seq1 = pF1KA0411.tfa, 3225 bp
seq2 = pF1KA0411/gi568815595r_8885522.tfa (gi568815595r:8885522_9348951), 463430 bp

>pF1KA0411 3225
>gi568815595r:8885522_9348951 (Chr3)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-260  (224035-224227)   100% ->
261-423  (244110-244272)   100% ->
424-486  (268865-268927)   100% ->
487-672  (284371-284556)   100% ->
673-801  (288593-288721)   100% ->
802-1023  (290480-290701)   100% ->
1024-1125  (292618-292719)   100% ->
1126-1323  (295728-295925)   100% ->
1324-1408  (301477-301561)   100% ->
1409-1436  (310862-310889)   100% ->
1437-1467  (320822-320852)   100% ->
1468-1528  (321957-322017)   100% ->
1529-1606  (323614-323691)   100% ->
1607-1741  (333221-333355)   100% ->
1742-1847  (335110-335215)   100% ->
1848-2075  (335417-335644)   100% ->
2076-2155  (338565-338644)   100% ->
2156-2336  (354429-354609)   100% ->
2337-2486  (355897-356046)   100% ->
2487-2814  (358113-358440)   100% ->
2815-3225  (363020-363430)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCATCTCAAACTAAGTTCAAGAAAGACAAAGAGATCATTGCTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCATCTCAAACTAAGTTCAAGAAAGACAAAGAGATCATTGCTGAATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGCCCAAATAAAAG         AGATCCGCACGCAGCTGGTGGAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAGCCCAAATAAAAGGTG...CAGAGATCCGCACGCAGCTGGTGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTTCAAATGTCTGGAGCAGCAATCAGAGTCGCGACTGCAGCTGCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224059 AGTTCAAATGTCTGGAGCAGCAATCAGAGTCGCGACTGCAGCTGCTTCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCTCCAGGAGTTTTTCCGCCGGAAAGCTGAGATTGAGCTCGAGTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224109 GACCTCCAGGAGTTTTTCCGCCGGAAAGCTGAGATTGAGCTCGAGTACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGCAGCCTGGAGAAGCTGGCTGAGCGCTTCTCCTCCAAAATCCGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224159 CCGCAGCCTGGAGAAGCTGGCTGAGCGCTTCTCCTCCAAAATCCGCAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCGGGAGCACCAGTTCAA         GAAGGACCAGTACCTCCTCTCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 224209 CCCGGGAGCACCAGTTCAAGTA...CAGGAAGGACCAGTACCTCCTCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGTGAACTGTTGGTATCTGGTTCTGCATCAGACCCGGCGGGAGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244132 CCTGTGAACTGTTGGTATCTGGTTCTGCATCAGACCCGGCGGGAGAGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGACCATGCCACCCTCAATGACATCTTCATGAACAATGTCATCGTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244182 AGACCATGCCACCCTCAATGACATCTTCATGAACAATGTCATCGTCCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTCCCAGATCAGTGAGGATGTCATCAGACTCTTCAAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 244232 TCTCCCAGATCAGTGAGGATGTCATCAGACTCTTCAAAAAGGTA...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCAAGGAGATTGGCCTGCAGATGCACGAGGAGCTCCTGAAGGTGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268865 AGCAAGGAGATTGGCCTGCAGATGCACGAGGAGCTCCTGAAGGTGACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGCTCTACACA         GTCATGAAAACCTACCACATGTACCATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 268915 TGAGCTCTACACAGTA...CAGGTCATGAAAACCTACCACATGTACCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGAGAGCATCAGTGCGGAAAGCAAGCTGAAGGAGGCTGAGAAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284399 CAGAGAGCATCAGTGCGGAAAGCAAGCTGAAGGAGGCTGAGAAGCAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAAGCAGTTCAATAAGTCAGGAGACCTCAGCATGAACCTGCTCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284449 GAGAAGCAGTTCAATAAGTCAGGAGACCTCAGCATGAACCTGCTCCGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGAGGACCGGCCCCAGCGCCGCAGCTCTGTGAAGAAGATTGAGAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284499 