCTAGAAGGAACGTACGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AG         GAAATCTGACTATATCTCTCCGCTAGATGACTTAGCTTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107500 AGGTA...TAGGAAATCTGACTATATCTCTCCGCTAGATGACTTAGCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGATATGTACCAAGATCCAGAAGTTGCACAGATCATACGAAAATTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112671 TGATATGTACCAAGATCCAGAAGTTGCACAGATCATACGAAAATTAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAAGAAAACGGGAAGCTGTCCAAAAGGAACGCTATGATTATGCCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112721 AAAGAAAACGGGAAGCTGTCCAAAAGGAACGCTATGATTATGCCAAGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTAAAACAAGCCATTGCTGATTTGCAAAAG         GTTGGTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| ||
 112771 CTAAAACAAGCCATTGCTGATTTGCAAAAGGTA...CAGGTTGGTGAACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTTGGGAGGTATGAGGTAGAGAAACGCTGTGCCGTGGAGAAGGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113300 CCTTGGGAGGTATGAGGTAGAGAAACGCTGTGCCGTGGAGAAGGAAGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACGATCTCGCCAAGGAGAAGAAGCAGCAGATGGAGCAGTATCGTGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113350 ACGATCTCGCCAAGGAGAAGAAGCAGCAGATGGAGCAGTATCGTGCCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGTACGAGCAGCTGGAGCTGCACAGCCTCCTGGATGCCGAGCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113400 GTGTACGAGCAGCTGGAGCTGCACAGCCTCCTGGATGCCGAGCTGGTG..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892     ATGCGAAGACCTTTTGATTTGCCCCTCCAGCCCCTCGCTCGTTCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113450 .TAGATGCGAAGACCTTTTGATTTGCCCCTCCAGCCCCTCGCTCGTTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCAGTCCTTGCCACCAAAAGCCAATGCCCTCACTACCACAACTGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114935 GCAGTCCTTGCCACCAAAAGCCAATGCCCTCACTACCACAACTGGAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGAGGAACAGAAAACCAGTTTGCAGAACCTTTCCTTCAGGAAAAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114985 AGAGGAACAGAAAACCAGTTTGCAGAACCTTTCCTTCAGGAAAAGCCTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATCATATTCTCTAACTATTTCTCCTCAGCATTCTGCAGTAGACCCGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115035 ATCATATTCTCTAACTATTTCTCCTCAGCATTCTGCAGTAGACCCGTTAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCCCTGCCACAGATCCTCATCCAAAGATCAAT         GCAGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115085 TCCCTGCCACAGATCCTCATCCAAAGATCAATGTA...CAGGCAGAGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGCCCTACGATGAGCGGCCTCTTCCAGCTATTCGTAAGCATTATGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115725 CTGCCCTACGATGAGCGGCCTCTTCCAGCTATTCGTAAGCATTATGGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGCAGTGGTGGAGCCGGAAATGAGTAATGCAGACATCAGCGATGCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115775 GGCAGTGGTGGAGCCGGAAATGAGTAATGCAGACATCAGCGATGCTCGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GGGGAGGCATGTTAGGGGAGCCAGAGCCCTTAACCGAGAAGGCCTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115825 GGGGAGGCATGTTAGGGGAGCCAGAGCCCTTAACCGAGAAGGCCTTGAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GAAGCCAGCTCTGCCATCGATGTGTTGGGAGAAACCTTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 115875 GAAGCCAGCTCTGCCATCGATGTGTTGGGAGAAACCTTGGTA...TAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGCTGAGGCCTATTGTAAGACGTGGTCCTACCGAGAGGATGCACTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117318 TGCTGAGGCCTATTGTAAGACGTGGTCCTACCGAGAGGATGCACTGCTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCTTGTCTAAGAAGTTAATGGAAATGCCTGTTGGAACCCCAAAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117368 CCTTGTCTAAGAAGTTAATGGAAATGCCTGTTGGAACCCCAAAAGAAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TTAAAGAACACACTGAGAGCATCCGTCTTTCTCGTTAGAAGAGCCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117418 TTAAAGAACACACTGAGAGCATCCGTCTTTCTCGTTAGAAGAGCCATAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGACATTGTGACCTCC         GTTTTTCAGGCTTCTTTGAAATTGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117468 GGACATTGTGACCTCCGTG...TAGGTTTTTCAGGCTTCTTTGAAATTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TGAAAATGATCATTACACAATATATTCCTAAACATAAACTGAGTAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118398 TGAAAATGATCATTACACAATATATTCCTAAACATAAACTGAGTAAACTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GAAACAGCTCACTGTGTGGAGAGGACCATTCCCGTTTTGCTCACCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118448 GAAACAGCTCACTGTGTGGAGAGGACCATTCCCGTTTTGCTCACCAGAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGGAGATTCTTCTGCCCGCCTCCGCGTCACAGCTGCAAATTTTATTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 118498 TGGAGATTCTTCTGCCCGCCTCCGCGTCACAGCTGCAAATTTTATTCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1660         GAAATGGCCTTGTTTAAAGAAGTTAAGTCTCTCCAAATTATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118548 