seq1 = pF1KA0536.tfa, 3021 bp
seq2 = pF1KA0536/gi568815592f_3921426.tfa (gi568815592f:3921426_4160613), 239188 bp

>pF1KA0536 3021
>gi568815592f:3921426_4160613 (Chr6)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-1238  (110134-111330)   99% ->
1239-1412  (115972-116145)   100% ->
1413-1568  (119347-119502)   100% ->
1569-1650  (121062-121143)   100% ->
1651-1861  (122388-122598)   100% ->
1862-1935  (125750-125823)   100% ->
1936-2026  (127591-127681)   100% ->
2027-2174  (128307-128454)   100% ->
2175-2312  (130532-130669)   100% ->
2313-2466  (131295-131448)   100% ->
2467-2581  (134896-135010)   100% ->
2582-2733  (135611-135762)   100% ->
2734-2820  (137303-137389)   100% ->
2821-3021  (138988-139188)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCCGCGGAGACCCAGTCGCTACGGGAGCAGCCAGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGGCCGCCGCGGAGACCCAGTCGCTACGGGAGCAGCCAGAGTA...TAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GATGGAAGATGCTAATTCTGAAAAGAGTATAAATGAAGAAAATGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110134 GATGGAAGATGCTAATTCTGAAAAGAGTATAAATGAAGAAAATGGAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATCAGAAGACCAGTCTCAAAATAAGCACAGTCGTCACAAAAAAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110184 TATCAGAAGACCAGTCTCAAAATAAGCACAGTCGTCACAAAAAAAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATAAACACAGAAGTAAACATAAGAAACATAAACATTCCTCAGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110234 CATAAACACAGAAGTAAACATAAGAAACATAAACATTCCTCAGAAGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGGATAAAAAACATAAACATAAGCATAAACATAAGAAACACAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110284 CAAGGATAAAAAACATAAACATAAGCATAAACATAAGAAACACAAAAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGAGGTTATTGATGCTTCTGATAAAGAGGGTATGTCTCCAGCAAAAAGA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110334 AAGAGATTATTGATGCTTCTGATAAAGAGGGTATGTCTCCAGCAAAAAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTAAACTTGATGATTTAGCTTTGCTAGAAGACTTGGAAAAACAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110384 ACTAAACTTGATGATTTAGCTTTGCTAGAAGACTTGGAAAAACAGAGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTGATTAAGGCCGAACTTGATAATGAGTTAATGGAAGGAAAGGTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110434 CTTGATTAAGGCCGAACTTGATAATGAGTTAATGGAAGGAAAGGTCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGGTATGGGGCTCATTTTGCAAGGTTATGAGTCTGGCTCTGAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110484 CTGGTATGGGGCTCATTTTGCAAGGTTATGAGTCTGGCTCTGAAGAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGGGAAATTCATGAAAAGGCAAGAAATGGAAATAGGTCTAGTACTAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110534 GGGGAAATTCATGAAAAGGCAAGAAATGGAAATAGGTCTAGTACTAGATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTCAAGTACAAAGGGGAAACTTGAACTTGTGGACAATAAAATTACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110584 TTCAAGTACAAAGGGGAAACTTGAACTTGTGGACAATAAAATTACTACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGAAACGAAGTAAAAGCAGATCCAAAGAACGGACTAGACATAGGTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110634 AGAAACGAAGTAAAAGCAGATCCAAAGAACGGACTAGACATAGGTCTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAAAAGAAAAGTAAGGGGGGTATTGAAATCGTTAAAGAGAAAACAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110684 AAAAAGAAAAGTAAGGGGGGTATTGAAATCGTTAAAGAGAAAACAACTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GAGCAAGTCAAAGGAGAGGAAAAAATCTAAAAGCCCATCCAAAAGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110734 GAGCAAGTCAAAGGAGAGGAAAAAATCTAAAAGCCCATCCAAAAGAAGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGTCTCAAGATCAAGCAAGGAAATCAAAATCCCCTACCCTTAGAAGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110784 AGTCTCAAGATCAAGCAAGGAAATCAAAATCCCCTACCCTTAGAAGGCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCTCAAGAGAAAATTGGTAAGGCCAGATCTCCTACTGATGATAAGGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110834 TCTCAAGAGAAAATTGGTAAGGCCAGATCTCCTACTGATGATAAGGTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AATTGAAGATAAAAGTAAATCAAAAGATAGGAAAAAATCCCCAATTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110884 AATTGAAGATAAAAGTAAATCAAAAGATAGGAAAAAATCCCCAATTATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATGAAAGTAGAAGTCGCGATCGAGGTAAAAAATCCAGATCCCCAGTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110934 ATGAAAGTAGAAGTCGCGATCGAGGTAAAAAATCCAGATCCCCAGTTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TTAAGAGGTAAATCCAAAGACAGAAGGTCACGGTCCAAAGAGAGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110984 TTAAGAGGTAAATCCAAAGACAGAAGGTCACGGTCCAAAGAGAGAAAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AAAACGGTCTGAAACTGATAAAGAAAAGAAGCCAATTAAATCTCCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111034 AAAACGGTCTGAAACTGATAAAGAAAAGAAGCCAATTAAATCTCCCTCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AAGATGCTTCATCTGGGAAAGAAAATAGGTCACCCAGCAGAAGACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111084 