seq1 = pF1KA0528.tfa, 3000 bp
seq2 = pF1KA0528/gi568815586r_22349763.tfa (gi568815586r:22349763_22644150), 294388 bp

>pF1KA0528 3000
>gi568815586r:22349763_22644150 (Chr12)

(complement)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-177  (108807-108893)   98% ->
178-349  (116259-116430)   100% ->
350-445  (118446-118541)   100% ->
446-601  (119524-119679)   100% ->
602-800  (120527-120725)   100% ->
801-952  (126014-126165)   100% ->
953-1038  (130772-130857)   100% ->
1039-1147  (137332-137440)   100% ->
1148-1262  (150814-150928)   100% ->
1263-1358  (153933-154028)   100% ->
1359-1550  (159263-159454)   100% ->
1551-1737  (161408-161594)   100% ->
1738-1902  (165674-165838)   100% ->
1903-2043  (169260-169400)   100% ->
2044-2107  (171344-171407)   100% ->
2108-2169  (171804-171865)   100% ->
2170-2268  (172086-172184)   100% ->
2269-2358  (172663-172752)   100% ->
2359-2446  (173240-173327)   100% ->
2447-2533  (174356-174442)   100% ->
2534-2724  (186990-187180)   100% ->
2725-2871  (190109-190255)   100% ->
2872-3000  (194260-194388)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGGGAAGCTGAAGGTGAAAATCGTGGCCGGGCGCCATTTGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGGGAAGCTGAAGGTGAAAATCGTGGCCGGGCGCCATTTGCCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGGACCGTGCTAGTGACCTGACTGATGCCTTCGTGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 GATGGACCGTGCTAGTGACCTGACTGATGCCTTCGTGGAGGTT...TAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAAAATTTGGTAATACCACTTTTAAAACAGATGTGTACCTTAAGTCACTC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 108808 TAAAATTTGGTAATACCACCTTTAAAACAGATGTGTACCTTAAGTCACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCCTCAGTGGAACTCGGAGTGGTTTAAATTTGAG         GTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108858 AACCCTCAGTGGAACTCGGAGTGGTTTAAATTTGAGGTA...TAGGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGATGAAGACTTACAAGATGAACCTTTACAGATCACAGTTCTTGACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116264 TGATGAAGACTTACAAGATGAACCTTTACAGATCACAGTTCTTGACCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATACTTACAGTGCAAATGATGCCATTGGTAAAGTGTACATTGATATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116314 ATACTTACAGTGCAAATGATGCCATTGGTAAAGTGTACATTGATATTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTTTACTGTATAGTGAAGCTGCAACAGTCATCTCAGGATGGTTTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116364 CCTTTACTGTATAGTGAAGCTGCAACAGTCATCTCAGGATGGTTTCCAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTATGACACCATACATG         GTATCCGTGGGGAAATCAATGTAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116414 TTATGACACCATACATGGTA...TAGGTATCCGTGGGGAAATCAATGTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGTCAAAGTAGACCTCTTCAATGATTTAAATCGATTTAGGCAGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118470 TTGTCAAAGTAGACCTCTTCAATGATTTAAATCGATTTAGGCAGTCATCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGGAGTCAAATTCTTTTGCA         CAACGTCTATTCCAAAATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118520 TGTGGAGTCAAATTCTTTTGCAGTA...CAGCAACGTCTATTCCAAAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTATAGAGCTGTGATAATTCATGGATTTGTAGAAGAACTTGTGGTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119543 CTATAGAGCTGTGATAATTCATGGATTTGTAGAAGAACTTGTGGTCAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGACCCAGAATATCAGTGGATTGATCGAATTCGCACACCAAGGGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119593 AAGACCCAGAATATCAGTGGATTGATCGAATTCGCACACCAAGGGCATCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATGAGGCCAGACAGAGACTCATTTCGTTAATGTCAG         GTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119643 AATGAGGCCAGACAGAGACTCATTTCGTTAATGTCAGGTA...TAGGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGCAGAGGAAGATTGGCTTGAAAGTACTTGAAATGAGAGGAAATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120531 GCTGCAGAGGAAGATTGGCTTGAAAGTACTTGAAATGAGAGGAAATGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGTGGGGTACTTACAGTGTTTCGATCTGGAGGGCGAGTCTGGGTTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120581 TTGTGGGGTACTTACAGTGTTTCGATCTGGAGGGCGAGTCTGGGTTAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGCGAGCCATAGGAACGGCGTGTACTCTGGATAAATTAAGTAGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120631 GTGCGAGCCATAGGAACGGCGTGTACTCTGGATAAATTAAGTAGCCCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCATTCCTTCCTGCATGTAATTCCCCATCCAAAGAAATGAAGGA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120681 AGCATTCCTTCCTGCATGTAATTCCCCATCCAAAGAAATGAAGGAGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801     GATTCCCTTCAATGAAGATCCCAATCCCAATACTCACTCATCAGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120731 .CAGGATTCCCTTCAATGAAGATCCCAATCCCAATACTCACTCATCAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCCTCAACCCCTCTGAAAAACCAAACTTATTCCTTTTCACCTTCCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126060 