seq1 = pF1KA0419.tfa, 2973 bp
seq2 = pF1KA0419/gi568815582f_19427882.tfa (gi568815582f:19427882_19651268), 223387 bp

>pF1KA0419 2973
>gi568815582f:19427882_19651268 (Chr16)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-270  (104535-104663)   100% ->
271-1918  (108059-109706)   99% ->
1919-2049  (112776-112906)   100% ->
2050-2227  (114006-114183)   100% ->
2228-2367  (114740-114879)   99% ->
2368-2484  (114997-115113)   100% ->
2485-2586  (116916-117017)   100% ->
2587-2703  (117213-117329)   100% ->
2704-2777  (117936-118009)   100% ->
2778-2840  (118531-118593)   100% ->
2841-2900  (120074-120133)   100% ->
2901-2973  (123315-123387)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGTATGAGAAGTTCTGTGAAAAAAGTCTTGCCAGAATACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGTATGAGAAGTTCTGTGAAAAAAGTCTTGCCAGAATACAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCATCACTATCCACAGAGAGCTTTCTCCCTGCTCAGTCTGAAAGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCATCACTATCCACAGAGAGCTTTCTCCCTGCTCAGTCTGAAAGTATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTTATTCGCTTTCATGGAGTGGCTATCCTTTCTCCACTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 CACTTATTCGCTTTCATGGAGTGGCTATCCTTTCTCCACTGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTAACATTGAGAAAAGAAAGGAAATGCAACAAGAAAAGCAGAAAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104535 CTTAACATTGAGAAAAGAAAGGAAATGCAACAAGAAAAGCAGAAAGCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGTAGAAGCAAGAAAGCAGGTTAACAGGAAGAAAGCTTTACTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104585 TGATGTAGAAGCAAGAAAGCAGGTTAACAGGAAGAAAGCTTTACTGACTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGTCCAGGAGATTCTTGACAATGTTCAG         GTTAGAAAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104635 GTGTCCAGGAGATTCTTGACAATGTTCAGGTG...CAGGTTAGAAAAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTAATGCCAGTGATTTTGATCAGTGGGAGATGGAAACAGTTTACTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108071 CCTAATGCCAGTGATTTTGATCAGTGGGAGATGGAAACAGTTTACTCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCAGAAGTCAGAAACTTGAATGTTCCTGCTACATTTCCAAATAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108121 TTCAGAAGTCAGAAACTTGAATGTTCCTGCTACATTTCCAAATAGCTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAAGCCATACGGAACACTCTACTGCAGCAAAGCTTGATAAGATAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108171 CAAGCCATACGGAACACTCTACTGCAGCAAAGCTTGATAAGATAGCTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTTTGCCATTGGATAATGAGGACCAATGTAAAACTGATGGAATAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108221 ATTTTGCCATTGGATAATGAGGACCAATGTAAAACTGATGGAATAGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGCTAGAGATTCAGAAGGATTTAATTCTCCGAAGCAATGTGATAGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108271 AGCTAGAGATTCAGAAGGATTTAATTCTCCGAAGCAATGTGATAGTTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATATTAGTCATGTAGAAAATGAAGCTTTTCCAAAGACCTCTTCAGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108321 ATATTAGTCATGTAGAAAATGAAGCTTTTCCAAAGACCTCTTCAGCAACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCACAAGAAACTCTTATTTCTGATGGTCCCTTCTCAGTAAATGAACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108371 CCACAAGAAACTCTTATTTCTGATGGTCCCTTCTCAGTAAATGAACAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGATCTACCACTTTTGGCAGAAGTCATCCCAGATCCCTATGTAATGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108421 GGATCTACCACTTTTGGCAGAAGTCATCCCAGATCCCTATGTAATGAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTCAGAATCTGATGAAAAAGTCAAAGGAATATATAGAAAGAGAACAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108471 TTCAGAATCTGATGAAAAAGTCAAAGGAATATATAGAAAGAGAACAATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGACGCAGTCTGAGAGGTAGTATGAACAGAATTGTTAATGAGAGTCATTT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 108521 AGACGCAGTCTGAGAGGTAGTATCAACAGAATTGTTAATGAGAGTCATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGACAAAGAACATGATGCTGTTGAAGTGGCTGACTGTGTAAAAGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108571 AGACAAAGAACATGATGCTGTTGAAGTGGCTGACTGTGTAAAAGAGAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCCAGTTGACAGGCAAACACTGTGTCTCAGTTATTCCTGACAAACCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108621 GCCAGTTGACAGGCAAACACTGTGTCTCAGTTATTCCTGACAAACCAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTTAATAAATCAAATGTTCTTCTCCAAGGTGCTTCCACTCAAGCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108671 