seq1 = pF1KA0455.tfa, 2289 bp
seq2 = pF1KA0455/gi568815597f_99164450.tfa (gi568815597f:99164450_99407007), 242558 bp

>pF1KA0455 2289
>gi568815597f:99164450_99407007 (Chr1)

1-222  (100001-100222)   100% ->
223-408  (123516-123701)   100% ->
409-538  (132289-132418)   100% ->
539-734  (134586-134781)   100% ->
735-792  (136460-136517)   100% ->
793-966  (137275-137448)   100% ->
967-2289  (141236-142558)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCGCGCTGGCTCCAGCGGTGGCCGCGGGGAATGTGACATCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCGCGCTGGCTCCAGCGGTGGCCGCGGGGAATGTGACATCAGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGGGCGCTTGGGGCTGGAGGAGGCAGCTCGCCTCAGCTGCGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGGGCGCTTGGGGCTGGAGGAGGCAGCTCGCCTCAGCTGCGCTGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACACCTCGCCCGGGGGAGGACGCAGACCCGGGCAGGCGGCAGGGATGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACACCTCGCCCGGGGGAGGACGCAGACCCGGGCAGGCGGCAGGGATGTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGAAGGAGAGGCCAAAGGGCAAAGTGATCAAGGACAGCGTCACCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGAAGGAGAGGCCAAAGGGCAAAGTGATCAAGGACAGCGTCACCCTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCTGCTTTTATTTCGTCGAG         TTGCCTATATTGGCATCAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100201 GCCCTGCTTTTATTTCGTCGAGGTG...TAGTTGCCTATATTGGCATCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGGTGGTTAGCCTCTATTTCCTCGAACTCACAGATGTCTTCAAACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123535 CGGTGGTTAGCCTCTATTTCCTCGAACTCACAGATGTCTTCAAACCTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACTCTGGATTTAGCTGCTATGACCGGAGTCTTAGCATGCCGTACATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123585 CACTCTGGATTTAGCTGCTATGACCGGAGTCTTAGCATGCCGTACATTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACCAACCCAGGAGGCAATTCCATTCCTCATGTTGCTTAGCTTGGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123635 ACCAACCCAGGAGGCAATTCCATTCCTCATGTTGCTTAGCTTGGCTTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGGACCTGCAATTACG         ATTATGGTAGGAGAAGGAATTCTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 123685 CTGGACCTGCAATTACGGTA...CAGATTATGGTAGGAGAAGGAATTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACTGTTGCCTCTCCAAAAGAAGAAATGGGGTCGGACTAGAGCCCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132313 TACTGTTGCCTCTCCAAAAGAAGAAATGGGGTCGGACTAGAGCCCAACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAATGCTGGAGGCTGCAACTTCAATTCCTTCCTCAGACGAGCTGTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132363 TAATGCTGGAGGCTGCAACTTCAATTCCTTCCTCAGACGAGCTGTCAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGTTG         GTGTTCATGTATTTGGATTATGCTCTACAGCTCTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132413 TCGTTGGTG...TAGGTGTTCATGTATTTGGATTATGCTCTACAGCTCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTACAGATATCATACAGCTGTCCACAGGATATCAAGCACCTTACTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134621 ATTACAGATATCATACAGCTGTCCACAGGATATCAAGCACCTTACTTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GACTGTGTGCAAACCAAACTATACCTCTCTGAATGTATCTTGCAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134671 GACTGTGTGCAAACCAAACTATACCTCTCTGAATGTATCTTGCAAAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATTCCTACATTGTGGAAGATATTTGCTCAGGATCTGACCTCACAGTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134721 ATTCCTACATTGTGGAAGATATTTGCTCAGGATCTGACCTCACAGTTATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACAGTGGCAG         AAAGTCCTTCCCTTCTCAACATGCAACCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 134771 AACAGTGGCAGGTT...CAGAAAGTCCTTCCCTTCTCAACATGCAACCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGCTGCCTTTGCAGCTGTGTATGTTTCG         ATGTACTTCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 136490 TGCTGCCTTTGCAGCTGTGTATGTTTCGGTA...AAGATGTACTTCAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCACATTAACGGATTCCTCTAAGCTTCTGAAACCTCTCTTGGTCTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137288 CCACATTAACGGATTCCTCTAAGCTTCTGAAACCTCTCTTGGTCTTCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTATCATCTGTGGAATAATCTGCGGGCTAACACGGATAACTCAGTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137338 TTTATCATCTGTGGAATAATCTGCGGGCTAACACGGATAACTCAGTATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAACCACCCAGTTGATGTCTATTGTGGCTTTTTAATAGGAGGAGGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137388 GAACCACCCAGTTGATGTCTATTGTGGCTTTTTAATAGGAGGAGGAATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CACTGTACTTG         GGCTTGTATGCTGTGGGGAATTTCCTGCCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 137438 CACTGTACTTGGTA...TAGGGCTTGTATGCTGTGGGGAATTTCCTGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGTGATGAGAGTATGTTTCAGCACAGAGACGCCCTCAGGTCTCTGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141266 AGTGATGAGAGTATGTTTCAGCACAGAGACGCCCTCAGGTCTCTGACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCTCAATCAAGATCCCAACCGACTTTTATCTGCTAAAAATGGTAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141316 