CCCTCAACCCCTCTGAAAAACCAAACTTATTCCTTTTCACCTTCCAAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTACAGTCGACAGTCCTCTTCTTCTGACACAGATTTGAGTTTGACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126110 CTACAGTCGACAGTCCTCTTCTTCTGACACAGATTTGAGTTTGACACCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAACTG         GAATGGGAAGTGGTAGTGCTGGAAAAGAAGGGGGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126160 AAACTGGTA...TAGGAATGGGAAGTGGTAGTGCTGGAAAAGAAGGGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCCTTTAAAGCTCTTTTAAGACAACAGACTCAATCAGCGTTGGAACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130807 CCCTTTAAAGCTCTTTTAAGACAACAGACTCAATCAGCGTTGGAACAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 G         GAATTTCCATTTTTTACCTTGACGGCATTTCCTCCTGGAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130857 GGTA...TAGGAATTTCCATTTTTTACCTTGACGGCATTTCCTCCTGGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCCTTGTACACGTTGGGGGTGTAGTTAGTGCACGTTCTGTGAAGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137372 TCCTTGTACACGTTGGGGGTGTAGTTAGTGCACGTTCTGTGAAGCTTTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATCGTATCCACAATCCTG         ATGAACCAGAAACTCGAGATGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 137422 GATCGTATCCACAATCCTGGTA...CAGATGAACCAGAAACTCGAGATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ATGGTGGGCAGAAATCAGACAAGAAATAAAATCACATGCTAAAGCATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150836 ATGGTGGGCAGAAATCAGACAAGAAATAAAATCACATGCTAAAGCATTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCTGTCATGCTGTAGTGGGCTACAGTGAATCAACTAGCATCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 150886 GCTGTCATGCTGTAGTGGGCTACAGTGAATCAACTAGCATCTGGTA...T

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1263   TGAAGAGGTCTGCATTTTATCTGCATCTGGCACAGCGGCTGTACTGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153931 AGTGAAGAGGTCTGCATTTTATCTGCATCTGGCACAGCGGCTGTACTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TCCTAGATTTCTGCAGGATGGCACCGTGGAAGGCTGTTTGGAACAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 153981 TCCTAGATTTCTGCAGGATGGCACCGTGGAAGGCTGTTTGGAACAGAGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1359        GCTTGAAGAAAATTTGCCTACACGTTGTGGATTTTGTCATATA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154031 T...TAGGCTTGAAGAAAATTTGCCTACACGTTGTGGATTTTGTCATATA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCATATGATGAACTGAATATGCCATTTCCAGCTCATCTCACATATTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159306 CCATATGATGAACTGAATATGCCATTTCCAGCTCATCTCACATATTGCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TAACTGCAGGAAACAAAAAGTTCCTGATGTTCTGTTTACAACTATAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159356 TAACTGCAGGAAACAAAAAGTTCCTGATGTTCTGTTTACAACTATAGACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCCCAACAGATGCAACAGTTATTGGAAAAGGTTGTCTTATTCAAGCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 159406 TCCCAACAGATGCAACAGTTATTGGAAAAGGTTGTCTTATTCAAGCAAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551         GTTATGTCGCTTAAAAAAGAAAGCACAGGCAGAAGCAAATGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159456 TA...CAGGTTATGTCGCTTAAAAAAGAAAGCACAGGCAGAAGCAAATGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TACAGCTATCAGTAATCTCTTGCCATTTATGGAATATGAAGTGCATACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161450 TACAGCTATCAGTAATCTCTTGCCATTTATGGAATATGAAGTGCATACTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGCTAATGAATAAACTAAAACTCAAAGGAATGAATGCTTTGTTTGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161500 AGCTAATGAATAAACTAAAACTCAAAGGAATGAATGCTTTGTTTGGACTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AGAATTCAGATCACAGTGGGTGAAAATATGTTGATGGGCTTAGCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 161550 AGAATTCAGATCACAGTGGGTGAAAATATGTTGATGGGCTTAGCGGTA..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738     TCTGCCACAGGTGTGTATTTAGCAGCTTTACCAACTCCTGGTGGTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161600 .AAGTCTGCCACAGGTGTGTATTTAGCAGCTTTACCAACTCCTGGTGGTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TTCAGATTGCTGGGAAGACTCCTAATGATGGCTCATATGAACAACACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165720 TTCAGATTGCTGGGAAGACTCCTAATGATGGCTCATATGAACAACACATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TCTCATATGCAGAAGAAGATAAATGACACAATTGCTAAAAACAAAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165770 TCTCATATGCAGAAGAAGATAAATGACACAATTGCTAAAAACAAAGAGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 ATATGAAATCAATCCTCCA         GAGATATCTGAAGAGATTATAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 165820 ATATGAAATCAATCCTCCAGTA...TAGGAGATATCTGAAGAGATTATAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GATCACCCATCCCAGAACCTAGGCAACGCTCAAGACTTCTAAGATCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169282 