seq1 = pF1KA0523.tfa, 1725 bp
seq2 = pF1KA0523/gi568815581f_5980659.tfa (gi568815581f:5980659_6220658), 240000 bp

>pF1KA0523 1725
>gi568815581f:5980659_6220658 (Chr17)

1-427  (100001-100427)   100% ->
428-542  (107332-107446)   100% ->
543-727  (109663-109847)   100% ->
728-849  (114444-114565)   100% ->
850-1009  (128949-129108)   100% ->
1010-1174  (130113-130277)   99% ->
1175-1375  (137330-137530)   100% ->
1376-1725  (139651-140000)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAACCTTTCTTCCGACTCCAGAAGTTTCTCCGCCGAACACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAAACCTTTCTTCCGACTCCAGAAGTTTCTCCGCCGAACACAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTGTTCTTCCTCACGGCTGCCTACCTGATGACCGGCAGCCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCTGTTCTTCCTCACGGCTGCCTACCTGATGACCGGCAGCCTGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCAGCGGGTCCGCGTGGCTCTCCCACAGGGCCCCCGGGCACCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCAGCGGGTCCGCGTGGCTCTCCCACAGGGCCCCCGGGCACCCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCCTGCAGACCTTGCCAGTGGCCGCCGTGGCGCTGGGCGTGGGCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCCTGCAGACCTTGCCAGTGGCCGCCGTGGCGCTGGGCGTGGGCTTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACAGCAGAGCCCTGCACGACCCTCGAGTCAGCCCAGAGCTGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACAGCAGAGCCCTGCACGACCCTCGAGTCAGCCCAGAGCTGCTGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGTGGACATGCTGCAGAGCCCCCTGACCCGGCCCCGGCCCGGCCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTGTGGACATGCTGCAGAGCCCCCTGACCCGGCCCCGGCCCGGCCCCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGCTCCGGAGCCGCAACTCGGAGCTGCGTCAGTTGCGTCGCCGCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGCTCCGGAGCCGCAACTCGGAGCTGCGTCAGTTGCGTCGCCGCTGGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCACCACTTCATGAGTGACTCCCAGGGACCGCCCGCCCTGGGCCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCACCACTTCATGAGTGACTCCCAGGGACCGCCCGCCCTGGGCCCCGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGCCAGGCCCGCCATCCACAGCCGAG         GCACCTACATTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100401 CTGCCAGGCCCGCCATCCACAGCCGAGGTA...CAGGCACCTACATTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGCTTCAGTGACGATGGCCACGAGAGGACTCTGAAAGGAGCTGTGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107346 TGCTTCAGTGACGATGGCCACGAGAGGACTCTGAAAGGAGCTGTGTTTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGACTTGAGAAAGATGACTGTCTCCCACTGCCAGGATGCGTGTGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107396 TGACTTGAGAAAGATGACTGTCTCCCACTGCCAGGATGCGTGTGCTGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 G         GTCCTATGTCTACGCCGGCTTGGAGGCCGGGGCGGAGTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107446 GGTG...CAGGTCCTATGTCTACGCCGGCTTGGAGGCCGGGGCGGAGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TACTGCGGGAACCGGCTGCCAGCGGTGAGCGTGGGGCTGGAAGAGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109703 TACTGCGGGAACCGGCTGCCAGCGGTGAGCGTGGGGCTGGAAGAGTGTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCATGAGTGCAAAGGCGAGAAGGGCTCTGTGTGCGGGGCTGTGGACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109753 CCATGAGTGCAAAGGCGAGAAGGGCTCTGTGTGCGGGGCTGTGGACCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCTCCGTGTACCGTGTGGACGAGCTGCAGCCGGGCTCCAGGAAGC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109803 TCTCCGTGTACCGTGTGGACGAGCTGCAGCCGGGCTCCAGGAAGCGTG..