CGAGGACCGGCCCCAGCGCCGCAGCTCTGTGAAGAAGATTGAGAAGATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGAGAAG         AGGCAGGCCAAGTACTCTGAGAACAAGCTGAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 284549 AGGAGAAGGTG...CAGAGGCAGGCCAAGTACTCTGAGAACAAGCTGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGCACAAAGGCCCGGAATGACTACTTGCTCAATCTGGCAGCCACCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288626 TGCACAAAGGCCCGGAATGACTACTTGCTCAATCTGGCAGCCACCAACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCTATAAGCAAATACTACATCCATGATGTCTCTGATCTGATCGAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 288676 AGCTATAAGCAAATACTACATCCATGATGTCTCTGATCTGATCGATGTG.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802      TGCTGTGATTTGGGCTTCCATGCCAGCCTGGCCCGCACCTTCCGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288726 ..AAGTGCTGTGATTTGGGCTTCCATGCCAGCCTGGCCCGCACCTTCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACCTATCTCTCAGCTGAATACAACCTGGAGACCTCTCGCCACGAAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290525 ACCTATCTCTCAGCTGAATACAACCTGGAGACCTCTCGCCACGAAGGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGATGTCATTGAGAATGCAGTGGACAACCTGGATTCCCGAAGTGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290575 GGATGTCATTGAGAATGCAGTGGACAACCTGGATTCCCGAAGTGACAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACACAGTCATGGACATGTGCAATCAAGTCTTCTGCCCTCCACTCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290625 ACACAGTCATGGACATGTGCAATCAAGTCTTCTGCCCTCCACTCAAGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGTTCCAGCCCCACATGGGGGATGAG         GTCTGCCAGGTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 290675 GAGTTCCAGCCCCACATGGGGGATGAGGTA...CAGGTCTGCCAGGTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGCTCAGCAGCCCGTCCAGACAGAACTGCTCATGCGTTATCACCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292632 CGCTCAGCAGCCCGTCCAGACAGAACTGCTCATGCGTTATCACCAGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGTCCAGACTGGCCACCCTCAAGATAGAGAATGAGGAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 292682 AGTCCAGACTGGCCACCCTCAAGATAGAGAATGAGGAGGTG...CAGGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGGAAAACCCTGGATGCCACCATGCAGACATTACAGGACATGCTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295731 AGGAAAACCCTGGATGCCACCATGCAGACATTACAGGACATGCTGACTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAGGACTTTGATGTCTCCGATGCCTTCCAACACAGTCGATCGACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295781 GGAGGACTTTGATGTCTCCGATGCCTTCCAACACAGTCGATCGACAGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCGTCAAGTCGGCTGCCTCTGAGACCTACATGAGCAAGATCAACATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295831 CCGTCAAGTCGGCTGCCTCTGAGACCTACATGAGCAAGATCAACATTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAGAGGAGAGCCAACCAGCAGGAAACAGAAATGTTTTATTTTACA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 295881 AAGAGGAGAGCCAACCAGCAGGAAACAGAAATGTTTTATTTTACAGTA..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324     AAATTTAAAGAGTATGTGAATGGCAGTAACCTCATCACCAAGCTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295931 .CAGAAATTTAAAGAGTATGTGAATGGCAGTAACCTCATCACCAAGCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGGCCAAGCACGATTTACTCAAGCAGACCCTGGGCGAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 301523 AGGCCAAGCACGATTTACTCAAGCAGACCCTGGGCGAAGGTG...CAGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAAAGAGCAGAATGCGGCACCACCAG         AGGAAGAAGAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 310864 GAAAGAGCAGAATGCGGCACCACCAGGTG...CAGAGGAAGAAGAAATGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCGAACCAGGAACCAG         GATTCAGGACAAGCTATACCGCTTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 320837 TCGAACCAGGAACCAGGTA...AAGGATTCAGGACAAGCTATACCGCTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TAGTCGAGAGCTGCATCCGTTACATCAATTTATATG         GACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 321982 TAGTCGAGAGCTGCATCCGTTACATCAATTTATATGGTA...TAGGACTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CAGCAGCAGGGGATCTTCAGAGTGCCAGGATCTCAGGTGGAAGTCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323619 CAGCAGCAGGGGATCTTCAGAGTGCCAGGATCTCAGGTGGAAGTCAATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CATCAAAAATTCCTTTGAGAGAG         GTGAAGACCCCCTTGTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 323669 CATCAAAAATTCCTTTGAGAGAGGTG...CAGGTGAAGACCCCCTTGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 ACGATCAAAATGAACGAGATATCAATTCAGTCGCTGGTGTTTTAAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333239 ACGATCAAAATGAACGAGATATCAATTCAGTCGCTGGTGTTTTAAAACTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TATTTCCGAGGACTGGAAAACCCACTCTTTCCTAAGGAAAGGTTTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333289 TATTTCCGAGGACTGGAAAACCCACTCTTTCCTAAGGAAAGGTTTCAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TTTGATATCTACTATTA         AACTGGAGAACCCAGCCGAGAGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 333339 TTTGATATCTACTATTAGTA...CAGAACTGGAGAACCCAGCCGAGAGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGCACCAGATCCAACAAATCCTCGTCACCCTTCCCCGCGTGGTCATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335134 TGCACCAGATCCAACAAATCCTCGTCACCCTTCCCCGCGTGGTCATTGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GTCATGAGATACCTCTTCGCTTTCCTCAACCA         CCTCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 335184 GTCATGAGATACCTCTTCGCTTTCCTCAACCAGTG...TAGCCTCTCCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GTATAGCGACGAGAACATGATGGATCCCTACAACCTGGCCATCTGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335426 GTATAGCGACGAGAACATGATGGATCCCTACAACCTGGCCATCTGCTTCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 GGCCTACCCTCATGCACATCCCTGATGGGCAGGACCCTGTGTCCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335476 GGCCTACCCTCATGCACATCCCTGATGGGCAGGACCCTGTGTCCTGCCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GCACACATCAATGAAGTCATCAAAACCATCATCATCCATCATGAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335526 GCACACATCAATGAAGTCATCAAAACCATCATCATCCATCATGAAGCCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CTTCCCCAGCCCCCGGGAGCTAGAGGGACCTGTGTATGAAAAATGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335576 CTTCCCCAGCCCCCGGGAGCTAGAGGGACCTGTGTATGAAAAATGCATGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CTGGAGGGGAAGAATATTG         TGACAGCCCACACAGCGAGCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 335626 CTGGAGGGGAAGAATATTGGTA...CAGTGACAGCCCACACAGCGAGCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GGGGCCATCGATGAAGTTGACCATGACAATGGCACTGAGCCTCATACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338587 GGGGCCATCGATGAAGTTGACCATGACAATGGCACTGAGCCTCATACCAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CGATGAAG         AAGTGGAGCAGATCGAGGCTATTGCCAAGTTTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 338637 CGATGAAGGTG...CAGAAGTGGAGCAGATCGAGGCTATTGCCAAGTTTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 ACTACATGGGGCGGTCCCCGCGTGAGCTATCCTTCAAGAAGGGGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354462 ACTACATGGGGCGGTCCCCGCGTGAGCTATCCTTCAAGAAGGGGGCCTCG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 CTGCTCCTGTACCACCGCGCCTCGGAGGACTGGTGGGAGGGCCGGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354512 CTGCTCCTGTACCACCGCGCCTCGGAGGACTGGTGGGAGGGCCGGCACAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CGGCGTGGATGGACTCATCCCCCATCAGTACATAGTTGTACAGGACAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 354562 CGGCGTGGATGGACTCATCCCCCATCAGTACATAGTTGTACAGGACATGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2337        GGATGATGCCTTCTCCGACAGCCTGAGCCAGAAGGCTGACAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354612 