AAGATGCTTCATCTGGGAAAGAAAATAGGTCACCCAGCAGAAGACCTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CGTAGTCCTAAAAGAAGAAGTTTGTCTCCAAAACCACGTGATAAATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111134 CGTAGTCCTAAAAGAAGAAGTTTGTCTCCAAAACCACGTGATAAATCAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AAGAAGCAGGTCTCCACTTTTGAATGATAGAAGATCTAAGCAGAGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111184 AAGAAGCAGGTCTCCACTTTTGAATGATAGAAGATCTAAGCAGAGCAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CCCCCTCGCGGACACTGTCTCCTGGGAGAAGAGCCAAGAGCCGATCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111234 CCCCCTCGCGGACACTGTCTCCTGGGAGAAGAGCCAAGAGCCGATCCTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GAAAGAAAACGACGAGAACCAGAGAGGAGACGACTTTCTTCTCCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111284 GAAAGAAAACGACGAGAACCAGAGAGGAGACGACTTTCTTCTCCAAGGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1239       AACACGACCTCGAGATGATATCCTCAGTAGACGTGAAAGATCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111334 ...AAGAACACGACCTCGAGATGATATCCTCAGTAGACGTGAAAGATCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AAGATGCCAGCCCCATCAATAGATGGTCTCCAACCCGAAGAAGAAGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116016 AAGATGCCAGCCCCATCAATAGATGGTCTCCAACCCGAAGAAGAAGTAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCTCCCATTAGAAGGAGGTCTCGTTCCCCACTCAGACGTAGCAGGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116066 TCTCCCATTAGAAGGAGGTCTCGTTCCCCACTCAGACGTAGCAGGTCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AAGAAGAAGAAGCAGATCTCCTCGGAGAAG         GGACAGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116116 AAGAAGAAGAAGCAGATCTCCTCGGAGAAGGTA...TAGGGACAGAGGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GGAGGAGCAGATCACGCTTGCGAAGGCGGTCTCGATCACGCGGTGGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119358 GGAGGAGCAGATCACGCTTGCGAAGGCGGTCTCGATCACGCGGTGGTCGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 AGACGAAGGAGCAGAAGCAAAGTAAAGGAAGATAAATTTAAAGGAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119408 AGACGAAGGAGCAGAAGCAAAGTAAAGGAAGATAAATTTAAAGGAAGTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TTCTGAAGGAATGAAAGTTGAGCAGGAATCTTCGTCTGATGATAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 119458 TTCTGAAGGAATGAAAGTTGAGCAGGAATCTTCGTCTGATGATAAGTA..

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1569     CCTTGAAGACTTTGATGTAGAGGAAGAAGATGAAGAAGCCCTAATA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119508 .AAGCCTTGAAGACTTTGATGTAGAGGAAGAAGATGAAGAAGCCCTAATA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GAACAGAGAAGAATCCAAAGGCAGGCAATTGTTCAG         AAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 121108 GAACAGAGAAGAATCCAAAGGCAGGCAATTGTTCAGGTA...CAGAAATA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TAAATACCTTGCTGAAGATAGCAACATGTCTGTGCCATCTGAACCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122393 TAAATACCTTGCTGAAGATAGCAACATGTCTGTGCCATCTGAACCAAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 GCCCCCAGAGCAGTACGAGAACACGATCACCATCTCCAGATGACATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122443 GCCCCCAGAGCAGTACGAGAACACGATCACCATCTCCAGATGACATTCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GAGCGAGTAGCTGCTGATGTTAAAGAGTATGAACGGGAAAATGTTGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122493 GAGCGAGTAGCTGCTGATGTTAAAGAGTATGAACGGGAAAATGTTGATAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 ATTTGAGGCCTCAGTGAAAGCCAAGCATAATCTAATGACAGTTGAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122543 ATTTGAGGCCTCAGTGAAAGCCAAGCATAATCTAATGACAGTTGAACAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 ATAATG         GTTCATCTCAGAAGAAGTTGTTGGCACCTGATATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122593 ATAATGGTG...AAGGTTCATCTCAGAAGAAGTTGTTGGCACCTGATATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 TTTACAGAATCTGATGATATGTTTGCTGCGTATTTTGAT         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 125785 TTTACAGAATCTGATGATATGTTTGCTGCGTATTTTGATGTA...CAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 TGCTCGTCTTCGGGCCGCTGGCATTGGAAAAGATTTCAAAGAGAATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127593 TGCTCGTCTTCGGGCCGCTGGCATTGGAAAAGATTTCAAAGAGAATCCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 ACCTCAGAGATAACTGGACCGATGCAGAAGGCTATTATC         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 127643 ACCTCAGAGATAACTGGACCGATGCAGAAGGCTATTATCGTA...TAGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 GTGAACATAGGTGAAGTCCTAGATAAACGTTACAATGTGTATGGCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128309 GTGAACATAGGTGAAGTCCTAGATAAACGTTACAATGTGTATGGCTACAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 TGGGCAAGGTGTATTCAGTAATGTTGTACGAGCCAGAGATAATGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128359 TGGGCAAGGTGTATTCAGTAATGTTGTACGAGCCAGAGATAATGCAAGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 CCAACCAAGAAGTGGCTGTAAAGATCATCAGAAACAATGAGCTCAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 128409 CCAACCAAGAAGTGGCTGTAAAGATCATCAGAAACAATGAGCTCATGTA.

