seq1 = pF1KA0394.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KA0394/gi568815581r_9817231.tfa (gi568815581r:9817231_10119888), 302658 bp

>pF1KA0394 1236
>gi568815581r:9817231_10119888 (Chr17)

(complement)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-193  (138005-138085)   100% ->
194-279  (150127-150212)   100% ->
280-333  (160634-160687)   100% ->
334-423  (172906-172995)   100% ->
424-539  (176653-176768)   99% ->
540-614  (179689-179763)   100% ->
615-693  (185645-185723)   100% ->
694-822  (193120-193248)   100% ->
823-946  (194290-194413)   100% ->
947-1026  (200184-200263)   100% ->
1027-1125  (201790-201888)   100% ->
1126-1236  (202548-202658)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCCCCCCTCCGCCGGGAGAAGAAAGCCAGACGGTCATCCTTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCCCCCCTCCGCCGGGAGAAGAAAGCCAGACGGTCATCCTTCCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCTGGCAGAGCTACCTGTCGCCTCAGGGCCGGCGGTACTATGTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCTGGCAGAGCTACCTGTCGCCTCAGGGCCGGCGGTACTATGTCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGACCACCAATG         AGACCACCTGGGAACGTCCCAGCAGTTCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGACCACCAATGGTG...CAGAGACCACCTGGGAACGTCCCAGCAGTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGGGATTCCAGCCAGCCCTGGCTCTCACAGGAGCTCTCTGCCTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138034 CCTGGGATTCCAGCCAGCCCTGGCTCTCACAGGAGCTCTCTGCCTCCAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         TGAATGGATACCACGCATCAGGGACCCCAGCGCACCCTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138084 AGGTA...CAGTGAATGGATACCACGCATCAGGGACCCCAGCGCACCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGAGACTGCCCACATGAGTGTCCGAAAATCCACCGGTGATTCCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 150166 CAGAGACTGCCCACATGAGTGTCCGAAAATCCACCGGTGATTCCCAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       AACCTGGGATCCTCATCGCCAAGCAAAAAGCAGAGCAAGGAAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150216 ...CAGAACCTGGGATCCTCATCGCCAAGCAAAAAGCAGAGCAAGGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACCATCACA         ATAAACTGTGTGACGTTCCCTCACCCAGACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 160678 CACCATCACAGTA...CAGATAAACTGTGTGACGTTCCCTCACCCAGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CGATGCCGGAACAGCAGCTGCTGAAACCAACCGAGTGGAGCTACTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172937 CGATGCCGGAACAGCAGCTGCTGAAACCAACCGAGTGGAGCTACTGCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACTTCTGG         GCTGATAAGAAGGACCCCCAAGGCAACGGCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 172987 TACTTCTGGGTA...TAGGCTGATAAGAAGGACCCCCAAGGCAACGGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGTGGCTGGGTTTGAACTACTGCTCCAGAAACAGCTGAAGGGCAAACAAA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176685 CGTGGCTGGGTTTGAACTACTGCTCCAGAAACAGCTGAAGGGCAAACAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCAGAAGGAAATGTCAGAATTCATCCGGGAAAG         GATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 176735 TGCAGAAGGAAATGTCAGAATTCATCCGGGAAAGGTG...CAGGATAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATTGAAGAAGACTATGCGAAGAACTTAGCTAAGCTCTCTCAGAACTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179696 ATTGAAGAAGACTATGCGAAGAACTTAGCTAAGCTCTCTCAGAACTCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGCTTCACAGGAGGAAGG         CTCCTTGGGAGAGGCGTGGGCCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 179746 GGCTTCACAGGAGGAAGGGTG...CAGCTCCTTGGGAGAGGCGTGGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGGTGAAGAAGAGCCTGGCGGACGAAGCAGAAGTTCACCTCAAGTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185668 AGGTGAAGAAGAGCCTGGCGGACGAAGCAGAAGTTCACCTCAAGTTCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCCAAG         CTTCACAGCGAGGTGGAGAAGCCCCTGATGAACTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185718 GCCAAGGTA...CAGCTTCACAGCGAGGTGGAGAAGCCCCTGATGAACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCGTGAGAACTTCAAGAAAGACATGAAGAAGTGCGACCACCACATTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193155 CCGTGAGAACTTCAAGAAAGACATGAAGAAGTGCGACCACCACATTGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACCTTCGCAAGCAGCTCGCCAGCCGCTATGCCTCGGTGGAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 193205 ACCTTCGCAAGCAGCTCGCCAGCCGCTATGCCTCGGTGGAGAAGGTG...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823    GCCCGGAAAGCCCTCACAGAGCGGCAGAGAGACCTGGAGATGAAGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194287 CAGGCCCGGAAAGCCCTCACAGAGCGGCAGAGAGACCTGGAGATGAAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CCAGCAGCTGGAGATCAAGCTGAGCAACAAGACAGAGGAGGACATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194337 CCAGCAGCTGGAGATCAAGCTGAGCAACAAGACAGAGGAGGACATCAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGGCGCGGAGAAAGTCCACACAGGCTG         GAGACGACCTCATG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 194387 AGGCGCGGAGAAAGTCCACACAGGCTGGTA...CAGGAGACGACCTCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CGCTGTGTGGATCTCTACAACCAGGCCCAGTCCAAATGGTTTGAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200198 CGCTGTGTGGATCTCTACAACCAGGCCCAGTCCAAATGGTTTGAAGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GGTGACCACCACATTG         GAGCTAGAGCGGCTGGAGGTGGAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 200248 GGTGACCACCACATTGGTA...CAGGAGCTAGAGCGGCTGGAGGTGGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GGGTAGAGATGATCCGGCAGCACCTGTGCCAGTACACGCAGCTGCGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201815 GGGTAGAGATGATCCGGCAGCACCTGTGCCAGTACACGCAGCTGCGGCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GAAACAGACATGTTCAACCAAAGC         ACAGTCGAGCCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 201865 GAAACAGACATGTTCAACCAAAGCGTG...CAGACAGTCGAGCCCGTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TCAGCTGCTTCGAAAAGTGGACCCGGCCAAAGACAGGGAGCTGTGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202565 TCAGCTGCTTCGAAAAGTGGACCCGGCCAAAGACAGGGAGCTGTGGGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GAGAGCACAAGACGGGCAACATCCGCCCTGTGGACATGGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202615 GAGAGCACAAGACGGGCAACATCCGCCCTGTGGACATGGAGATC