seq1 = pF1KA0481.tfa, 2127 bp
seq2 = pF1KA0481/gi568815597f_205128565.tfa (gi568815597f:205128565_205372121), 243557 bp

>pF1KA0481 2127
>gi568815597f:205128565_205372121 (Chr1)

1-207  (100001-100207)   100% ->
208-747  (112941-113480)   100% ->
748-1682  (140386-141320)   100% ->
1683-1818  (142556-142691)   100% ->
1819-2127  (143249-143557)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAGGTGCAGATCGGACGAGCTGCAGCAACAACAGGGCGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAGGTGCAGATCGGACGAGCTGCAGCAACAACAGGGCGAGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGCTGGGCTGGAAGATGCCGCTTCCCACCTGCCGGGCGCGGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAGCTGGGCTGGAAGATGCCGCTTCCCACCTGCCGGGCGCGGACCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCCTGGGGAGACCACGGGTGCTAACTCTGCTGGCGGGCCAACTTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCCTGGGGAGACCACGGGTGCTAACTCTGCTGGCGGGCCAACTTCAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGGCGCTGCCGCGGCGCCCAACCCAGGTCCCCGAAGCAAGCCTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGGCGCTGCCGCGGCGCCCAACCCAGGTCCCCGAAGCAAGCCTCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTAAAG         AAAATCCAGCAGCTGTCAGAGGGCTCCATGTTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTAAAGGTG...AAGAAAATCCAGCAGCTGTCAGAGGGCTCCATGTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCACGGTCTGAAGCACCTGTTCCACAGCCGCCGTCGGTCTCGGGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112975 GCCACGGTCTGAAGCACCTGTTCCACAGCCGCCGTCGGTCTCGGGAAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCACCAGACGTCTCAGGATTCCCAGCAGCATCAGCAGCAGCAGGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113025 GAGCACCAGACGTCTCAGGATTCCCAGCAGCATCAGCAGCAGCAGGGTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTCCGACCATGACTCCCCAGATGAGAAGGAGCGCTCTCCGGAGATGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113075 GTCCGACCATGACTCCCCAGATGAGAAGGAGCGCTCTCCGGAGATGCATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCGTCTCCTACGCCATGTCCCTGCACGACCTGCCCGCCCGGCCCACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113125 GCGTCTCCTACGCCATGTCCCTGCACGACCTGCCCGCCCGGCCCACCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCAACCGCGTGCTGCAGCAGATCCGCTCCCGGCCCTCCATCAAGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113175 TTCAACCGCGTGCTGCAGCAGATCCGCTCCCGGCCCTCCATCAAGCGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGCCAGCCTGCACAGCAGCAGTGGGGGCGGCAGCAGCGGGAGCAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113225 CGCCAGCCTGCACAGCAGCAGTGGGGGCGGCAGCAGCGGGAGCAGCAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGCGCACCAAGAGTAGCTCCCTGGAGCCCCAGCGTGGCAGCCCTCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113275 GGCGCACCAAGAGTAGCTCCCTGGAGCCCCAGCGTGGCAGCCCTCACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTGCGCAAGGCCCCCCAGGACAGCAGCCTGGCCGCCATCCTGCACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113325 CTGCGCAAGGCCCCCCAGGACAGCAGCCTGGCCGCCATCCTGCACCAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCAGTGCCGTCCCCGCTCTTCCTCCACCACCGACACTGCTCTGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113375 CCAGTGCCGTCCCCGCTCTTCCTCCACCACCGACACTGCTCTGCTGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCGACGGCAGCAACGTGTACCTCCTGGCTGAGGAGGCCGAAGGCATCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113425 CCGACGGCAGCAACGTGTACCTCCTGGCTGAGGAGGCCGAAGGCATCGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GACAAG         GTCGATAAGGGAGACCTGGTGGCCCTGAGCCTCCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113475 GACAAGGTG...CAGGTCGATAAGGGAGACCTGGTGGCCCTGAGCCTCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CGCCGGCCATGGTGACACCGACGGCCCCATCAGCCTGGACGTGCCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140421 CGCCGGCCATGGTGACACCGACGGCCCCATCAGCCTGGACGTGCCCGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GGGCACCGGACCCCCAGCGGACCAAGGCCGCCATTGACCACCTGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140471 GGGCACCGGACCCCCAGCGGACCAAGGCCGCCATTGACCACCTGCACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AAGATCCTGAAGATCACCGAGCAGATCAAGATTGAGCAGGAGGCTCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140521 AAGATCCTGAAGATCACCGAGCAGATCAAGATTGAGCAGGAGGCTCGCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CGACAATGTGGCAGAGTATCTGAAACTGGCCAACAACGCGGACAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140571 CGACAATGTGGCAGAGTATCTGAAACTGGCCAACAACGCGGACAAGCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGGTGTCACGCATCAAGCAAGTGTTCGAGAAGAAGAACCAGAAGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140621 