seq1 = pF1KA0412.tfa, 1881 bp
seq2 = pF1KA0412/gi568815579f_57093871.tfa (gi568815579f:57093871_57312978), 219108 bp

>pF1KA0412 1881
>gi568815579f:57093871_57312978 (Chr19)

1-33  (98044-98076)   100% ->
34-160  (100005-100131)   100% ->
161-256  (111527-111622)   100% ->
257-1881  (117484-119108)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGCGGTGCTGACGGACCGGGCCCAG         GTGTCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  98044 ATGGCGGCAGCGGTGCTGACGGACCGGGCCCAGGTG...CAGGTGTCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GACCTTTGATGATGTGGCTGTGACTTTCACCAAGGAGGAGTGGGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 GACCTTTGATGATGTGGCTGTGACTTTCACCAAGGAGGAGTGGGGGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGACCTAGCTCAGCGGACCCTGTACCAGGAGGTGATGCTGGAAAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 TGGACCTAGCTCAGCGGACCCTGTACCAGGAGGTGATGCTGGAAAACTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGCTCCTGGTGTCTCTGG         GGTGTCCTGTTCCCAAAGCTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100113 GGGCTCCTGGTGTCTCTGGGTA...CAGGGTGTCCTGTTCCCAAAGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGATCTGCCACCTAGAGCATGGGCAGGAGCCATGGACCAGGAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111549 GCTGATCTGCCACCTAGAGCATGGGCAGGAGCCATGGACCAGGAAGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCTCTCCCAAGACACCTGTCCAG         GCGACAAAGGAAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111599 ACCTCTCCCAAGACACCTGTCCAGGTA...CAGGCGACAAAGGAAAACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGACCACAGAACCTACCACTTGTGAGCCAGCCTTGTCAGAGGGAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117501 AAGACCACAGAACCTACCACTTGTGAGCCAGCCTTGTCAGAGGGAATCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTTCAGGGACAAGTGACACAAGGAAACTCAGTGGACTCACAGTTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117551 ACTTCAGGGACAAGTGACACAAGGAAACTCAGTGGACTCACAGTTGGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGCCGAGGATCAGGATGGGCTATCAGAAATGCAGGAAGGACACTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117601 AAGCCGAGGATCAGGATGGGCTATCAGAAATGCAGGAAGGACACTTCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGGAATAGATCCCCAGGAGAAGTCTCCTGGGAAGATGAGCCCTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117651 CCAGGAATAGATCCCCAGGAGAAGTCTCCTGGGAAGATGAGCCCTGAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATGGTTTAGGGACAGCTGATGGTGTGTGTTCAAGGATTGGACAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117701 TGATGGTTTAGGGACAGCTGATGGTGTGTGTTCAAGGATTGGACAGGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGTCTCTCCAGGAGATAGAGTCCGTAGCCATAACTCATGTGAGTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117751 AAGTCTCTCCAGGAGATAGAGTCCGTAGCCATAACTCATGTGAGTCAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAGATCCCATGATTCAGGAAGAGGAAAATAACTTTAAATGCAGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117801 AAAGATCCCATGATTCAGGAAGAGGAAAATAACTTTAAATGCAGTGAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGAAAAGTATTTAACAAGAAACACCTCCTTGCTGGACATGAGAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117851 TGGAAAAGTATTTAACAAGAAACACCTCCTTGCTGGACATGAGAAAATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACTCTGGAGTTAAGCCCTATGAATGCACAGAATGTGGGAAAACCTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117901 ACTCTGGAGTTAAGCCCTATGAATGCACAGAATGTGGGAAAACCTTTATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAGAGCACACATCTCCTGCAACATCACATGATCCACACTGGGGAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117951 AAGAGCACACATCTCCTGCAACATCACATGATCCACACTGGGGAGAGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTATGAGTGCATGGAGTGTGGAAAGGCCTTCAACCGCAAGTCATACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118001 CTATGAGTGCATGGAGTGTGGAAAGGCCTTCAACCGCAAGTCATACCTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCCAGCACCAGCGGATTCACAGTGGAGAGAAGCCTTACAAGTGCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118051 CCCAGCACCAGCGGATTCACAGTGGAGAGAAGCCTTACAAGTGCAATGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TGCGGAAAGGCCTTCACCCACCGCTCCAATTTTGTCTTGCATAACAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118101 