CTTAATAAATCAAATGTTCTTCTCCAAGGTGCTTCCACTCAAGCAAGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CATGAGTATGCCAGTTTTAGCTAGCTTTTCGAAAGTGGACATACCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108721 CATGAGTATGCCAGTTTTAGCTAGCTTTTCGAAAGTGGACATACCTATAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GAACTGGCCATCCCACTGTTCTAGAGTCTAATTCTGATTTTAAAGTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108771 GAACTGGCCATCCCACTGTTCTAGAGTCTAATTCTGATTTTAAAGTTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CCCACTATTGTTACCGAAAATAATGTTATCAAAAGTCTTACAGGTTCATA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108821 CCCACTTTTGTTACCGAAAATAATGTTATCAAAAGTCTTACAGGTTCATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGCCAAATTACCTAGTCCAGAGCCAAGTATGAGTCCTAAAATGCACCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108871 TGCCAAATTACCTAGTCCAGAGCCAAGTATGAGTCCTAAAATGCACCGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GACGTTCCAGGACATCATCAGCGTGTCATATACTTATAAATAACCCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108921 GACGTTCCAGGACATCATCAGCGTGTCATATACTTATAAATAACCCAATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AATGCCTGTGAATTAAGCCCTAAAGGAAAAGAACAGGCAATGGACTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108971 AATGCCTGTGAATTAAGCCCTAAAGGAAAAGAACAGGCAATGGACTTAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TATTCAAGATACTGATGAAAACACAAATGTGCCCGAAATTATGCCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109021 TATTCAAGATACTGATGAAAACACAAATGTGCCCGAAATTATGCCAAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TACCAACTGATTTAGCGGGAGTTTGTTCAAGCAAGGTTTATGTGGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109071 TACCAACTGATTTAGCGGGAGTTTGTTCAAGCAAGGTTTATGTGGGCAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AATACATCTGAAGTCAAAGAAGATGTGGTTTTAGGTAAATCAAATCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109121 AATACATCTGAAGTCAAAGAAGATGTGGTTTTAGGTAAATCAAATCAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 ATGTCAATCTTCAGGAAATCATTTAGAAAATAAAGTTACTCATGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109171 ATGTCAATCTTCAGGAAATCATTTAGAAAATAAAGTTACTCATGGACTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 TTACTGTGGAAGGTCAGTTAACATCCGATGAGAGAGGCGCACACATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109221 TTACTGTGGAAGGTCAGTTAACATCCGATGAGAGAGGCGCACACATAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 AACAGTACCTGTGCTGCGATGCCAAAGCTGCATGAACCATATGCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109271 AACAGTACCTGTGCTGCGATGCCAAAGCTGCATGAACCATATGCCAGCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 TCAGTGTATAGCAAGTCCAAACTTTGGAACTGTGAGTGGACTCAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109321 TCAGTGTATAGCAAGTCCAAACTTTGGAACTGTGAGTGGACTCAAGCCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 CCAGTATGTTAGAGAAAAACTGCAGTTTGCAAACAGAACTGAATAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109371 CCAGTATGTTAGAGAAAAACTGCAGTTTGCAAACAGAACTGAATAAGTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TATGATGTAAAAAACCCTTCTCCTTTATTGATGCAAAACCAGAATACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109421 TATGATGTAAAAAACCCTTCTCCTTTATTGATGCAAAACCAGAATACGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 ACAGCAGATGGACACACCTATGGTGTCCTGTGGAAATGAACAATTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109471 ACAGCAGATGGACACACCTATGGTGTCCTGTGGAAATGAACAATTTTTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 ATAACAGTTTTGAGAAAGTTAAACGGAGACTTGATTTAGATATTGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109521 ATAACAGTTTTGAGAAAGTTAAACGGAGACTTGATTTAGATATTGATGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 TTGCAAAAAGAAAACTGCCCTTATGTCATAACAAGTGGAATAACTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109571 TTGCAAAAAGAAAACTGCCCTTATGTCATAACAAGTGGAATAACTGAACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 AGAAAGGCAACATTTGCCAGAAAAAAGATACCCTAAGGGATCTGGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109621 AGAAAGGCAACATTTGCCAGAAAAAAGATACCCTAAGGGATCTGGCTTCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 TTAACAAGAATAAAATGTTAGGAACTAGTTCCAAAG         AAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109671 TTAACAAGAATAAAATGTTAGGAACTAGTTCCAAAGGTA...CAGAAAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 GAGGAGTTACTAAAAAGCAAGATGTTAGCTTTTGAAGAAATGCGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112781 GAGGAGTTACTAAAAAGCAAGATGTTAGCTTTTGAAGAAATGCGGAAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 ACTAGAAGAACAGCACGCCCAGCAATTATCACTACTCATAGCTGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112831 