seq1 = pF1KA0397.tfa, 3018 bp
seq2 = pF1KA0397/gi568815581f_2237689.tfa (gi568815581f:2237689_2479517), 241829 bp

>pF1KA0397 3018
>gi568815581f:2237689_2479517 (Chr17)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-133  (105857-105932)   100% ->
134-296  (123949-124111)   100% ->
297-458  (124421-124582)   100% ->
459-526  (125150-125217)   100% ->
527-672  (125301-125446)   100% ->
673-807  (125777-125911)   100% ->
808-932  (126371-126495)   100% ->
933-1000  (126908-126975)   100% ->
1001-1161  (127209-127369)   100% ->
1162-1288  (127527-127653)   100% ->
1289-1442  (133574-133727)   100% ->
1443-1507  (134502-134566)   100% ->
1508-1653  (134655-134800)   100% ->
1654-1782  (135265-135393)   100% ->
1783-1965  (135643-135825)   100% ->
1966-2349  (137804-138187)   100% ->
2350-2474  (138449-138573)   100% ->
2475-2557  (139045-139127)   100% ->
2558-2667  (139271-139380)   100% ->
2668-2764  (140169-140265)   100% ->
2765-2932  (141348-141515)   100% ->
2933-3018  (141744-141829)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAGCGCAGAGGACGCAGTCAAAGAGAAACTGCTGTGGAACGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAGCGCAGAGGACGCAGTCAAAGAGAAACTGCTGTGGAACGTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAG         GTGAAGCAAATCATGGAGGAGGCTGTCACCAGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAGGTA...CAGGTGAAGCAAATCATGGAGGAGGCTGTCACCAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTTTGTGCATGAAGACAGCAGCCACATCATTGCTTTATGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105891 AGTTTGTGCATGAAGACAGCAGCCACATCATTGCTTTATGTGGTG...TA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134  GTGCAGTGGAGGCTTGCCTCTTGCATCAGCTGAGACGCCGTGCCGCTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123948 GGTGCAGTGGAGGCTTGCCTCTTGCATCAGCTGAGACGCCGTGCCGCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTCCTGCGCAGTGACAAGATGGCAGCCCTGTTCACCAAGGTGGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123998 CTTCCTGCGCAGTGACAAGATGGCAGCCCTGTTCACCAAGGTGGGGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGTGCCCAGTGGCGGGGGAGATTTGCCACAAGGTACAGGAGCTGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124048 CGTGCCCAGTGGCGGGGGAGATTTGCCACAAGGTACAGGAGCTGCAGCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAGCAGAGGGCAG         GAAACCCTCAGGGGTCAGCCAGGAGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 124098 CAAGCAGAGGGCAGGTG...CAGGAAACCCTCAGGGGTCAGCCAGGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGCGGAGACAGGGCTCAGCCAGCGGGAAGGCCCCGGCCCTCAGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124448 CCTGCGGAGACAGGGCTCAGCCAGCGGGAAGGCCCCGGCCCTCAGCCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGCCTTGAAACACGTATGGGTACGCACGGCGCTCATCGAGAAAGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124498 AGGCCTTGAAACACGTATGGGTACGCACGGCGCTCATCGAGAAAGTTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACAAGGTCGTGCAATACCTGGCGGAAAACTGCAG         CAAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 124548 GACAAGGTCGTGCAATACCTGGCGGAAAACTGCAGGTG...CAGCAAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTACGAGAAGGAGGCACTGCTGGCAGACCCTGTGTTCGGCCCGATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125156 CTACGAGAAGGAGGCACTGCTGGCAGACCCTGTGTTCGGCCCGATCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTCTCTTCTAG         TGGGACCCTGTGCCTTGGAATACACTAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 125206 CCTCTCTTCTAGGTG...CAGTGGGACCCTGTGCCTTGGAATACACTAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTCAAGACAGCCGATCACTACTGGACTGACCCCTCTGCTGATGAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125330 