seq1 = pF1KA0447.tfa, 1215 bp
seq2 = pF1KA0447/gi568815597r_1565785.tfa (gi568815597r:1565785_1839557), 273773 bp

>pF1KA0447 1215
>gi568815597r:1565785_1839557 (Chr1)

(complement)

1-322  (162859-163180)   100% ->
323-458  (163359-163494)   99% ->
459-586  (163968-164095)   100% ->
587-707  (167929-168049)   100% ->
708-761  (169407-169460)   100% ->
762-834  (169822-169894)   100% ->
835-980  (171086-171231)   98% ->
981-1215  (173539-173773)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTCCTCGGTGAAAACCCCAGCACTGGAAGAGCTGGTTCCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162859 ATGTCGTCCTCGGTGAAAACCCCAGCACTGGAAGAGCTGGTTCCTGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAAGAGAAGCCGAAAGGCAGGTCGCCTCTCAGCTGGGGCTCTCTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162909 CGAAGAGAAGCCGAAAGGCAGGTCGCCTCTCAGCTGGGGCTCTCTGTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCACCGAAGTGAGAAGATTGTTTTTGCCAAGAGCGACGGCGGCACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162959 GTCACCGAAGTGAGAAGATTGTTTTTGCCAAGAGCGACGGCGGCACAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGAACGTACTGACCGTCACCATCACGGAGACCACGGTCATCGAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163009 GAGAACGTACTGACCGTCACCATCACGGAGACCACGGTCATCGAGTCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTGGGTGTGTGGAGCTCGCGGGCGCTGCTCTACCTCACGCTGTGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163059 CTTGGGTGTGTGGAGCTCGCGGGCGCTGCTCTACCTCACGCTGTGGTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTCAGCTTCTGCACGCTCTTCCTCAACAAGTACATCCTGTCCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163109 TCTTCAGCTTCTGCACGCTCTTCCTCAACAAGTACATCCTGTCCCTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAGGCGAGCCCAGCATGCTAG         GTGCGGTGCAGATGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 163159 GGAGGCGAGCCCAGCATGCTAGGTA...CAGGTGCGGTGCAGATGCTGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACCACGGTTATCGGGTGTGTGAAAACCCTCGTTCCTTGCTGTTTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 163378 CACCACGGTTATCGGGTGTGTGAAAACCCTCGTTCCTTGCTGTTTGTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCACAAGGCCCGGCTTTCCTACCCACCCAACTTCCTTATGACGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163428 AGCACAAGGCCCGGCTTTCCTACCCACCCAACTTCCTTATGACGATGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTTGTGGGTCTGATGAG         GTTTGCAACTGTGGTTTTGGGTTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 163478 TTTGTGGGTCTGATGAGGTA...TAGGTTTGCAACTGTGGTTTTGGGTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGTCAGCCTGAAAAATGTGGCGGTTTCGTTTGCTGAGACGGTGAAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163992 GGTCAGCCTGAAAAATGTGGCGGTTTCGTTTGCTGAGACGGTGAAGAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCGCCCCCATCTTCACGGTGATCATGTCTCGGATGATTCTGGGGGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164042 CCGCCCCCATCTTCACGGTGATCATGTCTCGGATGATTCTGGGGGAGTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACAG         GGCTGCTGGTCAACCTCTCCCTCATCCCAGTCATGGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164092 ACAGGTG...CAGGGCTGCTGGTCAACCTCTCCCTCATCCCAGTCATGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGGGCTGGCGCTGTGCACGGCCACTGAGATCAGCTTCAATGTCCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167966 CGGGCTGGCGCTGTGCACGGCCACTGAGATCAGCTTCAATGTCCTGGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCTCGGCCGCACTGTCCACCAACATCATGGACTG         TTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 168016 TCTCGGCCGCACTGTCCACCAACATCATGGACTGGTG...TAGTTTGCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AATGTTTTTTCAAAAAAGCTGCTCAGCGGGGACAAATACAGGTTCTC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 169414 AATGTTTTTTCAAAAAAGCTGCTCAGCGGGGACAAATACAGGTTCTCGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    762       GGCCCCGGAGCTGCAGTTCTACACCAGCGCCGCTGCGGTGGCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169464 ...CAGGGCCCCGGAGCTGCAGTTCTACACCAGCGCCGCTGCGGTGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCTCGTCCCGGCCCGGGTTTTCTTTACG         GACGTCCCAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 169866 TGCTCGTCCCGGCCCGGGTTTTCTTTACGGTG...TAGGACGTCCCAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCGGGAGGAGCGGGAAGAGCTTCAGCTACAACCAGGACGTGGTGCTGCT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171098 ATCGGGAGGAGTGGGAAGAGCTTCAGCTACAACCAGGACGTGGTGCTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCTTCTGACAGACGGAGTCCTGTTCCACCTTCAGAGCATCACGGCGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 171148 GCTTCTGACAGACGGAGTCCTGTTCCACCTTCAGAGCGTCACGGCGTACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCCTCATGGGGAAAATCTCCCCGGTGACTTTCAG         CGTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 171198 CCCTCATGGGGAAAATCTCCCCGGTGACTTTCAGGTG...CAGCGTCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCACCGTGAAACATGCCTTGTCCATCTGGCTCAGCGTAATCGTTTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173546 AGCACCGTGAAACATGCCTTGTCCATCTGGCTCAGCGTAATCGTTTTCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAACAAGATCACCAGCTTGTCGGCCGTTGGCACAGCCCTGGTGACCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173596 CAACAAGATCACCAGCTTGTCGGCCGTTGGCACAGCCCTGGTGACCGTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGGTCCTGCTCTACAACAAAGCCAGGCAACACCAGCAGGAGGCGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173646 GGGTCCTGCTCTACAACAAAGCCAGGCAACACCAGCAGGAGGCGCTGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGCCTGGCTGCAGCCACTGGCCGGGCCCCAGACGACACAGTGGAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173696 AGCCTGGCTGCAGCCACTGGCCGGGCCCCAGACGACACAGTGGAGCCGCT

   1250     .    :    .    :    .
   1188 GCTTCCACAGGACCCCAGGCAGCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 173746 GCTTCCACAGGACCCCAGGCAGCATCCC