ACTAGAAGAACAGCACGCCCAGCAATTATCACTACTCATAGCTGAGCAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 AAAGGGAACAAGAAAGACTGCAAAAG         GAAATAGAAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 112881 AAAGGGAACAAGAAAGACTGCAAAAGGTG...TAGGAAATAGAAGAGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 GAGAAAATGTTAAAAGAGAAGAAGGCAATGACAGCGGAAGCCTCTGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114021 GAGAAAATGTTAAAAGAGAAGAAGGCAATGACAGCGGAAGCCTCTGAGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 GGACATTAACAATGCAGTGGAATTAGAATGGAGAAAAATAAGTGACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114071 GGACATTAACAATGCAGTGGAATTAGAATGGAGAAAAATAAGTGACTCTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 GTTTGCTGGAAACAATGCTGTCTCAAGCGGACTCACTCCATACTTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114121 GTTTGCTGGAAACAATGCTGTCTCAAGCGGACTCACTCCATACTTCAAAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 TCAAATAGTTCTG         GTTTCACCAATTCTGCCATGCAATATAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||| ||||||||||||||||||||
 114171 TCAAATAGTTCTGGTA...TAGGTTTCACAAATTCTGCCATGCAATATAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2256 CTTTGTTTCTGCAAACGAAGCACCATTCTACCTCTGGGGATCATCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114768 CTTTGTTTCTGCAAACGAAGCACCATTCTACCTCTGGGGATCATCAACTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2306 GTGGCTTGACCAAACTCTCAGTAACAAGGCCTTTTGGAAGAGCCAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114818 GTGGCTTGACCAAACTCTCAGTAACAAGGCCTTTTGGAAGAGCCAAAACT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2356 AGATGGTCTCAA         GTTTTTAGTCTGGAAATACAAGCAAAATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 114868 AGATGGTCTCAAGTG...TAGGTTTTTAGTCTGGAAATACAAGCAAAATT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2397 TAACAAAATAACTGCAGTGGCAAAAGGATTTCTTACTCGTAGACTTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115026 TAACAAAATAACTGCAGTGGCAAAAGGATTTCTTACTCGTAGACTTATGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2447 AGACAGATAAGCTGAAGCAACTTCGACAAACTGTAAAA         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115076 AGACAGATAAGCTGAAGCAACTTCGACAAACTGTAAAAGTA...CAGGAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2488 ACTATGGAATTCATAAGAAGTTTTCAGTCAGAAGCACCATTAAAGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116919 ACTATGGAATTCATAAGAAGTTTTCAGTCAGAAGCACCATTAAAGAGAGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2538 CATTGTTTCAGCTCAAGATGCTTCACTTCAGGAAAGAGTGTTAGCTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116969 CATTGTTTCAGCTCAAGATGCTTCACTTCAGGAAAGAGTGTTAGCTCAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2587         TTGCGAGCTGCCTTGTACGGTATTCATGACATATTCTTTGTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117019 TA...TAGTTGCGAGCTGCCTTGTACGGTATTCATGACATATTCTTTGTA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2629 ATGGATGCAGCTGAAAGAATGTCTATTCTACATCATGATCGAGAAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117255 ATGGATGCAGCTGAAAGAATGTCTATTCTACATCATGATCGAGAAGTTCG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2679 CAAAGAGAAAATGCTCAGGCAAATG         GATAAAATGAAAAGTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 117305 CAAAGAGAAAATGCTCAGGCAAATGGTA...AAGGATAAAATGAAAAGTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2720 CACGAGTGGCTCTTTCAGCTGCAACACAGAAGTCTCTTGATAGGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117952 CACGAGTGGCTCTTTCAGCTGCAACACAGAAGTCTCTTGATAGGAAGAAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2770 TACATGAA         AGCTGCTGAAATGGGAATGCCAAATAAGAAATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 118002 TACATGAAGTA...TAGAGCTGCTGAAATGGGAATGCCAAATAAGAAATT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2811 TCTGGTTAAACAAAATCCTTCTGAAACAAG         AGTCCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 118564 TCTGGTTAAACAAAATCCTTCTGAAACAAGGTG...CAGAGTCCTTCAGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2852 CAAACCAAGGACAGAATGCACCTGTTCATAGGCTACTTAGTAGACAAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120085 CAAACCAAGGACAGAATGCACCTGTTCATAGGCTACTTAGTAGACAAGGG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2901         GAGTATATGCAGGAAAAATCCAAAGAAAGCGGCCAAATGTTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120135 TA...TAGGAGTATATGCAGGAAAAATCCAAAGAAAGCGGCCAAATGTTG

   3050     .    :    .    :    .    :
   2943 CGACAATTTAAGAAGACAACATTCATTAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 123357 CGACAATTTAAGAAGACAACATTCATTAGGA