TGCGGAAAGGCCTTCACCCACCGCTCCAATTTTGTCTTGCATAACAGGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 ACACACTGGAGAAAAATCCTTTGTGTGCACAGAATGTGGCCAAGTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118151 ACACACTGGAGAAAAATCCTTTGTGTGCACAGAATGTGGCCAAGTCTTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GACATAGGCCAGGCTTTCTCCGGCACTATGTTGTCCACAGTGGTGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118201 GACATAGGCCAGGCTTTCTCCGGCACTATGTTGTCCACAGTGGTGAGAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CCCTATGAGTGCTTGGAGTGTGGCAAGGTCTTCAAACACAGGTCATATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118251 CCCTATGAGTGCTTGGAGTGTGGCAAGGTCTTCAAACACAGGTCATATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CATGTGGCACCAGCAGACTCATACCGGGGAGAAGCCCTATGAGTGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118301 CATGTGGCACCAGCAGACTCATACCGGGGAGAAGCCCTATGAGTGCAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AATGTGGGAAGGTCTTCTTGGAGAGTGCAGCCCTGATTCACCACTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118351 AATGTGGGAAGGTCTTCTTGGAGAGTGCAGCCCTGATTCACCACTATGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ATCCACACTGGAGAGAAGCCCTTTGAGTGCCTCGAGTGTGGGAAGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118401 ATCCACACTGGAGAGAAGCCCTTTGAGTGCCTCGAGTGTGGGAAGGCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CAACCACCGATCCTACCTCAAGAGGCACCAGCGGATTCACACTGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118451 CAACCACCGATCCTACCTCAAGAGGCACCAGCGGATTCACACTGGGGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AGCCCTTCGTGTGCAGTGAATGTGGAAAGGCCTTCACCCACTGCTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118501 AGCCCTTCGTGTGCAGTGAATGTGGAAAGGCCTTCACCCACTGCTCTACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TTTATCTTGCATAAAAGGGCCCACACTGGAGAAAAGCCTTTCGAGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118551 TTTATCTTGCATAAAAGGGCCCACACTGGAGAAAAGCCTTTCGAGTGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 AGAGTGTGGGAAAGCCTTTAGCAATCGGAAGGACCTCATTCGCCACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118601 AGAGTGTGGGAAAGCCTTTAGCAATCGGAAGGACCTCATTCGCCACTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GCATCCACACTGGAGAGAAGCCCTATGAGTGCGTGGAGTGTGGAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118651 GCATCCACACTGGAGAGAAGCCCTATGAGTGCGTGGAGTGTGGAAAGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 TTCACCCGCATGTCGGGCCTCACGAGGCACAAGCGGATTCATAGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118701 TTCACCCGCATGTCGGGCCTCACGAGGCACAAGCGGATTCATAGTGGAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GAAGCCCTATGAATGTGTTGAGTGTGGGAAATCGTTTTGCTGGAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118751 GAAGCCCTATGAATGTGTTGAGTGTGGGAAATCGTTTTGCTGGAGCACAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 ACCTCATTCGACATGCCATTATCCACACTGGAGAGAAGCCCTATAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118801 ACCTCATTCGACATGCCATTATCCACACTGGAGAGAAGCCCTATAAATGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 AGTGAATGTGGAAAGGCCTTCAGTCGCAGCTCGTCCCTCACTCAGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118851 AGTGAATGTGGAAAGGCCTTCAGTCGCAGCTCGTCCCTCACTCAGCATCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 AAGGATGCATACTGGGAAAAATCCCATCAGTGTAACAGATGTGGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118901 AAGGATGCATACTGGGAAAAATCCCATCAGTGTAACAGATGTGGGAAGAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 CTTTTACAAGTGGACAAACCTCAGTTACCCTTCGAGAACTTCTTTTAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118951 CTTTTACAAGTGGACAAACCTCAGTTACCCTTCGAGAACTTCTTTTAGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 AAGGACTTTTTGAATGTAACCACTGAGGCAAATATTTTGCCAGAGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119001 AAGGACTTTTTGAATGTAACCACTGAGGCAAATATTTTGCCAGAGGAAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 ATCTTCCTCTGCATCTGATCAACCATACCAAAGAGAAACCCCACAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119051 ATCTTCCTCTGCATCTGATCAACCATACCAAAGAGAAACCCCACAAGTGT

   1900     .
   1874 CTTCACTG
        ||||||||
 119101 CTTCACTG