TC...TAGGAAATGGCCTTGTTTAAAGAAGTTAAGTCTCTCCAAATTATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CCATCCTACCTGGTGCAGCCATTGAAAGCAAACTCTTCAGTTCACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121228 CCATCCTACCTGGTGCAGCCATTGAAAGCAAACTCTTCAGTTCACCTGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AATGAGTCAGATGGGCCTCCTGGCCCGGCTGCTGAAAGACCTGGGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121278 AATGAGTCAGATGGGCCTCCTGGCCCGGCTGCTGAAAGACCTGGGCACTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GCAGCTCGGGCTTCACCATTGACAACGTGATGAAG         TTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121328 GCAGCTCGGGCTTCACCATTGACAACGTGATGAAGGTA...TAGTTTTCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GTGAGTGCCCTGGAGCATAGAGTGTATGAGGTCCGCGAGACGGCGGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122417 GTGAGTGCCCTGGAGCATAGAGTGTATGAGGTCCGCGAGACGGCGGTTCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AATTATTTTGGACATGTACAGACAGCACCAGGCTTCCATCCTGGAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122467 AATTATTTTGGACATGTACAGACAGCACCAGGCTTCCATCCTGGAGTACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TTCCTCCAGACGACAGCAACACACGCAGGAACATTCTCTACAAAACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122517 TTCCTCCAGACGACAGCAACACACGCAGGAACATTCTCTACAAAACAATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 TTTGAGGGATTTGCTAAAATAGATGGCAGAGCTACAGATGCTGAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122567 TTTGAGGGATTTGCTAAAATAGATGGCAGAGCTACAGATGCTGAGATGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 G         GCACGGAGAAAAGCGGCTACAGAAGAAGCAGAAAAACAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122617 GGTG...CAGGCACGGAGAAAAGCGGCTACAGAAGAAGCAGAAAAACAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AGAAAGAAGAAATAAAAGCTTTACAAGGGCAGCTGGCAGCACTGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123075 AGAAAGAAGAAATAAAAGCTTTACAAGGGCAGCTGGCAGCACTGAAAGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 ATTCAGGCTGAAGTTCAG         GAAAAAGAAAGTGATGCTGTGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 123125 ATTCAGGCTGAAGTTCAGGTT...TAGGAAAAAGAAAGTGATGCTGTGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 GCCAAAGAATCAGG         ACATTCAAGGAGGGAAAGCAGCCCCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 125687 GCCAAAGAATCAGGGTA...CAGACATTCAAGGAGGGAAAGCAGCCCCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CTGAAGCTCTGGGAATCCCGGATGAGCACTATCTAGATAA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 125999 CTGAAGCTCTGGGAATCCCGGATGAGCACTATCTAGATAAGTA...CAGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 TTGTGTATTTTTTGTGGGGAAAGGAGTGAATCCTTCACAGAGGAAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126543 TTGTGTATTTTTTGTGGGGAAAGGAGTGAATCCTTCACAGAGGAAGGTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 GGATCTCCACTACTGGAAGCACTGTCTCATGCTGACAAGATGTGACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126593 GGATCTCCACTACTGGAAGCACTGTCTCATGCTGACAAGATGTGACCACT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 GCAAACAG         GTGGTCGAGATATCCAGTCTGACGGAGCACTTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 126643 GCAAACAGGTC...CAGGTGGTCGAGATATCCAGTCTGACGGAGCACTTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 CTGACGGAATGTGACAAAAAAGACGGGTTTGGAAAGTGTTACCGTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128879 CTGACGGAATGTGACAAAAAAGACGGGTTTGGAAAGTGTTACCGTTGCAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 TGAGGCTGTTTTCAAGGAAGAGCTGCCCAGACACATAAAACACAAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128929 TGAGGCTGTTTTCAAGGAAGAGCTGCCCAGACACATAAAACACAAGGATT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 GCAACC         CTGCCAAACCGGAGAAGCTGGCAAACCGGTGTCCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128979 GCAACCGTG...CAGCTGCCAAACCGGAGAAGCTGGCAAACCGGTGTCCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 CTGTGTCATGAGAACTTCAGCCCTGGAGAAGAG         GCATGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 129202 CTGTGTCATGAGAACTTCAGCCCTGGAGAAGAGGTG...CAGGCATGGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 AGCTCACCTGATGGGCCCAGCCGGCTGCACGATGAACCTGCGCAAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136046 AGCTCACCTGATGGGCCCAGCCGGCTGCACGATGAACCTGCGCAAGACAC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 ACATTCTGCAGAAGGCCCCGGCACTGCAGCCAG         GGAAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136096 ACATTCTGCAGAAGGCCCCGGCACTGCAGCCAGGTG...CAGGGAAAAGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 TCAGCTGTGGCCGCATCAGGCCCCTTGGGGTCAAAGGCCGGAAGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136899 TCAGCTGTGGCCGCATCAGGCCCCTTGGGGTCAAAGGCCGGAAGCAAGAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 CCCCACCCCGAAGGGCGGACTGAGCAAGAGCTCCAGCAGGACGTACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136949 CCCCACCCCGAAGGGCGGACTGAGCAAGAGCTCCAGCAGGACGTACGCCA

   2950     .
   2771 AGCGC
        |||||
 136999 AGCGC