CTCAAGACAGCCGATCACTACTGGACTGACCCCTCTGCTGATGAGCTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCAGCGGCACCGCATCCGGGGTCCACCTACTCGCCAGGACTCCCCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125380 CCAGCGGCACCGCATCCGGGGTCCACCTACTCGCCAGGACTCCCCTGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCGCCCAGCCCTGGGG         ATCCGGAAACGGCACTCAAGCGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 125430 AGCGCCCAGCCCTGGGGGTA...CAGATCCGGAAACGGCACTCAAGCGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGCGCGTCGGAGGACAGGCTGGCTGCCTGTGCCCGCGAGTGTGTGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125801 AGCGCGTCGGAGGACAGGCTGGCTGCCTGTGCCCGCGAGTGTGTGGAGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTGCACCAGAACTCACGGACGCGGCTGCTCTATGGCAAGAACCACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125851 CCTGCACCAGAACTCACGGACGCGGCTGCTCTATGGCAAGAACCACGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTGCAGCCG         AAGGAGGATATGGAGGCGGTCCCTGGCTAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125901 TGGTGCAGCCGGTA...TAGAAGGAGGATATGGAGGCGGTCCCTGGCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCTCCCTGCACCAGTCTGCAGAGAGCCTGACTCTGAAGTGGACCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126401 CTCTCCCTGCACCAGTCTGCAGAGAGCCTGACTCTGAAGTGGACCCCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCAGCTCATGAATGGGACTCTGGGGGACTCCGAGCTGGAAAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 126451 CCAGCTCATGAATGGGACTCTGGGGGACTCCGAGCTGGAAAAGAGGTG..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933     CGTTTACTGGGACTATGCCCTCGTGGTGCCCTTCAGCCAGGTCGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126501 .TAGCGTTTACTGGGACTATGCCCTCGTGGTGCCCTTCAGCCAGGTCGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGCATCCACTGCCACCAGCAAA         AGAGCGGTGGCACGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 126954 TGCATCCACTGCCACCAGCAAAGTA...CAGAGAGCGGTGGCACGCTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCTGGTGAGCCAGGATGGCATCCAGAGGCCGCCGCTGCATTTCCCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127228 GCTGGTGAGCCAGGATGGCATCCAGAGGCCGCCGCTGCATTTCCCACAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GAGGACACCTGCTGTCCTTTCTGTCCTGTCTGGAGAATGGGCTGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127278 GAGGACACCTGCTGTCCTTTCTGTCCTGTCTGGAGAATGGGCTGCTGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CGGGGACAGCTAGAGCCCCCGCTGTGGACCCAGCAAGGGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 127328 CGGGGACAGCTAGAGCCCCCGCTGTGGACCCAGCAAGGGAAGGTA...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1162  GGGAAAGTGTTCCCCAAGCTACGGAAACGAAGCAGCATTCGCTCCGTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127526 GGGGAAAGTGTTCCCCAAGCTACGGAAACGAAGCAGCATTCGCTCCGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATATGGAGGAGATGGGCACGGGGCGGGCCACCGACTATGTGTTCCGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127576 ATATGGAGGAGATGGGCACGGGGCGGGCCACCGACTATGTGTTCCGGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATCTACCCCGGCCACAGGCACGAGCACA         ACGCTGGTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 127626 ATCTACCCCGGCCACAGGCACGAGCACAGTG...CAGACGCTGGTGACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GATCGAGATGCAGGGCTTTGGGCCCAGCCTGCCAGCCTGGCACCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133587 GATCGAGATGCAGGGCTTTGGGCCCAGCCTGCCAGCCTGGCACCTGGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCCTGTGCAGTCAGGGCTCCTCCTGCCTCTCCTGCTCCTCCAGCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133637 