seq1 = pF1KA0494.tfa, 1485 bp
seq2 = pF1KA0494/gi568815597r_46578464.tfa (gi568815597r:46578464_46818087), 239624 bp

>pF1KA0494 1485
>gi568815597r:46578464_46818087 (Chr1)

(complement)

1-185  (100001-100185)   100% ->
186-334  (101645-101793)   100% ->
335-480  (110037-110182)   100% ->
481-579  (121439-121537)   100% ->
580-690  (126151-126261)   100% ->
691-795  (128397-128501)   100% ->
796-987  (129544-129735)   100% ->
988-1074  (131218-131304)   100% ->
1075-1186  (133486-133597)   100% ->
1187-1312  (134663-134788)   100% ->
1313-1485  (139452-139624)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAAAGCGCAAAGAGCTCAATGCATTGATTGGTTTGGCTGGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAAAGCGCAAAGAGCTCAATGCATTGATTGGTTTGGCTGGGGACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGAGAAAGAAGCCCAAGAAAGGCCCAAGCAGTCACCGCCTGCTTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGAGAAAGAAGCCCAAGAAAGGCCCAAGCAGTCACCGCCTGCTTCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAGCCTCCCGACTCAGACTCTGAGTCCAGCTCCGAAGAGGAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGAGCCTCCCGACTCAGACTCTGAGTCCAGCTCCGAAGAGGAAGAGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCGGTGTGGTTGGAAATCGCTCTCGCTTTGCCAA         GGGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100151 TTCGGTGTGGTTGGAAATCGCTCTCGCTTTGCCAAGTG...CAGGGGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTATTTACGATGCTGCAAGATCTGTTATCCGCTCTGTGGTTTTGTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CTATTTACGATGCTGCAAGATCTGTTATCCGCTCTGTGGTTTTGTCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGCTGCCTGTGTTGTGGCCTGTGTTGGCTTGGTGTGGATGCAGGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 TTGCTGCCTGTGTTGTGGCCTGTGTTGGCTTGGTGTGGATGCAGGTTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCAAGGAGGATCTGGATGCCCTCAAGGAAAAATTTCGAACAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101751 CTCAAGGAGGATCTGGATGCCCTCAAGGAAAAATTTCGAACAAGTA...T

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   TGGAATCTAATCAGAAAAGCTCATTCCAAGAAATCCCCAAACTTAATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110035 AGTGGAATCTAATCAGAAAAGCTCATTCCAAGAAATCCCCAAACTTAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGAACTACTCAGCAAGCAAAAACAACTTGAGAAGATTGAATCTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110085 AAGAACTACTCAGCAAGCAAAAACAACTTGAGAAGATTGAATCTGGAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGGGTTTGAACAAAGTCTGGATAAACATCACAGAAATGAATAAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110135 ATGGGTTTGAACAAAGTCTGGATAAACATCACAGAAATGAATAAGCAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    481        ATTTCTCTGTTGACTTCTGCAGTGAACCACCTCAAAGCCAATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110185 A...CAGATTTCTCTGTTGACTTCTGCAGTGAACCACCTCAAAGCCAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTAAGTCAGCTGCAGACTTGATTAGCCTGCCTACCACTGTAGAGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121482 TTAAGTCAGCTGCAGACTTGATTAGCCTGCCTACCACTGTAGAGGGACTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGAAG         AGTGTAGCTTCCATTGGCAATACTTTAAACAGCGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121532 CAGAAGGTA...CAGAGTGTAGCTTCCATTGGCAATACTTTAAACAGCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCATCTTGCTGTGGAAGCACTACAGAAAACTGTGGATGAACACAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126186 CCATCTTGCTGTGGAAGCACTACAGAAAACTGTGGATGAACACAAGAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGATGGAATTACTGCAGAGTGATATG         AATCAGCACTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 126236 CGATGGAATTACTGCAGAGTGATATGGTA...CAGAATCAGCACTTCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGGAGACTCCTGGAAGCAACCAGATCATTCCGTCACCTTCAGCCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128412 AAGGAGACTCCTGGAAGCAACCAGATCATTCCGTCACCTTCAGCCACATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAACTTGACAATAAAACCCACAGTGAGAATTTGAAACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 128462 AGAACTTGACAATAAAACCCACAGTGAGAATTTGAAACAGGTG...TAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATATCCTGTACCTTCACAACTCTTTAGAGGAGGTAAACAGTGCCCTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129545 ATATCCTGTACCTTCACAACTCTTTAGAGGAGGTAAACAGTGCCCTAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGGTACCAGAGACAGAATGATCTTAAACTCGAGGGAATGAACGAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129595 GGGTACCAGAGACAGAATGATCTTAAACTCGAGGGAATGAACGAGACAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAGTAATCTTACCCAGAGAGTCAACCTGATAGAAAGCGATGTGGTTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129645 CAGTAATCTTACCCAGAGAGTCAACCTGATAGAAAGCGATGTGGTTGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGAGCAAGGTAGAAAAGAAAGCAAACCTGTCCTTCAGCATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 129695 TGAGCAAGGTAGAAAAGAAAGCAAACCTGTCCTTCAGCATGGTA...AAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATGGGTGATAGATCTGCCACTCTGAAAAGACAGTCTTTGGATCAAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131218 ATGGGTGATAGATCTGCCACTCTGAAAAGACAGTCTTTGGATCAAGTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAACAGAACAGATACAGTAAAAATCCAAAGCATAAAG         AAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 131268 CAACAGAACAGATACAGTAAAAATCCAAAGCATAAAGGTA...CAGAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAGATAGTTCAAATTCTCAGGTATCCAAGCTAAGAGAGAAACTCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133490 AAGATAGTTCAAATTCTCAGGTATCCAAGCTAAGAGAGAAACTCCAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCAGTGCTCTTACAAACAAACCTGAGAGCAACAGGCCTCCAGAGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133540 ATCAGTGCTCTTACAAACAAACCTGAGAGCAACAGGCCTCCAGAGACCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGATGAAG         AGCAAGTAGAGAGTTTCACATCAAAGCCATCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 133590 CGATGAAGGTG...CAGAGCAAGTAGAGAGTTTCACATCAAAGCCATCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CATTGCCAAAATTTTCACAGTTTCTTGGAGACCCAGTTGAGAAAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134696 CATTGCCAAAATTTTCACAGTTTCTTGGAGACCCAGTTGAGAAAGCTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAACTAAGACCTATCTCCCTACCAGGAGTTTCTAGCACTGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 134746 CAACTAAGACCTATCTCCCTACCAGGAGTTTCTAGCACTGAAGGTA...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1313   ATCTTCAGGATTTATTCCGCAAGACTGGCCAGGACGTGGATGGGAAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139450 AGATCTTCAGGATTTATTCCGCAAGACTGGCCAGGACGTGGATGGGAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGACCTACCAGGAAATCTGGACCTCCCTAGGTTCTGCTATGCCAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139500 TGACCTACCAGGAAATCTGGACCTCCCTAGGTTCTGCTATGCCAGAACCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAGAGCTTGAGAGCATTTGATTCCGATGGAGATGGAAGATACTCATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139550 GAGAGCTTGAGAGCATTTGATTCCGATGGAGATGGAAGATACTCATTCCT

   1550     .    :    .    :    .
   1461 GGAGCTAAGGGTAGCTTTAGGTATC
        |||||||||||||||||||||||||
 139600 GGAGCTAAGGGTAGCTTTAGGTATC