AGGTGTCACGCATCAAGCAAGTGTTCGAGAAGAAGAACCAGAAGTCAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CAGACCATCGCCCAGCTGCACAAGAAGCTGGAGCACTACCGCCGGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140671 CAGACCATCGCCCAGCTGCACAAGAAGCTGGAGCACTACCGCCGGCGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GAAGGAGATTGAGCAGAACGGGCCCTCGCGGCAGCCCAAGGACGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140721 GAAGGAGATTGAGCAGAACGGGCCCTCGCGGCAGCCCAAGGACGTGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GGGACATGCAGCAGGGGCTGAAGGACGTGGGCGCCAACGTGCGCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140771 GGGACATGCAGCAGGGGCTGAAGGACGTGGGCGCCAACGTGCGCGCAGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ATCAGCGGCTTTGGGGGCGGCGTGGTGGAGGGCGTCAAGGGCAGCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140821 ATCAGCGGCTTTGGGGGCGGCGTGGTGGAGGGCGTCAAGGGCAGCCTCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TGGCCTCTCACAGGCCACCCACACCGCCGTGGTGTCCAAGCCCCGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140871 TGGCCTCTCACAGGCCACCCACACCGCCGTGGTGTCCAAGCCCCGGGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TTGCCAGCCTCATCCGCAACAAGTTTGGCAGTGCTGACAACATCGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140921 TTGCCAGCCTCATCCGCAACAAGTTTGGCAGTGCTGACAACATCGCCCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CTGAAGGACCCCCTGGAAGATGGGCCCCCTGAGGAGGCAGCCCGGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140971 CTGAAGGACCCCCTGGAAGATGGGCCCCCTGAGGAGGCAGCCCGGGCACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GAGCGGCAGTGCCACACTCGTCTCCAGCCCCAAGTATGGCAGCGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141021 GAGCGGCAGTGCCACACTCGTCTCCAGCCCCAAGTATGGCAGCGATGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AGTGCTCCAGCGCCAGCGCCAGCTCAGCCGGGGCAGGCAGCAACTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141071 AGTGCTCCAGCGCCAGCGCCAGCTCAGCCGGGGCAGGCAGCAACTCTGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GCTGGGCCTGGTGGGGCGCTGGGGAGCCCTAAGTCCAATGCACTGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141121 GCTGGGCCTGGTGGGGCGCTGGGGAGCCCTAAGTCCAATGCACTGTATGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 TGCTCCTGGAAACCTGGATGCTCTGCTGGAAGAGCTACGGGAGATCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141171 TGCTCCTGGAAACCTGGATGCTCTGCTGGAAGAGCTACGGGAGATCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 AGGGACAGTCTCACCTGGAGGACTCCATGGAAGACCTGAAGACTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141221 AGGGACAGTCTCACCTGGAGGACTCCATGGAAGACCTGAAGACTCAGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 CAGAGGGACTACACCTACATGACCCAGTGCCTGCAGGAGGAGCGCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141271 CAGAGGGACTACACCTACATGACCCAGTGCCTGCAGGAGGAGCGCTACAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683          GTACGAGCGGCTGGAGGAGCAGCTCAACGACCTGACTGAGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141321 GTA...CAGGTACGAGCGGCTGGAGGAGCAGCTCAACGACCTGACTGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 TTCATCAGAACGAGATGACGAACCTGAAGCAGGAGCTGGCCAGCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142597 TTCATCAGAACGAGATGACGAACCTGAAGCAGGAGCTGGCCAGCATGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GAGAAGGTGGCCTACCAGTCCTATGAGAGGGCACGGGACATCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 142647 GAGAAGGTGGCCTACCAGTCCTATGAGAGGGCACGGGACATCCAGGTA..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1819     GAGGCCGTGGAGTCCTGCCTGACCCGGGTCACCAAGCTGGAGCTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142697 .CAGGAGGCCGTGGAGTCCTGCCTGACCCGGGTCACCAAGCTGGAGCTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 AGCAGCAACAGCAGCAGGTGGTACAGCTGGAGGGCGTGGAGAATGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143295 AGCAGCAACAGCAGCAGGTGGTACAGCTGGAGGGCGTGGAGAATGCCAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 GCGCGGGCGCTGCTGGGCAAGTTCATCAACGTGATCCTGGCGCTCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143345 GCGCGGGCGCTGCTGGGCAAGTTCATCAACGTGATCCTGGCGCTCATGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 CGTGCTGCTGGTGTTCGTGTCCACCATCGCCAACTTCATCACGCCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143395 CGTGCTGCTGGTGTTCGTGTCCACCATCGCCAACTTCATCACGCCCCTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 TGAAGACACGCCTGCGCATCACCAGCACCACCCTCCTGGTCCTCGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143445 TGAAGACACGCCTGCGCATCACCAGCACCACCCTCCTGGTCCTCGTCCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 TTCCTCCTCTGGAAGCACTGGGACTCCCTCACCTACCTCCTGGAGCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143495 TTCCTCCTCTGGAAGCACTGGGACTCCCTCACCTACCTCCTGGAGCACGT

   2150     .    :
   2115 GTTGCTGCCCAGC
        |||||||||||||
 143545 GTTGCTGCCCAGC