CCCTGTGCAGTCAGGGCTCCTCCTGCCTCTCCTGCTCCTCCAGCAGCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCACATGCAACCCCCAGCCACTGTAGCTGCATCCCCGACCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 133687 CCACATGCAACCCCCAGCCACTGTAGCTGCATCCCCGACCGGTG...CAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GTTGCCGCTCAGGCTACTGTGTGAGAGTATGAAGAGGCAGATCGTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134502 GTTGCCGCTCAGGCTACTGTGTGAGAGTATGAAGAGGCAGATCGTGTCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GGGCCTTCTACGGCT         GGCTGGCACACTGCCGCCACCTGTCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 134552 GGGCCTTCTACGGCTGTG...CAGGGCTGGCACACTGCCGCCACCTGTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACGGTGCGGACCCACCTGTCGGCGCTGGTGCACCATAGCGTTATCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134681 ACGGTGCGGACCCACCTGTCGGCGCTGGTGCACCATAGCGTTATCCCACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGACCGGCCCCCGGGGGCCTCCGCGGGCCTCACCAAGGACGTGTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134731 TGACCGGCCCCCGGGGGCCTCCGCGGGCCTCACCAAGGACGTGTGGAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGTATCAGAAGGACAAAAAG         AACTACAAAGAGCTGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 134781 AGTATCAGAAGGACAAAAAGGTG...CAGAACTACAAAGAGCTGGAGCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CTGCGGCAAGTTTACTACGGAGGCATAGAGCACGAGATCCGCAAGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135286 CTGCGGCAAGTTTACTACGGAGGCATAGAGCACGAGATCCGCAAGGACGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CTGGCCCTTTCTGCTTGGCCACTACAAGTTCGGCATGAGCAAGAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135336 CTGGCCCTTTCTGCTTGGCCACTACAAGTTCGGCATGAGCAAGAAGGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TGGAGCAG         GTGGACGCAGTGGTGGCAGCAAGGTACCAGCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 135386 TGGAGCAGGTG...CAGGTGGACGCAGTGGTGGCAGCAAGGTACCAGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GTGTTGGCAGAGTGGAAGGCCTGCGAGGTGGTGGTGAGGCAGCGGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135676 GTGTTGGCAGAGTGGAAGGCCTGCGAGGTGGTGGTGAGGCAGCGGGAGCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GGAGGCCCACCCAGCCACACGCACCAAGTTCTCCTCAGGCAGCAGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135726 GGAGGCCCACCCAGCCACACGCACCAAGTTCTCCTCAGGCAGCAGCATCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ACAGCCACGTGCAGCGCCTCATCCACCGAGACTCCACCATCAGCAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135776 ACAGCCACGTGCAGCGCCTCATCCACCGAGACTCCACCATCAGCAACGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966          GTGTTTATCTCAGTGGATGATCTGGAACCCCCGGAGCCCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135826 GTG...CAGGTGTTTATCTCAGTGGATGATCTGGAACCCCCGGAGCCCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GGACCCTGAAGATTCCAGACCAAAACCTGAGCAGGAAGCAGGACCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137845 GGACCCTGAAGATTCCAGACCAAAACCTGAGCAGGAAGCAGGACCCGGGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CTCCGGGCACCGCCGTGGTGGAGCAGCAGCATTCCGTGGAGTTCGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137895 CTCCGGGCACCGCCGTGGTGGAGCAGCAGCATTCCGTGGAGTTCGACTCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 CCAGACTCAGGACTGCCCTCCTCTCGCAATTACTCCGTGGCCTCGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137945 CCAGACTCAGGACTGCCCTCCTCTCGCAATTACTCCGTGGCCTCGGGCAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CCAGTCAAGCCTAGATGAGGGGCAGAGCGTGGGCTTCGAAGAGGAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137995 CCAGTCAAGCCTAGATGAGGGGCAGAGCGTGGGCTTCGAAGAGGAGGACG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GCGGTGGGGAGGAAGGCTCCAGTGGGCCCGGCCCTGCAGCTCACACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138045 GCGGTGGGGAGGAAGGCTCCAGTGGGCCCGGCCCTGCAGCTCACACTTTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 AGGGAGCCCCAGGATCCCAGCCAGGAGAAGCCTCAGGCCGGAGAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138095 AGGGAGCCCCAGGATCCCAGCCAGGAGAAGCCTCAGGCCGGAGAACTGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 GGCCGGAGAGGAGCTTGCGGCTGTGTGTGCGGCTGCCTACACT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 138145 GGCCGGAGAGGAGCTTGCGGCTGTGTGTGCGGCTGCCTACACTGTG...C

