seq1 = pF1KA0473.tfa, 2739 bp
seq2 = pF1KA0473/gi568815597f_65264633.tfa (gi568815597f:65264633_65513022), 248390 bp

>pF1KA0473 2739
>gi568815597f:65264633_65513022 (Chr1)

1-22  (279-300)   100% ->
23-173  (100003-100153)   100% ->
174-223  (101253-101302)   100% ->
224-372  (101416-101564)   100% ->
373-495  (114770-114892)   100% ->
496-629  (119561-119694)   100% ->
630-824  (121080-121274)   100% ->
825-942  (122180-122297)   100% ->
943-1022  (123704-123783)   100% ->
1023-1216  (124624-124817)   100% ->
1217-1297  (124915-124995)   100% ->
1298-1732  (127799-128233)   99% ->
1733-1867  (130266-130400)   99% ->
1868-1936  (134181-134249)   100% ->
1937-2056  (137129-137248)   100% ->
2057-2320  (141238-141501)   100% ->
2321-2463  (144009-144151)   100% ->
2464-2640  (146618-146794)   100% ->
2641-2739  (148292-148390)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGATTCTGAAAATAAAG         GTGCCTCATCTCCAGACAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
    279 ATGAAAGATTCTGAAAATAAAGGTA...CAGGTGCCTCATCTCCAGACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGAGCCCAGCTATGGGGGAGGTCTCTTTGACATGGTAAAAGGAGGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 GGAGCCCAGCTATGGGGGAGGTCTCTTTGACATGGTAAAAGGAGGTGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAGGCTCTTTAGTAACCTAAAGGACAACTTGAAAGACACCCTCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 GGAGGCTCTTTAGTAACCTAAAGGACAACTTGAAAGACACCCTCAAAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACATCTTCTAGAGTGATACAATCTGTGACCAG         CTACACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100122 ACATCTTCTAGAGTGATACAATCTGTGACCAGGTA...TAGCTACACAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGGAGATTTAGACTTCACTTATGTTACCTCCAGAATTATTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101262 GGGAGATTTAGACTTCACTTATGTTACCTCCAGAATTATTGGTA...TAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGATGTCCTTTCCTCTGGACAATGTTGACATAGGATTCAGGAATCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101416 TGATGTCCTTTCCTCTGGACAATGTTGACATAGGATTCAGGAATCAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGACATTCGAAGCTTTTTGGATTCCAGACATCTTGACCACTACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101466 GATGACATTCGAAGCTTTTTGGATTCCAGACATCTTGACCACTACACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATACAATCTGTCACCTAAGTCTTATCGAACTGCCAAGTTTCACAGCCGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101516 ATACAATCTGTCACCTAAGTCTTATCGAACTGCCAAGTTTCACAGCCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         GTCTCAGAATGCAGTTGGCCCATTAGGCAGGCTCCCAGTCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101566 TA...TAGGTCTCAGAATGCAGTTGGCCCATTAGGCAGGCTCCCAGTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACAACCTTTTTGCTGTGTGTCGGAATATGTATAACTGGCTACTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114812 CACAACCTTTTTGCTGTGTGTCGGAATATGTATAACTGGCTACTGCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCCAAAAATGTCTGTGTTGTCCACTGCTTG         GATGGACGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114862 TCCCAAAAATGTCTGTGTTGTCCACTGCTTGGTG...CAGGATGGACGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CGGCATCATCAATTCTGGTTGGTGCTATGTTCATTTTCTGTAATCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119571 CGGCATCATCAATTCTGGTTGGTGCTATGTTCATTTTCTGTAATCTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTACTCCTGGCCCAGCCATTCGATTGCTATATGCAAAGCGACCAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119621 TCTACTCCTGGCCCAGCCATTCGATTGCTATATGCAAAGCGACCAGGAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGACTTTCACCATCCCATAGGAG         ATACCTGGGCTATATGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 119671 TGGACTTTCACCATCCCATAGGAGGTA...CAGATACCTGGGCTATATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTGACCTACTGGCAGACAAGCCCTACCGCCCTCACTTCAAGCCTCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121097 GTGACCTACTGGCAGACAAGCCCTACCGCCCTCACTTCAAGCCTCTCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATTAAGTCGATCACTGTCAGTCCAATACCCTTTTTCAACAAACAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121147 ATTAAGTCGATCACTGTCAGTCCAATACCCTTTTTCAACAAACAGAGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGATGTCGCCCTTACTGTGATGTACTCATTGGAGAAACCAAAATATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121197 