GATCACCCATCCCAGAACCTAGGCAACGCTCAAGACTTCTAAGATCTCAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 TCAGAAAGCTCGGATGAAGTTACAGAATTAGACCTTTCACATGGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169332 TCAGAAAGCTCGGATGAAGTTACAGAATTAGACCTTTCACATGGGAAAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 AGATGCTTTTGTTTTGGAG         ATTGATGACACAGATGCCATGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 169382 AGATGCTTTTGTTTTGGAGGTA...AAGATTGATGACACAGATGCCATGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AAGATGTCCATTCTCTACTTACTGATGTTCCTCCTCCTTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 171366 AAGATGTCCATTCTCTACTTACTGATGTTCCTCCTCCTTCAGGTG...CA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2108  GCTTTTATAGTTGTAATACAGAAATTATGCCCGGTATAAATAATTGGAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171803 GGCTTTTATAGTTGTAATACAGAAATTATGCCCGGTATAAATAATTGGAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CTCTGAAATACAG         ATGTTCACTTCAGTAAGAGTAATCAGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 171853 CTCTGAAATACAGGTA...TAGATGTTCACTTCAGTAAGAGTAATCAGAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TAAGCAGCCTCAACCTGACTAATCAAGCTCTCAATAAGAACTTTAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172114 TAAGCAGCCTCAACCTGACTAATCAAGCTCTCAATAAGAACTTTAATGAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 CTCTGTGAAAATTTGCTCAAG         AGCCTGTACTTTAAACTACG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 172164 CTCTGTGAAAATTTGCTCAAGGTA...TAGAGCCTGTACTTTAAACTACG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 ATCTATGATCCCCTGCTGCCTTTGCCATGTAAATTTTACAGTATCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172683 ATCTATGATCCCCTGCTGCCTTTGCCATGTAAATTTTACAGTATCTCTGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CTGAAGATGAATTAATTCAG         GTTACAGTCACGGCAGTCGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 172733 CTGAAGATGAATTAATTCAGGTA...TAGGTTACAGTCACGGCAGTCGCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 ATCACTTTTGACAAAAATCAGGCTTTACAAACCACAAAAACCCCTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173261 ATCACTTTTGACAAAAATCAGGCTTTACAAACCACAAAAACCCCTGTTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 AAAGTCATTGCAAAGAG         CCTCAACAGATAATGAAGAACTTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 173311 AAAGTCATTGCAAAGAGGTA...TAGCCTCAACAGATAATGAAGAACTTT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 TACAATTTCCACTGGAACTGTGTTCAGATTCACTTCCTTCTCATCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174380 TACAATTTCCACTGGAACTGTGTTCAGATTCACTTCCTTCTCATCCTTTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 CCACCAGCTAAAG         CCATGACAGTTGAAAAAGCAAGTCCAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 174430 CCACCAGCTAAAGGTT...TAGCCATGACAGTTGAAAAAGCAAGTCCAGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 GGGTGATGGAAATTTCCGGAATCGTTCTGCTCCACCTTGTGCAAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187018 GGGTGATGGAAATTTCCGGAATCGTTCTGCTCCACCTTGTGCAAATTCCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 CAGTTGGGGTTGTTAAGATGACACCTCTTTCTTTTATTCCTGGAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187068 CAGTTGGGGTTGTTAAGATGACACCTCTTTCTTTTATTCCTGGAGCAAAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 ATAACTAAGTATCTTGGGATAATTAACATGTTTTTTATTCGAGAGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187118 ATAACTAAGTATCTTGGGATAATTAACATGTTTTTTATTCGAGAGACTAC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 TTCTCTTCGGGAG         GAAGGAGGAGTCAGTGGTTTTCTCCATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 187168 TTCTCTTCGGGAGGTA...TAGGAAGGAGGAGTCAGTGGTTTTCTCCATG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 CTTTTATTGCTGAAGTGTTTGCAATGGTGAGAGCTCATGTTGCTGCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190137 CTTTTATTGCTGAAGTGTTTGCAATGGTGAGAGCTCATGTTGCTGCATTA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 GGAGGGAATGCTGTTGTCTCCTACATAATGAAGCAGTGTGTCTTCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190187 GGAGGGAATGCTGTTGTCTCCTACATAATGAAGCAGTGTGTCTTCATGGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 GAATCCAAATAAAAACCAG         GCACAGTGTCTTATAAATGTAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 190237 GAATCCAAATAAAAACCAGGTA...TAGGCACAGTGTCTTATAAATGTAA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2894 GTGGTGACGCAGTGGTTTTTGTTCGTGAATCTGACTTAGAAGTGGTGTCA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194282 GTGGTGATGCAGTGGTTTTTGTTCGTGAATCTGACTTAGAAGTGGTGTCA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2944 TCTCAGCAACCTACTACCAACTGCCAGTCATCATGTACTGAAGGCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194332 TCTCAGCAACCTACTACCAACTGCCAGTCATCATGTACTGAAGGCGAAGT

   3200     .
   2994 TACAACC
        |||||||
 194382 TACAACC