CCTCAATCAAGATCCCAACCGACTTTTATCTGCTAAAAATGGTAGCAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTGATGGAATTGCTCATACAGAAGGCATCCTCAACCGAAACCACAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141366 GTGATGGAATTGCTCATACAGAAGGCATCCTCAACCGAAACCACAGAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCTAGCTCTCTGACAAATCTCAAAAGAGCAAATGCTGATGTGGAAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141416 GCTAGCTCTCTGACAAATCTCAAAAGAGCAAATGCTGATGTGGAAATCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TACTCCACGGAGCCCCATGGGGAAGGAGAACATGGTTACCTTCAGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141466 TACTCCACGGAGCCCCATGGGGAAGGAGAACATGGTTACCTTCAGCAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCTTGCCGCGAGCCAATACCCCATCTGTAGAAGACCCTGTCAGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141516 CCTTGCCGCGAGCCAATACCCCATCTGTAGAAGACCCTGTCAGAAGAAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCGAGCATTCATGCCTCTATGGATTCCGCTCGATCAAAGCAGCTCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141566 GCGAGCATTCATGCCTCTATGGATTCCGCTCGATCAAAGCAGCTCCTCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CCAGTGGAAGAATAAGAATGAAAGTCGAAAGTTGTCCTTGCAAGTTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141616 CCAGTGGAAGAATAAGAATGAAAGTCGAAAGTTGTCCTTGCAAGTTATAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGCCTGAGCCTGGGCAGTCACCACCCAGATCCATAGAAATGAGGTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141666 AGCCTGAGCCTGGGCAGTCACCACCCAGATCCATAGAAATGAGGTCAAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TCAGAGCCATCGAGGGTAGGGGTGAATGGAGACCACCATGGTCCTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141716 TCAGAGCCATCGAGGGTAGGGGTGAATGGAGACCACCATGGTCCTGGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TCAGTACCTCAAAATCCAGCCTGGCGCTGTCCCCGGATGTAACAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141766 TCAGTACCTCAAAATCCAGCCTGGCGCTGTCCCCGGATGTAACAACAGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TGCCTGGAGGGCCAAGAGTGTCCATTCAGTCCCGTCCTGGGTCCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141816 TGCCTGGAGGGCCAAGAGTGTCCATTCAGTCCCGTCCTGGGTCCTCACAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TTGGTGCACATCCCTGAGGAGACTCAGGAAAACATAAGCACCTCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141866 TTGGTGCACATCCCTGAGGAGACTCAGGAAAACATAAGCACCTCCCCCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 AAGCAGCTCTGCTCGGGCCAAGTGGTTAAAAGCTGCTGAAAAGACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141916 AAGCAGCTCTGCTCGGGCCAAGTGGTTAAAAGCTGCTGAAAAGACTGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 CCTGTAACAGAAGCAACAGCCAGCCCCGAATCATGCAAGTCATAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141966 CCTGTAACAGAAGCAACAGCCAGCCCCGAATCATGCAAGTCATAGCCATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 TCCAAGCAGCAGGGTGTCCTCCAAAGCAGCCCCAAGAACACTGAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142016 TCCAAGCAGCAGGGTGTCCTCCAAAGCAGCCCCAAGAACACTGAAGGCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 CACGGTCTCCTGCACTGGCTCCATCCGCTATAAAACCTTGACAGACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142066 CACGGTCTCCTGCACTGGCTCCATCCGCTATAAAACCTTGACAGACCATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 AGCCCAGTGGGATAGTGAGGGTTGAGGCTCACCCAGAGAACAACAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142116 AGCCCAGTGGGATAGTGAGGGTTGAGGCTCACCCAGAGAACAACAGGCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 ATCATACAGATCCCGTCCACTGAAGGTGAAGGCAGTGGCTCCTGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142166 ATCATACAGATCCCGTCCACTGAAGGTGAAGGCAGTGGCTCCTGGAAGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 GAAAGCCCCTGAAAAGGGCAGCCTTCGCCAAACTTACGAGCTCAACGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142216 GAAAGCCCCTGAAAAGGGCAGCCTTCGCCAAACTTACGAGCTCAACGATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 TCAACAGGGACTCAGAAAGCTGTGAGTCTCTGAAAGACAGCTTTGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142266 TCAACAGGGACTCAGAAAGCTGTGAGTCTCTGAAAGACAGCTTTGGTTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 GGAGATCGCAAGAGAAGCAACATTGATAGCAATGAGCATCACCACCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142316 GGAGATCGCAAGAGAAGCAACATTGATAGCAATGAGCATCACCACCACGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 AATTACCACCATCCGCGTCACCCCAGTAGAGGGCAGCGAAATTGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142366 AATTACCACCATCCGCGTCACCCCAGTAGAGGGCAGCGAAATTGGCTCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 AGACGCTGTCCATTTCTTCTTCCCGCGACTCCACCCTGCGGAGAAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142416 AGACGCTGTCCATTTCTTCTTCCCGCGACTCCACCCTGCGGAGAAAGGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 AATATCATTCTAATCCCTGAAAGAAGCAACAGCCCCGAAAACACTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142466 AATATCATTCTAATCCCTGAAAGAAGCAACAGCCCCGAAAACACTAGAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 TATCTTCTACAAAGGAACCTCCCCCACACGGGCTTATAAGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142516 TATCTTCTACAAAGGAACCTCCCCCACACGGGCTTATAAGGAT