TGGATGTCGCCCTTACTGTGATGTACTCATTGGAGAAACCAAAATATATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CGACTTGCACAGATTTTGAACGAATGAA         AGAATATCGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 121247 CGACTTGCACAGATTTTGAACGAATGAAGTA...CAGAGAATATCGTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAAGATGGAAAAATCTTCATTCCCTTGAACATCACTGTGCAAGGAGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122193 CAAGATGGAAAAATCTTCATTCCCTTGAACATCACTGTGCAAGGAGACGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGTTGTTTCCATGTATCACTTGAGGTCAACCATTGGGAGCCGGCTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122243 GGTTGTTTCCATGTATCACTTGAGGTCAACCATTGGGAGCCGGCTACAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTAAG         GTGACCAACACACAGATATTCCAGCTTCAGTTTCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122293 CTAAGGTA...TAGGTGACCAACACACAGATATTCCAGCTTCAGTTTCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACTGGATTCATACCACTGGACACAACAGTTTTAAAGTTCACCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123740 ACTGGATTCATACCACTGGACACAACAGTTTTAAAGTTCACCAAGTA...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1023    GCCTGAGTTAGATGCATGTGATGTACCAGAAAAATATCCTCAGCTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124621 TAGGCCTGAGTTAGATGCATGTGATGTACCAGAAAAATATCCTCAGCTAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTCAGGTGACACTGGATGTAGAACTACAGCCCCATGACAAAGTAATAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124671 TTCAGGTGACACTGGATGTAGAACTACAGCCCCATGACAAAGTAATAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTAACTCCACCATGGGAACATTACTGCACAAAAGATGTCAATCCCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124721 TTAACTCCACCATGGGAACATTACTGCACAAAAGATGTCAATCCCAGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCTCTTCTCTTCTCACCAGGAACATCAAGATACGCTGGCCTTAGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 124771 CCTCTTCTCTTCTCACCAGGAACATCAAGATACGCTGGCCTTAGGAGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1217       GACAGGCTCCAATAGATATCCCTCCAGACAACCCCAGGCATTAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124821 ...CAGGACAGGCTCCAATAGATATCCCTCCAGACAACCCCAGGCATTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GGACAAAGTGGTTTCTTTGCCTCTCTCTGTTGGCAAG         ATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 124959 GGACAAAGTGGTTTCTTTGCCTCTCTCTGTTGGCAAGGTA...CAGATCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GAAATCGGAGAAGTCATTCTGTGAGGAAGACCACGCTGCCCTAGTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 127803 GAAATCGGAGAAGTCATTCTGTGAGGAGGACCACGCTGCCCTAGTGAATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGGAAAGTGAGCAATCAGATGATGAACTTCTGACACTTTCCAGTCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127853 AGGAAAGTGAGCAATCAGATGATGAACTTCTGACACTTTCCAGTCCGCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GGCAATGCCAATGGTGACAAGCCTCATGGAGTCAAGAAGCCCAGCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127903 GGCAATGCCAATGGTGACAAGCCTCATGGAGTCAAGAAGCCCAGCAAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCAGCAGGAGCCAGCAGCCCCTCCACCCCCTGAGGATGTGGACCTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127953 GCAGCAGGAGCCAGCAGCCCCTCCACCCCCTGAGGATGTGGACCTTTTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCCTGGAAGGGTCTGCAATGAGTAACAGCTTCTCTCCGCCAGCGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128003 GCCTGGAAGGGTCTGCAATGAGTAACAGCTTCTCTCCGCCAGCGGCTCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CCCACCAATTCTGAACTACTGAGTGACCTGTTTGGGGGTGGAGGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128053 CCCACCAATTCTGAACTACTGAGTGACCTGTTTGGGGGTGGAGGTGCAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGGTCCCACCCAGGCTGGACAGTCAGGAGTGGAAGATGTGTTTCATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128103 TGGTCCCACCCAGGCTGGACAGTCAGGAGTGGAAGATGTGTTTCATCCTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GTGGACCTGCGTCTACCCAGTCAACACCACGCCGCTCTGCCACCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128153 GTGGACCTGCGTCTACCCAGTCAACACCACGCCGCTCTGCCACCTCCACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TCTGCGTCTCCAACCCTAAGAGTGGGAGAAG         GTGCCACCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 128203 TCTGCGTCTCCAACCCTAAGAGTGGGAGAAGGTA...TAGGTGCCACCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TGACCCATTTGGAGCACCTTCTAAACCATCAGGTCAGGATTTGCTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130276 