seq1 = pF1KA0432.tfa, 2406 bp
seq2 = pF1KA0432/gi568815592f_44287824.tfa (gi568815592f:44287824_44546708), 258885 bp

>pF1KA0432 2406
>gi568815592f:44287824_44546708 (Chr6)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-149  (102445-102548)   100% ->
150-311  (104844-105005)   99% ->
312-439  (105623-105750)   100% ->
440-539  (108518-108617)   100% ->
540-758  (115986-116204)   100% ->
759-903  (118500-118644)   100% ->
904-1092  (120621-120809)   100% ->
1093-1241  (131626-131774)   100% ->
1242-1404  (134824-134986)   100% ->
1405-1569  (136596-136760)   100% ->
1570-1650  (138280-138360)   100% ->
1651-1893  (138659-138901)   100% ->
1894-2091  (141890-142087)   100% ->
2092-2304  (157832-158044)   99% ->
2305-2406  (158784-158885)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCGAATTATGATCAAGGGGGGCGTATGGAGGAATACCGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGCCTCGAATTATGATCAAGGGGGGCGTATGGAGGAATACCGAGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GATGAAATTCTGAAAGCAGCGGTAATGAAATATGGGAAAAATCAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .TAGGATGAAATTCTGAAAGCAGCGGTAATGAAATATGGGAAAAATCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGTCTAGGATTGCCTCATTGCTGCATAGAAAATCAGCAAAGCAGTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102491 GGTCTAGGATTGCCTCATTGCTGCATAGAAAATCAGCAAAGCAGTGCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCAGATG         GTATGAATGGCTGGATCCAAGCATTAAGAAGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102541 GCCAGATGGTA...TAGGTATGAATGGCTGGATCCAAGCATTAAGAAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAATGGTCCAGAGAAGAAGAGGAAAAACTCTTGCACTTGGCCAAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104877 AGAATGGTCCAGAGAAGAAGAGGAAAAACTCTTGCACTTGGCCAAGTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCCAACTCAGTGGAGGACCATTGCTCCAATCATTGGAAGAACAGCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 104927 TGCCAACTCAGTGGAGGACCATTGCTCCAATCATTGGAAGAACAGCGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGTGCTTAGAACACTATGAATTTCTTCT         GGATAAAGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104977 CAGTGCTTAGAACACTATGAATTTCTTCTGTA...TAGGGATAAAGCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCAAAGAGACAATGAAGAGGAAACAACAGATGATCCACGAAAACTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105635 CCAAAGAGACAATGAAGAGGAAACAACAGATGATCCACGAAAACTTAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGGAGAAATAGATCCAAATCCAGAAACAAAACCAGCGCGGCCTGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105685 CTGGAGAAATAGATCCAAATCCAGAAACAAAACCAGCGCGGCCTGATCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTGATATGGATGAGG         ATGAACTTGAGATGCTTTCTGAAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105735 ATTGATATGGATGAGGGTA...CAGATGAACTTGAGATGCTTTCTGAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGAGCCCGCTTGGCTAATACTCAGGGAAAGAAGGCCAAGAGGAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108543 CAGAGCCCGCTTGGCTAATACTCAGGGAAAGAAGGCCAAGAGGAAAGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGAGAAACAATTGGAAGAAGCAAG         ACGTCTTGCTGCCCTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108593 GAGAGAAACAATTGGAAGAAGCAAGGTA...CAGACGTCTTGCTGCCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAAAAAAGAAGAGAACTTCGAGCAGCTGGCATAGAAATTCAGAAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116002 CAAAAAAGAAGAGAACTTCGAGCAGCTGGCATAGAAATTCAGAAGAAAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAAAAGGAAGAGAGGAGTTGATTATAATGCCGAAATCCCATTTGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116052 AAAAAGGAAGAGAGGAGTTGATTATAATGCCGAAATCCCATTTGAAAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCCTGCCCTTGGTTTTTATGATACTTCTGAGGAAAACTACCAAGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116102 