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175      GCAAAAGACTGGTTTAAAAGAATTAGAGTTCTTGAAAAAACTTAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128459 ..TAGGCAAAAGACTGGTTTAAAAGAATTAGAGTTCTTGAAAAAACTTAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 TGATGCTGATCCTGATGACAAATTTCATTGTCTGAGACTCTTCAGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130577 TGATGCTGATCCTGATGACAAATTTCATTGTCTGAGACTCTTCAGGCACT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 TCTATCACAAGCAGCATCTTTGTCTGGTATTCGAGCCTCTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 130627 TCTATCACAAGCAGCATCTTTGTCTGGTATTCGAGCCTCTCAGGTA...A

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2313   CATGAACTTACGAGAGGTGTTAAAAAAATATGGTAAAGATGTTGGTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131293 AGCATGAACTTACGAGAGGTGTTAAAAAAATATGGTAAAGATGTTGGTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2361 TCATATTAAAGCTGTAAGATCCTATAGTCAGCAGTTGTTCCTGGCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131343 TCATATTAAAGCTGTAAGATCCTATAGTCAGCAGTTGTTCCTGGCATTGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2411 AACTCCTTAAAAGATGCAATATCCTACATGCAGATATCAAGCCAGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131393 AACTCCTTAAAAGATGCAATATCCTACATGCAGATATCAAGCCAGACAAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2461 ATCCTG         GTTAATGAATCCAAAACTATTTTAAAGCTTTGCGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131443 ATCCTGGTA...CAGGTTAATGAATCCAAAACTATTTTAAAGCTTTGCGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2502 TTTTGGGTCGGCTTCACATGTTGCGGATAATGACATAACACCTTATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134931 TTTTGGGTCGGCTTCACATGTTGCGGATAATGACATAACACCTTATCTTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2552 TCAGTAGATTTTATCGTGCTCCTGAAATCA         TTATAGGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 134981 TCAGTAGATTTTATCGTGCTCCTGAAATCAGTA...CAGTTATAGGTAAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2593 AGCTATGACTATGGTATAGATATGTGGTCTGTAGGTTGCACCTTATACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135622 AGCTATGACTATGGTATAGATATGTGGTCTGTAGGTTGCACCTTATACGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2643 ACTCTATACTGGAAAAATTTTATTCCCTGGCAAAACCAATAACCATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135672 ACTCTATACTGGAAAAATTTTATTCCCTGGCAAAACCAATAACCATATGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2693 TGAAGCTTGCAATGGATCTCAAAGGAAAGATGCCAAATAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 135722 TGAAGCTTGCAATGGATCTCAAAGGAAAGATGCCAAATAAGGTA...TAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2734 ATGATTCGAAAAGGTGTGTTCAAAGATCAGCATTTTGATCAAAATCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137303 ATGATTCGAAAAGGTGTGTTCAAAGATCAGCATTTTGATCAAAATCTCAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2784 CTTCATGTACATAGAAGTTGATAAAGTAACAGAGAGG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 137353 CTTCATGTACATAGAAGTTGATAAAGTAACAGAGAGGGTA...TAGGAGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2825 AAGTTACTGTTATGAGCACCATTAATCCAACTAAGGACCTGTTGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138992 AAGTTACTGTTATGAGCACCATTAATCCAACTAAGGACCTGTTGGCTGAC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2875 TTGATTGGGTGCCAGAGACTTCCTGAAGACCAACGTAAGAAAGTACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139042 TTGATTGGGTGCCAGAGACTTCCTGAAGACCAACGTAAGAAAGTACACCA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2925 GCTAAAGGACTTGTTGGACCAGATTCTGATGTTGGACCCAGCTAAACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139092 GCTAAAGGACTTGTTGGACCAGATTCTGATGTTGGACCCAGCTAAACGAA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2975 TTAGCATCAACCAGGCCCTACAGCACGCCTTCATCCAGGAAAAAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139142 TTAGCATCAACCAGGCCCTACAGCACGCCTTCATCCAGGAAAAAATT