TGACCCATTTGGAGCACCTTCTAAACCATCAGGTCAGGATTTGCTGGGTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CTTTTCTGAACACATCCAGTGCTTCCAGTGACCCCTTTCTCCAGCCCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 130326 CTTTTCTGAACACATCCAGTGCTTCCAGTGACCCCTTTCTCCAGCCAACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AGAAGTCCTTCGCCCACAGTACATG         CTTCTAGTACGCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 130376 AGAAGTCCTTCGCCCACAGTACATGGTA...CAGCTTCTAGTACGCCTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TGTGAACATTCAGCCAGATGTTTCTGGAGGTTGGGACTGGCATGCTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134197 TGTGAACATTCAGCCAGATGTTTCTGGAGGTTGGGACTGGCATGCTAAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CAG         GAGGCTTTGGAATGGGAAGCAAGTCAGCTGCCACCAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134247 CAGGTA...CAGGAGGCTTTGGAATGGGAAGCAAGTCAGCTGCCACCAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CCAACCGGATCCTCGCATGGTACTCCCACCCATCAAAGCAAACCCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137167 CCAACCGGATCCTCGCATGGTACTCCCACCCATCAAAGCAAACCCCAGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TCTGGATCCTTTTGCCGACCTTGGGACACTAG         GTAGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 137217 TCTGGATCCTTTTGCCGACCTTGGGACACTAGGTA...TAGGTAGTTCTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CCTTTGCCAGCAAACCCACCACACCAACTGGATTGGGTGGAGGATTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141247 CCTTTGCCAGCAAACCCACCACACCAACTGGATTGGGTGGAGGATTCCCG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CCTCTCAGCTCGCCACAGAAGGCGTCTCCCCAGCCTATGGGTGGCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141297 CCTCTCAGCTCGCCACAGAAGGCGTCTCCCCAGCCTATGGGTGGCGGGTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GCAGCAGGGAGGTGCCTACAACTGGCAGCAGCCACAGCCTAAGCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141347 GCAGCAGGGAGGTGCCTACAACTGGCAGCAGCCACAGCCTAAGCCTCAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CCAGCATGCCCCACTCCTCTCCCCAGAACCGACCCAACTACAACGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141397 CCAGCATGCCCCACTCCTCTCCCCAGAACCGACCCAACTACAACGTGAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 TTCTCAGCCATGCCTGGGGGCCAGAACGAACGTGGGAAAGGATCAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141447 TTCTCAGCCATGCCTGGGGGCCAGAACGAACGTGGGAAAGGATCAAGTAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TTTGG         AAGGGAAACAAAAAGCAGCTGATTTTGAAGACCTAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141497 TTTGGGTA...CAGAAGGGAAACAAAAAGCAGCTGATTTTGAAGACCTAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 TCTCTGGTCAAGGTTTCAATGCTCACAAAGACAAAAAGGGGCCTCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144045 TCTCTGGTCAAGGTTTCAATGCTCACAAAGACAAAAAGGGGCCTCGGACA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 ATAGCTGAGATGAGAAAGGAGGAAATGGCCAAGGAAATGGATCCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144095 ATAGCTGAGATGAGAAAGGAGGAAATGGCCAAGGAAATGGATCCTGAGAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 ATTAAAG         ATTCTGGAATGGATTGAAGGCAAAGAAAGAAATA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144145 ATTAAAGGTG...CAGATTCTGGAATGGATTGAAGGCAAAGAAAGAAATA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 TCAGAGCCCTTCTTTCCACGATGCATACCGTACTATGGGCTGGGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146652 TCAGAGCCCTTCTTTCCACGATGCATACCGTACTATGGGCTGGGGAGACC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 AAGTGGAAACCAGTTGGCATGGCAGACCTGGTAACACCAGAGCAGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146702 AAGTGGAAACCAGTTGGCATGGCAGACCTGGTAACACCAGAGCAGGTGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 GAAGGTGTACAGGAAGGCTGTCCTGGTGGTGCACCCAGATAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 146752 GAAGGTGTACAGGAAGGCTGTCCTGGTGGTGCACCCAGATAAAGTG...C

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2641   GCTACTGGGCAACCCTATGAACAATACGCAAAGATGATTTTCATGGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148290 AGGCTACTGGGCAACCCTATGAACAATACGCAAAGATGATTTTCATGGAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 CTCAATGATGCCTGGTCTGAATTTGAAAACCAAGGCCAAAAGCCCTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148340 CTCAATGATGCCTGGTCTGAATTTGAAAACCAAGGCCAAAAGCCCTTATA

   2900 
   2739 T
        |
 148390 T