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2350   ATAGAATTACTGGACACTGTGGCCTTAAACCTGCACCGCATAGACAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138447 AGATAGAATTACTGGACACTGTGGCCTTAAACCTGCACCGCATAGACAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 GATGTGCAGAGGTGTGACCGCAACTACTGGTACTTCACGCCCCCCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138497 GATGTGCAGAGGTGTGACCGCAACTACTGGTACTTCACGCCCCCCAACCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CGAGAGGCTCAGAGACGTCATGTGCAG         CTACGTGTGGGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 138547 CGAGAGGCTCAGAGACGTCATGTGCAGGTG...CAGCTACGTGTGGGAGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 ACCTGGACGTGGGCTATGTGCAGGGCATGTGCGATCTGCTGGCGCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139059 ACCTGGACGTGGGCTATGTGCAGGGCATGTGCGATCTGCTGGCGCCTCTC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 CTGGTCACCCTCGACAATG         ATCAGCTGGCCTACAGCTGCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 139109 CTGGTCACCCTCGACAATGGTG...CAGATCAGCTGGCCTACAGCTGCTT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 CAGCCACCTCATGAAGAGGATGAGCCAGAACTTCCCCAACGGGGGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139293 CAGCCACCTCATGAAGAGGATGAGCCAGAACTTCCCCAACGGGGGTGCCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 TGGACACCCACTTTGCCAACATGCGCTCCCTCATCCAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 139343 TGGACACCCACTTTGCCAACATGCGCTCCCTCATCCAGGTG...AAGATC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 CTGGACTCAGAGCTGTTTGAGCTGATGCATCAGAATGGAGACTACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140172 CTGGACTCAGAGCTGTTTGAGCTGATGCATCAGAATGGAGACTACACCCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 CTTCTACTTCTGTTATCGCTGGTTCCTGCTGGATTTTAAGAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 140222 CTTCTACTTCTGTTATCGCTGGTTCCTGCTGGATTTTAAGAGAGGTA...

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2765    AACTGCTGTATGAGGATGTGTTTGCTGTGTGGGAGGTGATCTGGGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141345 CAGAACTGCTGTATGAGGATGTGTTTGCTGTGTGGGAGGTGATCTGGGCA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 GCCAGGCACATCTCATCGGAGCACTTTGTCCTGTTCATCGCCCTCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141395 GCCAGGCACATCTCATCGGAGCACTTTGTCCTGTTCATCGCCCTCGCCCT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2862 GGTGGAGGCCTACCGAGAGATCATCCGTGACAACAACATGGACTTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141445 GGTGGAGGCCTACCGAGAGATCATCCGTGACAACAACATGGACTTCACTG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2912 ACATCATCAAGTTTTTCAATG         AACGTGCTGAGCATCACGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 141495 ACATCATCAAGTTTTTCAATGGTA...CAGAACGTGCTGAGCATCACGAT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2953 GCCCAGGAGATCCTGCGGATTGCCCGGGACCTCGTCCACAAGGTGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141764 GCCCAGGAGATCCTGCGGATTGCCCGGGACCTCGTCCACAAGGTGCAGAT

   3200     .    :    .
   3003 GCTCATAGAGAACAAG
        ||||||||||||||||
 141814 GCTCATAGAGAACAAG