AGCCTGCCCTTGGTTTTTATGATACTTCTGAGGAAAACTACCAAGCTCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACGCAGATTTCAGGAAATTAAGACAACAGGATCTTGATGGGGAGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116152 GACGCAGATTTCAGGAAATTAAGACAACAGGATCTTGATGGGGAGCTAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATC         TGAAAAAGAAGGAAGAGATAGAAAAAAAGACAAACAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116202 ATCGTA...CAGTGAAAAAGAAGGAAGAGATAGAAAAAAAGACAAACAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATTTGAAAAGGAAAAAAGAATCTGATTTACCATCAGCTATTCTTCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118538 ATTTGAAAAGGAAAAAAGAATCTGATTTACCATCAGCTATTCTTCAAACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGTGGTGTTTCTGAATTTACTAAAAAGAGAAGCAAACTAGTACTTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118588 AGTGGTGTTTCTGAATTTACTAAAAAGAGAAGCAAACTAGTACTTCCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCTCAG         ATTTCAGATGCAGAACTCCAGGAAGTTGTAAAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118638 CCCTCAGGTA...TAGATTTCAGATGCAGAACTCCAGGAAGTTGTAAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TAGGCCAAGCGAGTGAAATTGCACGTCAAACTGCCGAGGAATCTGGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120655 TAGGCCAAGCGAGTGAAATTGCACGTCAAACTGCCGAGGAATCTGGCATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACAAATTCTGCTTCCAGTACACTTTTGTCTGAGTACAATGTCACCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120705 ACAAATTCTGCTTCCAGTACACTTTTGTCTGAGTACAATGTCACCAACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAGCGTTGCTCTTAGAACACCACGAACACCAGCTTCCCAGGACAGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120755 CAGCGTTGCTCTTAGAACACCACGAACACCAGCTTCCCAGGACAGAATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCAG         GAAGCCCAGAACCTCATGGCCCTCACCAATGTGGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120805 TGCAGGTA...CAGGAAGCCCAGAACCTCATGGCCCTCACCAATGTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACCCCATTGAAAGGTGGACTTAATACCCCATTGCATGAGAGTGACTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131662 ACCCCATTGAAAGGTGGACTTAATACCCCATTGCATGAGAGTGACTTCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGGTGTAACTCCACAGCGACAAGTTGTACAGACTCCAAACACAGTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131712 AGGTGTAACTCCACAGCGACAAGTTGTACAGACTCCAAACACAGTTCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTACTCCATTCAG         GACTCCTTCTAATGGAGCTGAAGGGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 131762 CTACTCCATTCAGGTA...TAGGACTCCTTCTAATGGAGCTGAAGGGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACTCCCCGGAGTGGAACAACTCCCAAACCAGTTATTAACTCTACTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134852 ACTCCCCGGAGTGGAACAACTCCCAAACCAGTTATTAACTCTACTCCGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TAGAACTCCTCTTCGAGACAAGTTAAACATTAATCCCGAGGATGGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134902 TAGAACTCCTCTTCGAGACAAGTTAAACATTAATCCCGAGGATGGAATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAGACTATAGTGATCCCTCTTACGTGAAGCAGATG         GAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 134952 CAGACTATAGTGATCCCTCTTACGTGAAGCAGATGGTA...CAGGAAAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAATCCCGAGAACATCTCCGTTTAGGGTTGTTGGGCCTTCCTGCCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136602 GAATCCCGAGAACATCTCCGTTTAGGGTTGTTGGGCCTTCCTGCCCCTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GAATGATTTTGAAATTGTTCTACCAGAAAATGCCGAGAAGGAGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136652 GAATGATTTTGAAATTGTTCTACCAGAAAATGCCGAGAAGGAGCTGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AACGTGAAATAGATGATACTTACATTGAAGATGCTGCTGATGTGGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136702 