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728     GGCGGACCGCCACCTACCGCGGATGCTTCCGACTGCCAGAGAACAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109853 .CAGGGCGGACCGCCACCTACCGCGGATGCTTCCGACTGCCAGAGAACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CACACATGCCTTCCCCAGCTCCCTGATACAGGCCAATGTGACCGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114490 CACACATGCCTTCCCCAGCTCCCTGATACAGGCCAATGTGACCGTGGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTTGCTCGGGCTTTTGTTCCCAGAAA         GAGTTCCCCTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114540 CTTGCTCGGGCTTTTGTTCCCAGAAAGTA...CAGGAGTTCCCCTTGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATTCTCAGGGGCTGGGAATGCTACTGTGCTTACCCTACCCCCCGGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128964 ATTCTCAGGGGCTGGGAATGCTACTGTGCTTACCCTACCCCCCGGTTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCTGCGGGATGCCATGGACAGCTCAGTATGTGGCCAGGACCCTGAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129014 CCTGCGGGATGCCATGGACAGCTCAGTATGTGGCCAGGACCCTGAGGCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGAGGCTGGCAGAATACTGTGAGGTCTACCAGACACCTGTGCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 129064 AGAGGCTGGCAGAATACTGTGAGGTCTACCAGACACCTGTGCAAGGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1010     ACACTCGTTGTACAGACAGGAGGTTCCTGCCTAACAAATCCAAAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129114 .CAGACACTCGTTGTACAGACAGGAGGTTCCTGCCTAACAAATCCAAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GTTTGTGGCTTTGTCAAGCTTCCCAGGAGCCGGGAACACGTGGGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 130159 GTTTGTGGCTTTGTCAAGCTTCCCAGGAGCCGGGAACACATGGGCACGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACCTCATTGAGCATGCCACTGGCTTCTATACAGGGAGCTACTACTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130209 ACCTCATTGAGCATGCCACTGGCTTCTATACAGGGAGCTACTACTTTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GGAACCCTCTACAACAAAG         GGTTCAAGGGCGAAAAGGACCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 130259 GGAACCCTCTACAACAAAGGTA...CAGGGTTCAAGGGCGAAAAGGACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTGGCGGAGCCGACGCACCATCTGTGTCAAAACCCACGAGAGTGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137352 CTGGCGGAGCCGACGCACCATCTGTGTCAAAACCCACGAGAGTGGCAGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GGGAGATTGAGATGTTTGATTCAGCCATCCTGCTAATCCGGAACCCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137402 GGGAGATTGAGATGTTTGATTCAGCCATCCTGCTAATCCGGAACCCATAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AGGTCCCTGGTGGCAGAATTCAACAGAAAATGTGCCGGGCACCTGGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137452 AGGTCCCTGGTGGCAGAATTCAACAGAAAATGTGCCGGGCACCTGGGATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGCAGCTGACCGCAACTGGAAGAGCAAAG         AGTGGCCGGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 137502 TGCAGCTGACCGCAACTGGAAGAGCAAAGGTA...TAGAGTGGCCGGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TTGTCAACAGCTACGCCTCGTGGTGGTCCTCGCACGTCCTGGACTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139663 TTGTCAACAGCTACGCCTCGTGGTGGTCCTCGCACGTCCTGGACTGGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAGTACGGGAAGCGGCTGCTGGTGGTGCACTACGAGGAGCTGCGGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139713 AAGTACGGGAAGCGGCTGCTGGTGGTGCACTACGAGGAGCTGCGGCGCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CCTGGTGCCCACGTTACGGGAGATGGTGGCCTTCCTCAACGTGTCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139763 CCTGGTGCCCACGTTACGGGAGATGGTGGCCTTCCTCAACGTGTCTGTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GCGAGGAGCGGCTGCTCTGCGTGGAGAACAACAAGGAGGGCAGCTTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139813 GCGAGGAGCGGCTGCTCTGCGTGGAGAACAACAAGGAGGGCAGCTTCCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CGGCGCGGCCGGCGCTCCCACGACCCTGAGCCCTTCACCCCGGAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139863 CGGCGCGGCCGGCGCTCCCACGACCCTGAGCCCTTCACCCCGGAGATGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 AGACTTGATCAATGGCTACATCCGGACGGTGGACCAAGCCCTGCGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139913 AGACTTGATCAATGGCTACATCCGGACGGTGGACCAAGCCCTGCGTGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1688 ACAACTGGACGGGGCTGCCCAGGGAGTATGTGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139963 ACAACTGGACGGGGCTGCCCAGGGAGTATGTGCCCAGA