seq1 = pF1KA0428.tfa, 1110 bp
seq2 = pF1KA0428/gi568815595f_152200194.tfa (gi568815595f:152200194_152559324), 359131 bp

>pF1KA0428 1110
>gi568815595f:152200194_152559324 (Chr3)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-345  (214748-214918)   100% ->
346-549  (232524-232727)   100% ->
550-807  (245089-245346)   100% ->
808-961  (247427-247580)   100% ->
962-1056  (256074-256168)   100% ->
1057-1110  (259078-259131)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGTTAGTGTCACACCAATTCGGGACACAAAATGGCTAACACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGTTAGTGTCACACCAATTCGGGACACAAAATGGCTAACACTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTATGTAGAGAGTTCCAGAGGGGGACTTGCTCACGGCCAGACACGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTATGTAGAGAGTTCCAGAGGGGGACTTGCTCACGGCCAGACACGGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTAAATTTGCACATCCTTCGAAAAGCTGCCAAGTTGAAAATGGACGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTAAATTTGCACATCCTTCGAAAAGCTGCCAAGTTGAAAATGGACGAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCGCCTGCTTTGATTCATTGAAA         GGCCGTTGCTCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 ATCGCCTGCTTTGATTCATTGAAAGTG...TAGGGCCGTTGCTCCAGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACTGCAAATATCTTCATCCACCCCCACATTTAAAAACGCAGTTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214765 GAACTGCAAATATCTTCATCCACCCCCACATTTAAAAACGCAGTTGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAAATGGACGCAATAACTTGATTCAGCAGAAGAACATGGCCATGTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214815 TAAATGGACGCAATAACTTGATTCAGCAGAAGAACATGGCCATGTTGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGCAAATGCAACTAGCCAATGCCATGATGCCTGGTGCCCCATTACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214865 CAGCAAATGCAACTAGCCAATGCCATGATGCCTGGTGCCCCATTACAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGTG         CCAATGTTTTCAGTTGCACCAAGCTTAGCCACCAATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214915 CGTGGTA...CAGCCAATGTTTTCAGTTGCACCAAGCTTAGCCACCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATCAGCAGCCGCCTTTAATCCCTATCTGGGACCTGTTTCTCCAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232561 CATCAGCAGCCGCCTTTAATCCCTATCTGGGACCTGTTTCTCCAAGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCCCGGCAGAGATCTTGCCGACTGCACCAATGTTGGTTACAGGGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232611 GTCCCGGCAGAGATCTTGCCGACTGCACCAATGTTGGTTACAGGGAATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGTGTCCCTGTACCTGCAGCTGCTGCAGCTGCTGCACAGAAATTAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232661 GGGTGTCCCTGTACCTGCAGCTGCTGCAGCTGCTGCACAGAAATTAATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAACAGACAGACTTGAG         GTATGTCGAGAGTACCAACGTGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 232711 GAACAGACAGACTTGAGGTA...TAGGTATGTCGAGAGTACCAACGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AATTGCAACCGAGGAGAAAATGATTGTCGGTTTGCTCATCCTGCTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245113 AATTGCAACCGAGGAGAAAATGATTGTCGGTTTGCTCATCCTGCTGACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACAATGATTGACACCAATGACAACACAGTCACTGTGTGTATGGATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245163 CACAATGATTGACACCAATGACAACACAGTCACTGTGTGTATGGATTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCAAAGGGAGATGCTCTCGGGAAAAGTGCAAATACTTTCATCCCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245213 TCAAAGGGAGATGCTCTCGGGAAAAGTGCAAATACTTTCATCCCCCTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CATTTGCAAGCCAAGATCAAGGCTGCCCAATACCAGGTCAACCAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245263 CATTTGCAAGCCAAGATCAAGGCTGCCCAATACCAGGTCAACCAGGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGCTGCACAGGCTGCAGCCACCGCAGCTGCCATG         GGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 245313 AGCTGCACAGGCTGCAGCCACCGCAGCTGCCATGGTG...CAGGGAATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTCAAGCTGTACTTCCCCCATTACCAAAGAGGCCTGCTCTTGAAAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247434 CTCAAGCTGTACTTCCCCCATTACCAAAGAGGCCTGCTCTTGAAAAAACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AACGGTGCCACCGCAGTCTTTAACACTGGTATTTTCCAATACCAACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247484 AACGGTGCCACCGCAGTCTTTAACACTGGTATTTTCCAATACCAACAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCTAGCCAACATGCAGTTACAACAGCATACAGCATTTCTCCCACCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 247534 TCTAGCCAACATGCAGTTACAACAGCATACAGCATTTCTCCCACCAGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962       TTCCCATGGTGCACGGTGCTACGCCAGCCACTGTGTCCGCAGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247584 ...AAGTTCCCATGGTGCACGGTGCTACGCCAGCCACTGTGTCCGCAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACAACATCTGCCACAAGTGTTCCCTTCGCTGCAACAGCCACAGCCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256118 ACAACATCTGCCACAAGTGTTCCCTTCGCTGCAACAGCCACAGCCAACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 G         ATACCCATAATATCTGCCGAACATCTGACTAGCCACAAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256168 GGTT...TAGATACCCATAATATCTGCCGAACATCTGACTAGCCACAAGT

   1150     .    :
   1097 ATGTTACCCAGATG
        ||||||||||||||
 259118 ATGTTACCCAGATG