AACGTGAAATAGATGATACTTACATTGAAGATGCTGCTGATGTGGATGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CGAAAGCAG         GCCATACGAGATGCAGAGCGTGTAAAGGAAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 136752 CGAAAGCAGGTG...TAGGCCATACGAGATGCAGAGCGTGTAAAGGAAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GAAACGAATGCATAAAGCTGTCCAGAAAGATCTGCCAAGACCATCAGAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 138312 GAAACGAATGCATAAAGCTGTCCAGAAAGATCTGCCAAGACCATCAGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651         GTAAATGAAACTATTCTAAGACCCTTAAATGTAGAACCGCCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138362 TA...TAGGTAAATGAAACTATTCTAAGACCCTTAAATGTAGAACCGCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 TTAACAGATTTACAGAAAAGTGAAGAACTAATCAAAAAAGAAATGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138701 TTAACAGATTTACAGAAAAGTGAAGAACTAATCAAAAAAGAAATGATCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AATGCTTCATTATGACCTTCTACATCACCCTTATGAACCATCTGGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138751 AATGCTTCATTATGACCTTCTACATCACCCTTATGAACCATCTGGAAATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AAAAAGGCAAAACTGTAGGGTTTGGTACCAATAATTCAGAGCACATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138801 AAAAAGGCAAAACTGTAGGGTTTGGTACCAATAATTCAGAGCACATTACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TATCTGGAACATAATCCTTATGAAAAGTTCTCCAAAGAAGAGCTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138851 TATCTGGAACATAATCCTTATGAAAAGTTCTCCAAAGAAGAGCTGAAAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 G         GCCCAGGATGTTTTGGTGCAGGAGATGGAAGTGGTTAAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138901 GGTA...CAGGCCCAGGATGTTTTGGTGCAGGAGATGGAAGTGGTTAAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AAGGAATGAGCCATGGAGAGCTCTCAAGTGAAGCTTATAACCAGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141930 AAGGAATGAGCCATGGAGAGCTCTCAAGTGAAGCTTATAACCAGGTGTGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GAAGAATGCTACAGTCAAGTTTTATATCTTCCTGGGCAGAGCCGCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141980 GAAGAATGCTACAGTCAAGTTTTATATCTTCCTGGGCAGAGCCGCTACAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 ACGGGCCAATCTGGCTAGTAAAAAGGACAGAATTGAATCACTTGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142030 ACGGGCCAATCTGGCTAGTAAAAAGGACAGAATTGAATCACTTGAAAAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 GGCTCGAG         ATAAACAGGGGTCACATGACGACAGAAGCCAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 142080 GGCTCGAGGTT...CAGATAAACAGGGGTCACATGACGACAGAAGCCAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 AGGGCTGCAAAGATGGAAAAGAAGATGAAAATTTTGCTAGGGGGTTACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 157865 AGGGCTGCAAAGATGGAAAAGAAGATGAAAATTTTGCTTGGGGGTTACCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 GTCTCGTGCTATGGGGCTCATGAAACAGTTGAATGACTTATGGGACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157915 GTCTCGTGCTATGGGGCTCATGAAACAGTTGAATGACTTATGGGACCAAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TTGAACAGGCTCACTTGGAGTTACGCACTTTTGAAGAACTCAAGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157965 TTGAACAGGCTCACTTGGAGTTACGCACTTTTGAAGAACTCAAGAAACAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 GAAGATTCTGCTATTCCCCGGAGGCTAGAG         TGTCTAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 158015 GAAGATTCTGCTATTCCCCGGAGGCTAGAGGTA...AAGTGTCTAAAAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 AGACGTTCAGCGACAACAAGAAAGAGAAAAGGAACTTCAACATAGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158795 AGACGTTCAGCGACAACAAGAAAGAGAAAAGGAACTTCAACATAGATATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 CTGATTTGCTGCTGGAGAAAGAGACTTTAAAGTCAAAATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158845 CTGATTTGCTGCTGGAGAAAGAGACTTTAAAGTCAAAATTC