G...CAGGGATGATGCCTTCTCCGACAGCCTGAGCCAGAAGGCTGACAGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 GAGGCCAGCAGTGGGCCATTGCTGGATGACAAGGCCTCTTCCAAAAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 355940 GAGGCCAGCAGTGGGCCATTGCTGGATGACAAGGCCTCTTCCAAAAACGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 CCTCCAGTCCCCCACGGAGCACATCTCGGATTACGGCTTTGGGGGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 355990 CCTCCAGTCCCCCACGGAGCACATCTCGGATTACGGCTTTGGGGGGGTGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 TGGGCCG         AGTGCGGTTACGATCTGATGGAGCAGCCATCCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 356040 TGGGCCGGTA...CAGAGTGCGGTTACGATCTGATGGAGCAGCCATCCCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 AGACGCCGAAGCGGGGGCGACACACACAGCCCGCCCCGGGGCCTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358147 AGACGCCGAAGCGGGGGCGACACACACAGCCCGCCCCGGGGCCTGGGCCC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 CAGCATAGACACACCACCCCGGGCTGCTGCCTGCCCCAGCAGCCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358197 CAGCATAGACACACCACCCCGGGCTGCTGCCTGCCCCAGCAGCCCCCACA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 AAATCCCCCTCACCCGGGGGAGGATCGAGAGCCCTGAGAAGCGGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358247 AAATCCCCCTCACCCGGGGGAGGATCGAGAGCCCTGAGAAGCGGAGGATG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 GCGACGTTCGGGAGCGCTGGCAGCATCAACTACCCTGACAAGAAGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358297 GCGACGTTCGGGAGCGCTGGCAGCATCAACTACCCTGACAAGAAGGCGCT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 CTCCGAAGGGCACTCGATGAGGTCGACCTGCGGTTCCACCAGGCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358347 CTCCGAAGGGCACTCGATGAGGTCGACCTGCGGTTCCACCAGGCACAGCA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 GCCTAGGGGACCACAAGTCCCTGGAGGCCGAGGCCCTGGCAGAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 358397 GCCTAGGGGACCACAAGTCCCTGGAGGCCGAGGCCCTGGCAGAAGTA...

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2815    GACATCGAGAAGACCATGAGCACGGCTCTGCACGAGTTGCGGGAACT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363017 CAGGACATCGAGAAGACCATGAGCACGGCTCTGCACGAGTTGCGGGAACT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2862 CGAGAGGCAGAACACGGTCAAGCAGGCGCCAGATGTGGTGCTGGACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363067 CGAGAGGCAGAACACGGTCAAGCAGGCGCCAGATGTGGTGCTGGACACCC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2912 TGGAGCCCCTGAAGAACCCGCCAGGCCCCGTCAGCTCGGAGCCCGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363117 TGGAGCCCCTGAAGAACCCGCCAGGCCCCGTCAGCTCGGAGCCCGCCAGT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2962 CCCCTTCACACCATCGTCATCCGCGACCCCGATGCCGCCATGCGCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363167 CCCCTTCACACCATCGTCATCCGCGACCCCGATGCCGCCATGCGCCGCAG

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3012 CAGCAGCTCCTCCACCGAGATGATGACCACCTTCAAGCCAGCCCTGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363217 CAGCAGCTCCTCCACCGAGATGATGACCACCTTCAAGCCAGCCCTGTCCG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3062 CCCGCCTGGCTGGCGCCCAGCTCCGCCCGCCCCCCATGCGGCCCGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363267 CCCGCCTGGCTGGCGCCCAGCTCCGCCCGCCCCCCATGCGGCCCGTGCGG

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3112 CCGGTGGTCCAGCACCGGTCCAGCAGCAGCAGCAGCTCGGGCGTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363317 CCGGTGGTCCAGCACCGGTCCAGCAGCAGCAGCAGCTCGGGCGTGGGCAG

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3162 CCCGGCCGTGACGCCCACCGAGAAGATGTTCCCCAACAGCTCAGCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363367 CCCGGCCGTGACGCCCACCGAGAAGATGTTCCCCAACAGCTCAGCGGACA

   3400     .    :
   3212 AGTCGGGCACCATG
        ||||||||||||||
 363417 AGTCGGGCACCATG