seq1 = pF1KA0491.tfa, 1095 bp
seq2 = pF1KA0491/gi568815597f_86604900.tfa (gi568815597f:86604900_86843232), 238333 bp

>pF1KA0491 1095
>gi568815597f:86604900_86843232 (Chr1)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-214  (110825-110966)   100% ->
215-343  (114608-114736)   100% ->
344-477  (117641-117774)   100% ->
478-570  (119414-119506)   100% ->
571-660  (129703-129792)   100% ->
661-761  (130180-130280)   100% ->
762-990  (137309-137537)   100% ->
991-1095  (138229-138333)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATATCATGGACTTCAACGTGAAGAAGCTGGCGGCCGACGCAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATATCATGGACTTCAACGTGAAGAAGCTGGCGGCCGACGCAGGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCTCAGTCGCGCCGTGCAG         TTCACAGAAGAAAAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 CTTCCTCAGTCGCGCCGTGCAGGTA...CAGTTCACAGAAGAAAAGCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCAGGCTGAGAAGACAGAATTGGATGCTCACTTAGAGAACCTCCTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110844 GCCAGGCTGAGAAGACAGAATTGGATGCTCACTTAGAGAACCTCCTTAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGCTGAATGTACCAAAATATGGACAGAAAAAATAATGAAACAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110894 AAAGCTGAATGTACCAAAATATGGACAGAAAAAATAATGAAACAAACTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGTTATTGCAGCCAAATCCAA         ATGCCAGGATAGAAGAAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 110944 AGTGTTATTGCAGCCAAATCCAAGTA...TAGATGCCAGGATAGAAGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGTTTATGAGAAACTGGATAGAAAAGCTCCAAGTCGTATAAACAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114626 TTGTTTATGAGAAACTGGATAGAAAAGCTCCAAGTCGTATAAACAACCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACTTTTGGGACAATATATGATTGATGCAGGGACTGAGTTTGGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114676 GAACTTTTGGGACAATATATGATTGATGCAGGGACTGAGTTTGGCCCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACAGCTTATG         GTAATGCCCTTATTAAATGTGGAGAAACCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114726 AACAGCTTATGGTA...CAGGTAATGCCCTTATTAAATGTGGAGAAACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAAAAGAATTGGAACAGCAGACAGAGAACTGATTCAAACGTCAGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117671 AAAAAAGAATTGGAACAGCAGACAGAGAACTGATTCAAACGTCAGCCTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATTTTCTTACTCCTTTAAGAAACTTTATAGAAGGAGATTACAAAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117721 AATTTTCTTACTCCTTTAAGAAACTTTATAGAAGGAGATTACAAAACAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCT         AAAGAAAGGAAACTATTGCAAAATAAGAGACTGGATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117771 TGCTGTG...TAGAAAGAAAGGAAACTATTGCAAAATAAGAGACTGGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGATGCTGCAAAAACGAGACTAAAAAAGGCAAAAGCTGCAGAAACTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119451 TGGATGCTGCAAAAACGAGACTAAAAAAGGCAAAAGCTGCAGAAACTAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATTCA         TCTGAACAGGAATTAAGAATAACTCAAAGTGAATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119501 AATTCAGTA...AAGTCTGAACAGGAATTAAGAATAACTCAAAGTGAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGATCGTCAAGCAGAGATTACCAGACTTCTGCTAGAGGGAATCAGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129738 TGATCGTCAAGCAGAGATTACCAGACTTCTGCTAGAGGGAATCAGCAGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACAT         GCCCATCACCTTCGCTGTCTGAATGACTTTGTAGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129788 CACATGTG...CAGGCCCATCACCTTCGCTGTCTGAATGACTTTGTAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCCAGATGACTTACTATGCACAGTGTTACCAGTATATGTTGGACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130216 GCCCAGATGACTTACTATGCACAGTGTTACCAGTATATGTTGGACCTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAACAACTGGGAAG         TTTTCCATCCAATTATCTTAGTAACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 130266 GAAACAACTGGGAAGGTG...CAGTTTTCCATCCAATTATCTTAGTAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACAATCAGACTTCTGTGACACCTGTACCATCAGTTTTACCAAATGCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137335 ACAATCAGACTTCTGTGACACCTGTACCATCAGTTTTACCAAATGCGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGTTCTTCTGCCATGGCTTCAACAAGTGGCCTAGTAATCACCTCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137385 GGTTCTTCTGCCATGGCTTCAACAAGTGGCCTAGTAATCACCTCTCCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAACCTCAGTGACCTTAAGGAGTGTAGTGGCAGCAGAAAGGCCAGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137435 CAACCTCAGTGACCTTAAGGAGTGTAGTGGCAGCAGAAAGGCCAGGGTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCTATGATTATGATGCAGCAAACAGTACTGAATTATCACTTCTGGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137485 TCTATGATTATGATGCAGCAAACAGTACTGAATTATCACTTCTGGCAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAG         GTGATCACTGTGTTCAGTGTTGTTGGAATGGATTCAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137535 GAGGTG...CAGGTGATCACTGTGTTCAGTGTTGTTGGAATGGATTCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTGGCTAATGGGGGAAAGGGGAAACCAGAAGGGCAAGGTGCCAATTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138267 CTGGCTAATGGGGGAAAGGGGAAACCAGAAGGGCAAGGTGCCAATTACCT

   1150     .    :    .
   1079 ACTTAGAACTGCTCAAT
        |||||||||||||||||
 138317 ACTTAGAACTGCTCAAT